一种水稻低直链淀粉含量Wx-yg基因的分子标记及其应用

本发明涉及细胞生物学，具体涉及一种水稻低直链淀粉含量wx-yg基因的分子标记及其应用。

背景技术：

1、稻米中直链淀粉的含量是评价稻米品质的最重要指标之一，具有中等偏低直链淀粉含量的稻米在我国南方地区以及东南亚的缅甸和菲律宾等国家都非常受消费者的青睐，因而，为了迎合市场的需求，直链淀粉含量更低的稻米成为稻种主要的改良方向之一。水稻中直链淀粉主要由wx基因编码的颗粒结合淀粉合成酶gbssi合成。目前至少已发现了9个与直链淀粉含量相关的wx基因等位变异位点。其中wxlv、wxa和wxin是控制中高(20-27%)直链淀粉含量的等位变异位点类型，wxb和wxmw/wxla是控制中低(13-19%)直链淀粉含量的等位变异位点类型，wxmp、wxmq和wxop/wxhp是控制较低(8-13%)直链淀粉含量的等位变异位点类型，而几乎无直链淀粉含量的wx（隐性）基因则主要存在于糯稻中。目前国内市场上比较受欢迎的软米普遍采用的是含有控制低直链淀粉含量的wxmp(粳稻)和wxhp(籼稻)等位变异位点基因。

2、云南是中国稻种优异种质的富集中心，优质稻种质资源相当丰富。云南软米包括籼型软米和粳型软米，直链淀粉含量低，胶稠度软，低糊化温度，米饭柔软爽口，冷后不回生、不变硬，富有光泽等优质特性。粳型软米中银光、滇系6号等低直链淀粉含量由du基因控制，直链淀粉含量4-5%。另外云南还有直链淀粉10-13%左右的粳型软米楚粳27、云粳优4号、云粳20号等。云粳37，云粳49和云航粳3号是我们从云南资源筛选中获得的一类粳型软米材料，表观直链淀粉含量在5%左右。经检测其wx基因，发现位于第2外显子第129bp处11bp碱基缺失，及第167bp处进行c到a的单碱基突变，将其命名为wxyg。wx基因中等位变异位点的控制在育种中具有广泛的应用前景，而挖掘和研究新的优良wx等位基因，解析新的等位变异位点，能为稻米品质改良育种提供新的资源和方向。

技术实现思路

1、本发明的目的在于提供一种新的水稻低直链淀粉含量wx-yg基因的分子标记及其应用。

2、为了实现上述目的，本发明提供了一种水稻等位变异位点wx-yg基因的分子标记，所述分子标记包括第一引物（wx-ygf）和第二引物（wx-ygr）；所述第一引物的序列为：seqid no.1；所述第二引物的序列为：seq id no.2。

3、其中，所述seq id no.1为：cacgggttccagggcctcaag。

4、其中，所述seq id no.2为：tgccacgctgcaccgaccgct。

5、本发明水稻低直链淀粉含量wx-yg基因分子标记，可以快速、有效的区分水稻中是否含有wx-yg基因，从而显著提高对杂交后代基因型的选择效率，加速水稻品质改良育种的进程。

6、其中，所述水稻等位变异位点wx-yg基因位于wx基因的第2外显子第129bp至139bp处有11bp碱基的缺失，及第167bp处有c到a的单碱基突变；该水稻等位变异位点wx-yg基因，可控制稻米表观直链淀粉的含量在5%左右，从而既丰富了优质种源材料，也加快了优良食味稻米育种及改良工作的进程。

7、其中，获得上述等位变异位点wx-yg基因的方法包括：水稻材料中位于wx基因的第2外显子第129bp处11bp碱基缺失，及第167bp处进行c到a的单碱基突变。

8、其中，所述wx显性基因的第2外显子目标片段序列为：seq id no.3；所述wx-yg隐性基因的第2外显子目标片段序列为：seq id no.4。

9、其中，所述seq id no.3为：cacgggttccagggcctcaagccccgcagccccgccggcggcgacgcgacgtcgctcagcgtgacgaccagcgcgcgcgcgacgcccaagcagcagcggtcggtgcagcgtggca。

10、其中，所述seq id no.4为：cacgggttccagggcctcaagccccgcagccccgccggcggcgctcagcgtgacgaccagcgcgcgcgagacgcccaagcagcagcggtcggtgcagcgtggca。

11、其中，获得上述水稻等位变异位点wx基因分子标记的方法包括：将分子标记的第一引物和第二引物进行pcr扩增。

12、为达到上述发明目的，更进一步的，本发明还提供了一种水稻等位变异位点wx-yg基因分子标记的应用，所述分子标记在检测上述等位变异位点wx-yg基因中的应用。

13、其中，优选的，所述分子标记在水稻品质改良、品系品种创制和/或选育方面的应用。

14、与现有技术相比，本发明的有益效果：

15、1、本发明水稻低直链淀粉含量wx-yg基因分子标记，可以快速、有效的区分水稻中是否含有wx-yg基因，从而显著提高对杂交后代基因型的选择效率，加速水稻品质改良育种的进程。

16、2、本发明水稻低直链淀粉含量wx-yg基因分子标记用于检测等位变异位点wx-yg基因，具有检测速度快、操作简单、成本低、准确性高的优点；用于水稻品质改良、品系品种创制和/或选育，能缩短育种周期，提高选择效率。

技术特征：

1. 一种等位变异位点wx-yg基因的分子标记，其特征在于，包括第一引物和第二引物；所述第一引物的序列为：seq id no.1；所述第二引物的序列为：seq id no.2；所述seq idno.1为：cacgggttccagggcctcaag；所述seq id no.2为：tgccacgctgcaccgaccgct。

2.根据权利要求1所述的水稻低直链淀粉含量wx-yg基因分子标记，其特征在于，获得上述水稻等位变异位点wx-yg基因分子标记的方法包括：将分子标记的第一引物和第二引物进行pcr扩增。

3.根据权利要求1所述的水稻低直链淀粉含量wx-yg基因分子标记，其特征在于，所述水稻等位变异位点wx-yg基因位于wx基因的第2外显子第129bp至139bp处有11bp碱基的缺失，及第167bp处有c到a的单碱基突变。

4. 根据权利要求3所述的水稻等位变异位点wx-yg基因分子标记，其特征在于，所述wx显性基因的第2外显子目标序列为：seq id no.3；所述wx-yg隐性基因的第2外显子目标序列为：seq id no.4；所述seq id no.3为：cacgggttccagggcctcaagccccgcagccccgccggcggcgacgcgacgtcgctcagcgtgacgaccagcgcgcgcgcgacgcccaagcagcagcggtcggtgcagcgtggca；所述seq id no.4为：cacgggttccagggcctcaagccccgcagccccgccggcggcgctcagcgtgacgaccagcgcgcgcgagacgcccaagcagcagcggtcggtgcagcgtggca。

5.根据权利要求3或4所述的水稻低直链淀粉含量wx-yg基因分子标记，其特征在于，获得所述等位变异位点wx-yg基因的方法包括：使水稻材料中位于wx基因的第2外显子第129bp至139bp处11bp碱基缺失，及第167bp处进行c到a的单碱基突变。

6.一种权利要求1-5任一项所述水稻低直链淀粉含量wx-yg基因分子标记的应用，其特征在于，在检测等位变异位点wx-yg基因中的应用。

7.根据权利要求6所述的水稻低直链淀粉含量wx-yg基因分子标记的应用，其特征在于，在水稻品质改良、品系品种创制和/或选育方面的应用。

技术总结本发明公开了一种水稻低直链淀粉含量Wx‑yg基因的分子标记及其应用，所述分子标记包括第一引物和第二引物；所述第一引物的序列为：SEQ ID NO.1；所述第二引物的序列为：SEQ ID NO.2；其中，所述SEQ ID NO.1为：CACGGGTTCCAGGGCCTCAAG；所述SEQ ID NO.2为：TGCCACGCTGCACCGACCGCT。本发明水稻等位变异位点Wx‑yg基因分子标记，可以快速、有效的区分水稻中是否含有Wx‑yg基因，从而显著提高对杂交后代基因型的选择效率，加速水稻品质改良育种的进程。技术研发人员：张丽霞,吴书俊,胡泽军,闫影,王凯,杨航,叶俊华受保护的技术使用者：上海市农业科学院技术研发日：技术公布日：2024/6/18