用于西瓜品种鉴定的InDel标记引物及其应用的制作方法

本发明涉及生物，具体而言，涉及用于西瓜品种鉴定的indel标记引物及其应用。

背景技术：

1、杂种优势在生物界普遍存在，是指杂合体在一种或多种性状上优于两个亲本的现象。杂种优势利用作为遗传应用的典型代表，已在水稻、玉米和小麦等作物中取得了丰硕成果。随着育种工作的深入，杂种优势的应用不再局限于粮食作物，也开始应用到蔬菜瓜果等领域。西瓜，是葫芦科西瓜属一年生蔓生藤本植物，号称夏季瓜果之王。西瓜果肉富含多种维生素，具有平衡血压、调节心脏功能的作用。“甜依1号”是一种新培育的中小果形黄肉西瓜，其口感爽脆，甜度高且风味足，逐渐被大众和相关市场所欢迎。

2、杂交制种过程中，存在亲本自交或外源花粉污染等问题，从而造成种子纯度降低，进而影响作物的产量和品质。因此，纯度鉴定是保证西瓜杂交品种质量的必要流程，也是实现作物优质高产的坚实保障。目前，我国西瓜纯度鉴定以田间表型鉴定为主，此鉴定方法易受环境因素干扰，存在田间表型不易把握和耗时过长等问题。

技术实现思路

1、本发明所要解决的问题是如何快速且准确地鉴定西瓜品种。

2、为解决上述问题，本发明第一方面提供一种用于西瓜品种鉴定的indel标记引物，所述indel标记引物用于鉴定“甜依1号”西瓜品种、“ew-11”西瓜品种和“e23s560m”西瓜品种中的任意一种或多种，所述indel标记引物扩增模板为“ew-11”西瓜品种dna和/或“e23s560m”西瓜品种dna时扩增片段上存在如seq id no.3所示的indel标记片段。

3、作为优选，所述indel标记引物包括如seq id no.1所示的上游引物ty1-4-f和如seq id no.2所示的下游引物ty1-4-r。

4、本发明提供的indel标记引物针对“甜依1号”、“ew-11”和“e23s560m”西瓜品种设计，indel多态性分子标记是基于插入或缺失位点两侧的序列来设计特异性引物并进行pcr扩增的标记，具有扩增产物带型清晰简单，稳定性强和分离效果明显等优势。indel分子标记检测杂交种纯度相比传统的田间小区表型鉴定法，可以避免试验场地大、环境突变、人为主观判断误差和周期长等问题，在幼苗或种子水平就能快速、准确地鉴定大批量杂交种种子的纯度。

5、进一步地，本发明第二方面提供一种前述indel标记引物的应用，即将所述indel标记引物应用于以下任意一个或多个方面：

6、a：鉴定或辅助鉴定西瓜品种；

7、b：制备鉴定或辅助鉴定西瓜品种的产品；

8、c：选育或辅助选育西瓜品种；

9、d：制备选育或辅助选育西瓜品种的产品；

10、e：西瓜育种；

11、f：制备西瓜育种的产品。

12、进一步地，本发明第三方面提供一种试剂盒，所述试剂盒中含有seq idno.1～2所示的indel标记引物。

13、作为优选，所述试剂盒中还含有用于pcr反应用的试剂和/或用于琼脂糖凝胶电泳的试剂。

14、进一步地，本发明第四方面提供一种前述试剂盒的应用，即将所述试剂盒应用于以下任意一个或多个方面：

15、a：鉴定或辅助鉴定西瓜品种；

16、b：制备鉴定或辅助鉴定西瓜品种的产品；

17、c：选育或辅助选育西瓜品种；

18、d：制备选育或辅助选育西瓜品种的产品；

19、e：西瓜育种；

20、f：制备西瓜育种的产品。

21、进一步地，本发明第五方面提供一种西瓜品种的鉴定方法，所述西瓜品种选自

22、7.一种西瓜品种的鉴定方法，其特征在于，所述西瓜品种选自“甜依1号”西瓜品种、“ew-11”西瓜品种和“e23s560m”西瓜品种中的任意一种或多种，所述鉴定方法采用seqid no.1～2所示的indel引物或含有seq idno.1～2所示indel引物的试剂盒对西瓜品种进行鉴定。

23、作为优选，所述鉴定方法包括以下步骤：

24、s1：提取样品西瓜的dna；

25、s2：以提取的dna为模板，利用利用seq id no.1～2所示的indel标记引物或含有seq id no.1～2所示的indel标记引物的试剂盒对提取的dna进行pcr扩增；

26、s3：对pcr产物进行琼脂糖凝胶电泳；

27、s4：根据琼脂糖凝胶电泳成像结果，对样品西瓜的品种进行鉴定。

28、作为优选，所述步骤s4中，若琼脂糖凝胶电泳的成像结果为双带型且上条带所示分子量大小为309bp，下条带的所示分子量大小为240bp，则样品西瓜的品种为“甜依1号”；若琼脂糖凝胶电泳的成像结果为单带型且条带所示分子量大小为309bp，则样品西瓜的品种为“ew-11”；若琼脂糖凝胶电泳的成像结果为单带型且条带所示分子量大小为240bp，则样品西瓜的品种为“e23s560m”。

29、作为优选，所述步骤s2中，pcr的反应程序为94℃预变性5min，94℃变性20s，退火20s(退火温度根据设计引物设定)，72℃延伸40s，循环35次，72℃延伸10min，4℃保存。

30、与现有技术相比，本发明具备的有益效果：“甜依1号”是母本“ew-11”和父本“e23s560m”杂交后获得的f1。相对于现有的田间试验分型鉴别，本发明提供的indel标记引物、试剂盒、鉴定方法可以通过对西瓜的任何部位的dna的检测对西瓜品种进行快速鉴定，使用该引物的试剂盒、鉴定方法鉴定的准确度高、成本低，可以在幼苗时期即进行鉴定，这为后续植物新品种开发、植物分型、植物选育提供了基础工具。

技术特征：

1.用于西瓜品种鉴定的indel标记引物，其特征在于，所述indel标记引物包括如seqid no.1所示的上游引物ty1-4-f和如seq id no.2所示的下游引物ty1-4-r，所述indel标记引物用于鉴定“甜依1号”西瓜品种、“ew-11”西瓜品种和“e23s560m”西瓜品种中的任意一种或多种，所述indel标记引物对应的indel位点的核苷酸序列如seq id no.3所示。

2.一种权利要求1所述indel标记引物的应用，其特征在于，将所述indel标记引物应用于以下任意一个或多个方面：

3.一种试剂盒，其特征在于，所述试剂盒中含有seq id no.1～2所示的indel标记引物。

4.如权利要求3所述的试剂盒，其特征在于，所述试剂盒中还含有用于pcr反应用的试剂和/或用于琼脂糖凝胶电泳的试剂。

5.一种权利要求3或4任一所述试剂盒的应用，其特征在于，将所述试剂盒应用于以下任意一个或多个方面：

6.一种西瓜品种的鉴定方法，其特征在于，所述西瓜品种选自“甜依1号”西瓜品种、“ew-11”西瓜品种和“e23s560m”西瓜品种中的任意一种或多种，所述鉴定方法采用seq idno.1～2所示的indel引物或含有seq idno.1～2所示indel引物的试剂盒对西瓜品种进行鉴定。

7.如权利要求6所述的鉴定方法，其特征在于，包括以下步骤：

8.如权利要求7所述的鉴定方法，其特征在于，所述步骤s4中，若琼脂糖凝胶电泳的成像结果为双带型且上条带所示分子量大小为309bp，下条带的所示分子量大小为240bp，则样品西瓜的品种为“甜依1号”；若琼脂糖凝胶电泳的成像结果为单带型且条带所示分子量大小为309bp，则样品西瓜的品种为“ew-11”；若琼脂糖凝胶电泳的成像结果为单带型且条带所示分子量大小为240bp，则样品西瓜的品种为“e23s560m”。

9.如权利要求7所述的鉴定方法，其特征在于，所述步骤s2中，pcr的反应程序为94℃预变性5min，94℃变性20s，退火20s，72℃延伸40s，循环35次，72℃延伸10min，4℃保存。

技术总结本发明公开了用于西瓜品种鉴定的InDel标记引物及其应用，属于生物技术领域，更具体地，本发明提供的InDel标记引物扩增模板为“EW‑11”西瓜品种DNA和/或“E23S560M”西瓜品种DNA时扩增片段上存在如SEQ ID No.3所示的InDel标记片段，所述InDel标记引物包括如SEQ ID No.1所示的上游引物TY1‑4‑F和如SEQ ID No.2所示的下游引物TY1‑4‑R。采用本发明提供的InDel标记引物、试剂盒、鉴定方法可以快速、准确地鉴定出“甜依1号”、“EW‑11”、“E23S560M”中任意一种或多种，可以避免试验场地大、环境突变、人为主观判断误差和周期长等问题，在幼苗或种子水平就能快速、准确地鉴定大批量杂交种种子的纯度。这为后续植物新品种开发、植物分型、植物选育提供了基础工具。技术研发人员：方小雪,刘洁,张铖锋,余芳洁,韩南南受保护的技术使用者：宁波微萌种业有限公司技术研发日：技术公布日：2024/6/18