一种大口黑鲈100k液相芯片及其应用

本发明属于基因芯片，具体涉及一种大口黑鲈100k液相芯片及其应用。

背景技术：

1、液相芯片，也称为微球体悬浮芯片(suspension array，liquid chip)，是基于xmap(flexible multi analyte profiling)技术的新型生物芯片技术平台，它是在不同荧光编码的微球上进行抗原抗体、酶底物、配体受体的结合反应及核酸杂交反应，通过红、绿两束激光分别检测微球编码和报告荧光来达到定性和定量的目的，一个反应孔内可以完成多达100种不同的生物学反应，是继基因芯片、蛋白芯片之后的新一代高通量分子检测技术平台。

2、全球已有数百套基于xmap技术的检测平台用于免疫学、蛋白质、核酸检测、基因研究等领域，该技术已成为一种新的蛋白质组学和基因组学研究工具。

3、液相芯片已在水稻、玉米等作物，猪、鸡等家畜家禽以及水产动物中开发液相芯片50余套，在物种进化分析、种质资源评价与dna指纹鉴定、分子遗传图谱构建、基因/qtl定位和基因克隆、分子标记辅助选择、全基因组选择等方面已经有着较为成熟的应用。如申请人申请的中国发明专利申请(公开号：cn117089624a，公开日：2023-11-21)一种小黄鱼全基因组snp液相芯片及其应用，涉及生物技术领域。所述小黄鱼全基因组snp液相芯片包括一种探针组合，所述探针组合用于鉴别snp位点组合中各snp位点的基因型。该发明提供的小黄鱼全基因组snp液相芯片，其snp位点在全基因组染色体均匀分布，覆盖度高，能够应用于小黄鱼生长和抗病等重要经济性状基因组选择育种，采用该发明的小黄鱼全基因组snp液相芯片，可以快速地对小黄鱼样品进行基因分型，应用于基因组选择育种，有助于缩短小黄鱼育种周期，加快小黄鱼新品种选育进程。

4、大口黑鲈(micropterus salmoides)又名加州鲈，因肉质鲜美、无肌间刺、生长迅速、养殖周期短等优势，迅速成为重要的淡水养殖品种。近年来，大口黑鲈养殖规模不断扩大，集约化程度不断提高，但生长潜力受限、病害频发、养殖成本上升等问题也随之而来。利用高效的现代分子育种技术培育速生、高产及抗病大口黑鲈新品种，则有效解决此类问题给大口黑鲈养殖业带来的危害。因此，亟需开发一款高密度的snp芯片，进行大口黑鲈重要经济性状的种质改良，开展早期选择，可加快遗传进展，缩短时代间隔，能够有效提高大口黑鲈良种选育效率和精准性。

技术实现思路

1、为了解决上述的技术问题，本发明的目的是提供一种大口黑鲈100k snp液相芯片及其应用，所述芯片位点在基因组染色体上均匀分布，且覆盖度高、多态性好、通用性强，可有效用于大口黑鲈遗传背景鉴定、基因挖掘和育种等方面。

2、为实现上述目的，本发明采用的技术方案如下：

3、一种大口黑鲈100k液相芯片，该芯片包含snp位点组合对应的探针；所述snp位点组合由102,075个snp分子标记组成，位点信息如表1所示。

4、表1大口黑鲈位点信息

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158、进一步，本发明还公开了用于鉴别所述snp位点组合中各snp位点的基因型的探针组合。

159、进一步，本发明还公开了所述的液相芯片或所述的探针组合在筛选与大口黑鲈主要经济性状中的应用，所述经济性状包括生长、抗病、性别和抗逆中的一种或几种。

160、进一步，本发明还公开了所述的液相芯片或所述的探针组合在大口黑鲈基因组选择育种中的应用。

161、进一步，本发明还公开了一种大口黑鲈全基因组基因分型检测的方法，包括：待检大口黑鲈样本的基因组dna提取；利用所述液相芯片对所述基因组dna进行检测，获得原始数据；对所述原始数据进行数据分析，得到基因分型结果。

162、进一步，本发明还公开了所述的方法在筛选与大口黑鲈主要经济性状中的应用，所述经济性状包括生长、抗病、性别和抗逆中的一种或几种。

163、进一步，本发明还公开了所述的方法在大口黑鲈基因组选择育种中的应用。

164、进一步，本发明还公开了所述的液相芯片、所述的探针组合或所述的方法在大口黑鲈种质资源和品种精准鉴定评估、高密度遗传图谱构建、qtl定位、关键基因挖掘或全基因组选择育种中的应用。

165、本发明提供的大口黑鲈100k液相芯片，可以快速准确地检测大口黑鲈个体的基因型，snp平均检出率为99.73％，样本基因型平均一致率为99.42％，基因分型稳定性好，准确性高，整体性能优良。本发明提供的100k液相芯片包含生长、性别、温度和免疫等性状相关显著位点。采用本发明制备的大口黑鲈全基因组snp液相芯片可以对大口黑鲈样本进行快速分型，少量样本即可检测，无样品数量的限制，该芯片可广泛用于大口黑鲈种质资源和品种精准鉴定评估、高密度遗传图谱构建、qtl定位、关键基因挖掘、全基因组选择育种，为大口黑鲈良种培育提供重要的技术支撑，能够有效提高大口黑鲈良种选育效率和精准性。