基于78个SNP位点评估阿达木单抗治疗银屑病有效性的试剂盒的制作方法

基于78个snp位点评估阿达木单抗治疗银屑病有效性的试剂盒
技术领域
1.本发明涉及生物技术领域，更具体地，涉及一种基于78个snp位点评估阿达木单抗治疗银屑病有效性的试剂盒。


背景技术：

2.银屑病是一种多基因遗传性疾病，为治疗银屑病，市场上出现了阿达木单抗药物，阿达木单抗是tnf-α的全人源igg1抗体，阿达木单抗通过与游离的tnf-α结合，阻断tnf-α与细胞表面tnf-α受体的相互作用，从而调控tnf-α诱导或调节应答。
3.阿达木单抗在治疗银屑病的过程中，携带不同突变基因的患者表现出不同的应答率。为实现精准治疗，让患者在治疗中少走弯路，进而减轻患者的经济负担，本技术通过公共数据库查找，发现当前有多篇文章分析了携带不同突变基因的患者对阿达木单抗药物的应答率，但是都缺乏系统性的评估，对银屑病患者的指导意义较低，且这些研究主要针对的是欧美人群，对亚洲人群尚未有明确的指导。


技术实现要素：

4.本发明的一个目的是解决至少上述问题，并提供至少后面将说明的优点。
5.本发明还有一个目的是提供一种阿达木单抗作用的78个snp位点，所提供的78个 snp位点更加适合亚洲人群，对亚洲人群具有指导意义；
6.还提供了一种阿达木单抗作用的78个snp位点在评估阿达木单抗在治疗银屑病有效性中的应用，当患者携带78个snp位点中的一个或多个变异位点时，则说明其使用阿达木单抗有效；
7.还提供了一种基于78个snp位点评估阿达木单抗治疗银屑病有效性的试剂盒，含有用于检测银屑病患者是否携带78个snp位点的成套单链dna，成套单链dna由序列表中seq id no.1～234条单链组成。
8.为了实现根据本发明的这些目的和其它优点，提供一种阿达木单抗作用的78个snp 位点，78个snp位点包括：rs2071303位点、rs28371759位点、rs1801274位点、rs3761847 位点、rs1800795位点、rs352139位点、rs2145623位点、rs33980500位点、rs4810485位点、rs3794271位点、rs396991位点、rs10903129位点、rs2546890位点、rs510432位点、 rs1295686位点、rs885814位点、rs1043879位点、rs3735451位点、rs10210302位点、 rs17301249位点、rs6427528位点、rs548234位点、rs27524位点、rs1061622位点、rs2736340 位点、rs17716942位点、rs6920220位点、rs394581位点、rs9373839位点、rs2476601位点、rs1061624位点、rs2734440位点、rs6691117位点、rs10499194位点、rs2246709位点、 rs35599367位点、rs2812378位点、rs1799852位点、rs7527798位点、rs11586238位点、 rs11209026位点、rs3218253位点、rs767455位点、rs240993位点、rs20575位点、rs10512734 位点、rs8049439位点、rs2104286位点、rs12081765位点、rs645544位点、rs13393173位点、
rs3087243位点、rs12721622位点、rs2228145位点、rs1350948位点、rs1267067位点、 rs7234029位点、rs4750316位点、rs7927894位点、rs2302489位点、rs1980422位点、rs7574865 位点、rs9828223位点、rs1126535位点、rs10919563位点、rs3213094位点、rs9304742位点、rs2230926位点、rs610604位点rs6822844位点、rs13031237位点、rs3814057位点、 rs6661932位点、rs4646437位点、rs2740574位点、rs1130864位点、rs12777960位点、rs25648 位点。
9.一种阿达木单抗作用的78个snp位点在评估阿达木单抗在治疗银屑病有效性中的应用。
10.一种基于78个snp位点评估阿达木单抗治疗银屑病有效性的试剂盒，用于检测银屑病患者是否携带78个snp位点的物质为含有成套单链dna的试剂盒，其中，成套单链 dna由序列表中seq id no.1～234条单链组成。
11.一种基于78个snp位点评估阿达木单抗治疗银屑病有效性的试剂盒的使用方法，包括以下具体步骤：
12.s1、从银屑病患者的外周血中提取dna，获得待测dna；
13.s2、对待测dna采用pcr技术进行扩增，获得pcr扩增产物；
14.s3、将pcr产物使用碱性磷酸酶处理，获得处理后的pcr产物；
15.s4、将获得的处理后的pcr产物进行单碱基延伸，获得延伸后产物；
16.s5、将获得的延伸产物进行纯化，获得纯化产物；
17.s6、将纯化产物放置在检测仪上进行检测银屑病患者是否携带一个或多个阿达木单抗作用的78个snp位点。
18.优选的是，步骤s6中的具体检测过程为，先将纯化产物放置在spectrochip芯片上，将spectrochip芯片使用maldi-tof进行分析，检测结果使用typer软件分型并输出结果。
19.优选的是，步骤s1中将采取的dna的浓度调整至50ng/μl，-20℃存储备用。
20.本发明至少包括以下有益效果：
21.第一、提供了一种阿达木单抗作用的78个snp位点，所提供的78个snp位点更加适合亚洲人群，对亚洲人群具有指导意义；
22.第二、提供了一种阿达木单抗作用的78个snp位点在评估阿达木单抗在治疗银屑病有效性中的应用，当患者携带78个snp位点中的一个或多个变异位点时，则说明其使用阿达木单抗有效；
23.第三、提供了一种基于78个snp位点评估阿达木单抗治疗银屑病有效性的试剂盒，含有用于检测银屑病患者是否携带78个snp位点的成套单链dna，成套单链dna由序列表中seq id no.1～234条单链组成。
24.本发明的其它优点、目标和特征将部分通过下面的说明体现，部分还将通过对本发明的研究和实践而为本领域的技术人员所理解。
具体实施方式
25.下面结合实施例对本发明做进一步的详细说明，以令本领域技术人员参照说明书文字能够据以实施。
26.本发明提供了一种阿达木单抗作用的78个snp位点，78个snp位点包括：rs2071303 位点、rs28371759位点、rs1801274位点、rs3761847位点、rs1800795位点、rs352139位点、rs2145623位点、rs33980500位点、rs4810485位点、rs3794271位点、rs396991位点、 rs10903129位点、rs2546890位点、rs510432位点、rs1295686位点、rs885814位点、rs1043879 位点、rs3735451位点、rs10210302位点、rs17301249位点、rs6427528位点、rs548234位点、rs27524位点、rs1061622位点、rs2736340位点、rs17716942位点、rs6920220位点、 rs394581位点、rs9373839位点、rs2476601位点、rs1061624位点、rs2734440位点、rs6691117 位点、rs10499194位点、rs2246709位点、rs35599367位点、rs2812378位点、rs1799852 位点、rs7527798位点、rs11586238位点、rs11209026位点、rs3218253位点、rs767455位点、rs240993位点、rs20575位点、rs10512734位点、rs8049439位点、rs2104286位点、 rs12081765位点、rs645544位点、rs13393173位点、rs3087243位点、rs12721622位点、 rs2228145位点、rs1350948位点、rs1267067位点、rs7234029位点、rs4750316位点、rs7927894 位点、rs2302489位点、rs1980422位点、rs7574865位点、rs9828223位点、rs1126535位点、rs10919563位点、rs3213094位点、rs9304742位点、rs2230926位点、rs610604位点 rs6822844位点、rs13031237位点、rs3814057位点、rs6661932位点、rs4646437位点、 rs2740574位点、rs1130864位点、rs12777960位点、rs25648位点。
27.上述的78个snp位点对亚洲人群具有指导意义，其中，rs28371759位点、rs3735451 位点、rs2246709位点、rs35599367位点、rs12721622位点、rs4646437位点、rs2740574 位点为本发明找出的新的snp位点，这些新的snp位点更加适合亚洲人群。
28.本发明提供了一种阿达木单抗作用的78个snp位点在评估阿达木单抗在治疗银屑病有效性中的应用，当患者携带78个snp位点中的一个或多个变异位点时，则说明其使用阿达木单抗有效。
29.本发明提供了一种基于78个snp位点评估阿达木单抗治疗银屑病有效性的试剂盒，用于检测银屑病患者是否携带78个snp位点的物质为含有成套单链dna的试剂盒，其中，成套单链dna由序列表中seq id no.1～234条单链组成，这234条单链包括用于扩增78个snp位点基因片段的pcr引物对，以及特异性检测这78个snp位点基因型的 78条对应sequenom massarray单碱基延伸引物，具体如表1所示。
30.31.32.[0033][0034]
试剂盒的使用方法：
[0035]
s1、从银屑病患者的身体上利用edta抗凝管采血2ml，利用商品化的试剂盒从采集的血液中提取基因组dna，对于提取的dna利用分光光度计定量、琼脂糖凝胶电泳质检dna质量，质量合格的dna将浓度调整到50ng/μl，-20℃存储备用，获得待测dna；
[0036]
s2、对待测dna进行pcr扩增，其中，引物如表1所示，扩增技术在384孔板中进行，每
个孔板中的液体总体积为5μl，每个孔板中含有20-50ng dna、0.5pmol每条扩增引物、0.1μl的25mm dntps，pcr反应条件为：94℃4min；94℃20s，56℃30s，72℃1min， 45个循环；72℃3min；4℃保持，获得pcr扩增产物；
[0037]
s3、将pcr扩增产物用虾碱性磷酸酶(sap)处理，去除反应体系中游离的dntps， sap反应体系为7μl，其包括pcr产物5μl，sap混合液2μl(sap 0.5u，缓冲液0.17μl)。利用pcr仪器进行虾碱性磷酸酶处理，pcr反应条件：37℃40min，85℃5min，4℃维持，获得处理后的pcr产物；
[0038]
s4、将获得的处理后的pcr产物进行单碱基延伸，反应体系的总体积为9μl，其包括处理后的pcr产物7μl，extend mix 2μl(引物0.94μl，iplex酶0.04μl，延伸混合物0.2μl)，pcr反应条件为：ⅰ94℃30s；ⅱ94℃5s；ⅲ52℃5s；ⅳ80℃5s；
ⅴ
go to
ⅲꢀ
4more times；ⅵgo toⅱ39more times；ⅶ72℃3min，4℃forever，获得延伸后产物；
[0039]
s5、将clean resin树脂平铺到6mg的树脂板中，再将延伸产物放置在树脂板的孔内，向含有延伸产物的孔内加入16μl的水，最后加入干燥后的树脂到含有延伸产物的孔内，封膜，将树脂板低速垂直旋转30min，使孔内的树脂和延伸产物充分接触，然后离心使竖树脂沉入孔底部，得到的纯化后的纯化产物浮在上层；
[0040]
s6、先将纯化产物放置在spectrochip芯片上，将spectrochip芯片使用maldi-tof 进行分析，检测结果使用typer软件分型并输出结果。
[0041]
尽管本发明的实施方案已公开如上，但其并不仅仅限于说明书和实施方式中所列运用，它完全可以被适用于各种适合本发明的领域，对于熟悉本领域的人员而言，可容易地实现另外的修改，因此在不背离权利要求及等同范围所限定的一般概念下，本发明并不限于特定的细节和这里示出与描述的实例。