用于绘制滚环扩增产物图谱的方法与流程

技术特征：
1.一种用于制作滚环扩增(rca)产物的物理图谱的方法，其包括：(a)产生包含网格寡核苷酸分子的群体和各自具有独特rca产物标识符序列的rca产物的群体的复合物，其中所述网格寡核苷酸直接或经由夹板间接与rca产物中的互补位点杂交；(b)延伸与两个rca产物杂交的网格寡核苷酸分子，以将来自两个rca产物的独特rca产物标识符序列的互补序列添加到网格寡核苷酸分子中；(c)对延伸的网格寡核苷酸测序；和(d)分析序列以鉴定哪些独特rca产物标识符序列的互补序列对已被添加到网格寡核苷酸中；以及(e)使用(d)中鉴定的序列对制作固定的rca产物的一个或多个物理图谱。2.权利要求1所述的方法，其中在步骤(a)中，rca产物中的至少一些独特rca产物标识符序列是双链的，并且其中步骤(b)包括将网格寡核苷酸分子连接到rca产物的双链区域的链末端，从而将来自两个rca产物的独特rca产物标识符序列的互补序列添加到网格寡核苷酸。3.权利要求1所述的方法，其中步骤(a)包括：(a)使网格寡核苷酸分子的群体与rca产物的群体杂交，其中将网格寡核苷酸分子或rca产物固定，其中：(i)rca产物群体的rca产物各自具有独特rca产物标识符序列和网格寡核苷酸结合序列，并且(ii)网格寡核苷酸分子各自包含与网格寡核苷酸结合序列互补的第一末端序列和与网格寡核苷酸结合序列互补的第二末端序列；并且(iii)至少一些网格寡核苷酸分子与两个邻近rca产物杂交。4.前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述延伸包括缺口填充和/或连接反应，其将来自两个邻近rca产物的独特rca产物标识符序列的互补序列添加到网格寡核苷酸中。5.权利要求4所述的方法，其中步骤(a)中：(i)rca产物群体包含：i.第一组rca产物，其各自包含重复序列，所述重复序列包含独特rca产物标识符序列和第一网格寡核苷酸结合序列，和ii.第二组rca产物，其包含重复序列，所述重复序列包含独特rca产物标识符序列和第二网格寡核苷酸结合序列；(ii)网格寡核苷酸分子，其各自包含与第一网格寡核苷酸结合序列互补的第一末端序列和与第二网格寡核苷酸结合序列互补的第二末端序列；并且(iii)至少一些网格寡核苷酸分子与两个邻近rca产物杂交。6.前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述延伸的网格寡核苷酸在测序之前通过pcr进行扩增。7.前述权利要求中任一项所述的方法，其中将所述网格寡核苷酸分子固定，并且所述rca产物与所述固定的网格寡核苷酸分子杂交。8.权利要求7所述的方法，其中所述网格寡核苷酸在与所述rca产物杂交之前与细胞内或细胞上的序列杂交。
9.权利要求7所述的方法，其中所述网格寡核苷酸分子在与所述rca产物杂交之前在细胞内或细胞上原位制备。10.前述权利要求中任一项所述的方法，其中将所述rca产物固定，并且所述网格寡核苷酸分子与所述固定的rca产物杂交。11.权利要求10所述的方法，其中所述rca产物在与所述网格寡核苷酸分子杂交之前与细胞内或细胞上的序列杂交。12.权利要求10所述的方法，其中所述rca产物在与所述网格寡核苷酸分子杂交之前在细胞内或细胞上原位制备。13.前述权利要求中任一项所述的方法，其中将所述网格寡核苷酸分子或所述rca产物经由抗体固定。14.前述权利要求中任一项所述的方法，其中将所述网格寡核苷酸分子或所述rca产物经由核酸探针固定。15.前述权利要求中任一项所述的方法，其中将所述网格寡核苷酸分子或rca产物固定于一个或多个表面上。16.前述权利要求中任一项所述的方法，其中将所述网格寡核苷酸分子或rca产物固定于一个或多个细胞内或细胞上的位点，其中所述细胞为悬浮的或附着于支持物。17.权利要求16所述的方法，其中将所述网格寡核苷酸分子或rca产物经由一种或多种结合剂固定于一个或多个细胞内或细胞上的位点，其中所述结合剂各自结合至网格寡核苷酸分子或rca产物中的序列以及一个或多个细胞内或细胞上的位点。18.权利要求17所述的方法，其还包括在一种或多种结合剂和它们所结合的rca产物之间进行邻近测定。19.权利要求18所述的方法，其中所述邻近测定产生包含结合剂标识符序列的互补序列和独特rca产物标识符序列的互补序列的测定产物。20.权利要求19所述的方法，其中所述方法包括：通过分析测定产物中有哪些独特rca产物标识符序列和哪些结合剂标识符序列，将结合剂映射到固定的rca产物的物理图谱中。21.权利要求20所述的方法，其中将结合剂标识符序列的互补序列和独特rca产物标识符序列的互补序列掺入步骤(b)的延伸的网格寡核苷酸中。22.前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述网格寡核苷酸分子与结合剂标识符序列独特地杂交。23.一种探针系统，其包含：(a)rca产物群体，其中所述rca产物群体的rca产物各自具有独特rca产物标识符序列和网格寡核苷酸结合序列；和(b)网格寡核苷酸分子群体，其中所述网格寡核苷酸分子一端的末端序列与网格寡核苷酸结合序列互补，并且所述网格寡核苷酸分子另一端的末端序列与网格寡核苷酸结合序列互补，其中所述网格寡核苷酸分子是单分子或断裂的，并且如果所述网格寡核苷酸分子断裂成一个或多个序列，则所述系统还包含将序列保持在一起的一个或多个夹板寡核苷酸；其中(a)和(b)的杂交产生复合物，所述复合物中所述网格寡核苷酸与邻近rca产物杂
交。24.权利要求13所述的探针系统，其中：(a)的rca产物群体包括：(i)第一组rca产物，其各自包含重复序列，所述重复序列包含独特rca产物标识符序列和第一网格寡核苷酸结合序列；和(ii)第二组rca产物，其包含重复序列，所述重复序列包含独特rca产物标识符序列和第二网格寡核苷酸结合序列；并且(b)的网格寡核苷酸分子群体中包括，所述网格寡核苷酸分子一端的末端序列与所述第一网格寡核苷酸结合序列互补，并且所述网格寡核苷酸分子另一端的末端序列与所述第二网格寡核苷酸结合序列互补，其中所述网格寡核苷酸分子是单分子或断裂的，并且如果所述网格寡核苷酸分子断裂成一个或多个序列，则所述系统还包括将序列保持在一起的一个或多个夹板寡核苷酸。25.权利要求24所述的探针系统，其中所述第一组和第二组rca产物各自包括至少10个成员。26.权利要求23至25中任一项所述的探针系统，其中所述rca产物中的网格寡核苷酸结合序列与所述rca产物中的独特rca产物标识符序列邻近，并且所述网格寡核苷酸分子的末端与所述网格寡核苷酸结合序列杂交，但不与所述独特rca产物标识符序列杂交。27.一种rca产物群体，其各自具有独特rca产物标识符序列，其中所述rca产物中的至少一些独特rca产物标识符序列是双链的，并且在其间存在单链区域缺口。28.一种rca产物群体，其包括：(i)第一组rca产物，其各自包含重复序列，所述重复序列包含独特rca产物标识符序列和第一网格寡核苷酸结合序列；和(ii)第二组rca产物，其包含重复序列，所述重复序列包含独特rca产物标识符序列和第二网格寡核苷酸结合序列。29.权利要求28所述的rca产物群体，其中所述rca产物中的网格寡核苷酸结合序列与独特rca产物标识符序列邻近。30.权利要求28或29所述的rca产物群体，其中所述第一组和第二组rca产物各自包含至少10个成员。

技术总结
本文提供的是用于绘制包含独特标识符序列的滚环扩增(RCA)产物图谱的方法。该方法通常包括(a)产生包含网格寡核苷酸分子的群体和各自具有独特RCA产物标识符序列的RCA产物的群体的复合物，其中网格寡核苷酸直接或经由夹板间接与RCA产物中的互补位点杂交；(b)延伸与两个RCA产物杂交的网格寡核苷酸分子，以将来自两个RCA产物的独特RCA产物标识符序列的互补序列添加到网格寡核苷酸分子中；(c)测序延伸的网格寡核苷酸；(d)分析序列以鉴定哪些独特RCA产物标识符序列的互补序列对已添加到网格寡核苷酸中；以及(e)使用(d)中鉴定的序列对制作固定的RCA产物的一个或多个物理图谱。制作固定的RCA产物的一个或多个物理图谱。制作固定的RCA产物的一个或多个物理图谱。


技术研发人员：S
受保护的技术使用者：普赛尔根技术股份公司
技术研发日：2020.10.27
技术公布日：2022/6/10