猪PRKN基因第一内含子中的分子标记、引物、试剂盒、方法及应用

本申请涉及猪育种，具体涉及猪prkn基因第一内含子中的分子标记、引物、试剂盒、方法及应用。

背景技术：

1、猪是重要的农业动物，猪肉是人类主要的蛋白质来源，随着人民生活水平的提高和对健康的重视，优质猪肉在市场上越来越受到消费者的欢迎。目前满足国人口味的猪肉产品还不多，猪肉产品市场供需不平衡的问题逐渐显现，因此，猪肉品质的遗传改良越来越受到育种者的重视。肌内脂肪(intramuscular fat，imf)含量、肉色评分和大理石纹评分是评价猪肉品质的重要指标，与猪肉的风味、嫩度和多汁性等指标存在显著相关。虽然猪肉品质属于中等遗传力性状，但由于猪肉品质的活体测定成本较高，通过常规育种改良较为困难，因此寻找影响猪肉品质的分子标记对通过分子辅助育种提高猪肉品质具有重要意义。

2、用于辅助选择的分子标记包括蛋白质标记，微卫星标记，单核苷酸多态性(snp)标记等。snp标记是指基因组上单个核苷酸变异引起的dna序列的多态性，它具有数量多、准确性高、多态性高等特点，在育种实践中可以利用snp对某些优良基因进行定位，并结合表型确定标记与特定品质之间的关联性，还可以将分子标记在群体中进行验证并应用在分子育种上。

技术实现思路

1、parkin rbr e3 ubiquitinprotein ligase，简称prkn基因，编码的parkin蛋白是一种e3泛素连接酶，负责标记机体内无用蛋白，使其泛素化降解，有助于维持细胞的正常功能和健康状态。prkn基因突变可导致异常蛋白累积，加速神经元细胞死亡，导致帕金森病和阿尔茨海默病等疾病的发生。此外，还有文献报道，parkin参与介导线粒体等细胞器特异性自噬，通过消除受损细胞器和维持体内平衡从而对炎症性疾病产生影响，同时促进细胞的存活和增殖。而有关该基因在猪肉品质中的研究还未见报道。

2、而本申请通过硒都黑猪肉品质资源群体gwas分析，发现prkn基因区域存在与猪肉品质显著相关信号位点。因此，本申请根据prkn基因在第一内含子上的单核苷酸突变位点设计特异性引物并进行扩增，扩增产物经测序后能快速准确鉴别prkn基因的多态性，从而检测猪肉品质的差异，为猪肉品质的选育提供指导。另外，本申请提供的引物能够特异性扩增prkn的基因内含子包含的snp位点序列，检测方法成本低。

3、为此，本申请实施例至少公开了以下技术方案：

4、(1)：猪肉品质的分子标记，包括猪prkn基因第一内含子5815150bp处发生单核苷酸突变a>g形成的核苷酸序列。

5、(2)：猪肉品质的分子标记引物，包括如seq id no:3所示的dna分子和如seq idno:4所示的dna分子。

6、(3)：一种核酸分子，由(2)所述的分子标记引物经pcr扩增而成，所述核酸分子的基因型与所述猪肉品质关联。

7、(4)：一种试剂盒，包括(2)所述的分子标记引物以及其他pcr扩增所需试剂。

8、(5)：猪肉品质的检测方法，包括：

9、获取待测猪基因组dna；

10、通过(2)所述的分子标记引物进行pcr扩增；

11、根据扩增产物的核苷酸序列检测猪第1号染色体5815150bp处的基因型；

12、根据所述基因型确定所述猪肉品质。

13、(6)：包括(5)所述检测方法的猪筛选方法。

14、(7)：(1)所述的分子标记、(2)所述的分子标记引物、(3)所述的核酸分子或(4)所述的试剂盒的应用，所述应用选自如下任一：

15、1)所述猪肉品质的检测与分析，所述猪肉品质选自大理石纹评分和/或肌内脂肪含量；

16、2)猪的筛选与育种。

技术特征：

1.猪肉品质的分子标记，包括猪基因组第1号染色体第5815150bp处发生单核苷酸a>g突变形成的核苷酸序列。

2.根据权利要求1所述的分子标记，所述分子标记还包括prkn基因第一内含子核苷酸序列的417bp处发生a>g形成的核苷酸序列。

3.根据权利要求1所述的分子标记，gg基因型个体大理石纹评分和肌内脂肪含量显著高于其他基因型个体。

4.猪肉品质的分子标记引物，包括如seq id no:3所示的dna分子和如seq id no:4所示的dna分子。

5.一种核酸分子，由如权利要求4所述的分子标记引物经pcr扩增而成，所述核酸分子的基因型与所述猪肉品质关联。

6.根据权利要求5所述的核酸分子，如seq id no:1和/或2所示。

7.一种试剂盒，包括如权利要求4所述的分子标记引物以及其他pcr扩增所需试剂。

8.猪肉品质的检测方法，包括：

9.猪的筛选方法，包括如权利要求8所述的检测方法。

10.权利要求1～3任一所述的分子标记、权利要求4所述的分子标记引物、权利要求5～6任一所述的核酸分子或权利要求7所述的试剂盒的应用，所述应用选自如下任一：

技术总结本申请涉及猪PRKN基因第一内含子中的分子标记、引物、试剂盒、方法及应用。该分子标记包括猪基因组第1号染色体第5815150bp处发生单核苷酸A>G突变形成的核苷酸序列。利用引物对包含该单核苷酸突变位点的目的序列进行PCR扩增，对扩增产物测序能够快速鉴别PRKN基因型，从而检测猪肉品质的差异，为猪品种的选育提供指导。技术研发人员：吴俊静,梅书棋,彭先文,李梓芃,徐忠,张宇,冯越,乔木,周佳伟,孙华,李良华,赵海忠,宋忠旭,彭明月受保护的技术使用者：湖北省农业科学院畜牧兽医研究所技术研发日：技术公布日：2024/10/10