用于在甲基化分区测定中分析无细胞DNA的组合物和方法与流程

技术特征：
1.一种分析样品中dna的方法，所述方法包括：a)将所述样品分区为多于一个子样品，所述多于一个子样品包括第一子样品和第二子样品，其中所述第一子样品包含比所述第二子样品具有更大比例的胞嘧啶修饰的dna；b)使所述第一子样品经历不同地影响所述第一子样品的dna中的第一核碱基和所述dna中的第二核碱基的程序，其中所述第一核碱基是修饰或未修饰的核碱基，所述第二核碱基是不同于所述第一核碱基的修饰或未修饰的核碱基，并且所述第一核碱基和所述第二核碱基具有相同的碱基配对特异性；以及c)以区分所述第一子样品的dna中的所述第一核碱基和所述第二核碱基的方式对所述第一子样品中的dna和所述第二子样品中的dna进行测序。2.根据权利要求1所述的方法，其中所述dna包括从测试受试者获得的无细胞dna(cfdna)。3.一种分析样品中的dna的方法，所述dna包括从测试受试者获得的无细胞dna(cfdna)，所述方法包括：a)将所述样品分区为多于一个子样品，所述多于一个子样品包括第一子样品和第二子样品，其中所述第一子样品包含比所述第二子样品具有更大比例的胞嘧啶修饰的dna；b)使所述第一子样品经历不同地影响所述第一子样品的dna中的第一核碱基和dna中的第二核碱基的程序，其中所述第一核碱基是修饰或未修饰的核碱基，所述第二核碱基是不同于所述第一核碱基的修饰或未修饰的核碱基，并且所述第一核碱基和所述第二核碱基具有相同的碱基配对特异性；以及c)以区分所述第一子样品的dna中的所述第一核碱基和所述第二核碱基的方式对至少所述第一子样品中的dna进行测序。4.根据权利要求3所述的方法，其中步骤c)包括对至少所述第一子样品中的dna进行测序。5.一种分析包含无细胞dna(cfdna)的样品的方法，所述方法包括：a)将所述样品分区为多于一个子样品，所述多于一个子样品包括第一子样品和第二子样品，其中所述第一子样品包含比所述第二子样品具有更大比例的胞嘧啶修饰的cfdna；b)使所述第一子样品经历不同地影响所述第一子样品的cfdna中的第一核碱基和cfdna中的第二核碱基的程序，其中所述第一核碱基是修饰或未修饰的核碱基，所述第二核碱基是不同于所述第一核碱基的修饰或未修饰的核碱基，并且所述第一核碱基和所述第二核碱基具有相同的碱基配对特异性；c)从所述第一子样品和所述第二子样品中捕获cfdna的至少表观遗传靶区组，从而提供捕获的cfdna；以及d)以区分来自所述第一子样品的cfdna中的所述第一核碱基和所述第二核碱基的方式对所述捕获的cfdna进行测序。6.一种分析包含无细胞dna(cfdna)的样品的方法，所述方法包括：a)将所述样品分区为多于一个子样品，所述多于一个子样品包括第一子样品和第二子样品，其中所述第一子样品包含比所述第二子样品具有更大比例的胞嘧啶修饰的cfdna；b)使所述第一子样品经历不同地影响所述第一子样品的cfdna中的第一核碱基和cfdna中的第二核碱基的程序，其中所述第一核碱基是修饰或未修饰的核碱基，所述第二核
碱基是不同于所述第一核碱基的修饰或未修饰的核碱基，并且所述第一核碱基和所述第二核碱基具有相同的碱基配对特异性；c)从所述第一子样品和所述第二子样品中捕获cfdna的多于一个靶区组，其中所述多于一个靶区组包括序列可变靶区组和表观遗传靶区组，从而提供捕获的cfdna；以及d)以区分来自所述第一子样品的捕获的cfdna中的所述第一核碱基和所述第二核碱基的方式对所述捕获的cfdna进行测序。7.根据权利要求6所述的方法，其中在所述样品中，对应于所述序列可变靶区组的cfdna分子以比对应于所述表观遗传靶区组的cfdna分子更大的捕获产量捕获。8.一种从样品中分离无细胞dna(cfdna)的方法，所述方法包括：a)将所述样品分区为多于一个子样品，所述多于一个子样品包括第一子样品和第二子样品，其中所述第一子样品包含比所述第二子样品具有更大比例的胞嘧啶修饰的cfdna；b)使所述第一子样品经历不同地影响所述第一子样品的cfdna中的第一核碱基和cfdna中的第二核碱基的程序，其中所述第一核碱基是修饰或未修饰的核碱基，所述第二核碱基是不同于所述第一核碱基的修饰或未修饰的核碱基，并且所述第一核碱基和所述第二核碱基具有相同的碱基配对特异性；c)使所述第一子样品和所述第二子样品的cfdna与靶特异性探针组接触，其中所述靶特异性探针组包含对序列可变靶组特异性的靶结合探针和对表观遗传靶组特异性的靶结合探针，由此形成靶特异性探针与cfdna的复合物；将所述复合物与未结合靶特异性探针的cfdna分离，从而提供对应于所述序列可变靶组的捕获的cfdna和对应于所述表观遗传靶组的捕获的cfdna；以及d)以区分来自所述第一子样品的cfdna中的所述第一核碱基和所述第二核碱基的方式对所述捕获的cfdna进行测序。9.根据权利要求8所述的方法，其中所述靶特异性探针组被配置为以比对应于所述表观遗传靶组的cfdna更大的捕获产量捕获对应于所述序列可变靶组的cfdna。10.一种鉴定由肿瘤产生的dna的存在的方法，所述方法包括：a)从测试受试者收集cfdna样品，b)将所述cfdna样品分区为多于一个子样品，所述多于一个子样品包括第一子样品和第二子样品，其中所述第一子样品包含比所述第二子样品具有更大比例的胞嘧啶修饰的捕获的cfdna；c)使所述第一子样品经历不同地影响所述第一子样品的cfdna中的第一核碱基和cfdna中的第二核碱基的程序，其中所述第一核碱基是修饰或未修饰的核碱基，所述第二核碱基是不同于所述第一核碱基的修饰或未修饰的核碱基，并且所述第一核碱基和所述第二核碱基具有相同的碱基配对特异性；d)从所述第一子样品和所述第二子样品中的cfdna捕获多于一个靶区组，其中所述多于一个靶区组包括序列可变靶区组和表观遗传靶区组，从而提供包含捕获的cfdna的样品；以及e)以区分所述第一子样品的cfdna中的所述第一核碱基和所述第二核碱基的方式对所
述第一子样品中捕获的cfdna和所述第二子样品中捕获的cfdna进行测序。11.根据权利要求10所述的方法，其中在所述样品中，对应于所述序列可变靶区组的cfdna分子以比对应于所述表观遗传靶区组的cfdna分子更大的捕获产量捕获。12.根据权利要求6-11中任一项所述的方法，所述方法包括将对应于所述序列可变靶区组的cfdna分子测序到比对应于所述表观遗传靶区组的cfdna分子更大的测序深度。13.根据权利要求12所述的方法，其中将所述序列可变靶组的捕获的cfdna分子测序到所述表观遗传靶区组的捕获的cfdna分子的至少2倍大的测序深度。14.根据权利要求12所述的方法，其中将所述序列可变靶组的捕获的cfdna分子测序到所述表观遗传靶区组的捕获的cfdna分子的至少3倍大的测序深度。15.根据权利要求12所述的方法，其中将所述序列可变靶组的捕获的cfdna分子测序到所述表观遗传靶区组的捕获的cfdna分子的4-10倍大的测序深度。16.根据权利要求12所述的方法，其中将所述序列可变靶组的捕获的cfdna分子测序到所述表观遗传靶区组的捕获的cfdna分子的4-100倍大的测序深度。17.根据权利要求6-16中任一项所述的方法，其中所述序列可变靶组的捕获的cfdna分子和所述表观遗传靶区组的捕获的cfdna分子在同一测序池中测序。18.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中在测序之前扩增所述dna，或者其中所述方法包括捕获步骤并且在所述捕获步骤之前扩增所述dna。19.根据权利要求5-18所述的方法，所述方法还包括在捕获之前将含条形码的衔接子连接到所述dna，任选地其中所述连接发生在扩增之前或与扩增同时发生。20.根据权利要求5-19中任一项所述的方法，其中所述表观遗传靶区组包括高甲基化可变靶区组。21.根据权利要求5-20中任一项所述的方法，其中所述表观遗传靶区组包括低甲基化可变靶区组。22.根据权利要求20或21所述的方法，其中所述表观遗传靶区组包括甲基化对照靶区组。23.根据权利要求5-22中任一项所述的方法，其中所述表观遗传靶区组包括片段化可变靶区组。24.根据权利要求23所述的方法，其中所述片段化可变靶区组包括转录起始位点区。25.根据权利要求23或24所述的方法，其中所述片段化可变靶区组包括ctcf结合区。26.根据权利要求5-25中任一项所述的方法，其中捕获所述cfdna的多于一个靶区组包括使所述cfdna与对所述序列可变靶区组特异性的靶结合探针和对所述表观遗传靶区组特异性的靶结合探针接触。27.根据权利要求26所述的方法，其中对所述序列可变靶区组特异性的靶结合探针以比对所述表观遗传靶区组特异性的靶结合探针更高的浓度存在。28.根据权利要求26所述的方法，其中对所述序列可变靶区组特异性的靶结合探针以对所述表观遗传靶区组特异性的靶结合探针的至少2倍高的浓度存在。29.根据权利要求26所述的方法，其中对所述序列可变靶区组特异性的靶结合探针以对所述表观遗传靶区组特异性的靶结合探针的至少4倍或5倍高的浓度存在。30.根据权利要求26所述的方法，其中对所述序列可变靶区组特异性的靶结合探针以
对所述表观遗传靶区组特异性的靶结合探针的至少10倍、20倍、30倍、40倍、50倍、60倍、70倍、80倍、90倍或100倍高的浓度存在，或者其中对所述序列可变靶区组特异性的靶结合探针以对所述表观遗传靶区组特异性的靶结合探针浓度的2-3倍、3-4倍、4-5倍、5-7倍、7-10倍、10-20倍、20-30倍、30-40倍、40-50倍、50-60倍、60-70倍、70-80倍、80-90倍或90-100倍的范围内的浓度存在。31.根据权利要求26-30中任一项所述的方法，其中对所述序列可变靶区组特异性的靶结合探针比对所述表观遗传靶区组特异性的靶结合探针具有更高的靶结合亲和力。32.根据权利要求6-32中任一项所述的方法，其中所述表观遗传靶区组的足迹为所述序列可变靶区组的尺寸的至少2倍大。33.根据权利要求32所述的方法，其中所述表观遗传靶区组的足迹为所述序列可变靶区组的尺寸的至少10倍大。34.根据权利要求6-33中任一项所述的方法，其中所述序列可变靶区组的足迹为至少25kb或50kb。35.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中(a)将所述样品分区为多于一个子样品包括基于甲基化水平进行分区；和/或(b)将所述样品分区为多于一个子样品包括基于与蛋白的结合进行分区，任选地其中所述蛋白是甲基化蛋白、乙酰化蛋白、未甲基化蛋白、未乙酰化蛋白；和/或任选地其中所述蛋白是组蛋白。36.根据权利要求35所述的方法，其中(a)所述分区步骤包括使收集的cfdna与固定在固体支持物上的甲基结合试剂接触，和/或(b)所述分区步骤包括使收集的cfdna与对所述蛋白特异性并且固定在固体支持物上的结合试剂接触。37.根据前述权利要求中任一项所述的方法，所述方法包括对所述第一子样品和所述第二子样品差异性加标签。38.根据权利要求37所述的方法，其中在使所述第一子样品经历不同地影响所述第一子样品的dna中的第一核碱基和dna中的第二核碱基的程序之前，对所述第一子样品和所述第二子样品差异性加标签。39.根据权利要求37或38所述的方法，其中在使所述第一子样品经历不同地影响所述第一子样品的dna中的第一核碱基和dna中的第二核碱基的程序之后，汇集所述第一子样品和所述第二子样品。40.根据权利要求37-39中任一项所述的方法，其中所述第一子样品和所述第二子样品在同一测序池中测序。41.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述多于一个子样品包括第三子样品，所述第三子样品包含比所述第二子样品具有更大比例但比所述第一子样品具有更小比例的胞嘧啶修饰的dna。42.根据权利要求41所述的方法，其中所述方法还包括对所述第三子样品差异性加标签，以便使所述第三子样品与所述第一子样品和所述第二子样品可区分。43.根据权利要求42所述的方法，其中在使所述第一子样品经历不同地影响所述第一子样品的dna中的第一核碱基和dna中的第二核碱基的程序之后，将所述第一子样品、所述第二子样品和所述第三子样品组合，任选地其中所述第一子样品、所述第二子样品和所述第三子样品在同一测序池中测序。
44.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述第一子样品经历的所述程序改变所述第一核碱基的碱基配对特异性而基本不改变所述第二核碱基的碱基配对特异性。45.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述第一核碱基是修饰或未修饰的胞嘧啶，并且所述第二核碱基是修饰或未修饰的胞嘧啶。46.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述第一核碱基包括未修饰的胞嘧啶(c)。47.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述第二核碱基包括5-甲基胞嘧啶(mc)。48.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述第一子样品经历的所述程序包括亚硫酸氢盐转化。49.根据权利要求1-46中任一项所述的方法，其中所述第一核碱基包括mc。50.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述第二核碱基包括5-羟甲基胞嘧啶(hmc)。51.根据权利要求50所述的方法，其中所述第一子样品经历的所述程序包括对5hmc的保护。52.根据权利要求50所述的方法，其中所述第一子样品经历的所述程序包括tet辅助的亚硫酸氢盐转化。53.根据权利要求50所述的方法，其中所述第一子样品经历的所述程序包括tet辅助的取代硼烷还原剂转化，任选地其中所述取代硼烷还原剂是2-甲基吡啶硼烷、吡啶硼烷、叔丁基胺硼烷或氨硼烷。54.根据权利要求53所述的方法，其中所述取代硼烷还原剂是2-甲基吡啶硼烷或吡啶硼烷。55.根据权利要求49-51或53-54中任一项所述的方法，其中所述第二核碱基包括c。56.根据权利要求49-51或55中任一项所述的方法，其中所述第一子样品经历的所述程序包括对hmc的保护，随后用所述tet辅助的取代硼烷还原剂转化，任选地其中所述取代硼烷还原剂是2-甲基吡啶硼烷、吡啶硼烷、叔丁基胺硼烷或氨硼烷。57.根据权利要求56所述的方法，其中所述取代硼烷还原剂是2-甲基吡啶硼烷或吡啶硼烷。58.根据权利要求46、47、49-51或55中任一项所述的方法，其中所述第一子样品经历的所述程序包括对hmc的保护，随后经历mc和/或c的脱氨基。59.根据权利要求58所述的方法，其中所述mc和/或c的脱氨基包括用aid/apobec家族dna脱氨基酶处理。60.根据权利要求51或55-59中任一项所述的方法，其中对hmc的保护包括hmc的葡糖基化。61.根据权利要求1-45、47、49或55中任一项所述的方法，其中所述第一子样品经历的所述程序包括化学辅助的取代硼烷还原剂转化，任选地其中所述取代硼烷还原剂是2-甲基吡啶硼烷、吡啶硼烷、叔丁基胺硼烷或氨硼烷。62.根据权利要求61所述的方法，其中所述取代硼烷还原剂是2-甲基吡啶硼烷或吡啶硼烷。
63.根据权利要求1-45、47、49、55或61-62中任一项所述的方法，其中所述第一核碱基包括hmc。64.根据权利要求1-44中任一项所述的方法，其中所述第一子样品经历的所述程序包括将最初包含所述第一核碱基的dna与最初不包含所述第一核碱基的dna分离。65.根据权利要求64所述的方法，其中所述第一核碱基是hmc。66.根据权利要求64或65所述的方法，其中将最初包含所述第一核碱基的dna与最初不包含所述第一核碱基的dna分离包括标记所述第一核碱基。67.根据权利要求66所述的方法，其中所述标记包括生物素化。68.根据权利要求67所述的方法，其中所述标记包括葡糖基化。69.根据权利要求68所述的方法，其中所述葡糖基化附接葡糖基叠氮基部分。70.根据权利要求66或68所述的方法，其中所述标记包括葡糖基化，随后在生物素化之前将生物素部分附接到所述葡糖基。71.根据权利要求70所述的方法，其中将生物素部分附接到所述葡糖基包括huisgen环加成化学。72.根据权利要求54-61中任一项所述的方法，其中将最初包含所述第一核碱基的dna与最初不包含所述第一核碱基的dna分离包括使最初包含所述第一核碱基的dna与捕获剂结合。73.根据权利要求72所述的方法，其中所述捕获剂包括生物素结合剂，任选地其中所述生物素结合剂包括亲和素或链霉亲和素。74.根据权利要求64-73中任一项所述的方法，所述方法包括对最初包含所述第一核碱基的dna、最初不包含所述第一核碱基的dna和所述第二子样品的dna中的每一个差异性加标签。75.根据权利要求74所述的方法，所述方法包括在差异性加标签之后汇集最初包含所述第一核碱基的dna、最初不包含所述第一核碱基的dna和所述第二子样品的dna，任选地其中最初包含所述第一核碱基的dna、最初不包含所述第一核碱基的dna和所述第二子样品的dna在同一测序池中测序。76.根据权利要求1-44中任一项所述的方法，其中所述第一核碱基是修饰或未修饰的腺嘌呤，并且所述第二核碱基是修饰或未修饰的腺嘌呤。77.根据权利要求1-44中任一项所述的方法，其中所述第一核碱基是修饰或未修饰的鸟嘌呤，并且所述第二核碱基是修饰或未修饰的鸟嘌呤。78.根据权利要求1-44中任一项所述的方法，其中所述第一核碱基是修饰或未修饰的胸腺嘧啶，并且所述第二核碱基是修饰或未修饰的胸腺嘧啶。79.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述第二亚群不经历不同地影响所述第一核碱基和所述第二核碱基的程序。80.一种组合，所述组合包含捕获的dna的第一群体和第二群体，其中所述第一群体包含或源自比第二群体具有更大比例的胞嘧啶修饰的dna，并且其中所述第一群体包含具有改变的碱基配对特异性的最初存在于所述dna中的第一核碱基的形式和没有改变的碱基配对特异性的第二核碱基，其中在碱基配对特异性改变之前最初存在于所述dna中的所述第一核碱基的形式是修饰或未修饰的核碱基，所述第二核碱基是不同于所述第一核碱基的修
饰或未修饰的核碱基，并且在碱基配对特异性改变之前最初存在于所述dna中的所述第一核碱基的形式和所述第二核碱基具有相同的碱基配对特异性，并且所述第二群体不包含具有改变的碱基配对特异性的最初存在于所述dna中的所述第一核碱基的形式。81.根据权利要求80所述的组合，其中所述第一群体包含选自第一组一个或更多个序列标签的序列标签并且所述第二群体包含选自第二组一个或更多个序列标签的序列标签，并且所述第二组序列标签不同于所述第一组序列标签。82.根据权利要求81所述的组合，其中所述序列标签包括条形码。83.根据权利要求80-82中任一项所述的组合，其中所述胞嘧啶修饰是甲基化。84.根据权利要求80-83中任一项所述的组合，其中所述第一核碱基是修饰或未修饰的胞嘧啶，并且所述第二核碱基是修饰或未修饰的胞嘧啶。85.根据权利要求80-84中任一项所述的组合，其中所述第一核碱基包括未修饰的胞嘧啶(c)。86.根据权利要求80-85中任一项所述的组合，其中所述第二核碱基包括5-甲基胞嘧啶(mc)和5-羟甲基胞嘧啶(hmc)中的一种或两者。87.根据权利要求80-86中任一项所述的组合，其中所述第一群体经历亚硫酸氢盐转化。88.根据权利要求80-86中任一项所述的组合，其中所述第一核碱基包括mc。89.根据权利要求80-88中任一项所述的组合，其中所述第二核碱基包括hmc。90.根据权利要求80-89中任一项所述的组合，其中所述第一群体包含受保护的hmc。91.根据权利要求84或90所述的组合，其中所述第一群体经历tet辅助的亚硫酸氢盐转化。92.根据权利要求84或90所述的组合，其中所述第一群体经历tet辅助的取代硼烷还原剂转化，任选地其中所述取代硼烷还原剂是2-甲基吡啶硼烷、吡啶硼烷、叔丁基胺硼烷或氨硼烷。93.根据权利要求90所述的组合，其中所述第一群体经历对hmc的保护，随后经历tet辅助的取代硼烷还原剂转化，任选地其中所述取代硼烷还原剂是2-甲基吡啶硼烷、吡啶硼烷、叔丁基胺硼烷或氨硼烷。94.根据权利要求80-82、86、88-90或92-93中任一项所述的组合，其中所述第二核碱基包括c。95.根据权利要求90所述的组合，其中所述第一群体经历对hmc的保护，随后经历mc和/或c的脱氨基。96.根据权利要求90-95中任一项所述的组合，其中受保护的hmc包括葡糖基化的hmc。97.根据权利要求80-83中任一项所述的组合，其中所述第一核碱基包括hmc。98.根据权利要求80-83或97中任一项所述的组合，其中所述第二核碱基包括mc。99.根据权利要求80-83或97-98中任一项所述的组合，其中所述第二核碱基包括c。100.根据权利要求80-83或97-99中任一项所述的组合，其中所述第一群体经历化学辅助的取代硼烷还原剂转化，任选地其中所述取代硼烷还原剂是2-甲基吡啶硼烷、吡啶硼烷、叔丁基胺硼烷或氨硼烷。101.根据权利要求80-83中任一项所述的组合，其中所述第一核碱基是修饰或未修饰
的腺嘌呤，并且所述第二核碱基是修饰或未修饰的腺嘌呤。102.根据权利要求80-83中任一项所述的组合，其中所述第一核碱基是修饰或未修饰的鸟嘌呤，并且所述第二核碱基是修饰或未修饰的鸟嘌呤。103.根据权利要求80-83中任一项所述的组合，其中所述第一核碱基是修饰或未修饰的胸腺嘧啶，并且所述第二核碱基是修饰或未修饰的胸腺嘧啶。104.一种组合，所述组合包含捕获的dna的第一群体和第二群体，其中：所述第一群体包含或源自比所述第二群体具有更大比例的胞嘧啶修饰的dna；所述第一群体包括第一亚群和第二亚群；所述第一亚群包含比所述第二亚群更大比例的第一核碱基；其中所述第一核碱基是修饰或未修饰的核碱基，第二核碱基是不同于所述第一核碱基的修饰或未修饰的核碱基，并且所述第一核碱基和所述第二核碱基具有相同的碱基配对特异性，并且所述第二群体不包含所述第一核碱基。105.根据权利要求104所述的组合，其中所述第一核碱基是修饰或未修饰的胞嘧啶，并且所述第二核碱基是修饰或未修饰的胞嘧啶。106.根据权利要求105所述的组合，其中所述第一核碱基是受保护的修饰的胞嘧啶。107.根据权利要求105或106所述的组合，其中所述第一核碱基是hmc的衍生物。108.根据权利要求107所述的组合，其中所述第一核碱基是葡糖基化的hmc。109.根据权利要求107或108所述的组合，其中所述第一核碱基是生物素化的hmc。110.根据权利要求106-109中任一项所述的组合，其中所述第一核碱基是β-6-叠氮基-葡糖基-5-羟甲基胞嘧啶的huisgen环加成产物，所述产物包含亲和标记。111.根据权利要求104所述的组合，其中所述第一核碱基是修饰或未修饰的腺嘌呤，并且所述第二核碱基是修饰或未修饰的腺嘌呤。112.根据权利要求104所述的组合，其中所述第一核碱基是修饰或未修饰的鸟嘌呤，并且所述第二核碱基是修饰或未修饰的鸟嘌呤。113.根据权利要求104所述的组合，其中所述第一核碱基是修饰或未修饰的胸腺嘧啶，并且所述第二核碱基是修饰或未修饰的胸腺嘧啶。114.根据权利要求104-113中任一项所述的组合，其中所述第一亚群包含第一序列标签，所述第二亚群包含不同于所述第一序列标签的第二序列标签，并且所述第二群体包含不同于所述第一序列标签和所述第二序列标签的第三序列标签，任选地其中所述第一标签、所述第二标签和/或所述第三标签是条形码。115.根据权利要求80-114中任一项所述的组合，其中所述捕获的dna包括cfdna。116.根据权利要求80-115中任一项所述的组合，其中所述捕获的dna包含序列可变靶区和表观遗传靶区，并且所述序列可变靶区的浓度大于所述表观遗传靶区的浓度，其中所述浓度针对所述序列可变靶区和所述表观遗传靶区的足迹尺寸进行归一化。117.根据权利要求116所述的组合，其中所述序列可变靶区的浓度为所述表观遗传靶区的浓度的至少2倍大。118.根据权利要求116所述的组合，其中所述序列可变靶区的浓度为所述表观遗传靶区的浓度的至少4倍或5倍大。119.根据权利要求116-118中任一项所述的组合，其中所述浓度是针对所述靶区的足
迹尺寸进行归一化的质量/体积浓度。120.根据权利要求116-119中任一项所述的组合，其中所述表观遗传靶区包括高甲基化可变靶区、低甲基化可变靶区、转录起始位点区和ctcf结合区中的一种、两种、三种或四种；任选地其中所述表观遗传靶区还包括甲基化对照靶区。121.根据权利要求80-120中任一项所述的组合，所述组合根据权利要求1-79中任一项所述的方法产生。122.根据权利要求1-79中任一项所述的方法，所述方法还包括确定所述受试者患有癌症的可能性。123.根据前一项权利要求所述的方法，其中所述测序生成多于一个测序读段；并且所述方法还包括将所述多于一个序列读段映射到一个或更多个参考序列以生成映射的序列读段，以及处理对应于所述序列可变靶区组和所述表观遗传靶区组的所述映射的序列读段以确定所述受试者患有癌症的可能性。124.根据权利要求1-79中任一项所述的方法，其中所述测试受试者先前被诊断为患有癌症并接受了一个或更多个先前的癌症治疗，任选地其中在所述一个或更多个先前的癌症治疗之后的一个或更多个预选时间点获得所述cfdna，并对cfdna分子的捕获组进行测序，由此产生序列信息组。125.根据前一项权利要求所述的方法，所述方法还包括使用所述序列信息组在预选时间点检测来源于或源自肿瘤细胞的dna的存在或不存在。126.根据前一项权利要求所述的方法，所述方法还包括确定癌症复发评分，所述癌症复发评分指示来源于或源自所述测试受试者的肿瘤细胞的dna的存在或不存在，所述方法任选地还包括基于所述癌症复发评分确定癌症复发状态，其中当癌症复发评分被确定为处于或高于预定阈值时，将所述测试受试者的癌症复发状态确定为处于癌症复发风险，或者当所述癌症复发评分低于所述预定阈值时，将所述测试受试者的癌症复发状态确定为处于较低的癌症复发风险。127.根据权利要求126所述的方法，所述方法还包括将所述测试受试者的癌症复发评分与预定癌症复发阈值进行比较，其中当所述癌症复发评分高于所述癌症复发阈值时，将所述测试受试者分类为后续癌症治疗的候选者，或者当所述癌症复发评分低于所述癌症复发阈值时，将所述测试受试者分类为后续癌症治疗的非候选者。128.根据权利要求80-121中任一项所述的组合，其中所述改变的碱基配对特异性是通过化学转化产生的。129.根据权利要求128所述的组合，其中所述化学转化选自由以下组成的组：(i)亚硫酸氢盐转化，(ii)tet辅助的亚硫酸氢盐转化，(iii)tet辅助的取代硼烷还原剂转化，和(iv)对hmc的保护，随后为tet辅助的取代硼烷还原剂转化。

技术总结
本文提供了DNA分析方法，该方法包括将样品分区为至少第一子样品和第二子样品，其中第一子样品包含具有更大比例的胞嘧啶修饰的DNA(例如，无细胞DNA)；第一子样品经历不同地影响第一子样品的DNA中的第一核碱基和DNA中的第二核碱基的程序；以及对DNA进行测序以区分第一核碱基和第二核碱基。还提供了包含捕获的DNA的第一群体和第二群体的组合，其中第一群体包含或源自比第二群体具有更大比例的胞嘧啶修饰的DNA，并且其中第一群体包含最初存在于DNA中的具有改变的碱基配对特异性的第一核碱基的形式和没有改变的碱基配对特异性的第二核碱基。二核碱基。二核碱基。


技术研发人员：斯特凡尼
受保护的技术使用者：夸登特健康公司
技术研发日：2020.09.30
技术公布日：2022/6/10