一种公猪精液性状筛选方法与流程

本发明涉及猪分子标记筛选，尤其涉及一种公猪精液性状筛选方法。

背景技术：

1、高质量公猪精液对于畜牧业和养殖业具有重要意义，主要体现在以下几个方面，

2、提高繁殖性能：高质量的公猪精液能够提供更多的、活力更强的精子，从而增加受孕的成功率。这不仅可以提高母猪的产仔数量和成活率，还可以减少因人工授精失败而导致的饲养成本增加。

3、改善肉质品质：公猪精液中的高浓度和高活力的精子可以确保后代的生长速度和肉质质量。这种高品质的后代在市场上会更受欢迎，从而提高养殖场的经济效益。

4、降低疾病风险：高质量的公猪精液通常意味着更高的精子数量和质量，这有助于减少因精子数量不足或活力不够而引起的疾病风险。同时，高活力的精子也可以更好地抵御外界环境的侵害，延长精子的寿命。

5、提供遗传资源：公猪精液中包含了许多优秀的遗传基因，这些基因可以为其他品种的公猪提供改良的机会。通过利用高质量的公猪精液进行杂交育种，可以获得更多具有优良品质的下一代个体。

6、促进畜牧业发展：高质量公猪精液可以提高养殖业的繁殖效率和肉质品质，从而促进畜牧业的发展。这对于满足市场需求和提高农民收入都具有积极意义。

7、目前针对公猪精液的筛选，都是等公猪生长至一定月龄后，再采集其精液进行性状分析，并筛选出性状优异的公猪精液，这种方式虽然能够有效筛选出性状优异的公猪精液，但是，也存在一定的问题，公猪的培育需要时间和成本，若待公猪达到一定月龄时检测出其精液性状不理想，那就造成了前期投入资源的浪费。

技术实现思路

1、本发明的目的是为解决上述问题，提供一种公猪精液性状筛选方法，通过测定公猪猪仔特定snp位点的基因型，就能筛选出精液性状优异的猪仔，有效避免了前提投入资源的浪费。

2、本发明所采取的技术方案是：

3、一种公猪精液性状筛选方法，根据snp位点的基因型对公猪精液的性状(精子活力、精液密度、精子数)进行筛选，其中，snp位点是1号染色体128983841位点的marc0114582，7号染色体99664551位点的wu_10.2_7_105711532和15号染色体85645389位点的asga0070140。

4、进一步地，公猪精液性状筛选方法包括以下步骤：

5、s1记录公猪信息，包括出生年份、出生季节、出生胎次、采精间隔、采精月龄、同窝仔猪数及品种品系；

6、s2采集公猪精液，记录精液性状，包括精液体积、精液密度、精子活力、精子数、畸形率；

7、s3采集公猪组织，使用磁珠法进行dna抽提，对于抽提出的dna，通过qubit精确测量基因组dna的浓度，用nanodrop检测dna样本的纯度(od260/od280＝1.7–2.1)，采用琼脂糖凝胶电泳检测基因组dna的完整性，判定dna是否有降解，对于合格的dna(浓度≥50ng/μl)样品进行基因分型；

8、s4使用plink(v1.90)对基因分型获得的snp进行质控，保留常染色体上的标记，去除最小等位基因频率<0.01的标记、哈代温伯格平衡检验p<10-6的标记、snp检出率<0.90的标记；

9、s5对公猪生长性状遗传方差、残差方差、遗传相关系数和表型相关系数进行估计；

10、s6使用gcta软件包提供的mlma模型进行gwas研究，利用bonferron i校正法确定gwas的显著阈值,用于筛选显著的snp位点，显著阈值为:1/n(n为用于分析的snp的数量)；

11、s7筛选得到与精液性状显著相关的位点，分别是1号染色体128983841位点的marc0114582，7号染色体99664551位点的wu_10.2_7_105711532和15号染色体85645389位点的asga0070140；

12、s8基于与精液性状显著相关位点的基因型，对公猪精液进行筛选。

13、进一步地，通过测定1号染色体128983841位点的marc0114582的具体基因型(aa、ag或gg)，筛选出精子活力强的公猪精液，其具体基因型是aa。

14、进一步地，通过测定7号染色体99664551位点的wu_10.2_7_105711532的具体基因型(aa、ag或gg)，筛选出精子活力强，精液密度大的公猪精液，其具体基因型是gg。

15、进一步地，通过测定15号染色体85645389位点的asga0070140的具体基因型(aa、ag或gg)，筛选出精子数量多的公猪精液，其具体基因型是gg。

16、本发明的显著有益效果是：

17、(1)本发明通过测定公猪猪仔的特定snp位点(1号染色体128983841位点的marc0114582，7号染色体99664551位点的wu_10.2_7_105711532和15号染色体85645389位点的asga0070140)上的具体基因型(aa、ag或gg)，根据公猪猪仔特定snp位点的具体基因型，就能确定该公猪的精液性状情况，从而实现在公猪处于猪仔阶段时筛选出精液性状优异的猪仔，有效避免了不必要的资源投入，也为后续的工作提供了便利。

技术特征：

1.一种公猪精液性状筛选方法，其特征在于，根据snp位点的基因型对公猪精液的性状(精子活力、精液密度、精子数)进行筛选，其中，snp位点是1号染色体128983841位点的marc0114582，7号染色体99664551位点的wu_10.2_7_105711532和15号染色体85645389位点的asga0070140。

2.根据权利要求1所述的公猪精液性状筛选方法，其特征在于，包括以下步骤：

3.根据权利要求2所述的公猪精液性状筛选方法，其特征在于，通过测定1号染色体128983841位点的marc0114582的具体基因型(aa、ag或gg)，筛选出精子活力强的公猪精液，其具体基因型是aa。

4.根据权利要求2所述的公猪精液性状筛选方法，其特征在于，通过测定7号染色体99664551位点的wu_10.2_7_105711532的具体基因型(aa、ag或gg)，筛选出精子活力强，精液密度大的公猪精液，其具体基因型是gg。

5.根据权利要求2所述的公猪精液性状筛选方法，其特征在于，通过测定15号染色体85645389位点的asga0070140的具体基因型(aa、ag或gg)，筛选出精子数量多的公猪精液，其具体基因型是gg。

技术总结一种公猪精液性状筛选方法，本发明通过获得与公猪精液性状相关的重要SNP位点，基于位点预测公猪精液性状表型，为后续优质公猪选育提供参考。技术研发人员：钱昱良,周隽,司景磊,马青兰,郭旋,韦富康,蔡联慧受保护的技术使用者：广西农垦永新畜牧集团有限公司良圻原种猪场技术研发日：技术公布日：2024/6/13