一种丙型肝炎病毒亚型、检测耐药突变的引物组及应用

本发明属于生物，涉及一种丙型肝炎病毒亚型、检测耐药突变的引物组及应用。

背景技术：

1、丙型肝炎病毒(hepatitis c virus，hcv)是引起丙型肝炎的主要原因，hcv是一个全基因组约9.6kb的单股正链的rna病毒，不同基因型之间的长度略有不同；hcv具有高度的遗传多样性，截止到现在，已经确定的有8种基因型和94种基因亚型，其中6型最为复杂多样，共有35种亚型。根据国际命名委员会规定：首先需要得到完整的编码区序列；其次至少三株没有明显的流行病学特征的分离株；还需要在系统发育树上形成单独成簇的分支，最后还要确定是否重组现象，要排除重组才能确定新亚型的命名。新基因型之间的遗传距离要不小于30％，新基因亚型的之间的遗传距离不小于15％。其中遗传变异、传播途径、宿主免疫选择压力和临床治疗压力等多个因素共同作用导致了hcv病毒的多样性和变异性。hcv新亚型的出现可能会对诊断、治疗、疫苗研发以及流行病学监测和控制等方面带来一系列挑战和问题，需要密切关注和进一步研究。

2、hcv的治疗主要目标是清除病毒、治愈患者、预防并发症，并降低死亡率。在直接抗病毒(daa)药物的时代，治疗hcv患者的标准的是持续病学应答要达到90％以上，针对目前的治疗方案，基本达到标准，然而，对于持续病毒学应答率较低以及存在耐药相关突变的患者，仍需要进一步的临床试验来确定更有效的治疗方案。在hcv治疗中，由于hcv的基因型对治疗反应和耐药性具有重要影响，因此在选择治疗方案时，通常会首先确定患者的hcv基因型，并根据其基因型制定相应的治疗方案。一般来说，目前的抗病毒治疗主要包括直接抗病毒药物(daas)和干扰素联合利巴韦林等传统药物的治疗方案。

3、针对hcv的已确认耐药相关突变位点，包括s282、y93、l31、m28、q30、v36、q41、f43、t54、y56、l80、s122、r155、a156、v158、d168、i170和m175等位点。检测和分析这些耐药位点可以为丙型肝炎病毒的直接抗病毒药物(daas)治疗方案的制定提供依据，同时对于耐药性的研究也具有重要意义。然而，目前针对这些相关耐药位点的研究还比较缺乏，而且检测这些位点的方法也存在一定的难度。其中的难点之一是难以获取包含所有待检位点的有效目的片段，另一个难点是即使获得了目的片段，也难以实现对多个突变位点的有效检测。因此，针对这些耐药位点的检测方法需要不断改进，以提高其检测的准确性和可靠性。此外，还需要进一步开展相关研究，以深入了解这些耐药位点在临床治疗中的影响，从而为丙型肝炎病毒的治疗提供更有效的方案。

技术实现思路

1、本发明提供了一种丙型肝炎病毒新6亚型(6xm)，其包括3个病毒株，3个病毒株的核苷酸序列分别如seq id no:1所示、如seq id no:2所示、如seq id no:3所示，本发明新6亚型的发现为丙型病毒肝炎的daa治疗方案的制定，以及提高丙型病毒肝炎治疗效果提供了依据。

2、本发明另一目的是提供一组用于检测丙型肝炎病毒新亚型6xm耐药突变位点的引物组，所述引物组核苷酸序列如seq id no:4～seq id no:27所示；

3、所述耐药突变位点包括s282、y93、l31、m28、q30、v36、q41、f43、t54、y56、l80、s122、r155、a156、v158、d168、i170、m175。

4、本发明引物组应用在制备用于检测丙型肝炎病毒新亚型6xm耐药突变试剂或试剂盒中。

5、本发明目的通过如下技术方案实现：

6、1、本发明从云南省第一人民医院收集的患者样本中，分离纯化获得三个病毒株a219、a256、a369，经比对分析发现的三个病毒株全长序列形成单独一簇，不同于其他的流行基因型，因此将其命名为新6亚型，即6xm，该基因型均与其他已知其他基因6型未发生重组，并且与其他基因6型的遗传距离均>15％；

7、2、使用ncbi、vipr、hcv sequence database等数据库搜索并下载基因6型相关基因全长序列，在设计引物时，需要确保引物能够覆盖所有耐药区段包括ns3、ns5a以及ns5b三个区段，以确保能够有效地检测到目标位点的突变，引物组核苷酸序列如seq id no:4～seq id no:23所示；

8、3、提取丙型肝炎病毒亚型6xm样本rna，以rna为模板，采用seq id no:4～seq idno:5、seq id no:8～seq id no:9、seq id no:12～seq id no:13、seq id no:16～seq idno:17、seq id no:20～seq id no:21所示引物转录出cdna；然后以cdna为模板，采用seqid no:6～seq id no:7、seq id no:10～seq id no:11、seq id no:14～seq id no:15、seq id no:18～seq id no:19、seq id no:22～seq id no:23所示引物扩增靶基因，回收扩增产物，使用一代测序技术测序后，进行耐药性分析。

9、与现有技术相比，本发明具有以下有益效果：

10、1、本发明提供的丙型肝炎病毒亚型6xm，为丙型病毒肝炎的daa治疗方案的制定，以及提高丙型病毒肝炎治疗效果提供了依据；

11、2、本发明提供的引物组用于检测hcv新亚型6xm的耐药突变位点，扩增的片段覆盖了所有的耐药位点，具有更高的灵敏度和特异性，可以更准确地检测到耐药突变，这有助于提供更准确的诊断和治疗指导，避免误诊和漏诊。

12、3、用一代测序技术检测hcv耐药突变位点，具有准确性高、可靠性强、操作简便、适用范围广以及相对较低的成本等优点，使其在科学研究和临床诊断中仍然被广泛应用。

技术特征：

1.一种丙型肝炎病毒亚型6xm，其包括3个病毒株，3个病毒株的核苷酸序列如seq idno:1所示、如seq id no:2所示、如seq id no:3所示。

2.一种用于检测丙型肝炎病毒亚型6xm耐药突变位点的引物组，所述引物组核苷酸序列如seq id no:4～seq id no:23所示。

3.权利要求2所述的引物组在制备用于检测丙型肝炎病毒亚型6xm耐药突变试剂或试剂盒中的应用。

技术总结本发明公开了一种丙型肝炎病毒亚型6xm，其包括3个病毒株，3个病毒株的核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示、如SEQ ID NO:2所示、如SEQ ID NO:3所示；本发明提供的丙型肝炎病毒亚型6xm，为丙型病毒肝炎的DAA治疗方案的制定，以及提高丙型病毒肝炎治疗效果提供了依据；本发明还提供了用于检测HCV新亚型6xm的耐药突变位点的引物组，扩增的片段覆盖了所有的耐药位点，具有更高的灵敏度和特异性，可以更准确地检测到耐药突变，这有助于提供更准确的诊断和治疗指导，避免误诊和漏诊。技术研发人员：冯悦,刘一婷,夏雪山,刘丽受保护的技术使用者：昆明理工大学技术研发日：技术公布日：2024/6/18