用于预测分子修饰的方法、介质和系统与流程

背景技术：

1、质谱(ms)可用于识别组成样本的化合物。例如，在其他应用中，ms可用于识别组成dna或rna样本的寡核苷酸(“寡”)；其还可用于多种其他目的。因为当经受ms时分子以可预测的方式片段化，所以在一些情况下，可能建立已知片段化模式的库以与实验中观察到的片段化模式匹配。该库可以例如基于建模或先前的实验结果来构建。

2、专家用户通常基于图形用户界面上的输出来解释匹配的结果，以便确定一组实验结果是否匹配存储在库中的片段化模型。该过程可能由于分子变体的可能性而复杂化。即使理解了分子的基本结构，一些分子片段也可代表其他分子可附着的碱基分子；给定的碱基可以与多种不同的可能附着分子缔合。可能难以确定哪个特定分子变体起作用，或者甚至哪个碱基包括变体。例如，基于分子的总重量，可能知道变体存在于分子片段内的某处，但是可能存在变体可能位于的若干可能的位置。此外，那些可能位置中的任一者可与多个不同的可能的修饰相关联，这意指可能存在许多不同的可能组合和变体，这些不同的可能组合和变体需要在可以确定匹配之前被考虑。

技术实现思路

1、示例性实施方案涉及计算机实现的方法，以及存储用于执行该方法的指令的非暂态计算机可读介质、被配置为执行该方法的设备等。

2、在一个方面，计算机实现的方法包括接收表示将分子片段化成多个实验片段的输入数据，将该片段化与建模片段化的库进行比较以识别包括多个建模片段的候选匹配，识别该建模片段中的所选建模片段能够支持修饰，以及显示该候选匹配的图形表示，该图形表示包括对应于该建模片段中的每一者的图形元素，其中对应于该建模片段中的所选建模片段的图形元素包括变体指示标识，该变体指示标识在视觉上将该建模片段中的所选建模片段与不能支持该修饰的建模片段区分开。

3、分子可以是寡核苷酸并且实验片段代表寡核苷酸中的单体，并且该建模片段中的所选建模片段可代表附着分子可以被固定于其上的碱基。

4、该计算机实现的方法还可以包括：识别多个实验片段各自与一种或多种可能的修饰相关联，并且这些实验片段中的至少一个实验片段处于变体状态；以及用潜在变体标识符修改对应于与该变体配置相关联的多个实验片段的图形元素。

5、在一些实施方案中，识别该建模片段中的所选建模片段能够支持修饰包括在数据库中查找该建模片段中的所选建模片段，从数据库中检索多个可能的修饰，将该可能的修饰与该输入数据进行比较，以及基于该相应修饰与该输入数据的匹配程度对该可能的修饰中的每一者进行评分。

6、该计算机实现的方法还可包括选择具有最高分数的可能的修饰以显示在该候选匹配的图形表示中。

7、该计算机实现的方法还可包括在变体界面中以基于该评分的顺序显示该可能的修饰中的每一者。

8、该评分可基于以下各项中的至少一项：该实验片段中的一个实验片段的质量；该实验片段中的一个实验片段的电荷；该输入数据中表示的分子的总质量，或由该输入数据表示的分子的总电荷。

9、对于本领域的技术人员来说，从下列图、描述和权利要求会很容易地看出其他技术特征。

技术特征：

1.一种计算机实现的方法，所述方法包括：

2.根据权利要求1所述的计算机实现的方法，其中所述分子是寡核苷酸并且所述实验片段代表所述寡核苷酸中的单体，并且其中所述建模片段中的所选建模片段代表附着分子可被固定于其上的碱基。

3.根据权利要求1所述的计算机实现的方法，所述方法还包括：

4.根据权利要求1所述的计算机实现的方法，其中识别所述建模片段中的所选建模片段能够支持修饰包括：

5.根据权利要求4所述的计算机实现的方法，所述方法还包括：选择具有最高分数的可能的修饰以显示在所述候选匹配的所述图形表示中。

6.根据权利要求4所述的计算机实现的方法，所述方法还包括：在变体界面中以基于所述评分的顺序显示所述可能的修饰中的每一者。

7.根据权利要求4所述的计算机实现的方法，其中所述评分基于以下各项中的至少一项：所述实验片段中的一个实验片段的质量；所述实验片段中的一个实验片段一者的电荷；所述输入数据中表示的分子的总质量，或由所述输入数据表示的分子的总电荷。

8.一种非暂态计算机可读存储介质，所述计算机可读存储介质包括当由计算机执行时使所述计算机执行以下操作的指令：接收表示将分子片段化成多个实验片段的输入数据；

9.根据权利要求8所述的计算机可读存储介质，其中所述分子是寡核苷酸，其中所述分子是寡核苷酸并且所述实验片段代表所述寡核苷酸中的单体，并且其中所述建模片段中的所选建模片段代表附着分子可被固定于其上的碱基。

10.根据权利要求8所述的计算机可读存储介质，其中所述指令还将所述计算机配置为：

11.根据权利要求8所述的计算机可读存储介质，其中识别所述建模片段中的所选建模片段能够支持修饰包括：

12.根据权利要求11所述的计算机可读存储介质，其中所述指令还将所述计算机配置为：

13.根据权利要求11所述的计算机可读存储介质，其中所述指令还将所述计算机配置为：

14.根据权利要求11所述的计算机可读存储介质，其中所述评分基于以下各项中的至少一项：所述实验片段中的一个试验片段的质量；所述实验片段中的一个实验片段的电荷；所述输入数据中表示的分子的总质量，或由所述输入数据表示的分子的总电荷。

15.根据权利要求19所述的计算设备，其中所述评分基于以下各项中的至少一项：所述实验片段中的一个实验片段的质量；所述实验片段中的一个实验片段的电荷；所述输入数据中表示的分子的总质量，或由所述输入数据表示的分子的总电荷。

16.一种计算设备，所述计算设备包括：

17.根据权利要求16所述的计算设备，其中所述分子是寡核苷酸并且所述实验片段代表所述寡核苷酸中的单体，并且其中所述建模片段中的所选建模片段代表附着分子可被固定于其上的碱基。

18.根据权利要求16所述的计算设备，其中所述指令还将所述设备配置为：

19.根据权利要求16所述的计算设备，其中识别所述建模片段中的所选建模片段能够支持修饰包括：

20.根据权利要求19所述的计算设备，其中所述指令还将所述设备配置为执行以下中的一者或多者：

技术总结本文所述的示例性实施方案提供了用于在对分子的片段建模时识别和说明分子变体的改进技术。该变体可通过将分子片段的可能的修饰与实验数据进行比较以对可能的修饰进行分级或评分来识别。可能的修饰可以在变体界面中示出，其中修饰可被选择作为用于与实验数据进行比较的候选。技术研发人员：M·戈顿,M·布劳顿,C·诺尔斯受保护的技术使用者：沃特世科技爱尔兰有限公司技术研发日：技术公布日：2024/6/11