一种与心血管药物治疗敏感性相关的SNP标志物及其用途

本发明属于基因工程与高血脂症相关领域，具体地，涉及一种与心血管药物治疗的敏感性相关的snp标志物及其应用。

背景技术：

1、高胆固醇血症为一种严重的脂质代谢疾病，老年人比较多发，且随着老龄化不断加剧，该疾病的发病率呈现不断上升趋势，病情严重者会诱发危及患者生命健康的心血管并发症。如何有效治疗高胆固醇血症、提高患者生命质量是当前临床治疗中的重点。目前临床中常用的他汀类药物为阿托伐他汀，用药后可以有效降低血脂黏稠度，但无法改善血清脂蛋白相关磷脂酶a2(lp-pla2)含量，因此远期效果不佳。瑞舒伐他汀是新型的一种汀类调脂药物，在降低ldl-c方面效果更佳，同时其对机体中胆固醇的合成有阻断作用，且能改善血管内皮功能，稳定动脉硬化斑块。相较于其他的他汀类药物，其对胆固醇合成阻断的选择性更高，其用药量也逐渐超过了其他的他汀类药物。目前已经有临床研究表明一些突变例如：abcg2 rs2231142、slco1b1 rs4149056能够影响瑞舒伐他汀的疗效，但还不能完全解释瑞舒伐他汀的疗效个体化差异，更多疗效的标志物有待发掘。

技术实现思路

1、本发明从20万中国人的无创产前诊断测序数据中获得了大批量中国人群代谢酶基因新发现的snp(均为首次发现)，并利用临床样本对其进行了验证，发现部分新发突变具有预测药物敏感性或者毒副反应的功能。

2、有鉴于此，第一方面，本发明提供一种预测心血管药物治疗的敏感性相关的snp标志物的组合物，包括检测下列snp标志物中的至少一个的检测试剂：

3、abca1 chr9:107624950c>g、abca1 chr9:107624982g>c、abca1chr9:107547731g>t、abcg2 chr4:89067557t>c、abcg2 chr4:89091187c>g、slco1b1 chr12:21331606t>c、slco1b3 chr12:21028267t>a、slco4c1chr5:101627223g>a、abcc1 chr16:16230357c>t、abcc2 chr10:101577153a>g、abcc3 chr17:48738313a>t、abcc4 chr13:95696025g>t，或者abcc4chr13:95696569t>c。

4、使用本发明的组合物，能够以最低0.8109的准确度、0.8390的灵敏度以及0.7606的线下面积(auc值)对高脂血症患者使用瑞舒伐他汀治疗的疗效具有预测性，表现了良好的诊断效能。并且其检测稳定、微创、便捷。

5、优选地，所述snp标志物包括以下组合中的至少一个：

6、abca1 chr9:107624982g>c+abcg2 chr4:89067557t>c；

7、abca1 chr9:107624982g>c+abca1 chr9:107547731g>t；

8、abca1 chr9:107624982g>c+abca1 chr9:107547731g>t+abcg2chr4:89067557t>c；

9、abca1 chr9:107624982g>c+abca1 chr9:107547731g>t+abcg2chr4:89067557t>c+abcc2 chr10:101577153a>g；或者

10、abca1 chr9:107624982g>c+abca1 chr9:107547731g>t+abcg2chr4:89067557t>c+abcc3 chr17:48738313a>t。

11、更优选地，所述snp标志物包括以下组合：

12、abca1 chr9:107624982g>c+abca1 chr9:107547731g>t+abcg2chr4:89067557t>c。

13、使用如上的snp标志物组合能够获得更高的准确度、灵敏度和auc值。

14、具体地，所述snp标志物的信息如下表1所示。

15、表1

16、

17、

18、在一些具体的实施方案中，所述snp标志物通过扩增-测序、芯片、荧光定量pcr的方式测量。

19、在一些具体的实施方案中，检测试剂包括但不限于核酸引物、测序tag序列，用于通过扩增-测序检测snp标志物。

20、在一些具体的实施方案中，检测试剂包括但不限于芯片，所述芯片是基因芯片，所述基因芯片具有与snp标志物特异性结合的探针。

21、在一些具体的实施方案中，检测试剂包括但不限于核酸引物和/或核酸探针，用于通过荧光定量pcr检测snp标志物。

22、在一些具体的实施方案中，检测试剂包括但不限于核酸引物和/或单碱基延伸引物，用于通过飞行质谱检测snp标志物。

23、在一些具体的实施方案中，检测试剂包括：

24、检测abca1 chr9:107624950c>g的如seq id no.1～3所示的上下游引物和单碱基延伸引物；

25、abca1 chr9:107624982g>c的如seq id no.4～6所示的上下游引物和单碱基延伸引物；

26、abca1 chr9:107547731g>t的如seq id no.7～9所示的上下游引物和单碱基延伸引物；

27、abcg2 chr4:89067557t>c的如seq id no.10～12所示的上下游引物和单碱基延伸引物；

28、abcg2 chr4:89091187c>g的如seq id no.13～15所示的上下游引物和单碱基延伸引物；

29、slco1b1 chr12:21331606t>c的如seq id no.16～18所示的上下游引物和单碱基延伸引物；

30、slco1b3 chr12:21028267t>a的如seq id no.19～21所示的上下游引物和单碱基延伸引物；

31、slco4c1 chr5:101627223g>a的如seq id no.22～24所示的上下游引物和单碱基延伸引物；

32、abcc1 chr16:16230357c>t的如seq id no.25～27所示的上下游引物和单碱基延伸引物；

33、abcc2 chr10:101577153a>g的如seq id no.28～30所示的上下游引物和单碱基延伸引物；

34、abcc3 chr17:48738313a>t的如seq id no.31～33所示的上下游引物和单碱基延伸引物；

35、abcc4 chr13:95696025g>t的如seq id no.34～36所示的上下游引物和单碱基延伸引物；或者

36、abcc4 chr13:95696569t>c的如seq id no.37～39所示的上下游引物和单碱基延伸引物。

37、进一步地，所述检测试剂还包括内标引物以及内标探针。

38、进一步地，上述组合物还可以进一步包括其余的试剂，具体地，例如，各种对样本进行前处理或者预处理所需要的试剂。例如，提取样本核酸的核酸释放剂。

39、进一步地，所述心血管药物可以是利尿药，例如，托拉塞米、甲氯噻嗪、氯噻酮、氨苯蝶啶、螺内酯、苄氟噻嗪、阿米洛利、呋塞米、吲达帕胺、布美他尼、依他尼酸、氢氯噻嗪、托伐普坦、环戊噻嗪。

40、进一步地，所述心血管药物可以是β-受体阻断药，例如，艾司洛尔、倍他洛尔、美托洛尔、阿替洛尔、噻吗洛尔、索他洛尔、卡替洛尔、普萘洛尔、拉贝洛尔、比索洛尔、吲哚洛尔、卡维地洛、氧烯洛尔、塞利洛尔，

41、进一步地，所述心血管药物可以是钙通道阻断药，例如，氨氯地平、尼莫地平、尼索地平、乐卡地平、尼卡地平、维拉帕米、非洛地平、尼群地平、哌克昔林、硝苯地平、苄普地尔、西尼地平、拉西地平、马尼地平。

42、进一步地，所述心血管药物可以是肾素-血管紧张素系统的药物，例如，缬沙坦、雷米普利、奥美沙坦酯、福辛普利、贝那普利、依那普利、氯沙坦、赖诺普利、培哚普利、坎地沙坦酯、依普沙坦、喹那普利、替米沙坦、厄贝沙坦、卡托普利、阿利吉仑、咪达普利。

43、进一步地，所述心血管药物可以是调血脂药，例如，普伐他汀、洛伐他汀、氯贝丁酯、辛伐他汀、依折麦布、非诺贝特、阿托伐他汀、氟伐他汀、瑞舒伐他汀、吉非罗齐、苯扎贝特、考来烯胺、普罗布考、匹伐他汀、阿昔莫司、环丙贝特、阿莫罗布单抗、依洛尤单抗、甘糖酯、毛冬青氯贝、谷固醇、呋咱甲氢龙、多廿烷醇。

44、进一步地，所述心血管药物可以是其他抗高血压药，例如，利血平、硝普钠、米诺地尔、哌唑嗪、波生坦、可乐定、多沙唑嗪、甲基多巴、地舍平、二氮嗪、肼屈嗪、安立生坦、利奥西呱、马昔腾坦、阿罗洛尔、阿折地平、左氨氯地平、莫索尼定、萘哌地尔、乌拉地尔、双肼屈嗪、阿利沙坦酯。

45、进一步地，所述心血管药物可以是其他心脏疾病治疗药，例如，丙吡胺、利多卡因、吲哚美辛、去甲肾上腺素、美西律、去氧肾上腺素、地高辛、间羟胺、环磷腺苷、甲氧明、多巴酚丁胺、奎尼丁、多巴胺、硝酸异山梨酯、硝酸甘油、普鲁卡因胺、妥卡尼、莫雷西嗪、异丙肾上腺素、去乙酰毛花苷、胺碘酮、普罗帕酮、洋地黄毒苷、曲美他嗪、尼可地尔、曲匹地尔、左西孟旦、地尔硫卓。

46、更进一步地，所述心血管药物可以是调血脂药。

47、更进一步地，所述心血管药物是他汀类药物，优选，瑞舒伐他汀。

48、第二方面，本发明提供了上述组合物在制备用于预测心血管药物治疗的敏感性的试剂盒中的用途。

49、进一步地，所述心血管药物可以是利尿药，例如，托拉塞米、甲氯噻嗪、氯噻酮、氨苯蝶啶、螺内酯、苄氟噻嗪、阿米洛利、呋塞米、吲达帕胺、布美他尼、依他尼酸、氢氯噻嗪、托伐普坦、环戊噻嗪。

50、进一步地，所述心血管药物可以是β-受体阻断药，例如，艾司洛尔、倍他洛尔、美托洛尔、阿替洛尔、噻吗洛尔、索他洛尔、卡替洛尔、普萘洛尔、拉贝洛尔、比索洛尔、吲哚洛尔、卡维地洛、氧烯洛尔、塞利洛尔，

51、进一步地，所述心血管药物可以是钙通道阻断药，例如，氨氯地平、尼莫地平、尼索地平、乐卡地平、尼卡地平、维拉帕米、非洛地平、尼群地平、哌克昔林、硝苯地平、苄普地尔、西尼地平、拉西地平、马尼地平。

52、进一步地，所述心血管药物可以是肾素-血管紧张素系统的药物，例如，缬沙坦、雷米普利、奥美沙坦酯、福辛普利、贝那普利、依那普利、氯沙坦、赖诺普利、培哚普利、坎地沙坦酯、依普沙坦、喹那普利、替米沙坦、厄贝沙坦、卡托普利、阿利吉仑、咪达普利。

53、进一步地，所述心血管药物可以是调血脂药，例如，普伐他汀、洛伐他汀、氯贝丁酯、辛伐他汀、依折麦布、非诺贝特、阿托伐他汀、氟伐他汀、瑞舒伐他汀、吉非罗齐、苯扎贝特、考来烯胺、普罗布考、匹伐他汀、阿昔莫司、环丙贝特、阿莫罗布单抗、依洛尤单抗、甘糖酯、毛冬青氯贝、谷固醇、呋咱甲氢龙、多廿烷醇。

54、进一步地，所述心血管药物可以是其他抗高血压药，例如，利血平、硝普钠、米诺地尔、哌唑嗪、波生坦、可乐定、多沙唑嗪、甲基多巴、地舍平、二氮嗪、肼屈嗪、安立生坦、利奥西呱、马昔腾坦、阿罗洛尔、阿折地平、左氨氯地平、莫索尼定、萘哌地尔、乌拉地尔、双肼屈嗪、阿利沙坦酯。

55、进一步地，所述心血管药物可以是其他心脏疾病治疗药，例如，丙吡胺、利多卡因、吲哚美辛、去甲肾上腺素、美西律、去氧肾上腺素、地高辛、间羟胺、环磷腺苷、甲氧明、多巴酚丁胺、奎尼丁、多巴胺、硝酸异山梨酯、硝酸甘油、普鲁卡因胺、妥卡尼、莫雷西嗪、异丙肾上腺素、去乙酰毛花苷、胺碘酮、普罗帕酮、洋地黄毒苷、曲美他嗪、尼可地尔、曲匹地尔、左西孟旦、地尔硫卓。

56、更进一步地，所述心血管药物可以是调血脂药。

57、更进一步地，所述心血管药物是他汀类药物，优选，瑞舒伐他汀。

58、第三方面，本发明提供了一种预测心血管药物治疗的敏感性的试剂盒，包括如上所述的组合物。

59、进一步地，所述组合物还包括说明书，包括通过组合物预测心血管药物治疗的敏感性的说明。

60、更进一步地，患者携带abca1 chr9:107624982g>c、abcg2 chr4:89091187c>g、slco1b1 chr12:21331606t>c、abcc1 chr16:16230357c>t、abcc4chr13:95696025g>t、abcc4 chr13:95696569t>c突变(即发生这些突变后)更容易耐药；而患者携带abca1 chr9:107624950c>g、abca1 chr9:107547731g>t、abcg2 chr4:89067557t>c、slco1b3 chr12:21028267t>a、slco4c1chr5:101627223g>a、abcc2 chr10:101577153a>g、abcc3 chr17:48738313a>t突变会使患者对瑞舒伐他汀更加敏感，纯和突变的个体预测性能比杂合个体要好。

61、第四方面，本发明提供一种上述snp标志物预测心血管药物治疗的敏感性的检测方法，包括预测如下步骤：

62、1)提取或释放待测样本的核酸；

63、2)使用上述组合物检测所述snp的基因型；以及

64、3)根据检测的基因型预测心血管药物治疗的敏感性。

65、本发明提供了一种组合物用于制备用于预测心血管药物治疗的敏感性的用途，所述预测包括如下步骤：

66、1)提取或释放待测样本的核酸；

67、2)使用上述组合物检测所述snp的基因型；以及

68、3)根据检测的基因型预测心血管药物治疗的敏感性。