与粤西卷羽鸡体形性状相关的SNP分子标记的检测试剂、试剂盒、检测方法及其应用

本发明涉及分子育种，更具体地，涉及与粤西卷羽鸡体形性状相关的snp分子标记的检测试剂、试剂盒、检测方法及其应用。

背景技术：

1、伴随着中国经济的不断发展以及人们生活水平的不断提高，中国家禽养殖业得到了迅速发展，综合生产能力也得到了明显加强，对肉类和奶制品的需求不断增加，推动了禽类养殖业的快速发展。我国家禽品种资源丰富，家禽饲养规模大，产业发展迅速，鸡肉已成为居民第二大肉类消费来源，消费者对鸡肉的需求实现了从量到质的转变。由于地方品种存在饲养周期长、肉质较差、屠宰率以及经济效益低的缺点而利用不足，所以现阶段育种的主要目标是鸡品种的改良和生产性能的提高。

2、粤西卷羽鸡是一种地方特色土鸡，主要产于广东省茂名和湛江地区。粤西卷羽鸡因其羽毛向上翻卷而得名，羽毛、脚和皮肤呈黄色，具有典型的三黄鸡特征，具有耐粗饲料、抗病性强、体型较大的优点，同时成活率和屠宰率也相对较高。

3、胰岛素样生长因子2mrna结合蛋白家族中的成员igf2bp3是一个典型的多结构域rna结合蛋白，在识别靶点方面具有特异性和多样性，并为多域rna结合蛋白的多价相互作用提供了一个良好的范例，目前，关于igf2bp3基因多态性的研究主要集中在人类疾病上，在家禽上的研究相对较少，对于地方品种粤西卷羽鸡的研究更是未见相关文献报道。

技术实现思路

1、本发明的目的是为了克服现有技术的不足，提供与粤西卷羽鸡体形性状相关的snp分子标记的检测试剂、试剂盒、检测方法及其应用。

2、本发明的第一个目的是提供一种检测粤西卷羽鸡的分子标记的检测试剂在粤西卷羽鸡体形性状检测中的应用。

3、本发明的第二个目的是提供一种检测粤西卷羽鸡体形性状的试剂盒。

4、本发明的第三个目的是提供一种检测粤西卷羽鸡体型性状的方法。

5、本发明的第四个目的是提供所述的检测试剂、所述的试剂盒和/或所述的方法在粤西卷羽鸡分子辅助育种中的应用。

6、为了实现上述目的，本发明是通过以下技术方案予以实现的：

7、一种检测粤西卷羽鸡的分子标记的检测试剂在粤西卷羽鸡体形性状检测中的应用，所述分子标记位于粤西卷羽鸡igf2bp3基因上，包括单核苷酸多态性位点snp1、snp2、snp3、snp4、snp5、snp6、snp7和/或snp8，其中，

8、所述snp1位于nc_052533.1基因上第64412位，为g或t多态；

9、所述snp2位于nc_052533.1基因上第64017位，为t或g多态；

10、所述snp3位于nc_052533.1基因上第64405位，为g或a多态；

11、所述snp4位于nc_052533.1基因上第80644位，为a或g多态；

12、所述snp5位于nc_052533.1基因上第80656位，为a或t多态；

13、所述snp6位于nc_052533.1基因上第80696位，为t或g多态；

14、所述snp7位于nc_052533.1基因上第80431位，为a或g多态；

15、所述snp8位于nc_052533.1基因上第80447位，为t或c多态。

16、具体地，对所述的单核苷酸多态性位点进行检测，

17、snp1位点基因型为gt的待测鸡体重显著高于snp1位点基因型为gg的个体；

18、snp2位点基因型为tg或gg的待测鸡龙骨长显著高于snp2位点基因型为tt的个体；

19、snp3位点基因型为aa的待测鸡龙骨长显著高于snp3位点基因型为gg的个体，胸宽显著高于snp3位点基因型为ga的个体；

20、snp4位点基因型为gg的待测鸡龙骨长和胫长显著高于snp4位点基因型为aa的个体；

21、snp5位点基因型为tt的待测鸡龙骨长显著高于snp5位点基因型为aa的个体，胸深显著高于snp5位点基因型为aa或at的个体；

22、snp6位点基因型为gg的待测鸡龙骨长显著高于snp6位点基因型为tt的个体，胸深显著高于snp6位点基因型为tt或tg的个体；

23、snp7位点基因型为gg的待测鸡胸宽显著高于snp7位点基因型为aa的个体；

24、snp8位点基因型为cc的待测鸡胸宽显著高于snp8位点基因型为tt的个体。

25、优选地，所述检测试剂为引物。

26、一种检测粤西卷羽鸡体形性状的试剂盒，含有所述的检测试剂。

27、优选地，所述试剂盒包括核苷酸序列如seq id no：1～2所示的引物和/或核苷酸序列如seq id no：3～4所示的引物。

28、具体地，所述试剂盒包括用于扩增所述单核苷酸多态性位点snp1～snp3的核苷酸序列如seq id no：1～2所示的引物；

29、和/或用于扩增所述单核苷酸多态性位点snp4～snp8的核苷酸序列如seq id no：3～4所示的引物。

30、优选地，所述试剂盒还包括pcr扩增试剂。

31、更优选地，所述试剂盒还包括dntps、pcr反应缓冲液和/或dna聚合酶中的一种或几种。

32、一种检测粤西卷羽鸡体型性状的方法，检测所述的一个或多个单核苷酸多态性位点。

33、具体地，所述方法包括以下步骤：

34、s1.提取待测鸡的基因组dna；

35、s2.对步骤s1提取得到的基因组dna的igf2bp3基因进行测序，得到测序数据；

36、s3.分析步骤s2获得的测序数据，根据权利要求1所述的分子标记，判定待测鸡的体形性状。

37、优选地，步骤s2中所述测序为sanger测序。

38、优选地，步骤s3所述体形性状包括体重、龙骨长、胸宽、胸深和/或胫长。

39、所述的检测试剂、所述的试剂盒和/或所述的方法在粤西卷羽鸡分子辅助育种中的应用也应在本发明的保护范围之内。

40、与现有技术相比，本发明具有如下有益效果：

41、本发明通过分析粤西卷羽鸡igf2bp3基因上的snp位点，得到与粤西卷羽鸡体形性状显著相关的8个snp位点，可作为粤西卷羽鸡体形性状选育的分子标记，应用于粤西卷羽鸡体形性状的早期辅助选择。本发明提供了检测这些分子标记的检测引物、试剂盒及检测方法。利用这些检测引物、试剂盒和/或检测方法，可快速检测这些snp位点的基因型，以期在育种早期快速有效地预测粤西卷羽鸡的体重大小和体形性状，定向选育出具有不同体形特点的粤西卷羽鸡种质资源，为今后地方品种的分子选育和品种改良提供基础数据。本发明所述的检测方法可操作性强，能够在育种早期快速且有效地预测粤西卷羽鸡的体形性状，在粤西卷羽鸡种质资源改良方面具有广阔的应用前景。

技术特征：

1.一种检测粤西卷羽鸡的分子标记的检测试剂在粤西卷羽鸡体形性状检测中的应用，其特征在于，所述分子标记位于粤西卷羽鸡igf2bp3基因上，包括单核苷酸多态性位点snp1、snp2、snp3、snp4、snp5、snp6、snp7和/或snp8，其中，

2.根据权利要求1所述的应用，其特征在于，对权利要求1中所述的单核苷酸多态性位点进行检测，

3.根据权利要求1所述的应用，其特征在于，所述检测试剂为引物。

4.一种检测粤西卷羽鸡体形性状的试剂盒，其特征在于，含有权利要求1中所述的检测试剂。

5.根据权利要求4所述的试剂盒，其特征在于，包括核苷酸序列如seq id no：1～2所示的引物和/或核苷酸序列如seq id no：3～4所示的引物。

6.一种检测粤西卷羽鸡体型性状的方法，其特征在于，检测权利要求1中所述的一个或多个单核苷酸多态性位点。

7.根据权利要求6所述的方法，其特征在于，包括以下步骤：

8.根据权利要求7所述的方法，其特征在于，步骤s2中所述测序为sanger测序。

9.根据权利要求7所述的方法，其特征在于，步骤s3所述体形性状包括体重、龙骨长、胸宽、胸深和/或胫长。

10.权利要求1中所述的检测试剂、权利要求4所述的试剂盒和/或权利要求6所述的方法在粤西卷羽鸡分子辅助育种中的应用。

技术总结本发明公开了与粤西卷羽鸡体形性状相关的SNP分子标记的检测试剂、试剂盒、检测方法及其应用。本发明通过分析粤西卷羽鸡IGF2BP3基因上的SNP位点，得到与粤西卷羽鸡体形性状显著相关的8个SNP位点。通过检测粤西卷羽鸡的IGF2BP3基因，能够快速、有效和准确地在早期预测粤西卷羽鸡的体重和体形，能根据育种需要，选择具有不同体形性状的粤西卷羽鸡，从而缩短育种时间，加快育种进程。本发明提供了检测粤西卷羽鸡IGF2BP3基因上的SNP位点的引物、试剂盒以及检测粤西卷羽鸡体型性状的方法，在提高粤西卷羽鸡遗传育种效率方面有广阔的应用前景。技术研发人员：林树带,申汶巾,张丽,安立龙,罗威,张梓豪,李莹受保护的技术使用者：广东海洋大学技术研发日：技术公布日：2024/9/17