一种荷斯坦牛SNP基因型检测液相芯片及其应用的制作方法

本发明涉及了生物，具体涉及了一种荷斯坦牛snp基因型检测液相芯片及其应用。

背景技术：

1、荷斯坦牛的生产性能与基因型密切相关，荷斯坦牛基因型检测在优化畜牧品种、提高生产效率和原奶质量方面起着关键作用。传统的荷斯坦牛基因型检测方法包括聚合酶链反应(pcr)、简化基因组测序、重测序或固相芯片等检测方案，其中，pcr仅适用于少量标记检测、简化基因组测序基因位点捕获随机性较大，不适用于产业育种应用，重测序成本较高且数据分析工作量大，固相芯片则依赖昂贵的专利检测设备，且不支持检测多等位基因位点的基因型。传统基因检测方式在家畜育种应用中也存在检测成本高和准确性有待提升的问题。因此，研究出需要一种更为高效、准确的荷斯坦牛基因型检测方法，以提高畜牧业的生产效率和品种改良的质量，具有十分重要的意义。

技术实现思路

1、本发明的目的在于：针对现有技术存在的问题，提供一种一种荷斯坦牛snp基因型检测液相芯片及其应用。与传统方法相比，本发明荷斯坦牛基因型检测液相芯片产品具有明显的优势。首先，该产品支持检测多等位基因位点和结构变异区域，目标基因位点不仅包含用于亲子鉴定的snp，还涵盖了荷斯坦牛遗传缺陷基因相关的indels以及具有功能性的多等位基因位点。其次，该产品兼容了测序技术的基因型分型准确性高的特点，以及固相芯片支持指定目标位点定向检测的优点，配备了多种基因型结果的报告格式，例如基于参考基因组正链的基因型数据、finalreport格式的基因型数据，top链的基因型数据，能在确保样品基因检测准确性的同时，方便各类芯片数据的合并使用。

2、为了实现上述目的，本发明采用的技术方案为：

3、一种荷斯坦牛snp分子标记组合，其特征在于，荷斯坦牛snp分子标记组合由44716个snp分子标记组成，所述snp分子标记在荷斯坦牛参考基因组ars-ucd1.2上的位置如说明书表1所示。

4、表144716个snp分子标记位置

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134、靶向上述的荷斯坦牛snp分子标记组合的探针。

135、一种荷斯坦牛snp芯片，原料上述的探针。

136、进一步的，芯片为液相芯片。

137、进一步的，包括dna提取试剂盒、建库试剂盒、dna杂交试剂盒和浓度为50ng/μl探针混合液。

138、一种利用上述的荷斯坦牛snp芯片检测荷斯坦牛基因型的方法包括以下步骤：受检荷斯坦牛样本获得与基因组dna提取；荷斯坦牛cdna文库构建；用所述荷斯坦牛snp芯片与所构建的文库进行杂交、测序；按测序数据操作流程，对msnp基因型分型，完成个体所有液相芯片标记位点的基因型判定。

139、如上述的荷斯坦牛snp芯片在检测荷斯坦牛基因型中的应用。

140、如上述的荷斯坦牛snp芯片在筛选和/或改良荷斯坦牛品种中的应用。

141、如上述的荷斯坦牛snp芯片在荷斯坦牛健康管理中的应用。

142、如上述的荷斯坦牛snp芯片在荷斯坦牛疾病诊断中的应用。

143、综上所述，由于采用了上述技术方案，本发明的有益效果是：

144、(1)本技术提供了一种荷斯坦牛snp分子标记组合、靶向荷斯坦牛snp分子标记组合的探针以及包括该探针的荷斯坦牛snp芯片及其应用，与传统方法相比，本发明荷斯坦牛基因型检测液相芯片产品具有明显的优势。首先，该产品支持检测多等位基因位点和结构变异区域，目标基因位点不仅包含用于亲子鉴定的snp，还涵盖了荷斯坦牛遗传缺陷基因相关的indels以及具有功能性的多等位基因位点。其次，该产品兼容了测序技术的基因型分型准确性高的特点，以及固相芯片支持指定目标位点定向检测的优点，配备了多种基因型结果的报告格式，例如基于参考基因组正链的基因型数据、finalreport格式的基因型数据，top链的基因型数据，能在确保样品基因检测准确性的同时，方便各类芯片数据的合并使用。

145、(2)该产品采用液相探针与目标dna片段杂交捕获的方式，通过高深度重测序实现荷斯坦牛目标基因位点的基因型检测。其中，dna提取试剂盒用于从样本中提取荷斯坦牛dna，建库试剂盒用于扩增目标dna片段构建dna测序文库，dna杂交试剂盒和探针混合液用于从dna文库中捕获目标dna片段，该dna片段中包含本产品涉及的目标snp位点，以备后续分析。利用液相芯片技术，本产品可以高效地完成基因型检测，减少了样本处理的时间和实验成本，并提高了检测的准确性和复现性。