一串红的DNA指纹图谱及其应用

本发明涉及分子生物学领域，更具体地，涉及一种一串红的dna指纹图谱及其应用。

背景技术：

1、dna指纹图谱最早在1985年由英国莱斯特大学的遗传学家jefferys提出，jefferys及其合作者首次将分离的人源小卫星dna用作基因探针，同人体核dna的酶切片段杂交，获得了由多个位点上的等位基因组成的长度不等的杂交带图纹，这种图纹极少有两个人完全相同，故称为"dna指纹"，意思是它同人的指纹一样是每个人所特有的。众多“dna指纹”组成“dna指纹图谱”。多种分析标记都可被用于dna图谱构建，其中snps标记由于在基因组中数量更多、更丰富、在基因组上分布广、稳定和遗传力高等特点，现阶段被广泛用于构建dna指纹图谱。dna指纹图谱对于品种特异性和真实性鉴别、种子纯度鉴定具有重要意义。

2、一串红(拉丁学名：salvia splendens ker gawler.)别名象牙红、西洋红、墙下红等，是唇形目唇形科鼠尾草属的植物，原产巴西。一串红为草本或亚灌木状，株高90厘米，茎钝四棱形，叶卵形或三角状卵形，轮伞花序2-6花，小坚果椭圆形，暗褐色，花期3-10月。在中国各地庭园中广泛栽培，作观赏用。一串红品种较多，花有各种颜色，由大红至紫，甚至有白色的。开发一串红品种的dna鉴定方法具有积极的意义。

技术实现思路

1、有鉴于此，本发明提供了一种一串红的dna指纹图谱及其应用，还公开了一串红snps标记的确定方法。

2、一方面，本发明提供了一种一串红的dna指纹图谱及其应用，所述dna指纹图谱包括如下220个snps标记：

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7、另一方面，本发明还提供了一种一串红snps标记的确定方法，包括步骤：

8、dna样品制备，包括：琼脂糖凝胶电泳分析dna降解程度以及是否有rna污染；nanodrop检测dna的纯度；qubit对dna浓度进行精确定量，其中，od260/od280在1.8-2.0之间，含量在1.5μg以上的dna样品用来建库；

9、文库构件，dna检测合格后，通过covaris仪器随机打断成长度为350bp的dna片段，采用truseq library construction kit进行建库，dna片段经末端修复、加ploya尾、加测序接头、纯化、pcr扩增步骤完成文库制备；

10、文库质检，先使用qubit 2.0进行初步定量，然后使用agilent对文库的insertsize进行检测，insert size符合预期后，使用qpcr方法对文库的有效浓度进行准确测量，文库有效浓度大于2nm；

11、上机测序，根据文库的有效浓度及数据产出需求在illumina平台进行pe150模式的测序，illumina测序得到的测序结果存储在fastq格式文件中，包含测序序列及其对应的测序质量信息；

12、将测序结果进行dna指纹图谱分析，包括：

13、数据质控，利用fastp的参数进行质控，过滤不合格测序序列，得到纯净测序序列用于后续分析；

14、与参考基因组进行比对，利用sentieon软件对所述纯净测序序列进行参考基因组比对分析，比对结果使用samtools进行排序和去重；

15、群体snps位点过滤，与参考基因组进行比对后得到5877320个初始snps，根据测序深度、比对质量值、基因型质量值、位点缺失率、最小等位基因频率、杂合率进行过滤，得到13378个高质量的群体共用snps，再根据连锁强度过滤掉连锁紧密的snps，获得7962个独立snps；

16、群体snps位点筛选，以7962个独立snps为基础，首先在每条染色体选择1个snp，结合研究物种的染色体条数22，共选择出22个位点，以染色体分布均匀性为基础，每次抽取22个snps，随机抽取20次，计算两两样本间的遗传相似度，以遗传相似度小于等于92％为标准统计可区分的样本数，其中，第2次抽样的snps组合可区分的样本数最多，为33个样本，占总样本数的100％，并且染色体分布比较均匀，将第2次抽样得到的22个snps标记定为第一指纹图谱；

17、以第一指纹图谱的22个snps为基础，每轮增加1个snp，随机抽取20次，每次抽样进行432次迭代计算，然后基于增加后的snps计算两两样本间的遗传相似度，以遗传相似度≤92％为标准统计可区分的样本数量，根据每条染色体以4m均匀取标记，在标记增加到第219轮且两两相似度较低的第4次抽样时可区分的样本数最多，为33个样本，占总样本数的100％，并且染色体分布也比较均匀，将迭代到219轮、第4次抽样得到的220个snps标记定为dna指纹图谱。

18、与现有技术相比，本发明提供的一串红的dna指纹图谱及其应用，至少实现了如下的有益效果：

19、相比于现有技术，由于本发明以一串红dna的特异性作为鉴定依据，因此与传统的外观鉴定方法相比，更客观、更准确、更可靠，本发明建立的指纹图谱所选取的snps可以有效代表33个高质量群体共有snps进行群体遗传多样性检测。相似度阈值为92％时，指纹图谱可以鉴定出更多的样本对。

20、当然，实施本发明的任一产品必不特定需要同时达到以上所述的所有技术效果。

21、通过以下参照附图对本发明的示例性实施例的详细描述，本发明的其它特征及其优点将会变得清楚。

技术特征：

1.一种一串红的dna指纹图谱及其应用，其特征在于，所述dna指纹图谱包括如下220个snps标记：

2.一种一串红snps标记的确定方法，其特征在于，包括步骤：

技术总结本发明公开了一种一串红的DNA指纹图谱及其应用，公开了DNA指纹图谱包括220个SNPs标记，本发明还公开了一串红的SNPs标记的确定方法。由于本发明以一串红DNA的特异性作为鉴定依据，因此与传统的外观鉴定方法相比，更加客观、更加准确、更加可靠。技术研发人员：葛秀秀,王红利,陈洪伟受保护的技术使用者：北京农学院技术研发日：技术公布日：2024/6/18