一种与青菜品种相关的InDel标记引物及其应用的制作方法

本发明涉及生物，具体而言，涉及一种与青菜品种相关的indel标记引物及其应用。

背景技术：

1、杂种优势在生物界普遍存在，是指杂合体在一种或多种性状上优于两个亲本的现象。杂种优势利用作为遗传应用的典型代表，已在水稻、玉米和小麦等作物中取得了丰硕成果。随着育种工作的深入，杂种优势的应用不再局限于粮食作物，也开始应用到蔬菜等领域。青梗菜又叫小棠菜，属于十字花科作物，其口感爽脆，且富含维生素、蛋白质、胡萝卜素和多种矿质元素。“赏夏2号”作为一种新培育的青梗菜杂交品种，具有优质高产和易于栽培管理等特点，深受消费者和农业种植户的喜爱。

2、杂交制种过程中，存在亲本自交或外源花粉污染等问题，从而造成种子纯度降低，进而影响作物的产量和品质。因此，纯度鉴定是保证青梗菜杂交品种质量的必要流程，也是实现作物优质高产的坚实保障。目前，我国青梗菜种子纯度鉴定以田间表型鉴定为主，此鉴定方法易受环境因素干扰，存在田间表型不易把握和耗时过长等问题。

技术实现思路

1、本发明所要解决的问题是如何提高青菜品种鉴定的准确性并缩短鉴定时间。

2、为解决上述问题，本发明第一方面提供一种与青菜品种相关的indel标记引物，所述青菜品种选自“赏夏2号”、“qgc301”和“qgc145b”中的任意一种或多种，所述indel标记引物扩增模板为“qgc301”和/或“qgc145b”的dna时扩增片段上存在如seq id no.3所示的indel标记片段。

3、作为优选，所述indel标记引物包括如seq id no.1所示的上游引物sx-2-f和如seq id no.2所示的下游引物sx-2-r。

4、本发明提供的indel标记引物针对“赏夏2号”、“qgc301”和“qgc145b”青菜品种设计，indel多态性分子标记是基于插入或缺失位点两侧的序列来设计特异性引物并进行pcr扩增的标记，具有扩增产物带型清晰简单，稳定性强和分离效果明显等优势。indel分子标记检测杂交种纯度相比传统的田间小区表型鉴定法，可以避免试验场地大、环境突变、人为主观判断误差和周期长等问题，在幼苗或种子水平就能快速、准确地鉴定大批量杂交种种子的纯度。

5、进一步地，本发明第二方面提供一种前述indel标记引物的应用，即将所述indel标记应用于以下任意一个或多个方面：

6、a：鉴定或辅助鉴定青菜品种；

7、b：制备鉴定或辅助鉴定青菜品种的产品；

8、c：选育或辅助选育青菜品种；

9、d：制备选育或辅助选育青菜品种的产品；

10、e：青菜育种；

11、f：制备青菜育种的产品。

12、进一步地，本发明第三方面提供一种试剂盒，所述试剂盒中含有seq idno.1～2所示的indel标记引物。

13、作为优选，所述试剂盒中还含有用于pcr反应的试剂和/或用于琼脂糖凝胶电泳的试剂。

14、本发明第四方面提供一种前述试剂盒的应用，即将所述试剂盒应用于以下任意一个或多个方面：

15、a：鉴定或辅助鉴定青菜品种；

16、b：制备鉴定或辅助鉴定青菜品种的产品；

17、c：选育或辅助选育青菜品种；

18、d：制备选育或辅助选育青菜品种的产品；

19、e：青菜育种；

20、f：制备青菜育种的产品。

21、本发明第五方面提供一种鉴定或辅助鉴定青菜品种的方法，所述青菜品种选自“赏夏2号”、“qgc301”和“qgc145b”中的任意一种或多种，所述鉴定或辅助鉴定青菜品种的方法为采用seq id no.1～2所示的indel标记引物或含有seq id no.1～2所示的indel标记引物的试剂盒对青菜品种进行鉴定或辅助鉴定。

22、作为优选，所述鉴定或辅助鉴定青菜品种的方法包括以下步骤：

23、s1：提前待测样品青菜的dna；

24、s2：以提取的dna为模板，利用seq id no.1～2所示的indel标记引物或含有seqid no.1～2所示的indel标记引物的试剂盒对提取的dna进行pcr扩增；

25、s3：对pcr产物进行琼脂糖凝胶电泳；

26、s4：根据琼脂糖凝胶电泳结果，对样品青菜的品种进行鉴定。

27、进一步优选，所述步骤s4中，若琼脂糖凝胶电泳结果为双带型且上条带所示分子量大小为281bp，下条带所示分子量大小为240bp，则青菜样品的品种为“赏夏2号”；若琼脂糖凝胶电泳结果为单带型且条带所示分子量大小为281bp，则青菜样品的品种为“qgc301”；若琼脂糖凝胶电泳结果为单带型且条带所示分子量大小为240bp，则青菜样品的品种为“qgc145b”。

28、进一步优选，所述步骤s2中，pcr的反应程序为：94℃预变性5min，94℃变性20s，退火20s，72℃延伸40s，循环35次，72℃延伸10min，4℃保存。

29、本发明具备的有益效果：“赏夏2号”是母本“qgc301”和父本“qgc145b”杂交后获得的f1。相对于现有技术本发明提供的indel标记引物、试剂盒、相关鉴定方法可以极大地提高青菜品种鉴定的准确度并缩短鉴定时间，这为后续植物新品种开发、植物分型、植物选育提供了基础工具。

技术特征：

1.一种与青菜品种相关的indel标记引物，其特征在于，所述indel标记引物包括如seqid no.1所示的上游引物sx-2-f和如seq id no.2所示的下游引物sx-2-r，所述indel标记引物所对应的indel标记位点的核苷酸序列如seq id no.3所示。

2.一种权利要求1一所述indel标记引物的应用，其特征在于，将所述indel标记引物应用于以下任意一个或多个方面：

3.一种试剂盒，其特征在于，所述试剂盒中含有seq id no.1～2所示的indel标记引物。

4.如权利要求3所述的试剂盒，其特征在于，所述试剂盒中还含有用于pcr反应的试剂和/或用于琼脂糖凝胶电泳的试剂。

5.一种权利要求3或4任一所述试剂盒的应用，其特征在于，将所述试剂盒应用于以下任意一个或多个方面：

6.一种鉴定或辅助鉴定青菜品种的方法，其特征在于，所述青菜品种选自“赏夏2号”、“qgc301”和“qgc145b”中的任意一种或多种，所述鉴定或辅助鉴定青菜品种的方法为采用seq id no.1～2所示的indel标记引物或含有seq id no.1～2所示的indel标记引物的试剂盒对青菜品种进行鉴定或辅助鉴定。

7.如权利要求6所述的鉴定或辅助鉴定青菜品种的方法，其特征在于，包括以下步骤：

8.如权利要求7所述的鉴定或辅助鉴定青菜品种的方法，其特征在于，所述步骤s4中，若琼脂糖凝胶电泳结果为双带型且上条带所示分子量大小为281bp，下条带所示分子量大小为240bp，则青菜样品的品种为“赏夏2号”；若琼脂糖凝胶电泳结果为单带型且条带所示分子量大小为281bp，则青菜样品的品种为“qgc301”；若琼脂糖凝胶电泳结果为单带型且条带所示分子量大小为240bp，则青菜样品的品种为“qgc145b”。

9.如权利要求8所述的鉴定或辅助鉴定青菜品种的方法，其特征在于，所述步骤s2中，pcr的反应程序为：94℃预变性5min，94℃变性20s，退火20s，72℃延伸40s，循环35次，72℃延伸10min，4℃保存。

技术总结本发明公开了一种与青菜品种相关的InDel标记引物及其应用，属于生物技术领域，本发明提供的InDel标记引物扩增模板为“Qgc301”和/或“Qgc145B”的DNA时扩增片段上存在如SEQ ID No.3所示的InDel标记片段。所述InDel标记引物包括如SEQ ID No.1所示的上游引物SX‑2‑F和如SEQ ID No.2所示的下游引物SX‑2‑R。采用本发明提供的InDel标记引物、试剂盒、鉴定方法可以快速、准确地鉴定出“赏夏2号”、“Qgc301”和“Qgc145B”中的任意一种或多种，可以避免试验场地大、环境突变、人为主观判断误差和周期长等问题，在幼苗或种子水平就能快速、准确地鉴定大批量杂交种种子的纯度。这为后续植物新品种开发、植物分型、植物选育提供了基础工具。技术研发人员：吴新胜,廖慧敏,胡锦彬,韩南南,韦银兰受保护的技术使用者：宁波微萌种业有限公司技术研发日：技术公布日：2024/6/18