影响猪后腿骨占比的猪17号染色体上的SNP标记

本发明涉及分子标记领域，特别涉及影响猪后腿骨占比的猪17号染色体上的snp标记。

背景技术：

1、新世纪快节奏、高品质的生活方式和高标准的消费理念必然带来新的市场需求，这就要求对猪胴体的分割从传统概念的分割转向按品种、解剖部位分开，对各个具体部位的切块产量和质量作精细评估。越来越多的企业也将屠宰-加工过程纳入其养殖产业链中，这可以提升胴体的经济价值和使用价值，以获取更多的利润。而且预分割和包装的冷鲜肉和冷冻肉还可以减少活猪调运，防止非洲猪瘟以及其它传染病的传播。

2、根据国家标准《分割鲜冻猪瘦肉》(gb/t 9959.2-2008)和《猪肉及猪副产品流通分类与代码》(sb/t 10746-2012)中所述，猪后腿骨，又称“后筒子骨”，由猪股骨，肱骨和胫骨组成。其蕴含丰富的骨髓和骨胶原，能够提供多种氨基酸和微量元素，因此，深受广大消费者喜爱。因此，提高后腿骨重量在整个胴体重量中的占比(后腿骨占比)，可以提升胴体的经济价值。

3、对猪胴体切块产品组成的性状测定目前只能在猪屠宰后，对每个标准分割产品进行称重并计算其占比。另外，由于种猪育种是在核心群群体中选留优良种猪，实际选育体系只能将核心群群体的近亲个体种猪进行屠宰测定，成本极其昂贵，且不能实现对核心群个体直接选择，只能通过基于亲缘关系的测量间接选育，这使得基于家系和表型测定的传统育种效率低下。

4、因此，探索出影响后腿骨占比的标记位点并对育种群体加以改良，对生猪养殖业的生产和经济效益有着重要的意义。

技术实现思路

1、本发明之一提供了一种猪的snp标记，所述snp标记的核酸序列如seq id no.1所示，所述snp标记的位点位于如seq id no.1所示的核酸上的从5’端起的第1000位，对应于11.1版本国际猪基因组的17号染色体上的从5’端起的第15626425位，为c或t。

2、本发明之二提供了本发明之一中所述的snp标记在辅助鉴定猪后腿骨占比中的应用。即可以先通过snp标记高通量筛选出后腿骨占比较大的t/t基因型或t/c基因型(或者可以描述为c/t基因型，两者含义相同)，再根据需要基于常规方法对t/t基因型或t/c基因型的后腿骨占比进行定量测定，或省略定量测定步骤，仅基于snp标记的基因型作出选择，例如仅选择t/t基因型的个体，或选择t/t基因型和t/c基因型的个体。

3、在一个具体实施方式中，基于所述后腿骨占比，所述seq id no.1上的从5’端起的第1000位点基因型的优选顺序依次为：t/t基因型、t/c基因型和c/c基因型。

4、在一个具体实施方式中，所述猪为含有大白猪血统的猪。

5、在一个具体实施方式中，所述猪为大白猪和/或杜洛克×长白×大白三杂交猪。

6、本发明之三提供了一种辅助猪遗传改良的方法，所述方法包括：确定种猪核心群中的种猪的如本发明之一所述的snp标记，并根据所述snp标记做出相应的选择：在所述种猪核心群中选择在所述seq id no.1上的从5’端起的第1000位点为t/c基因型和/或t/t基因型种猪个体，淘汰在该位点为c/c基因型的种猪个体，以逐代提高等位基因t的频率。

7、在一个具体实施方式中，在所述种猪核心群中选择在所述seq id no.1上的从5’端起的第1000位点为t/t基因型的种猪个体，淘汰在该位点为t/c基因型和c/c基因型的种猪个体，以逐代提高等位基因t的频率。

8、在一个具体实施方式中，利用分析所述种猪的核酸的序列来确定所述种猪的如本发明之一所述的snp标记，其中所述核酸的序列如seq id no.1所示。

9、在一个具体实施方式中，所述猪的来源为含有大白猪血统的猪。

10、在一个具体实施方式中，所述猪的来源为大白猪和/或杜洛克×长白×大白三杂交猪。本发明的有益效果：

11、本发明的snp标记17_15626425与猪后腿骨占比显著相关，因此可以通过本发明的snp标记对猪群该位点进行判型，并通过该snp标记对猪的后腿骨占比进行辅助鉴定或对猪群进行后腿骨占比的遗传改良。

12、通过改良17_15626425snp位点，提高该位点等位基因t的频率，降低等位基因c的频率，可以提高后腿骨占比，进而提升胴体的经济价值。

技术特征：

1.一种猪的snp标记，所述snp标记的核酸序列如seq id no.1所示，所述snp标记的位点位于如seq id no.1所示的核酸上的从5’端起的第1000位，对应于11.1版本国际猪基因组的17号染色体上的从5’端起的第15626425位，为c或t。

2.如权利要求1所述的snp标记在辅助鉴定猪后腿骨占比中的应用。

3.根据权利要求2所述的应用，其特征在于，基于所述后腿骨占比，所述seq id no.1上的从5’端起的第1000位点基因型的优选顺序依次为：t/t基因型、t/c基因型和c/c基因型。

4.根据权利要求2所述的应用，其特征在于，所述猪为含有大白猪血统的猪。

5.根据权利要求2所述的应用，其特征在于，所述猪为大白猪和/或杜洛克×长白×大白三杂交猪。

6.一种辅助猪遗传改良的方法，所述方法包括：确定种猪核心群中的种猪的如权利要求1所述的snp标记，并根据所述snp标记做出相应的选择：

7.根据权利要求6所述的方法，其特征在于，在所述种猪核心群中选择在所述seq idno.1上的从5’端起的第1000位点为t/t基因型的种猪个体，淘汰在该位点为t/c基因型和c/c基因型的种猪个体，以逐代提高等位基因t的频率。

8.根据权利要求6或7所述的方法，其特征在于，利用分析所述种猪的核酸的序列来确定所述种猪的如权利要求1所述的snp标记，其中所述核酸的序列如seq id no.1所示。

9.根据权利要求6或7所述的方法，其特征在于，所述猪的来源为含有大白猪血统的猪。

10.根据权利要求6或7所述的方法，其特征在于，所述猪的来源为大白猪和/或杜洛克×长白×大白三杂交猪。

技术总结本发明提供了影响猪后腿骨占比的猪17号染色体上的SNP标记。所述SNP标记的核酸序列如SEQ ID No.1所示，所述SNP标记的位点位于如SEQ ID No.1所示的核酸上的从5’端起的第1000位，对应于11.1版本国际猪基因组的17号染色体上的从5’端起的第15626425位，为C或T。技术研发人员：黄路生,谢磊,张志燕,唐熹,肖石军,姚天雄受保护的技术使用者：江西农业大学技术研发日：技术公布日：2024/6/18