影响猪肌内脂肪含量的猪5号染色体上的InDel分子标记

本发明涉及分子标记领域，特别涉及影响猪肌内脂肪含量的猪5号染色体上的indel分子标记。

背景技术：

1、我国不仅仅是猪肉生产大国，同时也是猪肉消费大国。以往养殖企业通常重点关注饲料转化率、瘦肉率及日增重等生长性状，而忽略了肉质改良。随着生活水平的提高，消费者对猪肉的要求从数量转变到质量，人们越来越注重肉质的风味、口感及嫩度等。因此，肉质性状改良成为当今养殖企业重点关注目标之一。

2、猪肉肌内脂肪含量(intramuscular fat content,imf)是改良肉质性状的重要目标性状，直接影响猪肉的风味与口感等。肌内脂肪含量是影响猪肉品质的重要因素之一，它不仅影响猪肉的嫩度、多汁性和风味，还与猪肉的营养价值密切相关。此外，猪肌内脂肪含量的研究还具有潜在的健康价值。肌内脂肪中含有丰富的不饱和脂肪酸，如亚油酸和亚麻酸等，这些物质对人体健康具有重要作用。研究肌内脂肪含量的调控机制，有助于优化猪肉的营养成分，为消费者提供更加健康、营养的肉类产品。

3、因此，探索出影响肌内脂肪含量的标记位点并对育种群体加以改良，对生猪养殖业的生产和经济效益有着重要的意义。

技术实现思路

1、本发明之一提供了一种猪的indel分子标记，所述indel分子标记的核酸序列如seq id no.1所示，所述indel分子标记的位点位于如seq id no.1所示的核酸上的从5’端起的第301位，对应于11.1版本国际猪基因组的5号染色体上的从5’端起的第62866138位，为g；或在seq id no.1上的从5’端起的第301位和第302位点之间，对应于11.1版本国际猪基因组的5号染色体上的从5’端起的第62866138和第62866139位点之间，插入a，因而，位于seq id no.1上的从5’端起的第301位点，对应于11.1版本国际猪基因组的5号染色体上的从5’端起的第62866138位，为ga。也就是说，对于本发明的indel标记，其为g或ga，当为g时，其位于如seq id no.1上的从5’端起的第301位点，对应于11.1版本国际猪基因组的5号染色体上的从5’端起的第62866138位；当为ga时，位于如seq id no.1上的从5’端起的第301位和第302位点之间插入a，原seq id no.1序列中第302位的碱基向后排序为第303位，对应于11.1版本国际猪基因组的5号染色体上的从5’端起的第62866138位点之后插入a，5号染色体序列中原第62866139位的碱基排序后延，不过，为了简明表述，在本发明中，在如seqid no.1上的从5’端起的第301位要么为indel分子标记g；要么为ga，即当插入所述a时，后面的碱基仍然视为其处于原位置下，第301位表述为ga。

2、本发明之二提供了本发明之一中所述的indel分子标记在辅助鉴定猪肌内脂肪含量中的应用。即可以先通过indel分子标记高通量筛选出肌内脂肪含量较高的ga/ga基因型或ga/g基因型(或者可以描述为g/ga基因型，两者含义相同)，再基于常规测定(例如使用aloka 500v ssd超声波机对第10至第11根肋骨中线外6至7厘米处进行扫描采集图像，然后使用biosoft toolbox for swine软件预测背最长肌中肌内脂肪含量)对ga/ga基因型或ga/g基因型进行定量测定，或者省略定量测定步骤，仅基于indel分子标记的基因型作出选择，即ga/ga基因型的个体全部纳入选择中，或ga/ga基因型和ga/g基因型的个体全部纳入选择中。

3、在一个具体实施方式中，基于所述肌内脂肪含量，所述seq id no.1上的从5’端起的第301位点基因型的优选顺序依次为：ga/ga基因型、ga/g基因型和g/g基因型。

4、在一个具体实施方式中，所述猪为杜洛克猪。

5、本发明之三提供了一种辅助猪遗传改良的方法，所述方法包括：确定种猪核心群中的种猪的如本发明之一所述的indel分子标记，并根据所述indel分子标记做出相应的选择：在所述种猪核心群中选择在所述seq id no.1上的从5’端起的第301位点为ga/ga基因型和/或ga/g基因型种猪个体，淘汰该位点为g/g基因型的种猪个体，以逐代提高等位基因ga的频率。

6、在一个具体实施方式中，在所述种猪核心群中选择在所述seq id no.1上的从5’端起的第301位点为ga/ga基因型的种猪个体，淘汰该位点为ga/g基因型和g/g基因型的种猪个体，以逐代提高等位基因ga的频率。

7、在一个具体实施方式中，利用分析所述种猪的核酸的序列来确定所述种猪的如本发明之一所述的indel分子标记，其中所述核酸的序列如seq id no.1所示。

8、在一个具体实施方式中，所述猪的来源为杜洛克猪。

9、本发明的有益效果：

10、本发明的indel分子标记5_62866138与猪肌内脂肪含量显著相关，因此可以通过本发明的indel分子标记对猪群该位点进行判型，并通过该indel分子标记对猪的肌内脂肪含量进行辅助鉴定或对猪群进行肌内脂肪含量的遗传改良。

11、通过改良5_62866138indel分子位点，提高该位点等位基因ga的频率，降低等位基因g的频率，可以改善肌内脂肪含量，进而改善肉质风味、口感及嫩度，提高猪肉的营养价值。

技术特征：

1.一种猪的indel分子标记，所述indel分子标记的核酸序列如seq id no.1所示，所述indel分子标记的位点位于如seq id no.1所示的核酸上的从5’端起的第301位，对应于11.1版本国际猪基因组的5号染色体上的从5’端起的第62866138位，为g；或在seq id no.1上的从5’端起的第301位和第302位点之间，对应于11.1版本国际猪基因组的5号染色体上的从5’端起的第62866138和第62866139位点之间，插入a。

2.如权利要求1所述的indel分子标记在辅助鉴定猪肌内脂肪含量中的应用。

3.根据权利要求2所述的应用，其特征在于，基于所述肌内脂肪含量，所述seq idno.1上的从5’端起的第301位点基因型的优选顺序依次为：ga/ga基因型、ga/g基因型和g/g基因型。

4.根据权利要求2或3所述的应用，其特征在于，所述猪为杜洛克猪。

5.一种辅助猪遗传改良的方法，所述方法包括：确定种猪核心群中的种猪的如权利要求1所述的indel分子标记，并根据所述indel分子标记做出相应的选择：

6.根据权利要求5所述的方法，其特征在于，在所述种猪核心群中选择在所述seq idno.1上的从5’端起的第301位点为ga/ga基因型的种猪个体，淘汰该位点为ga/g基因型和g/g基因型的种猪个体，以逐代提高等位基因ga的频率。

7.根据权利要求5或6所述的方法，其特征在于，利用分析所述种猪的核酸的序列来确定所述种猪的如权利要求1所述的indel分子标记，其中所述核酸的序列如seq id no.1所示。

8.根据权利要求5或6所述的应用，其特征在于，所述猪的来源为杜洛克猪。

技术总结本发明提供了影响猪肌内脂肪含量的猪5号染色体上的InDel分子标记。所述InDel分子标记的核酸序列如SEQ ID No.1所示，所述InDel分子标记的位点位于如SEQ ID No.1所示的核酸上的从5’端起的第301位，对应于11.1版本国际猪基因组的5号染色体上的从5’端起的第62866138位，为G；或在SEQ ID No.1上的从5’端起的第301位和第302位点之间，对应于11.1版本国际猪基因组的5号染色体上的从5’端起的第62866138和第62866139位点之间，插入A。技术研发人员：黄路生,胡剑超,张志燕,艾华水,童信凯受保护的技术使用者：江西农业大学技术研发日：技术公布日：2024/6/18