一种与辣椒抗疫病性状共分离的Indel标记及其应用

本发明涉及分子生物学和植物分子标记育种，具体而言，涉及一种与辣椒抗疫病性状共分离的indel标记及其应用。

背景技术：

1、辣椒，隶属于茄科辣椒属(capsicum)，其起源可追溯至中南美洲。如今，辣椒已在全球范围内广泛种植，既可作为新鲜食材供人们食用，也可用于加工制作各种食品。辣椒在蔬菜产业中占据重要地位，其种质资源极为丰富，种植技术相对简单，经济效益显著。

2、在辣椒的生长发育过程中，会遭遇多种生物和非生物胁迫的影响。其中，辣椒疫病，又被称为“死秧病”，是一种由辣椒疫霉菌(phytophthora capsici)侵染导致的严重病害。该病害一旦发生，轻则会导致产量减少，重则可能导致完全绝收，给辣椒生产带来极其严重的经济损失。目前，辣椒疫霉菌分布广泛，已成为影响辣椒生产的重要因素。因此，对该病害的防治工作至关重要。

3、辣椒疫病广泛分布，其生理小种多样，且病原菌易于发生变异。在辣椒对疫病的抗性中，垂直抗性与水平抗性并存，且存在阶段性的增强趋势，即随着生长阶段的推进，其抗性逐渐加强。辣椒对疫霉菌的抗病性呈现出遗传多样性，不同抗病性品种乃至不同株系的抗病性遗传方式各异，主要涵盖单基因遗传、寡基因遗传和多基因遗传三种类型。

4、然而，由于缺乏广泛适用的抗疫病辣椒资源，以及辣椒抗疫病遗传规律的复杂性和抗病机制的不明确，当前育种工作进展相对缓慢。因此，对与抗病性状相关的基因进行标记、定位和克隆，成为了分子标记辅助选育抗病品种的核心环节。分子标记辅助育种是一种将分子遗传学与传统的表型选择相结合的新型手段，通过直接利用与目标性状基因紧密连锁或共分离的分子标记，对个体进行目标区域乃至全基因组的筛选，旨在提高目标性状的选择效率，缩短育种周期。

5、国内外学者针对辣椒疫病抗性基因的分子标记进行了深入研究，并成功鉴定出若干与疫病抗性相关的数量性状基因座(qtl)。这些研究成果为辣椒抗性育种的分子标记辅助选择提供了有力支持。当前研究显示，辣椒第5号染色体是疫病抗性基因的主要定位区域，并在此区域内发现了一些与疫病抗性紧密相关的qtl，同时开发出相应的分子标记。然而，这些公开可用的分子标记在实际应用中存在一定的局限性，尤其是在多种种质间的表型和基因型匹配方面存在不足，这在一定程度上制约了分子标记辅助育种的应用范围。

6、针对辣椒疫病的防治，培育抗病品种是提高产量和经济效益的关键措施。然而，目前尚未克隆到辣椒抗疫病基因，这在一定程度上制约了分子育种的发展。因此，研发与辣椒抗疫病性紧密连锁的分子标记对于推动辣椒抗病品种的分子标记辅助选择育种具有重要意义。

技术实现思路

1、分子标记辅助选择育种技术的关键在于找到与重要农艺性状紧密相关的dna分子标记。其中，indel多态性分子标记是一种基于插入/缺失位点设计的特异引物pcr扩增标记。其本质在于通过比较不同亲本基因组中特定位点的核苷酸插入或缺失情况，实现快速基因分型。此类标记具有操作简便、结果直观等优点，为辣椒抗疫病品种的分子标记辅助选择育种提供了新的思路和方法。鉴于此，本发明提出了一种与辣椒抗疫病性状共分离的indel标记及其应用，旨在解决当前技术中的问题。

2、本发明提出了一种与辣椒抗疫病性状共分离的indel标记，所述indel标记位于辣椒cv.cm334基因组5号染色体的29,449,971-29,449,991bp；所述indel命名为indel 73；

3、与感疫病辣椒相比，抗疫病辣椒存在所述indel 73的缺失。

4、本发明还提出了一种所述的与辣椒抗疫病性状共分离的indel标记的扩增用引物，所述扩增用引物包括：

5、indel 73-f：5’-gtggtggcagtggtactgtg-3’；

6、indel 73-r：5’-tttgatggaatgacacccct-3’。

7、本发明还提出了一种用于鉴定辣椒抗疫病性状的产品，所述产品包括以下至少一项：

8、a)所述的indel标记；

9、b)所述的扩增用引物。

10、优选的，所述产品包括：

11、检测试剂、试剂盒、基因组芯片或液相探针。

12、本发明还提出了一种所述的indel标记或所述的扩增用引物的应用，所述应用包括以下至少一项：

13、a)在鉴定辣椒抗疫病性状中的应用；

14、b)在辣椒遗传育种中的应用；

15、c)在辣椒遗传多样性分析中的应用；

16、d)在构建辣椒遗传连锁图谱中的应用。

17、与现有技术相比，本发明的有益效果在于：

18、(1)本发明的与辣椒抗疫病性状共分离的indel分子标记及其应用，通过发掘与辣椒抗疫病基因紧密连锁的标记开发得到，本发明的indel分子标记定位的辣椒抗疫病基因遗传效果明显稳定，能够满足分子育种的需要。

19、(2)本发明可以在实验室对辣椒抗疫病基因型进行检测，不受环境条件影响。利用本发明可以对辣椒抗疫病育种分离世代中任何生长时期进行单株辣椒抗病性检测，并且不影响植株正常生长。利用本发明进行辣椒抗疫病检测时间迅速，费用较低

20、(3)由于分子标记在辅助育种体系中具有简便、快速、高通量的优势，本发明的分子标记可为最终实现对辣椒抗疫病基因caphytox的克隆，进而为辣椒抗疫病的分子机制研究奠定基础，在新品种培育中具有较好的应用价值。

技术特征：

1.一种与辣椒抗疫病性状共分离的indel标记，其特征在于，所述indel标记位于辣椒cv.cm334 基因组5号染色体的29 449 971-29 449 991bp；所述indel命名为indel 73；

2.一种权利要求1所述的与辣椒抗疫病性状共分离的indel标记的扩增用引物，其特征在于，所述扩增用引物包括：

3.一种权利要求1所述的indel标记或权利要求2所述的扩增用引物的应用，其特征在于，所述应用包括以下至少一项：

4.一种用于鉴定辣椒抗疫病性状的产品，其特征在于，所述产品包括以下至少一项：

5.根据权利要求4所述的用于鉴定辣椒抗疫病性状的产品，其特征在于，所述产品包括：

技术总结本发明涉及分子生物学和植物分子标记育种技术领域，公开一种与辣椒抗疫病性状共分离的Indel标记及其应用，其中，所述Indel标记位于辣椒cv.CM334基因组5号染色体的29,449,971‑29,449,991bp；与感疫病辣椒相比，抗疫病辣椒存在所述Indel 73的缺失。本发明提供的该标记与辣椒抗疫病基因紧密连锁，定位效果稳定，适用于分子育种；可在实验室条件下检测辣椒抗疫病基因型，不受环境限制。利用该标记，可在任何生长时期对辣椒单株进行快速抗病性检测，且不影响其正常生长；本发明的分子标记可为辣椒抗疫病基因的克隆及辣椒抗疫病分子机制的研究奠定基础，并在新品种培育中具有应用价值。技术研发人员：石凤岩,王治丹,邹春蕾,张曦,王秀雪,魏美君受保护的技术使用者：辽宁省农业科学院技术研发日：技术公布日：2024/6/18