一种与南瓜瓜把长度主效QTL紧密连锁的SNP位点、分子标记、引物对及其应用

本发明涉及植物分子遗传育种领域，特别是涉及一种与南瓜瓜把长度主效qtl紧密连锁的snp位点、分子标记、引物对及其应用。

背景技术：

1、南瓜(cucurbita moschata duch)是重要经济作物，既可以菜粮兼用又可以深加工成高附加值产品。南瓜果实腔顶端到瓜蒂处长度可以表征南瓜的瓜把长度，瓜把长度是南瓜重要的商品性状，不仅直接影响果实的大小与形状，也影响果实的商品品质和产量。无把南瓜的均一性好于有把南瓜。

2、南瓜瓜把长度和果实形状的变化受到多种因素的影响，是一个有多个数量性状遗传位点、激素和环境因子共同调控的复杂过程。许多调控果实长度的重要基因和qtls已经在一些园艺作物中被报道。然而，到目前为止，关于果实长度的遗传分析与基因定位研究多集中在番茄、黄瓜等模式植物上，而调控南瓜瓜把长度和果实形状的基因仍不清楚，从而导致在应用上缺乏与南瓜瓜把长度性状紧密连锁且操作性较强的分子标记来辅助南瓜品质育种的工作。因此，在南瓜分子标记辅助选择南瓜育种方面，仍需进一步确定调控南瓜瓜把长度的目标基因，并开发稳定高通量的分子标记。

技术实现思路

1、本发明的目的是提供一种与南瓜瓜把长度主效qtl紧密连锁的snp位点、分子标记、引物对及其应用，以解决上述现有技术存在的问题。本发明提供的分子标记与南瓜瓜把长度呈现高度紧密连锁的特征，再利用kasp技术获得snp分型，能够准确且高效地鉴定南瓜瓜把长度性状。同时，该分子标记可用于南瓜分子标记辅助选择育种，可以加速南瓜优良品种的育种进程。

2、为实现上述目的，本发明提供了如下方案：

3、本发明提供snp位点在鉴定南瓜瓜把长短的品种中的应用，所述snp位点位于南瓜11号染色体的2718950bp处，其多态性为g/c。

4、本发明还提供一种与南瓜瓜把长度主效qtl紧密连锁的snp分子标记，所述snp分子标记的核苷酸序列如seq id no.4所示，在所述核苷酸序列第24bp处存在g/c碱基突变。

5、本发明还提供用于检测所述的snp分子标记的kasp引物组，所述kasp引物组包括核苷酸序列如seq id no.1所示的上游引物f1、核苷酸序列如seq id no.2所示的上游引物f2和核苷酸序列如seq id no.3所示的下游引物r。

6、本发明还提供一种所述的snp分子标记的检测试剂或检测试剂盒，包含所述的kasp引物组。

7、本发明还提供所述的kasp引物组或所述的检测试剂或检测试剂盒在鉴定南瓜瓜把长短的品种中的应用。

8、本发明还提供一种鉴定南瓜瓜把长短的品种的方法，包括：

9、以待测南瓜样品基因组dna为模板，利用所述的kasp引物组对模板进行pcr扩增，根据扩增结果进行基因型分型鉴定；

10、若鉴定的基因型为cc，则所述待测南瓜为瓜把长的品种，若鉴定的基因型为gg，则所述待测南瓜为瓜把短或无瓜把的品种。

11、进一步地，所述pcr扩增的反应体系为：dna模板10-100ng，2×parms master mix5μl，上游引物f10.15μl，上游引物f20.15μl，下游引物r 0.4μl，h2o补足至10μl；

12、所述pcr扩增的反应程序为：94℃热启动激活15min；94℃变性20s，65-57℃梯度复性/延伸60s，每个循环降0.8℃，10个循环；94℃变性20s，57℃复性/延伸60s，32个循环。

13、本发明还提供所述的kasp引物组或所述的检测试剂或检测试剂盒在以下任一项中的应用：

14、筛选或预测南瓜瓜把长短的品种；

15、改良南瓜种质资源；

16、分子标记辅助选育南瓜瓜把长度不同的品种。

17、本发明公开了以下技术效果：

18、本发明以实验室收集的268份南瓜材料作为自然群体材料，利用高通量测序技术，对南瓜瓜把长度性状的全基因组关联分析，开发与南瓜果实把长紧密连锁的snp位点以及分子标记，在南瓜11号染色体2718950bp处发现一处与南瓜瓜把长度主效qtl紧密连锁的snp位点，并根据该snp位点开发出一段分子标记。该snp位点和分子标记能够用于建立无把或短把南瓜果实的辅助选择育种体系，加速南瓜优良种质的育种进程。

19、本发明首次公开了与南瓜瓜把长度紧密连锁的分子标记，该分子标记可对南瓜进行基因型鉴定，通过基因型来准确和高效的筛选出短把或长把的南瓜品种。

技术特征：

1.snp位点在鉴定南瓜瓜把长短的品种中的应用，其特征在于，所述snp位点位于南瓜11号染色体的2718950bp处，其多态性为g/c。

2.一种与南瓜瓜把长度主效qtl紧密连锁的snp分子标记，其特征在于，所述snp分子标记的核苷酸序列如seq id no.4所示，在所述核苷酸序列第24bp处存在g/c碱基突变。

3.用于检测权利要求2所述的snp分子标记的kasp引物组，其特征在于，所述kasp引物组包括核苷酸序列如seq id no.1所示的上游引物f1、核苷酸序列如seq id no.2所示的上游引物f2和核苷酸序列如seq id no.3所示的下游引物r。

4.一种权利要求2所述的snp分子标记的检测试剂或检测试剂盒，其特征在于，包含权利要求3所述的kasp引物组。

5.权利要求3所述的kasp引物组或权利要求4所述的检测试剂或检测试剂盒在鉴定南瓜瓜把长短的品种中的应用。

6.一种鉴定南瓜瓜把长短的品种的方法，其特征在于，包括：

7.根据权利要求6所述的方法，其特征在于，所述pcr扩增的反应体系为：dna模板10-100ng，2×parms master mix 5μl，上游引物f10.15μl，上游引物f20.15μl，下游引物r0.4μl，h2o补足至10μl；

8.权利要求3所述的kasp引物组或权利要求4所述的检测试剂或检测试剂盒在筛选或预测南瓜瓜把长短的品种中的应用。

9.权利要求3所述的kasp引物组或权利要求4所述的检测试剂或检测试剂盒在改良南瓜种质资源中的应用。

10.权利要求3所述的kasp引物组或权利要求4所述的检测试剂或检测试剂盒在分子标记辅助选育南瓜瓜把长度不同的品种中的应用。

技术总结本发明公开了一种与南瓜瓜把长度主效QTL紧密连锁的SNP位点、分子标记、引物对及其应用，属于植物分子遗传育种领域。所述SNP位点位于南瓜11号染色体的2718950bp处，其多态性为G/C。所述SNP分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO.4所示，在所述核苷酸序列第24bp处存在G/C碱基突变。所述引物对包括核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示的上游引物F1、核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示的上游引物F2和核苷酸序列如SEQ ID NO.3所示的下游引物R。本发明提供的分子标记可对南瓜进行基因型鉴定，通过基因型来准确和高效的筛选出短把或长把的南瓜品种。技术研发人员：杜虎,钟玉娟,薛舒丹,朱吉童,徐颖超,姚春鹏,金庆敏受保护的技术使用者：广东省农业科学院蔬菜研究所技术研发日：技术公布日：2024/6/18