猪1号染色体上与猪阴户宽性状相关的SNP标记引物对及其应用

本发明属于分子生物学，涉及一种与猪阴户宽性状相关的snp标记引物对及其应用。

背景技术：

1、在畜牧养殖领域，提高猪的生产性能和繁殖性能一直是养殖者关注的重要问题。猪阴户宽度作为一种重要的生殖性状，对于母猪的生产力和繁殖力具有重要影响。阴户宽度的大小不仅影响着后备母猪的选淘、母猪配种与产仔的顺利程度，还与产后恢复密切相关。

2、传统的方法通过对猪群进行人工测量来评估阴户宽度，但这种方法存在测量不准确、人工成本高昂、效率低下的问题。近年来，随着分子遗传学和基因组学的发展，研究人员开始利用单核苷酸多态性(snp)标记与猪性状之间的关联来解决这一问题。snp标记是一种常见的基因组遗传标记，其具有高度多态性、广泛分布在基因组中的优势，因此成为了研究猪遗传性状的重要工具。

3、基于这一背景，本专利提出了一种与猪阴户宽性状相关的snp标记引物对，通过基因分型技术快速、准确地评估猪的阴户宽度性状。这一技术不仅可以提高阴户宽度评估的准确性和效率，还可以为猪的选育和繁殖性能改良提供重要的分子遗传学依据。

技术实现思路

1、本发明的目的在于针对传统猪阴户宽选育的现场测定耗时费力、选育效果慢，提供与猪阴户宽相关的snp标记开发而成的选育分子标记。

2、本发明的另一个目的在于提供用于检测上述snp标记的引物对和检测方法。本发明的另一个目的在于提供上述snp标记、分子标记、引物的用途。

3、本发明的目的可通过以下技术方案实现：

4、猪1号染色体上与猪阴户宽性状相关的分子标记，所述的分子标记序列如seq idno：1所示，其中含有一个与猪阴户宽性状相关的snp标记位点，该位点为国际猪基因组11.1版本参考序列猪1号染色体rs333681174核苷酸位点，在seq id no：1中所述的snp标记位点位于第301位，存在c/a多态性。

5、一种用于检测猪1号染色体上与猪阴户宽性状相关的snp标记的引物对，上游引物为：seq id no：2，下游引物为：seq id no：3。

6、本发明所述的分子标记、所述的引物对在检测猪阴户宽性状和猪育种中的应用。

7、一种检测所述的猪1号染色体上与猪阴户宽性状相关的snp标记的方法，包含pcr扩增猪国际猪基因组11.1版本参考序列猪1号染色体rs333681174核苷酸位点的一段序列，对扩增产物进行测序，判读该位点的c/a多态性。

8、作为本发明的一种优选，所述的猪为大白猪。

9、作为本发明的一种优选，利用本发明所述的引物对对大白猪基因组dna进行pcr扩增。

10、作为本发明的进一步优选，所述的方法包括以下步骤：

11、(1)取猪耳组织样品提取dna；

12、(2)用已提取的猪基因组dna为模板，使用本发明所述的引物对进行pcr扩增；

13、(3)扩增产物进行测序，分析测序结果，判读在seq id no：1第301位的c/a多态性。

14、本发明所述的分子标记在筛选阴户更宽的猪群体或新品系中的应用。

15、本发明所述的引物对在筛选阴户更宽的猪群体或新品系中的应用。

16、一种筛选阴户更宽的猪群体的方法，包括检测猪国际猪基因组11.1版本参考序列猪1号染色体rs333681174核苷酸位点的基因型，选育rs333681174核苷酸位点的cc型和ca型个体优先作为后备种猪留种。

17、作为本发明的一种优选，所用猪种为大白猪

18、作为本发明的一种优选，检测国际猪基因组11.1版本参考序列中猪1号染色体rs333681174核苷酸位点的基因型的方法选自pcr或基因测序。

19、有益效果

20、本发明开发了猪1号染色体上与猪阴户宽相关的snp标记，并且提供了检测该标记的引物对和方法。通过鉴定该snp标记的基因型来筛选具有阴户更宽的猪品系。该品系的建立能够提高猪的综合繁殖性能，并且产生更多的社会和经济效益。

技术特征：

1.猪1号染色体上一种与猪阴户宽性状相关的分子标记，其特征在于所述的分子标记序列如seq id no：1所示，其中含有一个与猪阴户宽性状相关的snp标记位点，该位点为国际猪基因组11.1版本参考序列猪1号染色体rs333681174核苷酸位点，在seq id no：1中所述的snp标记位点位于第301位，存在c/a多态性。

2.一种用于检测权利要求1中所述的与猪阴户宽性状相关的snp标记的引物对，其特征在于上游引物为：seq id no：2，下游引物为：seq id no：3。

3.权利要求1所述的分子标记、权利要求2所述的引物对在筛选阴户更宽猪群体和/或猪育种中的应用。

4.根据权利要求3所述的应用，其特征在于所述的猪为加拿大大白猪。

5.一种检测权利要求1中所述的猪1号染色体上与猪阴户宽性状相关的snp标记的方法，其特征在于pcr扩增包含国际猪基因组11.1版本参考序列中猪1号染色体rs333681174核苷酸位点的一段序列，对扩增产物进行测序，判读该位点的c/a多态性。

6.根据权利要求5所述的方法，其特征在于利用权利要求2所述的引物对对加拿大大白猪基因组dna进行pcr扩增。

7.根据权利要求6所述的方法，其特征在于包括以下步骤：

8.一种筛选阴户更宽猪群体的方法，其特征在于包括检测国际猪基因组11.1版本参考序列中猪1号染色体rs333681174核苷酸位点的基因型，选育rs333681174核苷酸位点为cc型和ca型个体作为后备种猪留种。

9.根据权利要求8所述的方法，其特征在于所述的猪为加拿大大白猪。

10.根据权利要求8所述的方法，其特征在于检测国际猪基因组11.1版本参考序列中猪1号染色体rs333681174核苷酸位点的基因型的方法选自pcr扩增和基因测序。

技术总结本发明涉及猪1号染色体上与猪阴户宽性状相关的SNP标记引物对及其应用。所述SNP标记的位点为国际猪基因组11.1版本参考序列中猪1号染色体rs333681174核苷酸位点的分子标记，且具有C/A多态性。一种用于检测所述的SNP标记的引物对，上游引物为：SEQ ID NO：2，下游引物为：SEQ ID NO：3。本发明提供的SNP标记可应用于猪阴户宽性状的标记辅助选择中，通过鉴定该SNP标记的基因型来筛选具有阴户更宽的猪群体或品系。该群体或品系的建立能够提高猪的阴户宽和繁殖性能，并且产生更多的社会和经济效益。技术研发人员：李平华,周进,黄瑞华,赵清波,许黎明,刘倩,周五朵,邱子健,谭孝贤,刘锴月受保护的技术使用者：南京农业大学技术研发日：技术公布日：2024/8/5