与大豆株高主效基因位点紧密连锁的分子标记及用途

本发明属于大豆分子育种，具体公开一种与大豆株高主效基因位点紧密连锁的分子标记及其用途。

背景技术：

1、大豆是我国重要的粮油饲兼用作物，在国民经济发展中具有重要的战略地位。大豆在中国已有5000年的种植史，在东北、华北、陕、川及长江下游地区均有出产，以长江流域及西南栽培较多，以东北大豆质量最优。由于大豆的营养价值很高，被称为“豆中之王”、“田中之肉”、“绿色的牛乳”等，是数百种天然食物中最受营养学家推崇的食物。

2、大豆株高(plant height,ph)作为株型构成的重要因素之一，也是影响产量的重要农艺性状。传统遗传学研究表明，大豆株高在一定范围内的增加能够引起产量的提高。因此，研究大豆株高对大豆高产育种具有重要意义。但大豆株高属数量遗传性状，受环境因素影响较大，故而对大豆产量性状的研究产生一定局限性。从传统数量遗传学角度对这些产量性状进行遗传分析，又很难确定控制相应性状的数量性状基因座(quantitative traitlocus,qtl)数目、遗传效应及位置。但随着大豆全基因组测序完毕，分子生物学及ssr(simple sequence repeats)，snp(single nucleotide polymorphism)等分子标记技术逐渐完善，有关大豆株高的很多qtl被找到，但仅有少数相关基因被克隆，大豆株高的调控机制解析进展缓慢。本发明在实验室前期工作基础上，进一步精细定位挖掘株高相关基因，研究基因功能，解析相关调控通路，为创制大豆高产新品种，探明大豆产量密码提供理论指导。

技术实现思路

1、鉴于以上技术问题，本发明提供一种与大豆株高主效基因位点紧密连锁的分子标记，从而针对大豆株高进行分子标记辅助选择育种，也可应用于挖掘大豆株高调控基因。

2、本发明第一方面，提供一种与大豆株高主效基因位点紧密连锁的分子标记，所述主效基因位点位于13号染色体39901295-39990704之间，所述分子标记为gm13_39977464_a_g；

3、所述gm13_39977464_a_g的核苷酸序列如seq id no：1所示或seq id no：2所示。

4、本发明第二方面，提供一种所述分子标记的引物，

5、所述gm13_39977464_a_g的正向引物序列如seq id no：3所示；反向引物序列如seq id no：4所示。

6、本发明第三方面，提供一种所述引物在大豆株高相关基因glyma.04g253500的定位与检测中的用途。

7、本发明第四方面，提供一种所述分子标记或者所述引物在大豆株高性状选育中的用途。

8、本发明第五方面，提供一种大豆株高性状选育的方法，包括以下步骤：

9、以母本长农16及父本吉林菜里花杂交产生的f2代群体的基因组dna为模板，权利要求2所述引物为引物，进行pcr扩增；

10、将pcr扩增产物进行测序分析，若f2代群体中存在分子标记gm13_39977464_a_g-f/r，且当gm13_39977464_a_g-f/r扩增产物自5’端第38位在母本长农16中为g，植株矮；若f2代群体中存在分子标记gm13_39977464_a_g-f/r，且当gm13_39977464_a_g-f/r扩增产物自5’端第38位在父本吉林菜里花中为a，植株高。

11、优选地，pcr扩增反应体系为：20ng/μl dna 4μl，rtaq酶0.5μl，3×gc bufferⅰ15μl，2.5mm dntps 2.5μl，2μm正反向引物各2.5μl，ddh2o补足到30μl。

12、优选地，pcr反应程序为：先94℃5min，然后94℃30s，58℃40s，72℃70s，扩增35个循环，最后72℃延伸10min，4℃保温。

13、本发明第六方面，提供一种大豆株高分型检测试剂盒，包括所述引物。

14、本发明第七方面，提供一种所述检测试剂盒在大豆株高性状选育中的用途。

15、对比现有技术，本发明的有益效果为：

16、1、本发明首次在大豆中定位了一个与大豆株高相关的qtl位点，该位点lod值为4.1，表型贡献率为16.1％，该位点位于13号染色体39901295-39990704。因此，无论是从qtl的定位，还是qtl对表型的贡献率来看，该区间都是大豆株高调控的重要位点。

17、2、本发明在qtl的定位区间鉴定了一个与大豆株高相关的分子标记，可用于大豆株高性状选育。

技术特征：

1.一种与大豆株高主效基因位点紧密连锁的分子标记，其特征在于，所述主效基因位点位于13号染色体39901295-39990704之间，所述分子标记为gm13_39977464_a_g；

2.一种扩增权利要求1所述分子标记的引物，其特征在于，

3.一种权利要求2所述的引物在大豆株高相关基因glyma.04g253500的定位与检测中的用途。

4.一种权利要求1所述的分子标记或者权利要求2所述的引物在大豆株高性状选育中的用途。

5.一种大豆株高性状选育的方法，其特征在于，包括以下步骤：

6.根据权利要求5所述的方法，其特征在于，pcr扩增反应体系为：20ng/μl dna4μl，rtaq酶0.5μl，3×gc bufferⅰ15μl，2.5mm dntps 2.5μl，2μm正反向引物各2.5μl，ddh2o补足到30μl。

7.根据权利要求6所述的方法，其特征在于，pcr反应程序为：先94℃5min，然后94℃30s，58℃40s，72℃70s，扩增35个循环，最后72℃延伸10min，4℃保温。

8.一种大豆株高分型检测试剂盒，其特征在于，包括权利要求2所述的引物。

9.一种权利要求8所述的检测试剂盒在大豆株高性状选育中的用途。

技术总结本发明属于大豆分子育种技术领域，具体公开一种与大豆株高主效基因位点紧密连锁的分子标记。主效基因位点位于13号染色体39901295‑39990704之间，分子标记为Gm13_39977464_A_G；Gm13_39977464_A_G的核苷酸序列如SEQ ID NO：1所示或SEQ ID NO：2所示。本发明在QTL的定位区间鉴定了一个与大豆株高相关的分子标记，可用于大豆株高性状选育。技术研发人员：李玉秋,谭化,齐广勋,董英山,王英男,刘晓冬,袁翠平,赵洪锟,王玉民,董岭超受保护的技术使用者：吉林省农业科学院技术研发日：技术公布日：2024/8/21