与山羊毛色性状相关的SNP标记与应用

本发明涉及分子生物学领领域，特别涉及一种与山羊毛色性状相关的snp标记与应用。

背景技术：

1、山羊作为全球广泛饲养的家畜之一，其毛色不仅是遗传多样性的一个重要表现，也直接关系到其商业价值，尤其在毛皮和观赏市场中尤为显著。山羊毛色的遗传机制复杂，涉及多个基因和调控路径，其中asip基因在调控哺乳动物的皮肤和毛发颜色中扮演着核心角色。传统的育种技术依赖于表型选择，这一方法耗时且效率不高，难以应对快速变化的市场需求。随着分子生物学技术的进步，特别是单核苷酸多态性的发现和应用，为精确、高效的育种策略提供了可能。通过精确标定与特定性状相关的snp标记，可以显著提升选择的速度和准确性。

技术实现思路

1、本发明提供一种与山羊毛色性状相关的snp标记与应用。

2、第一方面，本发明提供一种与山羊毛色性状相关的snp标记，所述snp标记含有如seq id no:1所示序列的第101位的多态性为g/t的核苷酸序列。

3、本发明的snp位点位于山羊参考基因组(gcf_001704415.1)第13号染色体的第63249342位碱基，具体位于asip基因(gene id:100860915)的编码区。

4、进一步地，具有所述多态性的位点的基因型为tt，对应黑色被毛山羊，具有所述多态性的位点的基因型为gt，对应白色被毛山羊。

5、第二方面，本发明提供用于扩增所述snp标记的kasp引物，包括如seq id no:2-4所示的引物。

6、第三方面，本发明提供含有所述引物的检测试剂或试剂盒。

7、第四方面，本发明提供所述snp标记或所述引物或所述检测试剂或试剂盒的以下任一应用：

8、(1)用于山羊毛色评价；

9、(2)用于山羊毛色品种筛选；

10、(3)用于山羊毛色品种鉴定；

11、(4)用于山羊毛色品种溯源；

12、(5)用于山羊毛色育种；

13、(6)用于山羊系谱重构；

14、(7)用于山羊分子标记辅助育种；

15、(8)用于asip基因分型。

16、第五方面，本发明提供一种鉴别山羊被毛颜色的方法，包括如下步骤：

17、1)提取待测山羊基因组dna；

18、2)以dna为模板，利用seq id no:2-4所示的引物进行pcr扩增；

19、3)分析pcr扩增产物，根据扩增产物所包含的多态性位点的基因型来判定山羊毛色，基因型为tt的个体为黑色被毛，gt基因型为白色被毛。

20、进一步地，步骤2)所用扩增体系为：2×kasp-tf master mix 2.0-3.0ul，dna模板2.0-3.0ul，kasp assay mix 0.05-0.1ul。

21、优选地，本发明中所用扩增体系为：2×kasp-tf master mix 2.5ul，dna模板2.5ul，kasp assay mix 0.07ul；

22、所述kasp assay mix为100nm/ul浓度的primer_allelefam、primer_allelehex和primer_common三种引物与ddh2o按照6:6:15:23的体积比混合而成；其中，引物primer_allelefam、primer_allelehex和primer_common的序列分别如seq id no:2-4所示。

23、进一步地，步骤2)所用扩增程序为：94℃10-20min；94℃15-25s，55-61℃50-70s，10个循环；94℃15-25s，55℃50-70s，24-28个循环。

24、优选地，本发明中所用扩增程序为：94℃20min；94℃20s，55-61℃60s，10个循环；94℃20s，55℃60s，26个循环。

25、借由上述技术方案，本发明至少具有下列优点及有益效果：

26、本发明提供一种与山羊被毛颜色性状相关的snp标记，所述snp标记位于山羊参考基因组(gcf_001704415.1)第13号染色体上63249342bp，所述snp存在碱基突变g/t。本发明还提供所述snp分子标记的检测方法及检测试剂盒，用于山羊被毛颜色的选育，不受年龄、性别等因素的影响，甚至刚出生的山羊开始进行毛色性状的准确筛选，从而推进山羊毛色选育的育种进程。

27、本发明通过深入研究asip基因内部的g/t碱基突变与山羊毛色的关系，发现了一个在山羊黑色和白色毛发显著差异的分子标记，该标记可以应用于山羊毛色的分子标记辅助育种。本发明不仅提升了山羊育种的科学性和效率，也有助于育种者根据经济和市场需求，进行更为精确的遗传选择。在提高经济效益的同时，也为保持和增加遗传多样性提供了研究工具和方法，有助于可持续发展的畜牧业战略。

技术特征：

1.与山羊毛色性状相关的snp标记，其特征在于，所述snp标记含有如seq id no:1所示序列的第101位的多态性为g/t的核苷酸序列。

2.根据权利要求1所述的snp标记，其特征在于，具有所述多态性的位点的基因型为tt，对应黑色被毛山羊，具有所述多态性的位点的基因型为gt，对应白色被毛山羊。

3.用于扩增权利要求1或2所述snp标记的kasp引物，其特征在于，包括引物primer_allelefam、primer_allelehex和primer_common，序列分别如seq id no:2-4所示。

4.含有权利要求3所述引物的检测试剂或试剂盒。

5.权利要求1或2所述snp标记或权利要求3所述引物或权利要求4所述检测试剂或试剂盒的以下任一应用：

6.一种鉴别山羊被毛颜色的方法，其特征在于，包括如下步骤：

7.根据权利要求6所述的方法，其特征在于，步骤2)所用扩增体系为：2×kasp-tfmaster mix 2.0-3.0ul，dna模板2.0-3.0ul，kasp assay mix 0.05-0.1ul；

8.根据权利要求7所述的方法，其特征在于，步骤2)所用扩增体系为：2×kasp-tfmaster mix 2.5ul，dna模板2.5ul，kasp assay mix 0.07ul。

9.根据权利要求6-8任一项所述的方法，其特征在于，步骤2)所用扩增程序为：94℃10-20min；94℃15-25s，55-61℃50-70s，10个循环；94℃15-25s，55℃50-70s，24-28个循环。

10.根据权利要求9所述的方法，其特征在于，步骤2)所用扩增程序为：94℃20min；94℃20s，55-61℃60s，10个循环；94℃20s，55℃60s，26个循环。

技术总结本发明涉及分子生物学领领域，提供一种与山羊毛色性状相关的SNP标记与应用。该SNP位于山羊第13号染色体上63249342bp位点，位于ASIP基因的编码区，存在G/T碱基突变，与山羊的毛色表型相关。本发明的SNP标记可应用于山羊的分子标记辅助育种。本发明提供的分子标记不受年龄、性别等因素的影响，甚至刚出生的山羊开始进行毛色性状的准确筛选，从而推进山羊毛色选育的育种进程。技术研发人员：赵倩君,黄畅,张文,张嘉良,马月辉,蒋琳,浦亚斌受保护的技术使用者：中国农业科学院北京畜牧兽医研究所技术研发日：技术公布日：2024/8/27