一种鉴别太行鸡和坝上长尾鸡的方法

本发明涉及生物鉴别，具体涉及一种根据snp位点鉴别太行鸡和坝上长尾鸡的方法。

背景技术：

1、太行鸡和坝上长尾鸡是通过审定的国家级地方优良鸡品种，太行鸡分布于河北省太行山区，属蛋肉兼用型鸡种，其外貌清秀、体型小、颈细、尾羽较长，羽毛颜色以麻花色为主；坝上长尾鸡主要分布于河北省北部的承德及张家口的坝上地区，属蛋用为主的蛋肉兼用型鸡种，其外形偏于蛋用型鸡，颈较宽，体躯较长，背线呈v形或u形，公鸡的尾羽长可达60多厘米且羽色以红色居多，母鸡尾羽上翘且主尾羽长约20至25厘米，羽色以麻色居多。作为地方鸡种，太行鸡和坝上长尾鸡均具有生存力和抗病力强，耐粗饲，蛋肉品质优良等特点，虽然太行鸡和坝上长尾鸡在外观上存在一定的差异，但仅依赖表型对二者进行区分仍存在主观性强而准确性低的不足，不利于太行鸡和坝上长尾鸡的保种、选育工作。

2、全基因组重测序技术能够揭示大量的遗传变异信息，单核苷酸多态性(snp)因其数量庞大、分布广泛且遗传稳定性强，已成为基因组研究中的重要分子标记，在种质资源鉴定领域应用潜力巨大。基于全基因组重测序获取的大量snp标记组合可以有效鉴别不同品种，但是数量多且不利于广泛推广实施。因此，科研和实践中均急需开发一种通过少量snp标记组合就能有效鉴定太行鸡和坝上长尾鸡品种的方法，应用于两个品种的区分和鉴定，为保护遗传资源和创新利用提供依据。

技术实现思路

1、本发明的目的是提供一种鉴别太行鸡和坝上长尾鸡的方法，该方法仅通过28个snp位点的基因型数据即能快速精准地对两个鸡种做出鉴别，方法简单，便于推广应用。

2、为实现上述目的，本发明采取以下技术方案：

3、一种鉴别太行鸡和坝上长尾鸡的方法，根据如下28个snp位点鉴别个体是否属于太行鸡或坝上长尾鸡：

4、snp1：chr1:83424842位置的a或g；

5、snp2：chr1:84642349位置的t或g；

6、snp3：chr1:124613919位置的g或a；

7、snp4：chr1:188821891位置的g或a；

8、snp5：chr2:21199573位置的c或t；

9、snp6：chr2:64783482位置的t或c；

10、snp7：chr3:52482379位置的t或c；

11、snp8：chr3:107385968位置的a或c；

12、snp9：chr4:83205244位置的a或g；

13、snp10：chr4:89928184位置的a或g；

14、snp11：chr4:90119859位置的a或g；

15、snp12：chr5:48014977位置的a或c；

16、snp13：chr6:3512624位置的a或g；

17、snp14：chr6:23346870位置的a或g；

18、snp15：chr8:4957820位置的a或g；

19、snp16：chr8:22102533位置的c或g；

20、snp17：chr9:3411829位置的c或t；

21、snp18：chr11:8491921位置的c或t；

22、snp19：chr11:8532637位置的a或g；

23、snp20：chr11:8851889位置的c或t；

24、snp21：chr24:671698位置的t或c；

25、snp22：chr24:5374821位置的c或t；

26、snp23：chr25:3692518位置的a或g；

27、snp24：chr26:3849905位置的g或t；

28、snp25：chr26:4170859位置的c或t；

29、snp26：chr27:5676121位置的c或a；

30、snp27：chr28:2536492位置的g或a；

31、snp28：chr33:5235050位置的g或a；

32、所述snp位点的位置基于鸡gallus_gallus.grcg6a.参考基因组序列确定。

33、优选的，鉴别太行鸡和坝上长尾鸡的方法包括如下步骤：

34、步骤1：提取待测个体的基因组dna；

35、步骤2：获取基因组dna中所述28个snp位点的基因型；

36、步骤3：利用所述基因型进行主成分分析、进化树分析或基因组关系矩阵分析，并根据分析结果确定待测个体属于太行鸡或坝上长尾鸡。

37、本发明具有如下有益效果：(1)仅以28个snp位点的基因型数据就可以精准鉴别太行鸡和坝上长尾鸡，方法简单易操作，便于推广普及；(2)利用28个snp位点建立了一种鉴别太行鸡和坝上长尾鸡的分子标记组合，由此可以更深入地认识和解析太行鸡和坝上长尾鸡的品种特异性，有利于太行鸡和坝上长尾鸡保种、选育工作的深入开展。

技术特征：

1.一种鉴别太行鸡和坝上长尾鸡的方法，根据如下28个snp位点鉴别个体是否属于太行鸡或坝上长尾鸡：

2.如权利要求1所述的鉴别太行鸡和坝上长尾鸡的方法，其特征在于包括如下步骤：

3.如权利要求2所述的鉴别太行鸡和坝上长尾鸡的方法，其特征在于进行所述主成分分析时，利用plink软件中的--pca计算所述28个snp位点的基因型的主成分，并通过r语言中ggplot2包进行可视化，分析品种间个体的聚类关系。

4.如权利要求2所述的鉴别太行鸡和坝上长尾鸡的方法，其特征在于进行所述进化树分析时，利用phylip软件基于邻接法将所述28个snp位点的基因型的vcf文件转换成.nwk文件，然后通过itol在线网站可视化，分析不同品种间的系统发育关系。

5.如权利要求2所述的鉴别太行鸡和坝上长尾鸡的方法，其特征在于进行所述基因组关系矩阵分析时，首先计算参考集每个品种的平均亲缘关系和标准差，再计算待测个体与参考集中每个品种的平均亲缘关系，最后将待测个体分配到与其平均亲缘关系最高的品种中。

技术总结本发明公开了一种鉴别太行鸡和坝上长尾鸡的方法，通过28个SNP位点来鉴别个体是否为太行鸡或坝上长尾鸡。该方法仅通过28个SNP位点即能快速精准地对两个鸡种做出鉴别，方法简单，便于推广应用。技术研发人员：周荣艳,付伟,张冉,臧素敏,刘华格,李祥龙,逯春香,王文君,王德贺受保护的技术使用者：河北农业大学技术研发日：技术公布日：2024/10/17