一种与油菜耐盐能力相关的SNP分子标记及其应用

本发明属于分子遗传育种，具体涉及一种与油菜耐盐能力相关的snp分子标记及其应用。

背景技术：

1、土壤盐渍化作为全球作物生产的关键非生物逆境之一，严重威胁着农业生产和粮食安全。随着全球气候变暖和不合理的耕作实践，预计到2050年，超过50％的耕地将面临盐胁迫，特别是在干旱和半干旱地区。我国有盐碱地资源近15亿亩，其中约2.99亿亩可供开发利用。这些盐碱地包括未经治理改造的盐碱障碍耕地以及尚未利用和新形成的盐碱荒地，规模巨大。合理改造利用这些土地将极大提升农业生产能力，据估计，每年可增加200亿斤以上的粮棉油产量，具有巨大的开发和治理潜力。

2、目前，我国已经发展了包括水利工程、生物学、农艺学和化学等领域的技术，以对盐碱地进行治理和利用。其中，通过生物技术改良培育耐盐作物被认为是最高效和环境友好的方法之一。但由于植物的耐盐性受到多种遗传因素的影响，不同植物种类和品种之间存在显著的耐盐性差异，其中涉及复杂的信号传导和分子调控网络。油菜作为重要的油料作物，其耐盐性明显强于水稻和小麦，具有广泛的适应性和丰富的抗逆资源。全基因组测序的完成更是使其成为研究作物耐盐机理和遗传改良的理想模式作物之一。在总耕地面积持续趋紧，维护粮食安全任务繁重的形势下，如何充分发挥油菜特性，在不与粮食争地的前提下挖掘盐碱地资源，提升我国油料油脂自给率是目前一个亟待解决的技术难题。

3、近年来的研究表明，通过全基因组关联分析(gwas)可以发现与植物非生物胁迫相关的分子标记和候选基因，这为揭示作物对盐胁迫的分子调控机制提供了重要参考。gwas技术已成为研究复杂数量性状与生理表型关系的强大工具，可以帮助鉴定油菜种质的耐盐性，并为分子标记辅助育种和耐盐作物精准育种提供技术支持。因此，通过gwas等技术方法开发可靠的分子标记，不仅具有重要的理论意义，还具有巨大的实践应用价值。

技术实现思路

1、本发明的目的在于开发一种与油菜耐盐能力紧密连锁的分子标记，以实现对耐盐油菜种质的高效快速筛选。

2、本发明提供了一种与油菜耐盐能力相关的snp分子标记，所述snp分子标记对应于中双11号甘蓝型油菜基因组第五号染色体第4347264bp，碱基为a/c。

3、本发明还提供了一种用于扩增上述技术方案所述snp分子标记的引物组，所述引物组包括上游引物和下游引物，所述上游引物的核苷酸序列如seq id no.1所示，所述下游引物的核苷酸序列如seq id no.2所示。

4、本发明还提供了上述技术方案所述snp分子标记或上述技术方案所述引物组在筛选耐盐油菜种质中的应用。

5、本发明还提供了上述技术方案所述snp分子标记或上述技术方案所述引物组在辅助创制耐盐油菜中的应用。

6、优选的，所述油菜包括甘蓝型油菜。

7、本发明还提供了一种筛选耐盐油菜种质的试剂盒，所述试剂盒包括上述技术方案所述的引物组。

8、优选的，所述试剂盒还包括阳性标准品；所述阳性标准品的核苷酸序列如seq idno.3所示。

9、本发明还提供了一种筛选耐盐油菜种质的方法，包括以下步骤：

10、利用上述技术方案所述引物组对待测油菜基因组dna进行pcr扩增，若pcr扩增产物大小为2043bp，则所述待测油菜为耐盐能力强的材料；若pcr产物在2043bp位置无条带，则所述待测油菜为耐盐能力弱的材料。

11、优选的，所述pcr扩增的反应体系为：50ng/μldna模板1μl，10μm上游引物1μl，10μm下游引物1μl，2×pcrmastermix10μl，ddh2o7μl。

12、优选的，所述pcr扩增的程序为：94℃5min；94℃30s，55℃30s，72℃30s，35cycles；72℃10min。

13、有益效果

14、本发明提供了一种与油菜耐盐能力相关的snp分子标记，所述snp分子标记对应于中双11号甘蓝型油菜基因组第五号染色体第4347264bp，碱基为a/c。由实施例可知，本发明通过对350份油菜资源群体的幼苗进行耐盐能力的表型考察统计，结合重测序基因型数据进行gwas分析，得到油菜耐盐性状主效位点，并开发出与油菜耐盐能力相关的分子标记；本发明提供的snp分子标记在甘蓝型油菜盐胁迫响应的分子育种上具有潜在的应用价值，能快速地进行耐盐油菜材料筛选，降低了育种成本，节省了人工费用，大大提高了选择效率。

技术特征：

1.一种与油菜耐盐能力相关的snp分子标记，其特征在于，所述snp分子标记对应于中双11号甘蓝型油菜基因组第五号染色体第4347264bp，碱基为a/c。

2.一种用于扩增权利要求1所述snp分子标记的引物组，其特征在于，所述引物组包括上游引物和下游引物，所述上游引物的核苷酸序列如seq id no.1所示，所述下游引物的核苷酸序列如seq id no.2所示。

3.权利要求1所述snp分子标记或权利要求2所述引物组在筛选耐盐油菜种质中的应用。

4.权利要求1所述snp分子标记或权利要求2所述引物组在辅助创制耐盐油菜中的应用。

5.根据权利要求3或4所述的应用，其特征在于，所述油菜包括甘蓝型油菜。

6.一种筛选耐盐油菜种质的试剂盒，其特征在于，所述试剂盒包括权利要求2所述的引物组。

7.根据权利要求6所述的试剂盒，其特征在于，所述试剂盒还包括阳性标准品；所述阳性标准品的核苷酸序列如seq id no.3所示。

8.一种筛选耐盐油菜种质的方法，其特征在于，包括以下步骤：

9.根据权利要求8所述的方法，其特征在于，所述pcr扩增的反应体系为：50ng/μl dna模板1μl，10μm上游引物1μl，10μm下游引物1μl，2×pcr mastermix 10μl，ddh2o 7μl。

10.根据权利要求8或9所述的方法，其特征在于，所述pcr扩增的程序为：94℃5min；94℃30s，55℃30s，72℃30s，35cycles；72℃10min。

技术总结本发明属于分子遗传育种技术领域，具体涉及一种与油菜耐盐能力相关的SNP分子标记及其应用。本发明提供了一种与油菜耐盐能力相关的SNP分子标记，所述SNP分子标记对应于中双11号(ZS11)甘蓝型油菜基因组第五号染色体第4347264bp，碱基为A/C；本发明提供的SNP分子标记在甘蓝型油菜盐胁迫响应的分子育种上具有潜在的应用价值，利用本发明提供的SNP分子标记能快速地进行耐盐油菜材料筛选，降低了育种成本，节省了人工费用，大大提高了选择效率。技术研发人员：华玮,付正伟,范世航,刘红芳,黄紫红受保护的技术使用者：中国农业科学院油料作物研究所技术研发日：技术公布日：2024/8/1