一种与苏氏圆腹鲶抗细菌性败血症性状相关的SNP分子标记及其应用

本发明属于分子标记。更具体地，涉及一种与苏氏圆腹鲶抗细菌性败血症性状相关的snp分子标记及其应用。

背景技术：

1、苏氏圆腹鲶(pangasianodon hypophthalmus)是一种重要的经济鱼类。近年来，随着其消费需求的不断增长，苏氏圆腹鲶的养殖规模也不断扩大。

2、病害是限制苏氏圆腹鲶养殖产业长期稳定发展的主要瓶颈。其中，由嗜水气单胞菌(aeromonas hydrophila)感染引起的细菌性败血症是危害苏氏圆腹鲶养殖产业的主要病害之一。患细菌性败血症的苏氏圆腹鲶会出现鱼体全身各部位充血、溃疡、肠道出血、肝脏发白、腹腔积水、溃烂等症状，且一旦发病，很难用药物进行控制和治疗，最终会导致苏氏圆腹鲶大量死亡，给养殖户带来巨大经济损失。而选育抗细菌性败血症的苏氏圆腹鲶品种是解决该病害的重要手段。

3、挖掘与苏氏圆腹鲶抗细菌性败血症性状相关的分子标记是开展现代生物育种的基础，可以提高选育的准确性，缩短育种周期。单核苷酸多态性(snp)是一种普遍存在于人和动物基因组中的分子标记，主要是指在基因组水平上由单个核苷酸变异，如缺失、颠换、插入和转换等所引起的dna序列多态性，为可遗传变异中最常见的一种。然而，与苏氏圆腹鲶抗细菌性败血症性状相关的snp等分子标记是随机分布于基因组中的，并非均匀分布于每个基因。如何从庞大的基因组中获得与苏氏圆腹鲶抗细菌性败血症性状相关的snp分子标记，是需要克服的首要难题。目前也很少见有关于与苏氏圆腹鲶抗细菌性败血症性状相关的分子标记的报道。

技术实现思路

1、本发明针对上述现有技术中存在的不足，提供了一种与苏氏圆腹鲶抗细菌性败血症性状相关的snp分子标记及其应用。

2、本发明的第一个目的是提供一种与苏氏圆腹鲶抗细菌性败血症性状相关的snp分子标记。

3、本发明的第二个目的是提供一种检测所述snp分子标记的等位基因或基因型的试剂。

4、本发明的第三个目的是提供所述试剂在鉴定苏氏圆腹鲶抗细菌性败血症性状中的应用。

5、本发明的第四个目的是提供所述试剂在制备用于鉴定苏氏圆腹鲶抗细菌性败血症性状的产品中的应用。

6、本发明的第五个目的是提供所述试剂在筛选抗细菌性败血症的苏氏圆腹鲶中的应用。

7、本发明的第六个目的是提供所述试剂在制备用于筛选抗细菌性败血症的苏氏圆腹鲶的产品中的应用。

8、本发明的第七个目的是提供所述试剂在抗细菌性败血症的苏氏圆腹鲶品种的分子标记辅助育种中的应用。

9、本发明的第八个目的是提供所述试剂在制备用于抗细菌性败血症的苏氏圆腹鲶品种的分子标记辅助育种的产品中的应用。

10、本发明的第九个目的是提供一种用于鉴定苏氏圆腹鲶抗细菌性败血症性状或用于筛选抗细菌性败血症的苏氏圆腹鲶的产品。

11、本发明的第十个目的是提供一种筛选抗细菌性败血症的苏氏圆腹鲶的方法。

12、本发明上述目的通过以下技术方案实现：

13、本发明在苏氏圆腹鲶tlr9基因中发现了一种与其抗细菌性败血症性状相关的snp分子标记，同时还提供了所述snp分子标记的等位基因或基因型与苏氏圆腹鲶抗细菌性败血症性状的关系。利用所述snp分子标记可进行苏氏圆腹鲶抗细菌性败血症品种的选育。因此，本发明请求保护所述snp分子标记及其应用。

14、本发明提供了一种与苏氏圆腹鲶抗细菌性败血症(由嗜水气单胞菌(aeromonashydrophila)感染引起)性状相关的snp分子标记，包括snp位点1和/或snp位点2；所述snp位点1位于苏氏圆腹鲶参考基因组cm018548.1第20215478位核苷酸位点，多态性为a/g(snp1a>g)；所述snp位点2位于苏氏圆腹鲶参考基因组cm018548.1第20215688位核苷酸位点，多态性为a/g(snp2 a>g)。

15、本发明还提供了一种用于检测所述snp分子标记的等位基因或基因型的试剂，所述试剂中含有用于扩增所述snp分子标记的引物或用于检测所述snp分子标记的基因型的引物。

16、具体地，所述引物是以包含本发明所述snp分子标记的序列为靶标设计得到，所述引物可同时扩增snp位点1和snp位点2，也可分别扩增snp位点1和snp位点2。

17、作为其中的一种可选实施方式，本发明分别提供了用于扩增snp位点1和snp位点2的引物，即本发明提供的用于扩增权利要求1所述snp分子标记的引物中包括两对引物；其中，用于扩增snp位点1的引物为tlr9-120f和tlr9-120r，其序列依次如seq id no.2和seqid no.3所示；用于扩增snp位点2的引物为tlr9-f和tlr9-r，其序列依次如seq id no.5和seq id no.6所示。

18、作为其中的一种可选实施方式，本发明提供的用于检测所述snp分子标记的基因型的引物为snapshot分型引物，包括扩增引物snp1-p1f和延伸引物snp1-e，其序列依次如seq id no.7和seq id no.8所示。

19、基于本发明所述snp分子标记，利用扩增所述snp分子标记的引物(或试剂)或检测所述snp分子标记的基因型的引物(或试剂)，可以得到所述snp分子标记的等位基因或基因型，进而可以对苏氏圆腹鲶的抗细菌性败血症性状进行鉴定或筛选得到抗细菌性败血症的苏氏圆腹鲶。

20、因此，本发明请求保护所述试剂在鉴定苏氏圆腹鲶抗细菌性败血症性状中的应用。

21、本发明还请求保护所述试剂在制备用于鉴定苏氏圆腹鲶抗细菌性败血症性状的产品中的应用。

22、本发明还请求保护所述试剂在筛选抗细菌性败血症的苏氏圆腹鲶中的应用。

23、本发明还请求保护所述试剂在制备用于筛选抗细菌性败血症的苏氏圆腹鲶的产品中的应用。

24、本发明还请求保护所述试剂在抗细菌性败血症的苏氏圆腹鲶品种的分子标记辅助育种中的应用。

25、本发明还请求保护所述试剂在制备用于抗细菌性败血症的苏氏圆腹鲶品种的分子标记辅助育种的产品中的应用。

26、本发明还提供了一种用于鉴定苏氏圆腹鲶抗细菌性败血症性状或用于筛选抗细菌性败血症的苏氏圆腹鲶的产品，其含有本发明所述试剂。

27、具体地，本发明所述snp分子标记中，snp位点1等位基因为g的苏氏圆腹鲶群体对细菌性败血症有抗性的概率显著高于等位基因为a的苏氏圆腹鲶群体(p<0.05)；snp位点2基因型为ag的苏氏圆腹鲶对细菌性败血症有抗性的概率显著高于基因型为gg或aa的苏氏圆腹鲶(p<0.05)。因此，在鉴定苏氏圆腹鲶抗细菌性败血症性状时，若所测苏氏圆腹鲶snp位点1等位基因为g和/或snp位点2基因型为ag，其更可能具有抗细菌性败血症性状。在筛选抗细菌性败血症的苏氏圆腹鲶时，也应选择snp位点1等位基因含g和/或snp位点2基因型为ag的苏氏圆腹鲶。

28、本发明还提供了一种筛选抗细菌性败血症的苏氏圆腹鲶的方法，所述方法为：检测所述snp分子标记在所测苏氏圆腹鲶中的等位基因或基因型，选择snp位点1等位基因为g和/或snp位点2基因型为ag的苏氏圆腹鲶。

29、可选地，可利用本发明seq id no.2和3所示引物和seq id no.5和6所示引物进行所述snp分子标记的扩增。

30、可选地，可利用本发明seq id no.7和8所示snapshot分型引物结合snapshot测序分析仪得到所述snp分子标记的基因型。

31、本发明具有以下有益效果：

32、本发明在苏氏圆腹鲶tlr9基因中发现了一种与其抗细菌性败血症性状相关的snp分子标记，所述snp分子标记包括2个snp位点；其中，snp位点1位于苏氏圆腹鲶参考基因组cm018548.1第20215478位核苷酸位点，snp位点2位于苏氏圆腹鲶参考基因组cm018548.1第20215688位核苷酸位点，2个snp位点的多态性均为a/g。基于本发明所述snp分子标记，本发明还提供了筛选抗细菌性败血症的苏氏圆腹鲶的方法，即选择snp位点1等位基因为g和/或snp位点2基因型为ag的苏氏圆腹鲶。本发明所述分子标记可用于苏氏圆腹鲶抗性品种的分子标记辅助育种中，加快抗细菌性败血症的苏氏圆腹鲶品种的选育。