一种与宁都黄鸡睾丸性状相关的InDel标记及其应用

本发明涉及基因工程，特别是涉及一种与宁都黄鸡睾丸性状相关的indel标记及其应用。

背景技术：

1、随着人们膳食结构和消费观念的不断提升，消费者对肉鸡品质的要求愈来愈高。近年来，有关宁都黄鸡优良繁殖性状的选育主要集中在母鸡产蛋性能相关分子标记的探索，而针对公鸡繁殖性能的研究相对稀少。

2、睾丸是雄性动物重要的生殖器官，主要作用是产生精子和分泌雄激素。在优质鸡育种中，睾丸性状不仅仅是蛋鸡的重要经济性状，同时更是肉鸡选育的一个重要经济性状(顾敏清，2008；orlu等，2009；sarabia等，2013)。种公鸡睾丸大小和重量与精子、精液的数量和质量有直接联系，对鸡群受精率的高低和维持很重要，而且繁殖后期种公鸡的繁殖机能逐渐减退，精液品质大幅下降，从而缩短种公鸡的使用寿命。同时鸡睾丸作为优质鸡的消费副产品有着重要的医药及经济价值，睾丸被认为是一种昂贵的滋补食材，其原始蛋白质含量丰富。因此提高公鸡出栏时的睾丸重和睾丸指数，可增加优质鸡的生产附加值。研究者在早期实验中发现地方鸡种睾丸性状在群体中的变异系数高达80％以上(周敏等，2019)。而评价睾丸生长发育的指标如左右两侧的睾丸重、睾丸指数、睾丸总重属于屠宰性状，直接选择比较过程复杂且成本高。随着分子遗传标记辅助选择在育种中的应用，候选基因法是家鸡进行睾丸性状分子选育行之有效、易于操作的方法。

3、caspase-3是一种蛋白酶，是细胞凋亡的关键性的效应因子之一，现有技术中均为caspase-3与细胞凋亡相关方面的研究，而caspase 3基因与地方鸡种公禽的繁殖性能的相关性还未见报道。因此，本发明以caspase 3基因3’utr区域的indel标记为候选标记，检测该indel标记与地方鸡种宁都黄公鸡中睾丸性状的关系，以便为地方鸡种品种选育及标记辅助选择提供依据。

技术实现思路

1、本发明的目的是提供一种与宁都黄鸡睾丸性状相关的indel标记及其应用，以解决上述现有技术存在的问题。本发明以caspase 3基因3’utr区域indel位点为候选标记，检测该位点在地方鸡种宁都黄公鸡中的多态性并分析其与睾丸性状的关系，以便为地方鸡种公鸡选育及标记辅助选择提供依据。

2、为实现上述目的，本发明提供了如下方案：

3、本发明提供了一种与宁都黄鸡睾丸性状相关的indel标记，所述indel标记位于caspase3基因3’utr区域，其核苷酸序列如seq id no：1所示。

4、进一步地，所述indel标记为一段141bp大小的插入片段，位于如seq id no：1所示核苷酸序列的第106-247bp处。

5、本发明还提供一种检测上述indel标记的引物组，所述引物组的核苷酸序列如seqid no：2-3所示。

6、本发明还提供一种含有上述引物组的试剂盒。

7、本发明还提供一种检测宁都黄鸡睾丸性状的方法，包括以下步骤：

8、以待测鸡的dna为模板，利用上述的引物组或试剂盒进行pcr扩增；

9、检测待测鸡在权利要求1或2所述indel标记处基因型，根据基因型判断宁都黄鸡睾丸性状。

10、进一步地，若基因型显示两条链均有indel标记或两条链均没有indel标记，则宁都黄鸡睾丸性状好。

11、本发明还提供一种上述indel标记或引物组或试剂盒在检测宁都黄鸡睾丸性状中的应用。

12、本发明还提供一种上述indel标记或引物组或试剂盒在宁都黄鸡育种中的应用。

13、本发明还提供一种上述indel标记在检测宁都黄鸡睾丸性状相关性中的应用，所述应用具体为通过所述indel标记为候选标记，分析其基因型与睾丸性状的关系，从而对宁都黄鸡品种进行选育。

14、本发明公开了以下技术效果：

15、本发明以caspase 3基因3’utr区域indel位点为候选标记，检测该位点在地方鸡种宁都黄公鸡中的多态性并分析其与睾丸性状的关系，结果发现，该indel位点与宁都黄鸡睾丸性状显著相关。

16、本发明为鉴别宁都黄鸡的睾丸性状提供了新的分子标记，从而为优良睾丸性状宁都黄鸡的选育提供了分子标记辅助选择依据，具有重要的实际应用价值。

技术特征：

1.一种与宁都黄鸡睾丸性状相关的indel标记，其特征在于，所述indel标记位于caspase3基因3’utr区域，其核苷酸序列如seq id no：1所示。

2.根据权利要求1所述的indel标记，其特征在于，所述indel标记为一段141bp大小的插入片段，位于如seq id no：1所示核苷酸序列的第107-247bp处。

3.一种检测权利要求1或2所述indel标记的引物组，其特征在于，所述引物组的核苷酸序列如seq id no：2-3所示。

4.一种含有权利要求3所述引物组的试剂盒。

5.一种检测宁都黄鸡睾丸性状的方法，其特征在于，包括以下步骤：

6.根据权利要求5所述的方法，其特征在于，若基因型显示两条链均有indel标记或两条链均没有indel标记，则宁都黄鸡睾丸性状好。

7.如权利要求1或2所述indel标记或权利要求3所述引物组或权利要求4所述试剂盒在检测宁都黄鸡睾丸性状中的应用。

8.如权利要求1或2所述indel标记或权利要求3所述引物组或权利要求4所述试剂盒在宁都黄鸡育种中的应用。

9.如权利要求1或2所述indel标记在检测宁都黄鸡睾丸性状相关性中的应用，其特征在于，所述应用具体为通过所述indel标记为候选标记，分析其基因型与睾丸性状的关系，从而对宁都黄鸡品种进行选育。

技术总结本发明公开了一种与宁都黄鸡睾丸性状相关的InDel标记及其应用，涉及基因工程技术领域。所述InDel标记位于Caspase 3基因3’UTR区域，核苷酸序列如SEQ ID NO：1所示。本发明以Caspase 3基因3’UTR区域InDel位点为候选标记，检测该位点在地方鸡种宁都黄公鸡中的多态性并分析其与睾丸性状的关系，结果发现，该InDel位点与宁都黄鸡睾丸性状显著相关。本发明为鉴别宁都黄鸡的睾丸性状提供了新的分子标记，从而为优良睾丸性状宁都黄鸡的选育提供了分子标记辅助选择依据，具有重要的实际应用价值。技术研发人员：朱学农,谭玉文,周敏,许继国,马荆鄂,文正亚受保护的技术使用者：南昌师范学院技术研发日：技术公布日：2024/9/9