与大豆花叶病毒病相关的InDel分子标记组合、引物组、检测试剂盒和应用

本发明属于农业生物，具体涉及与大豆花叶病毒病相关的indel分子标记组合、引物组、检测试剂盒和应用。

背景技术：

1、大豆(glycine max(linn.)merr.)为豆科大豆属植物，是我国重要的粮油饲兼用型作物，其是畜牧业、养殖业、医药、轻工、化工等行业的原料来源，经济价值高。

2、大豆花叶病毒病是由大豆花叶病毒(soybean mosaic virus，smv)引起的一种世界性大豆病害，当其侵染大豆后，严重影响大豆的产量和品质，一般年份造成的产量损失达35％～50％，个别年份甚至绝产。n3株系大豆花叶病毒是东北大豆产区的强致病株系，现有技术多通过化学药剂对其进行化学防治，但使用化学药剂防治的效果十分有限；而生物防治通过筛选抗性较强的亲本进行杂交，以培育得到抗花叶病毒病的植株，但该方案不仅操作复杂且结果并不准确。目前，还未见通过indel分子标记辅助筛选、鉴定或培育抗花叶病毒病的相关报道。

技术实现思路

1、本发明的目的在于提供与大豆花叶病毒病相关的indel分子标记组合、引物组、检测试剂盒和应用，以此实现n3株系大豆花叶病毒病抗性品种的筛选、鉴定和培育。

2、本发明提供了与大豆花叶病毒病相关的indel分子标记组合，所述indel分子标记组合包括核苷酸序列如seq id no.1所示的第一indel分子标记和核苷酸序列如seq idno.2所示的第二indel分子标记。

3、本发明提供了扩增上述技术方案所述indel分子标记组合的引物组，所述引物组包括扩增所述第一indel分子标记的第一引物和扩增所述第二indel分子标记的第二引物；所述第一引物包括上游引物f1和下游引物r1；所述第二引物包括上游引物f2和下游引物r2；所述上游引物f1的核苷酸序列如seq id no.3所示；所述下游引物r1的核苷酸序列如seq id no.4所示；所述上游引物f2的核苷酸序列如seq id no.5所示；所述下游引物r2的核苷酸序列如seq id no.6所示。

4、本发明提供了一种检测试剂盒，含有上述技术方案所述的引物组和pcr扩增试剂。

5、优选的，所述pcr扩增试剂包括dna聚合酶、dntps和含有mg2+的试剂。

6、本发明提供了上述技术方案所述的indel分子标记组合、所述的引物组或所述的检测试剂盒的应用；所述应用包括筛选抗大豆花叶病毒植株、鉴定抗大豆花叶病毒植株和培育抗大豆花叶病毒植株中的一种或多种。

7、优选的，所述大豆花叶病毒包括n3株系大豆花叶病毒。

8、本发明提供了一种筛选和/或鉴定大豆花叶病毒病抗性的方法，包括：

9、以待检测大豆的基因组dna为模板，使用上述技术方案中所述的第一引物和第二引物分别进行pcr扩增，得到第一pcr扩增产物和第二pcr扩增产物；

10、分别对所述第一pcr扩增产物和第二pcr扩增产物进行核酸电泳带型分析，并分别与垦丰17的核酸电泳带型进行对比；

11、当所述第一pcr扩增产物的核酸电泳带型和/或第二pcr扩增产物的核酸电泳带型与垦丰17的核酸电泳带型相同，则所述待检测大豆不具有花叶病毒病抗性；

12、当所述第一pcr扩增产物的核酸电泳带型和第二pcr扩增产物的核酸电泳带型均与垦丰17的核酸电泳带型不同，则所述待检测大豆具有花叶病毒病抗性。

13、优选的，所述pcr扩增的反应体系包括第一pcr扩增的反应体系和第二pcr扩增的反应体系；所述第一pcr扩增的反应体系以20μl计，包括：500ng/μl基因组dna模板1μl、10μm的上游引物f11μl、10μm的下游引物r11μl、2×taqpcrmix 10μl和ddh2o 7μl；所述第二pcr扩增的反应体系以20μl计，包括：500ng/μl基因组dna模板1μl、10μm的上游引物f21μl、10μm的下游引物r21μl、2×taqpcrmix 10μl和ddh2o 7μl。

14、优选的，所述pcr扩增的程序均为：95℃预变性3min；94℃变性25s，58℃退火25s，72℃延伸8s，35个循环；72℃终止延伸10min。

15、优选的，所述核酸电泳带型分析方法包括：使用0.5×tbe溶液配制成质量浓度为4％的琼脂糖凝胶进行电泳；所述电泳的电压为280v；所述电泳的时间为20min。

16、有益效果：

17、本发明提供了与大豆花叶病毒病相关的indel分子标记组合，所述indel分子标记组合包括核苷酸序列如seq id no.1所示的indel分子标记和核苷酸序列如seq id no.2所示的indel分子标记，该分子标记组合与n3株系大豆花叶病毒病紧密相关。进一步的，本发明基于indel分子标组合设计了相应的引物组和检测试剂盒，以此能够精准对抗n3株系花叶病毒病植株进行筛选、鉴定和培育。

18、基于上述技术优势，本发明还提供了一种筛选和/或鉴定大豆花叶病毒病抗性的方法，使用本发明提供的引物组对待测样本进行pcr扩增，通过对pcr扩增产物进行核酸电泳带型分析，并与垦丰17的核酸电泳带型进行对比。结果发现，当所述pcr扩增产物的核酸电泳带型与垦丰17的核酸电泳带型相同时，则所述待检测大豆不具有n3株系花叶病毒病抗性；当所述pcr扩增产物的核酸电泳带型与垦丰17的核酸电泳带型不同时，则所述待检测大豆具有n3株系花叶病毒病抗性。以此，准确、快速的筛选、鉴定了大豆植株中n3株系花叶病毒病的抗性。

技术特征：

1.与大豆花叶病毒病相关的indel分子标记组合，其特征在于，所述indel分子标记组合包括核苷酸序列如seq id no.1所示的第一indel分子标记和核苷酸序列如seq id no.2所示的第二indel分子标记。

2.扩增权利要求1所述indel分子标记组合的引物组，其特征在于，所述引物组包括扩增所述第一indel分子标记的第一引物和扩增所述第二indel分子标记的第二引物；

3.一种检测试剂盒，其特征在于，含有权利要求2所述的引物组和pcr扩增试剂。

4.根据权利要求3所述的检测试剂盒，其特征在于，所述pcr扩增试剂包括dna聚合酶、dntps和含有mg2+的试剂。

5.权利要求1所述的indel分子标记组合、权利要求2所述的引物组或权利要求3或4所述的检测试剂盒的应用；

6.根据权利要求5所述的应用，其特征在于，所述大豆花叶病毒包括n3株系大豆花叶病毒。

7.一种筛选和/或鉴定大豆花叶病毒病抗性的方法，其特征在于，包括：

8.根据权利要求7所述的方法，其特征在于，所述pcr扩增的反应体系包括第一pcr扩增的反应体系和第二pcr扩增的反应体系；

9.根据权利要求7或8所述的方法，其特征在于，所述pcr扩增的程序均为：95℃预变性3min；94℃变性25s，58℃退火25s，72℃延伸8s，35个循环；72℃终止延伸10min。

10.根据权利要求7所述的方法，其特征在于，所述核酸电泳带型分析方法包括：使用0.5×tbe溶液配制成质量浓度为4％的琼脂糖凝胶进行电泳；所述电泳的电压为280v；所述电泳的时间为20min。

技术总结本发明属于农业生物技术领域，具体涉及与大豆花叶病毒病相关的InDel分子标记组合、引物组、检测试剂盒和应用。本发明所述InDel分子标记组合包括核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示的InDel分子标记和核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示的InDel分子标记，该分子标记组合与大豆花叶病毒病紧密相关。在此基础上，本发明进一步提供了InDel分子标记组合相应的引物组、检测试剂盒以及筛选和/或鉴定大豆花叶病毒病抗性的方法。与传统大豆花叶病毒病抗性鉴定方法相比，本发明的方法具有高通量、自动化、快速精准、不易受环境因素影响等优点，为大豆抗花叶病毒病材料的分子标记辅助育种提供新的技术支持。技术研发人员：孙连军,吴月颖,肖国政,侯晶晶受保护的技术使用者：中国农业大学技术研发日：技术公布日：2024/9/12