一种SLC10A1等位基因分型检测引物和方法与流程

本发明属于分子诊断，尤其是涉及一种slc10a1等位基因分型检测引物和方法。

背景技术：

1、钠牛磺胆酸共转运多肽(sodium taurocholate cotransporting polypeptide,ntcp)缺陷病是slc10a1双等位基因突变导致的一种新的遗传性胆汁酸代谢病。ntcp缺陷病以儿童期显著而持续性的高胆汁酸血症为主要临床特征，并可能参与新生儿高胆红素血症、婴儿早期胆汁淤积症和妊娠胆汁淤积症的形成。在已报道的ntcp缺陷病患者中，slc10a1基因变异c.800c＞t(p.ser267phe)最常见,其等位基因频率高达95.5％，在slc10a1变异谱中占据绝对优势。伴有显著而持续性高胆汁酸血症的新生儿高胆红素血症、婴儿早期胆汁淤积症和妊娠胆汁淤积症患者，均有必要通过slc10a1基因分析，以排除ntcp缺陷病可能。

2、现有的slc10a1基因分型检测的方法有酶切技术、一代测序技术和悬浮磁珠液相芯片技术等。酶切技术对相应pcr扩增片段利用限制性内切酶进行酶切处理，再利用凝胶电泳进行跑胶，对得到的条带进行人工判读以区分不同slc10a1基因型。该方法需要购买特殊的酶，成本高，检测反应步骤复杂，耗时长，人工判读易出现误差；一代测序技术耗时长并不适用于临床大规模推广使用；悬浮磁珠液相芯片技术成本较高，操作复杂，检测时间较长，可能影响临床决策的及时性。

技术实现思路

1、基于此，本发明的目的是提供一种slc10a1等位基因分型检测引物，所述分型检测引物能简单、快速、高效地区分slc10a1基因c.800c＞t位点的3种基因型。

2、为实现上述目的，本发明采用如下技术方案。

3、本发明的第一方面，提供了一种slc10a1基因c.800c＞t位点分型检测引物，所述分型引物包括上游引物和下游引物，所述上游引物如seq id no.1所示，所述下游引物如seq id no.2所示。

4、本发明的第二方面，提供了一种slc10a1基因c.800c＞t位点分型检测方法，包括以下步骤：

5、(1)提取待测样本dna；

6、(2)利用如上所述的分型检测引物对所述dna进行pcr扩增；

7、(3)对pcr扩增产物进行hrm分析。

8、在其中一些实施例中，所述pcr扩增的体系包括以下组分：dna模板、所述上游引物、所述下游引物、dntp、dna聚合酶、bsa和荧光染料。

9、在其中一些实施例中，所述荧光染料为evagreen。

10、在其中一些实施例中，所述上游引物和/或下游引物在所述pcr扩增的体系中的终浓度为0.05μm-1μm，优选为0.1μm～0.3μm，更优选为0.2μm。

11、在其中一些实施例中，所述pcr扩增的体系包括以下浓度的组分：dna 10ng/μl-50ng/μl、所述上游引物0.05μm-1μm、所述下游引物0.05μm-1μm、dntp 10nm～20nm、dna聚合酶0.03u/μl～0.05u/μl、bsa 4ug/μl～6ug/μl。

12、在其中一些实施例中，所述pcr扩增的程序为：1)95℃3min～5min；2)95℃10s，58℃-60℃25s；重复步骤2)35-40个循环。

13、本发明的第三方面，提供了如上所述的分型检测引物在制备slc10a1基因c.800c＞t位点突变相关疾病的检测试剂盒中的应用。

14、在其中一些实施例中，所述slc10a1基因c.800c＞t位点突变相关疾病为钠牛磺胆酸共转运多肽缺陷病。

15、本发明的第四方面，提供了一种slc10a1基因c.800c＞t位点突变相关疾病检测试剂盒，所述试剂盒包括如上所述的分型检测引物。

16、在其中一些实施例中，所述试剂盒还包括dna聚合酶、dntp、荧光染料。

17、在其中一些实施例中，所述slc10a1基因c.800c＞t位点突变相关疾病为钠牛磺胆酸共转运多肽缺陷病。

18、与现有技术相比，本发明具有以下有益效果：

19、本发明提供了一种slc10a1基因c.800c＞t位点分型检测引物，所述分型检测引物在同一扩增条件下对slc10a1基因c.800c＞t位点的tt型(突变型纯合子)、cc型(野生型纯合子)、ct型(杂合子)的均有很好的扩增性，且在hrm检测中能够有效提高熔解曲线的分辨率，有效区分tt型、cc型及ct型，可以简单、快速、高效地实现slc10a1基因c.800c＞t位点的分型检测，准确性高，特异性好，重复性好且费用低。

技术特征：

1.一种slc10a1基因c.800c＞t位点分型检测引物，其特征在于，所述分型引物包括上游引物和下游引物，所述上游引物如seq id no.1所示，所述下游引物如seq id no.2所示。

2.一种slc10a1基因c.800c＞t位点分型检测方法，其特征在于，包括以下步骤：

3.如权利要求2所述的分型检测方法，其特征在于，所述pcr扩增的体系包括以下组分：dna模板、所述上游引物、所述下游引物、dntp、dna聚合酶、bsa和荧光染料。

4.如权利要求3所述的分型检测方法，其特征在于，所述上游引物和/或下游引物在所述pcr扩增的体系中的终浓度为0.05μm-1μm，优选为0.1μm～0.3μm，更优选为0.2μm。

5.如权利要求2所述的分型检测方法，其特征在于，所述pcr扩增的程序为：1)95℃3min～5min；2)95℃10s，58℃-60℃25s；重复步骤2)35-40个循环。

6.如权利要求1所述的分型检测引物在制备slc10a1基因c.800c＞t位点突变相关疾病的检测试剂盒中的应用。

7.如权利要求6所述的应用，其特征在于，所述slc10a1基因c.800c＞t位点突变相关疾病为钠牛磺胆酸共转运多肽缺陷病。

8.一种slc10a1基因c.800c＞t位点突变相关疾病检测试剂盒，其特征在于，所述试剂盒包括如权利要求1所述的分型检测引物。

9.如权利要求8所述的检测试剂盒，其特征在于，所述试剂盒还包括dna聚合酶、dntp、荧光染料。

10.如权利要求8或9所述的检测试剂盒，其特征在于，所述slc10a1基因c.800c＞t位点突变相关疾病为钠牛磺胆酸共转运多肽缺陷病。

技术总结本发明提供了一种SLC10A1等位基因分型检测引物和方法，所述分型引物包括上游引物和下游引物，所述上游引物如SEQ ID NO.1所示，所述下游引物如SEQ ID NO.2所示。本发明分型检测引物在同一扩增条件下对SLC10A1基因c.800C＞T位点的TT型、CC型、CT型的均有很好的扩增性，且在HRM检测中能够有效提高熔解曲线的分辨率，有效区分TT型、CC型及CT型，可以简单、快速、高效地实现SLC10A1基因c.800C＞T位点的分型检测，准确性高，特异性好，重复性好且费用低。技术研发人员：唐佳,黄沁怡,范绿园,金丽媛,肖煦晖,钟晓彬受保护的技术使用者：广东省生殖科学研究所（广东省生殖医院）技术研发日：技术公布日：2024/11/14