流通池和方法与流程

背景技术：

1、双链dna(dsdna)靶分子可以片段化并标记以产生较小的单链dna分子(ssdna)文库。这些较小的单链dna分子可以用作dna测序反应中的模板。模板可以使得能够获得短的读段长度，然后在数据分析期间，可以比对重叠的短序列读段以重新构建较长的核苷酸序列。用于双链dna的片段化和标记的一些方法产生过多废弃物，涉及用于片段化的昂贵仪器，并且耗时。

技术实现思路

1、本文公开的流通池的一些示例包括能够重新利用流通池功能的表面化学物质。例如，在单个工作流程中，流通池可用于标签片段化，然后用于扩增和测序。对于另一个示例，流通池可重复用于转座体复合物结合和标签片段化的多个循环。这些示例流通池可以提高效率，使得能够对经标签片段化的片段进行索引，和/或使得能够进行富集。

2、本文公开的流通池的其他示例包括光活化的表面化学物质。这些示例流通池使得能够在表面制备和/或流通池表面上发生的方法期间进行空间定位控制。因此，这些示例流通池可以提高效率和/或使得能够进行流通池(或空间)索引(而不是单个经标签片段化的dna片段的索引)。

3、本文公开的流通池的其他示例利用热、光或ph变化来活化流通池的预定位置/区域中的转座体复合物。通过选择性和按顺序的转座体复合物活化，多个dna样品可按顺序被引入到流通池中，并且在相应的预定位置/区域暴露于标签片段化。因此，特定样品的簇生成发生在特定的预定区域。这允许对样品进行空间索引，因为每个区域包括不同dna样品的片段或簇。

技术特征：

1.一种流通池，所述流通池包括：

2.根据权利要求1所述的流通池，其中所述非转移链由与所述转移链的所述部分杂交的所述部分组成。

3.根据权利要求1或权利要求2所述的流通池，所述流通池还包括通过相应的第二含生物素的接头固定在所述凹入部中的每一个凹入部内的第一引物和第二引物，并且其中：

4.根据权利要求1所述的流通池，其中：

5.根据权利要求1所述的流通池，所述流通池还包括通过相应的第二含生物素的接头固定在所述凹入部中的每一个凹入部内的第一引物和第二引物，其中：

6.一种标签片段化试剂盒，所述标签片段化试剂盒包括：

7.根据权利要求6所述的标签片段化试剂盒，所述标签片段化试剂盒还包括接枝流体，所述接枝流体包括：

8.根据权利要求6所述的标签片段化试剂盒，其中所述流通池还包括：

9.一种标签片段化试剂盒，所述标签片段化试剂盒包括：

10.一种方法，所述方法包括：

11.根据权利要求10所述的方法，其中：

12.根据权利要求11中所述的方法，其中在切割所述完全适配的dna样品片段使得所述含生物素的接头保持附接到所述表面之后，并且在使用所述流通池之前，所述方法还包括从所述含生物素的接头去除链霉抗生物素蛋白。

13.根据权利要求10至权利要求12中任一项所述的方法，其中将所述流通池用于生成至少部分适配的dna样品片段的所述后续循环，并且其中生成至少部分适配的dna样品片段的所述后续循环涉及：

14.根据权利要求11或权利要求12所述的方法，其中将所述流通池用于所述先前切割的和完全适配的dna样品片段的扩增，并且其中所述先前切割的和完全适配的dna样品片段的所述扩增涉及：

15.根据权利要求10所述的方法，其中：

16.根据权利要求1 5中所述的方法，其中在切割所述完全适配的dna样品片段使得所述含生物素的接头保持附接到所述表面之后，并且在使用所述流通池之前，所述方法还包括从所述含生物素的接头去除链霉抗生物素蛋白。

17.根据权利要求15或权利要求16所述的方法，其中将所述流通池用于生成至少部分适配的dna样品片段的所述后续循环，并且其中生成完全适配的dna样品片段的所述后续循环包括：

18.根据权利要求15或权利要求16所述的方法，其中将所述流通池用于所述先前切割的和完全适配的dna样品片段的扩增，并且其中所述先前切割的和完全适配的dna样品片段的所述扩增涉及：

19.根据权利要求10所述的方法，其中：

20.根据权利要求19所述的方法，其中所述完全适配的dna样品片段中的一些片段包括靶向区域，并且其中在切割所述完全适配的dna样品片段之后，所述方法还包括通过以下方式生成富集样品：

21.根据权利要求20所述的方法，所述方法还包括：

22.根据权利要求21所述的方法，其中当所述单链完全适配的dna样品片段中具有所述靶向区域的所述一些片段在所述保持容器中时，所述方法还包括从所述流动通道中的所述含生物素的接头中去除链霉抗生物素蛋白；以及

23.根据权利要求21或权利要求22所述的方法，其中将所述流通池用于所述先前切割的和完全适配的dna样品片段的扩增，并且其中所述先前切割的和完全适配的dna样品片段的所述扩增通过在所述第一引物和第二引物已经附接之后将所述单链完全适配的dna样品片段中具有所述靶向区域的所述一些片段从所述保持容器运输到所述流动通道来启动。

24.根据权利要求10所述的方法，其中：

25.根据权利要求24所述的方法，其中在所述部分适配的dna样品片段被切割之后，所述方法还包括：

26.一种方法，所述方法包括：

27.一种方法，所述方法包括：

28.根据权利要求27所述的方法，所述方法还包括：

29.根据权利要求27或权利要求28所述的方法，其中在所述标签片段化实体被偶联之后，所述方法还包括：

30.根据权利要求29所述的方法，其中所述第一标签片段化实体和第二标签片段化实体具有不同的索引序列。

31.一种试剂盒，所述试剂盒包括：

32.根据权利要求31所述的试剂盒，所述试剂盒还包括生物素化的富集探针。

33.根据权利要求31或权利要求32所述的试剂盒，所述试剂盒还包括生物素链霉抗生物素蛋白切割组合物。

34.根据权利要求31至权利要求33中任一项所述的试剂盒，所述试剂盒还包括切割每个生物素化的转座体复合物的切割位点的切割剂。

35.根据权利要求31至权利要求34中任一项所述的试剂盒，其中：

36.根据权利要求31至权利要求34中任一项所述的试剂盒，其中所述多个生物素化的转座体复合物包括：

37.根据权利要求31至权利要求34中任一项所述的试剂盒，其中：

38.一种方法，所述方法包括：

39.根据权利要求38所述的方法，其中所述活化温度在约20℃至约55℃的范围内。

40.根据权利要求38或权利要求39所述的方法，所述方法还包括：

41.根据权利要求38至权利要求40中任一项所述的方法，其中：

42.一种方法，所述方法包括：

43.根据权利要求42所述的方法，其中所述机制是热，并且所述方法还包括冷却所述流通池的所述另一区域以防止在所述另一区域中发生催化金属释放。

44.根据权利要求42所述的方法，其中所述机制是光。

45.根据权利要求42所述的方法，其中所述机制是ph变化。

46.根据权利要求42至权利要求45中任一项所述的方法，所述方法还包括：

47.根据权利要求46所述的方法，其中：

48.一种方法，所述方法包括：

49.根据权利要求48所述的方法，其中暴露所述转座体复合物的所述子集涉及加热所述预定区域，并且所述方法还包括冷却所述流通池的另一区域以防止所述可移除涂层的另一部分从所述另一区域中去除。

50.根据权利要求48所述的方法，其中暴露所述转座体复合物的所述子集涉及将所述预定区域暴露于可见光。

51.根据权利要求48所述的方法，其中暴露所述转座体复合物的所述子集涉及改变所述预定区域处的ph。

52.根据权利要求48至权利要求51中任一项所述的方法，所述方法还包括：

53.根据权利要求52所述的方法，其中：

54.一种试剂盒，所述试剂盒包括：

55.根据权利要求54所述的试剂盒，其中：

56.根据权利要求54所述的试剂盒，其中：

57.一种用于使用根据权利要求54所述的试剂盒的方法，所述方法包括：

58.一种用于使用根据权利要求54所述的试剂盒的方法，所述方法包括：

59.根据权利要求58所述的方法，所述方法还包括在所述流通池的所述第二区域处钝化所述第二结合复合物。

60.根据权利要求58或权利要求59所述的方法，其中钝化所述第一结合复合物涉及将防污剂附接到所述第一结合复合物。

61.根据权利要求58或权利要求59所述的方法，其中钝化所述第一结合复合物涉及在所述第一结合复合物上形成疏水性聚合物壳。

62.根据权利要求58至权利要求61中任一项所述的方法，所述方法还包括：

63.一种用于使用根据权利要求54所述的试剂盒的方法，所述方法包括：

64.一种方法，所述方法包括：

技术总结流通池的一个示例包括：具有由间隙区域分开的凹入部的基板；定位在该凹入部中的每一个凹入部内的聚合物水凝胶；以及通过含生物素的接头固定在该凹入部中的每一个凹入部内的多个转座体复合物。在该示例中，该多个转座体复合物中的每一个转座体复合物是单一类型的，包括转座子末端，其中转移链的一部分与非转移链的一部分杂交，其中该转移链包括第一扩增结构域并且不含索引序列。技术研发人员：G·A·阿蒂奥利,J·S·巴苏基,C·塞斯拉,T·J·迪尔,L·J·弗雷泽,N·A·戈姆利,Y·H·T·何,A·卡鲁纳卡兰,M·I·马丁斯维托里亚诺,J·摩尔,S·G·G·里考特,V·S·汤姆森,X·冯哈滕,J·C·韦尔受保护的技术使用者：因美纳有限公司技术研发日：技术公布日：2024/11/18