具有信号强度保留的可重复使用的流通池、在可重复使用的流通池中保留信号强度的方法以及用于其的试剂和试剂盒与流程

背景技术：

1、流通池用于多种方法和应用(诸如基因测序、基因分型等)中。对于各种分析(诸如核酸分析)，流通池的表面可以用特定的表面化学物质(诸如引物、聚合酶等)来官能化，具体取决于将要发生的反应。在许多情况下，表面化学物质与流通池表面共价结合。在多种用途期间，在分析的各个阶段或在流通池的整个使用寿命内，可能需要共价连接来维持流通池活性区中的表面化学物质。

2、多次循环使用以及为使流通池表面功能化而发生的相关反应可能会降低流通池维持各种分析所必需的表面化学物质的能力，并且在一些情况下，流通池可以被简单地视为消耗品。如在大多数行业中那样，希望过程中的消耗品较少。

技术实现思路

1、本发明的各种实施方案通常涉及用于测序的流通池、处理流通池的基底的方法和用于此类处理的试剂。本发明的各种实施方案提供了具有信号强度保留的可重复使用的流通池。根据本发明的各种实施方案的可重复使用的流通池经多次循环分析在使用中维持或保留信号强度水平。本发明的各种实施方案提供了处理流通池的表面以经多次循环分析在使用中维持、保留和增强流通池的信号强度的方法。本发明的各种实施方案提供了用于在此类方法中使用的试剂。

2、在各种实施方案中，流通池在其表面处可包括能够附接到将在核酸测序中使用的引物的官能团，并且在各种实施方案中，此类官能团可结合至流通池表面上的聚合物水凝胶。在测序循环(例如，引发、核苷酸接枝、分析、数据捕获、核苷酸去除等)之后，去除引物。在一些情况下，去除引物可留下测序后的官能团，这些测序后的官能团不同于能够附接到引物的官能团。在这些情况下，流通池表面可与根据各种实施方案的试剂接触并使用根据各种实施方案的方法，使得测序后的官能团转化回能够附接到引物的官能团，从而维持或保留或甚至增强信号强度用于下一个测序循环。

3、本发明的一个实施方案包括一种试剂，该试剂包含具有两个或更多个末端叠氮化物官能团和具有能够与胺基团共价键合的部分的末端的化合物的溶液。本发明的另一个实施方案包括一种试剂，该试剂包含以下各项的混合物：(i)具有两个或更多个末端叠氮化物官能团和具有能够与胺基团共价键合的部分的末端的化合物；以及(ii)生物相容性缓冲溶液。在此上下文中，“生物相容性(biologically compatible或biocompatible)”是指通常温和、对生物系统安全/无毒并且不与核酸官能团反应的缓冲系统和缓冲组分。本发明的另一个实施方案包括一种试剂，该试剂包含具有通式(i)的化合物：

4、

5、其中每个az表示叠氮化物部分；r表示与胺基团形成共价键的部分；每个x独立地表示桥接基团；y表示氮或碳；并且a表示1或2的整数。合适的桥接基团可包括具有2个至20个乙二醇基团的聚乙二醇、烷基链、多糖和多肽。

6、本发明的另一个实施方案包括一种方法，该方法包括：提供具有基底的流通池，该基底具有结合到该基底的一个或多个末端胺官能团；以及使该基底与试剂接触，该试剂包含具有两个或更多个末端叠氮化物官能团和具有能够与胺基团共价键合的部分的末端的化合物。本发明的另一个实施方案包括一种试剂盒，该试剂盒包括根据本文所述的各种实施方案的流通池和一种或多种试剂。本发明的另一个实施方案包括一种流通池，该流通池包括已经与根据本发明的实施方案的试剂接触的基底，该基底因此包含与其结合的具有两个或更多个末端叠氮化物官能团的分子。

7、在本发明的各种优选实施方案中，该化合物包含n-(peg3-n-羟基琥珀酰亚胺)-n-双(peg3-叠氮化物)，如本文由式(ia)表示：

8、

9、在本发明的各种优选实施方案中，该化合物包含n-羟基琥珀酰亚胺-peg5-三(peg3-叠氮化物)，如本文由式(ib)表示：

10、

11、根据以下公开内容，包括具体实施方式、优选实施方案和所附权利要求书，其他方面、特征和优点将是显而易见的。

技术特征：

1.一种试剂，所述试剂包含具有两个或更多个末端叠氮化物官能团和具有能够与胺基团共价键合的部分的末端的化合物的溶液。

2.根据权利要求1所述的试剂，其中所述化合物具有三个或更多个末端叠氮化物官能团和所述具有能够与胺基团共价键合的部分的末端。

3.根据权利要求1所述的试剂，其中所述化合物以至多约10mm的浓度存在于所述溶液中。

4.一种试剂，所述试剂包含以下各项的混合物：(i)具有两个或更多个末端叠氮化物官能团和具有能够与胺基团共价键合的部分的末端的化合物；以及(ii)生物相容性缓冲溶液。

5.根据权利要求4所述的试剂，其中所述化合物以至多约10mm的浓度存在于所述溶液中。

6.一种试剂，所述试剂包含具有通式(i)的化合物的溶液：

7.根据权利要求6所述的试剂，其中至少一个x包含附加的分支点，从所述附加的分支点上悬垂出具有末端叠氮化物部分的桥接基团。

8.根据权利要求6所述的试剂，其中每个x表示聚乙二醇，a为1并且y为氮。

9.根据权利要求6所述的试剂，其中所述通式(i)的化合物是n-(peg3-n-羟基琥珀酰亚胺)-n-双(peg3-叠氮化物)。

10.一种包括基底的流通池，所述基底包含与其结合的具有两个或更多个末端叠氮化物官能团的分子。

11.根据权利要求10所述的流通池，其中所述基底包含与其结合的多个分子，所述多个分子中的每一个分子具有两个或更多个末端叠氮化物官能团。

12.根据权利要求11所述的流通池，其中所述多个分子中的每一个分子包含n-(peg3-n-羟基琥珀酰亚胺)-n-双(peg3-叠氮化物)。

13.一种方法，所述方法包括：

14.根据权利要求13所述的方法，其中在将所述流通池用于测序循环之后进行所述基底与所述试剂的接触。

15.根据权利要求13所述的方法，其中在将所述流通池用于测序循环之前进行所述基底与所述试剂的接触。

16.根据权利要求13所述的方法，其中在每次使用所述试剂的两个或更多个连续测序循环中的每一个测序循环之后进行所述基底与所述试剂的接触。

17.根据权利要求13所述的方法，其中在两个或更多个连续测序循环中的每一个测序循环之后进行所述基底与所述试剂的接触，其中所述基底的第二次或随后的接触使用第二试剂，所述第二试剂包含具有两个或更多个末端叠氮化物官能团和具有能够与胺基团共价键合的部分的末端的第二化合物的溶液。

18.一种试剂盒，所述试剂盒包括：流通池；裂解流体；以及再生流体，其中所述再生流体包含具有两个或更多个末端叠氮化物官能团和具有能够与胺基团共价键合的部分的末端的化合物。

19.根据权利要求18所述的试剂盒，其中所述流通池包括基底，所述基底包含预接枝的引物。

20.根据权利要求18所述的试剂盒，其中所述流通池包括基底，所述基底包含末端叠氮化物官能团，并且所述试剂盒还包括引物流体，所述引物流体包含一种或多种炔封端的引物。

技术总结用于测序的可重复使用的流通池，其在许多使用循环中显示出信号强度保留，其活性表面含有聚叠氮化物官能部分；用试剂处理流通池表面以提供此类聚叠氮化物官能部分的方法；以及用于此的试剂。技术研发人员：乔纳森·布特尔,韦恩·乔治,吴晓琳受保护的技术使用者：伊路米纳有限公司技术研发日：技术公布日：2024/11/18