FC结合多肽的制作方法
- 国知局
- 2024-06-20 10:52:06
本公开内容涉及一类改造的多肽,其具有对免疫球蛋白的fc区的结合亲和力,同时显示对免疫球蛋白的vh3区的显著降低的结合亲和力。本公开内容还涉及使用所述多肽分离免疫球蛋白的方法以及相关的产品。
背景技术:
1、免疫球蛋白代表全世界生产或开发的最普遍的生物制药产品。对于这种特定治疗市场的高商业需求,以及由此其价值,已导致重点放在制药公司上,以使它们各自的mab生产过程的生产力最大化,同时控制相关的成本。
2、亲和色谱在大多数情况下用作纯化这些免疫球蛋白分子,例如单克隆或多克隆抗体的关键步骤之一。一类特别令人关注的亲和试剂是能够特异性结合免疫球蛋白分子的不变部分的蛋白,这样的相互作用不依赖于抗体的抗原结合特异性。这样的试剂可广泛用于从不同的样品,例如但不限于血清或血浆制备物或细胞培养物来源的原料经亲和色谱回收免疫球蛋白。这样的蛋白的实例是葡萄球菌蛋白a(spa),其含有能够结合来自不同物种的lgg免疫球蛋白的fc和fab部分的结构域。这些结构域通常被称为e-、d-、a-、b-和c-结构域。
3、基于spa的蛋白由于其高亲和力和选择性已广泛用于生物技术领域,例如在亲和色谱中作为配体用于捕获和纯化抗体,以及用于检测或定量。目前,基于spa的亲和介质可能是最广泛使用的亲和介质,用于从不同的样品,包括工业细胞培养物上清液分离单克隆抗体和它们的片段。因此,包含蛋白a或蛋白a衍生的配体的各种基质是可市售获得的,例如以mabselecttm sure、mabselecttm sure lx、mabselecttm prisma protein a和hiscreenfibrotm prisma的形式从cytiva,uppsala,sweden获得。
4、某些蛋白a和蛋白a衍生的配体对于抗体的fc部分和抗体的一些vh结构域,特别是vh3具有结合亲和力。因此,产物相关的杂质,例如半抗体和截短变体的共纯化可能发生,并且需要复杂和/或不足够温和的洗脱方案。当在旨在发现针对抗体结构域的新结合剂的文库应用中使用这些配体时,存在固有的vh结构域相互作用可能是有问题的。
技术实现思路
1、本公开内容的目标是提供fc结合的spa衍生配体,其显示没有或显著降低的对免疫球蛋白的vh3区的亲和力。这样的配体可例如用于分离免疫球蛋白和/或其片段的方法。
2、本公开内容的目标是提供fc结合的spa衍生配体,其允许有效分离免疫球蛋白和/或其片段,同时减轻本领域的上述和其它缺陷。
3、一个目标是提供fc结合的spa衍生配体,其能够温和洗脱纯化的抗体。
4、进一步的目标是提供fc结合的spa衍生配体,其降低或防止产品相关杂质例如半抗体和截短变体的共纯化。
5、另外,进一步的目标是提供fc结合的spa衍生配体,其避免竞争性相互作用,例如以简化显示对ph洗脱的敏感性改变的改变的免疫球蛋白变体的鉴定。
6、一个目标是提供fc结合的spa衍生配体,其避免竞争性相互作用,因此可用于纯化所有含fc产品的平台方案。
7、一个目标是提供fc结合的spa衍生配体,其避免与vh3的竞争性结合相互作用,因此显示对含fc产品的结合能力增加;换句话说,能够结合更多含fc产品的fc结合的spa衍生配体。
8、根据本公开内容对于技术人员显而易见的这些和其它目标通过随附权利要求中所要求保护的和本文普遍公开的本发明的不同方面得到满足。
9、因此,在公开内容的第一个方面,提供了从葡萄球菌属蛋白a(spa)或其任何结构域衍生的fc结合多肽,其中所述多肽具有对免疫球蛋白的fc区的结合亲和力,并且与seqid no:59对曲妥珠单抗的vh3区的结合亲和力相比,具有对相同的vh3区的更低结合亲和力。
10、作为替代方案,与seq id no:58对曲妥珠单抗的vh3区的亲和力相比,可评价本文公开的fc结合多肽对相同的vh3区的结合亲和力。因此,作为替代方案,提供了从葡萄球菌属蛋白a(spa)或其任何结构域衍生的fc结合多肽,其中所述多肽具有对免疫球蛋白的fc区的结合亲和力,并且与seq id no:58对曲妥珠单抗的vh3区的结合亲和力相比,具有对相同的vh3区的更低结合亲和力。因此,应理解,在一些实施方案中提供了如本文公开的从葡萄球菌属蛋白a(spa)或其任何结构域衍生的fc结合多肽,其与seq id no:58和seq id no:59对曲妥珠单抗的vh3区的结合亲和力相比,具有对相同的vh3区的更低结合亲和力。
11、技术人员将理解,如本文公开的从葡萄球菌属蛋白a(spa)或其任何结构域衍生的fc结合多肽可例如,但不必然从spa的结构域a(seq id no:62)、b(seq id no:61)、c(seqid no:60)、d(seq id no:63)和e(seq id no:64)或其衍生物,例如结构域z(seq id no:59)或其变体,例如seq id no:58的任何一个中衍生。从spa结构域衍生的fc结合多肽因此可以是上文定义的spa结构域的衍生物、突变体、变体或片段。
12、因此,本公开内容的fc结合多肽的特征为它们结合抗体/免疫球蛋白的fc(片段可结晶区),特别是抗体亚类igg1、igg2和igg4的fc区的固有能力得到保留,并且它们对抗体曲妥珠单抗的vh3区的结合亲和力被降低或废除。技术人员理解,对于含有与曲妥珠单抗相同或类似的vh3区的抗体或其片段,将观察到类似效果。
13、如本文所用的,在对vh3的结合亲和力的情况下术语vh3是指抗体曲妥珠单抗(商品名herceptintm(roche),trazimeratm(pfizer))的vh3区,该区域在根据kabat编号系统的以下位置包含氨基酸残基:h15:g;h17:s;h19:r;h57:t;h59:y;h64:k;h65:g;h66:r;h68:t;h70:s;h81:q;h82a:n和h82b:s。为避免任何疑惑,术语“曲妥珠单抗的vh3区”和术语“vh3”(没有任何额外说明)用于指抗体曲妥珠单抗的vh3区。
14、本发明人已令人惊讶地发现,通过在从spa或其结构域衍生的fc结合多肽的位置x33、x40和x51引入突变,对曲妥珠单抗的vh3的结合亲和力被显著降低或废除。x33、x40和x51是指spa结构域,例如seq id no:58和59中的位置33、40和51。因此,目前鉴定的在本文定义的fc结合多肽的位置x33、x40和x51中的突变显著降低或废除对所述vh3的结合亲和力。在位置x33、x40和x51包含本文定义的氨基酸的fc结合多肽释放至少显著部分的其对vh3的亲和力,同时保留对fc区的亲和力。
15、根据第二个方面,提供了包含序列a的fc结合多肽,所述序列a由选自i)、ii)和iii)的氨基酸序列组成,
16、其中i)、ii)和iii)如下定义:
17、i)ex25qx27x28x29x30ix32x33 lx35x36x37psx40sx42x43x44lx46eax49x50x51n2x53 x54
18、其中彼此独立地,
19、x25选自e和d;
20、x27选自r和h;
21、x28选自n、a、s、h和w;
22、x29选自a、g和k;
23、x30选自f和a;
24、x32选自q和h;
25、x35选自k、r和h;
26、x36选自d和h;
27、x37选自d和e;
28、x42选自a、k、l、r和t;
29、x43选自n、e、a、k和s;
30、x44选自l、i和v;
31、x46选自a、g和k;
32、x49选自k、q和r;
33、x50选自k和r;
34、x53选自d、e和k;和
35、x54选自a和s;
36、ii)与i)所定义的序列具有至少83%同一性的氨基酸序列;
37、iii)与选自以下的任何序列具有至少70%同一性的氨基酸序列:seq id no:58的残基24-54、seq id no:59的残基24-54、seq id no:60的残基24-54、seq id no:61的残基24-54、seq id no:62的残基24-54、seq id no:63的残基27-57和seq id no:64的残基22-52,
38、其中另外地,在i)、ii)和iii)的每个中彼此独立地,
39、x33选自t、s、g、q、a、e、h、r、p、d、k和n;
40、x40选自e、g、r、d、k、q、n、h和s,并且
41、x51选自l、v、s、i、r和g;
42、条件是当x51是l时,则x33x40选自ad、hk、eg、er、gr、ak、ar、pk、rr和kk,并且当x51是g时,则x33x40是tk。
43、在第二个方面的一个实施方案中,所述fc结合多肽包含序列a,所述序列a由选自上文定义的i)、ii)和iii)的氨基酸序列组成,和其中另外地,在i)、ii)和iii)的每个中彼此独立地,
44、x33选自t、s、g、q、a、e、h、r、p、d、k和n;
45、x40选自e、g、r、d、k、q、n、h和s,并且
46、x51选自l、v、s、i、r和g;
47、条件是当x51是l时,则x33x40选自ad、hk、eg、er、gr、ak、ar、pk、rr和kk,并且当x51是g时,则x33x40是tk;
48、并且
49、其中与seq id no:59相比,所述fc结合多肽具有对曲妥珠单抗的vh3区的更低亲和力。
50、如上文所解释的,与seq id no:58对曲妥珠单抗的vh3区的亲和力相比,可评价本文公开的fc结合多肽对相同的vh3区的结合亲和力。因此,作为替代方案,提供了包含序列a的fc结合多肽,所述序列a由选自上文定义的i)、ii)和iii)的氨基酸序列组成,和其中另外地,在i)、ii)和iii)的每个中彼此独立地,
51、x33选自t、s、g、q、a、e、h、r、p、d、k和n;
52、x40选自e、g、r、d、k、q、n、h和s,并且
53、x51选自l、v、s、i、r和g;
54、条件是当x51是l时,则x33x40选自ad、hk、eg、er、gr、ak、ar、pk、rr和kk,并且当x51是g时,则x33x40是tk。
55、作为另外的替代方案,提供了包含序列a的fc结合多肽,所述序列a由选自上文定义的i)、ii)和iii)的氨基酸序列组成,和其中另外地,在i)、ii)和iii)的每个中彼此独立地,
56、x33选自t、s、g、q、a、e、h、r、p、d、k和n;
57、x40选自e、g、r、d、k、q、n、h和s,并且
58、x51选自l、v、s、i、r和g;
59、条件是当x51是l时,则x33x40选自ad、hk、eg、er、gr、ak、ar、pk、rr和kk,并且当x51是g时,则x33x40是tk;
60、并且
61、其中与seq id no:58对曲妥珠单抗的vh3区的结合亲和力相比,所述fc结合多肽具有对相同的vh3区的更低结合亲和力。
62、再次将理解,在一些实施方案中,提供了本文公开的fc结合多肽,与seq id no:58和seq id no:59对曲妥珠单抗的vh3区的结合亲和力相比,其具有对相同的vh3区的更低结合亲和力。技术人员将理解,本公开内容的fc结合多肽所显示的对曲妥珠单抗的vh3区的结合亲和力的比较可使用seq id no:59和/或seq id no:58作为参比来进行。
63、为了澄清,将理解ii)和iii)中的%同一性不涉及x33、x40和x51。因此,在位置x33、x40和x51的氨基残基如上文在根据ii)和iii)的定义所包括的fc结合多肽中所定义。
64、一类涉及fc结合多肽的序列的上文定义基于亲本骨架的多个fc结合多肽变体的统计学分析,所述变体在选择实验中对于至少维持对fc的亲和力和显著降低对vh3的亲和力的性质进行选择。
65、还预想,与其中x33x40x51是sql的其它方面相同的fc结合多肽相比,所述fc结合多肽将显示对曲妥珠单抗的vh3区的更低亲和力。因此,比较可在其中x33x40x51是sql的任何其它方面相同的fc结合多肽和本公开内容的fc结合多肽之间进行。在一个实施方案中,与其中x33x40x51是sql的其它方面相同的fc结合多肽相比,所述fc结合多肽具有对曲妥珠单抗的vh3区的更低亲和力。在又一个实施方案中,与其中x33x40x51是sql的其它方面相同的fc结合多肽相比,并且与seq id no:59相比,所述fc结合多肽具有对曲妥珠单抗的vh3区的更低亲和力。
66、还预想,与其中x33x40x51是svl的其它方面相同的fc结合多肽相比,所述fc结合多肽将显示对曲妥珠单抗的vh3区的更低亲和力。因此,在备选的实施方案中,比较可在其中x33x40x51是svl的任何其它方面相同的fc结合多肽和本公开内容的fc结合多肽之间进行。在备选的实施方案中,与其中x33x40x51是svl的其它方面相同的fc结合多肽相比,所述fc结合多肽具有对曲妥珠单抗的vh3区的更低亲和力。在又一个实施方案中,与其中x33x40x51是svl的其它方面相同的fc结合多肽相比,并且与seq id no:58相比,所述fc结合多肽具有对曲妥珠单抗的vh3区的更低亲和力。
67、fc结合多肽可包含所鉴定的序列a,其对应于与亲本骨架的vh3相互作用和结合的区域。该区域构成在三螺旋束蛋白结构域内的两个α螺旋,即螺旋2和螺旋3。该三螺旋束蛋白的螺旋1和螺旋2构成与抗体的fc区相互作用的结合表面。
68、如技术人员将意识到的,任何多肽的功能依赖于多肽的三级结构。因此,在不影响其功能的情况下,对多肽的氨基酸序列进行微小变化是可能的。因此,本公开内容包括fc结合多肽的修饰变体,其使得fc结合特性得到保持,同时对vh3的结合特性被显著降低或废除。
69、由本发明人鉴定的vh3结合亲和力的修饰可适用于基于来自金黄色葡萄球菌的蛋白a的不同三螺旋结构域,例如结构域a(seq id no:62)、b(seq id no:61)、c(seq id no:60)、d(seq id no:63)和e(seq id no:64)中的任何一个,特别是结构域b,以及其衍生物的fc结合多肽。具体而言,所述修饰可适用于基于三螺旋束蛋白结构域z(seq id no:59)的fc结合多肽,所述结构域z从葡萄球菌蛋白a的结构域b衍生,或可适用于变体seq id no:58。这样的fc结合多肽已描述于:wo2003080655、ep230869a2、eur jbiochem1977sep;78(2):471-90、wo2008039141、wo2015005859、us10308690、wo2016079033、wo2017194596、us8859726、us9187555、us9683013、us10189891、us9663558、wo2016079034、jp2006304633a、wo2007097361、ep1992692a1、ep2202310a2、wo2012083425、wo2012086660、us20120208234、ep2495254a1、wo2012133342、wo2013109302a2、wo2015034000、wo2015034056、cn105481954a、wo2016152946a1、wo2017009421、wo2017014261、wo2017014260、wo2018009006、wo2018029158、wo2018029157、wo2019030156、cn109721645a、wo2019093439、wo2020040307和wo2020157281,其通过引用并入本文。
70、因此,本发明人预想本文公开的位置x33、x40和x51的突变可引入到任何一个之前已知的fc结合多肽以实现显著降低或废除对vh3的结合亲和力,同时保留fc结合特性的效果。
71、本公开内容还包括fc结合多肽,其包含与i)所定义的多肽具有至少83%同一性的序列a。在一些实施方案中,所述多肽可包含与i)所定义的多肽具有至少87%、例如至少90%、例如至少93%、例如至少96%同一性的序列。例如,属于氨基酸残基的某个功能分组(例如疏水、亲水、极性等)的氨基酸残基可交换为相同功能组的另一氨基酸残基是可能的。在一些实施方案中,这样的变化可在除了本文公开的fc结合多肽的序列的x33、x40和x51之外的任何位置进行。在其它实施方案中,这样的变化可仅在不可变的位置(亦称为骨架氨基酸残基)进行。在这样的情况下,不允许在可变位置,即序列i)中用“x”表示的位置变化。
72、本公开内容还包括fc结合多肽,其包含序列a,所述序列a与选自以下的任何序列具有至少70%同一性:seq id no:58的残基24-54、seq id no:59的残基24-54、seq id no:60的残基24-54、seq id no:61的残基24-54、seq id no:62的残基24-54、seq id no:63的残基27-57和seq id no:64的残基22-52。在一些实施方案中,所述多肽可包含与选自以下的任何序列具有至少74%、例如至少77%、例如至少80%、例如至少83%、例如至少87%、例如至少90%、例如至少93%、例如至少96%同一性的序列:seq id no:58的残基24-54、seqid no:59的残基24-54、seq id no:60的残基24-54、seq id no:61的残基24-54、seq idno:62的残基24-54、seq id no:63的残基27-57和seq id no:64的残基22-52。在具体的实施方案中,所述序列选自:seq id no:58的残基24-54、seq id no:59的残基24-54和seq idno:61的残基24-54,例如选自:seq id no:58的残基24-54和seq id no:59的残基24-54。在一个实施方案中,所述序列是seq id no:58的残基24-54。
73、在公开内容全文中使用的术语“%同一性”可例如如下计算。使用clustal w算法将询问序列与目标序列比对(thompson etal,nucleic acids research,22:4673-4680(1994))。在对应于最短比对序列的窗口上进行比较。在一些情况下,最短比对序列可以是目标序列。在其它情况下,询问序列可构成最短比对序列。比较每个位置的氨基酸残基,并且将询问序列中具有目标序列的相同对应的位置百分比报告为%同一性。
74、在一个实施方案中,包含由选自i)、ii)和iii)的氨基酸序列组成的序列a的fc结合多肽包含对于x33独立选自t、s、g、q、a、e、h、r、p、d、k和n;对于x40独立选自e、g、r、d、k、q、n、h和s;和对于x51独立选自l、v、s、i、r和g的氨基酸残基;并且在一些情况下当x51是l时,则x33x40选自ad、hk、eg、er、gr、ak、ar、pk、rr和kk,以及当x51是g时,则x33x40是tk。
75、在本文提供的一个具体的实施方案中,在i)、ii)和iii)的每个中彼此独立地,
76、x33选自t、s、g、q、a、e、h、r、p、d、k和n;
77、x40选自e、g、r、d、k、q、n、h和s;并且
78、x51选自l、v、s、i和r;
79、条件是当x51是l时,x33x40选自ad、hk、eg、er、gr、ak、ar、pk、rr和kk,并且其中与seqid no:58相比,所述fc结合多肽具有对曲妥珠单抗的vh3的更低亲和力。
80、如上文所解释的,可选择地,比较可与其中x33x40x51是svl的其它方面相同的fc结合多肽进行,或与其中x33x40x51是svl的其它方面相同的fc结合多肽和seq id no:58二者进行。
81、在本文公开的fc结合多肽的一个实施方案中,所述序列a满足标准i)和ii),或标准i)和iii),或标准ii)和iii)。在一个实施方案中,所述序列a满足所有标准i)、ii)和iii)。
82、在根据本文公开的第二个方面的一个实施方案中,x33选自t、s、g、q、a、e、h、r、p、d和k,例如选自t、s、g、q、a、h、r、p、d和k,例如选自t、s、g、q、a、h、r、p和d或选自t、s、g、q、a、h、r、p和k;例如选自t、s、g、q、a、h、r和p;例如选自t、s、g、q、a、h和p或选自t、g、q、a、h、r和p;例如选自t、g、q、p、a和h;例如选自t、g、q、h和p;例如选自t、g、q和p或选自g、q、h和p或选自t、g、h和p;例如选自g和p;例如是g。在一个实施方案中,x33选自t、s、g、q、a、e和h,例如选自t、s、g、q、a和e,例如选自s、g、q和a。在一个实施方案中,x33选自s、g、a、e和h,例如选自s、g、a和e。在一个实施方案中,x33选自a、s和e。在一个实施方案中,x33选自a和s或选自a和e或选自s和e。在一个实施方案中,x33是s。
83、在一个实施方案中,x40选自e、g、r、d、k、q、n和s或选自e、g、r、d、k、q、h和s或选自g、r、d、k、q、n、h和s,例如选自g、r、d、k、q和s,例如选自g、r、d、k和q;例如选自r、d、k和q;例如选自r、k和q;例如选自r和k;例如是r或是k。在一个实施方案中,x40选自e、g、r、d、k和q,例如选自e、g、r、d、k和q,例如选自e、g、r、d和k或选自e、g、r、d和q。在一个实施方案中,x40选自g、r、e和d。在一个实施方案中,x40选自g、r和d。在一个实施方案中,x40选自g、r和k。在一个实施方案中,x40选自g和r。在一个实施方案中,x40是g。在一个实施方案中,x40是r。
84、在一个实施方案中,x51选自l、v、i、r和s。在一个实施方案中,x51选自l、i、r和s。在一个实施方案中,x51选自l、v、i和r。在一个实施方案中,x51选自i、v和r;或选自l、i和r;或选自v、l和i;或选自r、i和l。在一个实施方案中,x51选自v和l;或选自v和i;或选自v和r;或选自l和i;或选自l和r;或选自i和r。在一个实施方案中,x51是v或l或i或r。在一个实施方案中,x51是i。在一个实施方案中,x51是v。
85、在一个实施方案中,x51选自l、v、s、i和r,条件是当x51是l时,则x33x40选自ad、hk、eg、er、gr、ak、ar、pk、rr和kk。在另一个实施方案中,x51选自l、v、s、i和r,条件是当x51是l,则x33x40是ad或hk。
86、在fc结合多肽的一个实施方案中,氨基酸残基x33、x40和x51中的至少一个、例如两个或所有三个是不带电荷的氨基酸残基。在一个实施方案中,x33的氨基酸残基是不带电荷的氨基酸。在一个实施方案中,x40的氨基酸残基是不带电荷的氨基酸。
87、在一个具体的实施方案中,提供了fc结合多肽,其中与seq id no:58或59相比,位置x33、x40和x51的至少两个氨基酸残基被突变。特别是,与seq id no:58或59相比,位置x40和x51可被突变。
88、在定义本文公开的fc结合多肽的亚类的更具体的实施方案中,x33x40x51选自adl、agr、akl、ari、arl、dki、dns、drv、egl、erl、gdr、gdv、ger、ggi、ggs、gni、gqi、gri、grl、grr、hki、hkl、hqs、hri、hsr、hsv、kei、kkl、kri、nhs、pdr、phr、phs、pkl、pks、pqr、psi、qdi、qdv、qns、qqi、qri、qrv、rqr、rqs、rri、rrl、sgv、srr、srs、srv、ter、tkg、tki、tqi、trr和tsr,例如选自adl、agr、akl、ari、arl、dki、dns、drv、egl、erl、gdr、gdv、ger、ggi、gni、gri、grl、grr、hki、hkl、hqs、hri、hsr、hsv、kei、kkl、kri、nhs、pdr、phr、phs、pkl、pks、pqr、psi、qdi、qdv、qns、qqi、qri、qrv、rqr、rqs、rri、rrl、sgv、srr、srs、srv、ter、tki、tqi、trr和tsr。在一个实施方案中,x33x40x51选自ggs、ggi、srv、grl、qri、ari、sgv、ter、ger、adl、agr、egl、hkl、gdv、gqi和qdi,或选自ggi、srv、grl、qri、ari、sgv、ter、ger、adl、agr、egl、hkl、gdv和qdi。在另一个实施方案中,x33x40x51选自ggi、srv、grl、qri、ari、sgv、ter、agr、egl、hkl和gdv。在一个实施方案中,x33x40x51选自ggi、ari、sgv、agr、egl和hkl。在一个实施方案中,x33x40x51选自ggi、ari、sgv、agr和egl。在一个实施方案中,x33x40x51选自ggi、srv、grl、qri、ari、sgv、ter、agr、egl和gdv。在一个实施方案中,x33x40x51选自ggi、srv、qri、ari、sgv、agr和gdv。在一个实施方案中,x33x40x51选自srv、grl、qri、ari、sgv、ter、ger、adl、agr、egl、hkl、gdv、gqi和qdi。在一个实施方案中,x33x40x51选自ggi、grl、ari、sgv、agr和egl。在一个实施方案中,x33x40x51选自ari、sgv、agr和egl。在另一个实施方案中,x33x40x51选自sgv、agr和egl。在一个实施方案中,x33x40x51选自ari、agr和egl。在一个实施方案中,x33x40x51选自ari、sgv和egl。在一个实施方案中,x33x40x51选自ari、sgv和agr。
89、在一个实施方案中,x33x40x51选自ari和svg。在一个实施方案中,x33x40x51选自ari和agr,或选自ari和egl。在一个实施方案中,x33x40x51选自sgv和agr。在一个实施方案中,x33x40x51选自sgv和egl。在一个实施方案中,x33x40x51选自agr和egl。在一个实施方案中,x33x40x51是ari或sgv或agr或egl。在一个具体的实施方案中,x33x40x51是sgv。
90、在本文中,“xn”和“xm”用于表示位置n和m的氨基酸残基,其对应于例如本文定义的seq id no 59的位置n和m,其中n和m是整数,表示在所述序列内从所述序列的n末端开始计算的氨基酸残基位置。例如,x24和x13表示在比对中分别对应于从例如本文定义的seq idno 59的n末端开始的位置24和13的位置的氨基酸残基。为了澄清,如本文所用的x编号基于包含58个氨基酸残基的全长骨架。因此,x24应被理解为在58聚体中的第24个氨基酸残基。根据上文,技术人员能够将序列比对以确定氨基酸的位置。
91、如随后的实验部分中详细描述的,fc结合多肽变体的选择导致根据本文定义的序列a鉴定了许多单个氨基酸序列。这些序列构成了根据这一方面的序列i)的单个实施方案。根据序列a的单个氨基酸序列的序列对应于图10中呈现的seq id no:1-57和seq id no:208-264以及seq id no:269-305的氨基酸位置24-54。因此,在根据本文公开的第二个方面的一个实施方案中,提供了fc结合多肽,其中序列i)对应于从选自seq id no:1-57、208-264和269-305,例如seq id no:1-56和208-263的序列的位置24至位置54的序列。在一个实施方案中,序列i)对应于从选自seq id no:seq id no:2-57、209-264和269-305的序列的位置24至位置54的序列。在一个实施方案中,序列i)对应于从选自seq id no:1-16和208-223或选自seq id no:2-14、16、209-221和223的序列的位置24至位置54的序列。在一个实施方案中,序列i)对应于从选自seq id no:seq id no:2-16和209-223的序列的位置24至位置54的序列。在一个实施方案中,序列i)对应于从选自seq id no:2、3、4、5、6、7、8、11、12,14、209、210、211、212、213、214、215、218、219和221的序列的位置24至位置54的序列。在一个实施方案中,序列i)对应于从选自seq id no:2、4、6、7、11、12、209、211、213、214、218和219的序列的位置24至位置54的序列。在一个实施方案中,序列i)对应于从选自seq idno:6、7、11、12、213、214、218和219的序列的位置24至位置54的序列。在一个实施方案中,序列i)对应于从选自seq id no:6、7、11、213、214和218的序列的位置24至位置54的序列。在一个实施方案中,序列i)对应于从选自seq id no:7和214的序列的位置24至位置54的序列。
92、在根据本文公开的第二个方面的一个实施方案中,提供了fc结合多肽,其中序列i)对应于从选自seq id no:208-264和269-305,例如seq id no:208-263的序列的位置24至位置54的序列。在一个实施方案中,序列i)对应于从选自seq id no:209-264和269-305的序列的位置24至位置54的序列。在一个实施方案中,序列i)对应于从选自seq id no:208-223或选自seq id no:209-221和223的序列的位置24至位置54的序列。在一个实施方案中,序列i)对应于从选自seq id no:209-223的序列的位置24至位置54的序列。在一个实施方案中,序列i)对应于从选自seq id no:209、210、211、212、213、214、215、218、219和221的序列的位置24至位置54的序列。在一个实施方案中,序列i)对应于从选自seq id no:209、211、213、214、218和219的序列的位置24至位置54的序列。在一个实施方案中,序列i)对应于从选自seq id no:213、214、218和219的序列的位置24至位置54的序列。在一个实施方案中,序列i)对应于从选自seq id no:213、214和218的序列的位置24至位置54的序列。在一个实施方案中,序列i)对应于从seq id no:214的位置24至位置54的序列。
93、在根据本文公开的第二个方面的一个实施方案中,提供了fc结合多肽,其中序列i)对应于从选自seq id no:1-57,例如seq id no:1-56的序列的位置24至位置54的序列。在一个实施方案中,序列i)对应于从选自seq id no:2-57的序列的位置24至位置54的序列。在一个实施方案中,序列i)对应于从选自seq id no:1-16或选自seq id no:2-14和16的序列的位置24至位置54的序列。在一个实施方案中,序列i)对应于从选自seq id no:2-16的序列的位置24至位置54的序列。在一个实施方案中,序列i)对应于从选自seq id no:2、3、4、5、6、7、8、11、12和14的序列的位置24至位置54的序列。在一个实施方案中,序列i)对应于从选自seq id no:2、4、6、7、11和12的序列的位置24至位置54的序列。在一个实施方案中,序列i)对应于从选自seq id no:6、7、11和12的序列的位置24至位置54的序列。在一个实施方案中,序列i)对应于从选自seq id no:6、7和11的序列的位置24至位置54的序列。在一个实施方案中,序列i)对应于从seq id no:7的位置24至位置54的序列。
94、在本公开内容的一些实施方案中,从spa衍生的多肽或上文定义的序列a“形成”三螺旋束蛋白结构域的“一部分”。这理解为意指spa衍生多肽或序列a的序列被“插入”或“移植”到原始三螺旋束结构域的序列内或上,使得移植的序列替换原始结构域中的类似结构基序。例如,不希望受到理论的约束,认为序列a构成三螺旋束的三个螺旋中的两个,因此可替换任何三螺旋束内的这种二螺旋基序。如技术人员将意识到的,通过两个序列a螺旋替换三螺旋束结构域的两个螺旋必须在不影响多肽的基本结构的情况下进行。即,根据本发明的这一实施方案的多肽的cα骨架的总体折叠与它形成其一部分的三螺旋束蛋白结构域基本上相同,例如具有相同顺序的相同二级结构元件等。因此,如果根据这一实施方案的多肽具有与原始结构域相同的折叠,则根据公开内容的序列a“形成”三螺旋束结构域的一部分,意味着基本结构性质是共享的,这些性质例如导致类似的cd谱。技术人员知道相关的其它参数。
95、因此,在一个实施方案中,spa衍生多肽或序列a形成三螺旋束蛋白结构域的一部分。在一些实施方案中,所述序列a形成或基本上形成在所述三螺旋束蛋白结构域内具有互连环的两个螺旋的一部分。特别地,所述三螺旋束蛋白结构域可选自来自细菌受体蛋白的结构域,换句话说,细菌受体结构域。这样的结构域的非限制性实例是来自金黄色葡萄球菌的蛋白a的五种不同的三螺旋结构域,例如结构域a、b、c、d和e,特别是结构域b和其衍生物,以及结构域c和其衍生物。所述结构域b的衍生物的实例是结构域z。结构域c的衍生物的另一实例是具有突变g29a的结构域c。在一个实施方案中,所述三螺旋束蛋白结构域选自来自金黄色葡萄球菌的蛋白a的结构域或其衍生物。在一些实施方案中,三螺旋束蛋白结构域是衍生自葡萄球菌蛋白a的结构域b的结构域z的变体。在一些实施方案中,三螺旋束蛋白结构域是包含突变g29a的结构域c。
96、因此,在一个实施方案中,提供了本文定义的fc结合多肽,其进一步包含在所述序列a的n末端排列的序列b,所述序列b由选自iv)和v)的氨基酸序列组成,并且其中iv)和v)如下定义:
97、iv)x8x9x10x11afyx15ix17x18x19px21lx23,
98、其中彼此独立地,
99、x8选自e、d和a;
100、x9选自q、a、l、w、e、v、k、t和h;
101、x10选自q和h;
102、x11选自n、a、s、e、k、h、q、y、t、f、l、w、i、m、v和r;
103、x15选自e、h和q;
104、x17选自l和h;
105、x18选自h、n和k;
106、x19选自l和m;
107、x21选自n、y和s;
108、x23选自t和n;
109、v)与iv)所定义的序列具有至少75%同一性的氨基酸序列。
110、在其中本文公开的fc结合多肽的序列形成三螺旋束蛋白结构域的一部分的一些实施方案中,其基本上形成至少三个螺旋和在螺旋1和螺旋2之间的互连环(称为环1(l1))和在螺旋2和螺旋3之间的互连环(称为环1(l2))的一部分。在该情况下,序列b基本上对应于螺旋1和l1。如本文所用的,术语“基本上对应于”应解释为构成结构的主要部分,换句话说,与原始三螺旋束蛋白结构域相比,几个氨基酸残基(例如但不限于1、2、3、4或5个残基)可缺失。
111、如上所述,与上述氨基酸序列相比包含微小变化而不明显影响三级结构和其功能的多肽也在本公开内容的范围内。因此,在一些实施方案中,序列v)与序列iv)具有至少87%同一性,例如至少90%同一性,例如至少93%同一性,例如至少96%同一性。
112、如上文所解释的,“xn”和“xm”用于表示位置n和m的氨基酸残基,其对应于上文定义的seq id no 59的位置n和m,其中n和m是表示在所述序列内从所述序列的n末端开始计算的氨基酸残基位置的整数。再次,如本文所用的x编号基于包含58个氨基酸残基的全长骨架。因此,x8应解释为在58聚体中的第8个氨基酸残基。根据上述内容,技术人员能够进行序列比对以确定氨基酸的位置。
113、因此,在又一个实施方案中,提供了本文定义的fc结合多肽,其包含结合模块序列c,所述序列c包含从n末端到c末端按以下顺序的本文定义的序列a和本文定义的序列b,或从n末端到c末端按以下顺序由本文定义的序列a和本文定义的序列b组成:
114、[序列b]-[序列a]
115、或者包含与选自以下的任何序列具有至少70%同一性的任何氨基酸序列,或由与选自以下的任何序列具有至少70%同一性的任何氨基酸序列组成:seq id no:58的残基8-54、seq id no:59的残基8-54、seq id no:60的残基8-54、seq id no:61的残基8-54、seqid no:62的残基8-54、seq id no:63的残基11-57和seq id no:64的残基6-52,其中彼此独立地,
116、x33选自t、s、g、q、a、e、h、r、p、d、k和n;
117、x40选自e、g、r、d、k、q、n、h和s;和
118、x51选自l、v、s、i、r和g;
119、条件是当x51是l时,则x33x40选自ad、hk、eg、er、gr、ak、ar、pk、rr和kk,并且当x51是g时,则x33x40是tk。
120、在一个实施方案中,所述序列c选自:seq id no:58的残基8-54、seq id no:59的残基8-54和seq id no:61的残基8-54,例如选自:seq id no:58的残基8-54和seq id no:59的残基8-54。在一个实施方案中,所述序列是seq id no:58的残基8-54。
121、在一个实施方案中,所述序列c与选自以下的任何序列具有至少70%同一性:seqid no:58的残基8-54、seq id no:59的残基8-54、seq id no:60的残基8-54、seq id no:61的残基8-54、seq id no:62的残基8-54、seq id no:63的残基11-57和seq id no:64的残基6-52,与选自以下的任何序列具有至少72%、例如至少74%、例如至少76%、例如至少78%、例如至少80%、例如至少82%、例如至少85%、例如至少87%、例如至少89%、例如至少91%、例如至少93%、例如至少85%、例如至少97%同一性:seq id no:58的残基8-54、seqid no:59的残基8-54、seq id no:60的残基8-54、seq id no:61的残基8-54、seq id no:62的残基8-54、seq id no:63的残基11-57和seq id no:64的残基6-52。如之前所解释的,%同一性不适用于位置x33、x40和x51的氨基酸残基。所述位置的氨基酸残基如上文所定义。
122、如上文所述,在其中本文公开的fc结合多肽形成三螺旋束蛋白结构域的一部分的一些实施方案中,它们基本上形成至少三个螺旋和在螺旋1和螺旋2之间的互连环(称为环1(l1))和在螺旋2和螺旋3之间的互连环(称为环1(l2))的一部分。在本文,结合模块序列c基本上形成至少三个螺旋和在螺旋1和螺旋2之间的互连环(称为环1(l1))和在螺旋2和螺旋3之间的互连环(称为环2(l2))的一部分。将理解,l1和l2的长度可变化,例如通过添加或去除一个或多个另外的氨基酸残基,条件是这种变化不显著改变包含结合模块序列c的多肽的三维结构。
123、如上文所解释的,序列b包含螺旋1(h1)和l1。技术人员将理解,h1和l1的氨基酸序列可独立组合,同时维持fc结合多肽的三维结构。因此,在一个实施方案中,提供了本文定义的fc结合多肽,其包含结合模块序列c,所述序列c从n末端到c末端按以下顺序由序列[h1]、[l1]和[序列a]组成:[h1]-[l1]-[序列a],其中[序列a]如本文定义,并且其中彼此独立地,[h1]选自:
124、eqqnafyeilh(seq id no:67);dqqaafyeilh(seq id no:68);eaqeafyeilh(seqid no:69);dqqsafyeilh(seq id no:70);aqqaafyeilh(seq id no:71);eqqnafyeiln(seqid no:72);eqqaafyeilh(seq id no:73);aqqsafyeilh(seq id no:74);eqqqafyeilh(seqid no:75);ehqnafyeilh(seq id no:76);eaqnafyeilh(seq id no:77);etqnafyeilh(seqid no:78);eqqsafyeilh(seq id no:79);eaqnafykilh(seq idno:80);eqqeafyeilh(seqid no:81);eaqkafyeilk(seq id no:82);eqhnafyeilh(seq id no:83);ehhhalyhilh(seqid no:84);eqqkafyailh(seq id no:85);dqqsafyeiln(seq id no:86);aqqnafyqvln(seqid no:87);eqqkafyeilh(seq id no:88);eqqkafyeilk(seq id no:89);eqqnafyeils(seqid no:90);eqqnafyhilh(seq id no:91);和eqqnafyhiln(seq id no:92);并且[l1]选自:
125、lpnlt(seq id no:93);lpnln(seq id no:94);mpnln(seq id no:95);lpylt(seqid no:96);lpslt(seq id no:97);mpnll(seq id no:98);lpngn(seq id no:99);lpnls(seq id no:100);gpnan(seq id no:101);vpnln(seq id no:102);lpnlr(seq id no:103);和lpnll(seq id no:104)。
126、在一个具体的实施方案中,h1选自eqqnafyeilh;dqqaafyeilh;eaqeafyeilh;dqqsafyeilh;aqqaafyeilh;eqqnafyeiln;eqqaafyeilh;aqqsafyeilh;eqqqafyeilh;和ehqnafyeilh,例如选自eqqnafyeilh;dqqaafyeilh;eaqeafyeilh;dqqsafyeilh;aqqaafyeilh;eqqnafyeiln;和eqqaafyeilh,例如选自eqqnafyeilh;dqqaafyeilh;eaqeafyeilh;dqqsafyeilh;和aqqaafyeilh,例如选自eqqnafyeilh;dqqaafyeilh和eaqeafyeilh。在一个实施方案中,h1包含eqqnafyeilh或由eqqnafyeilh组成。在一个实施方案中,h1包含dqqaafyeilh或由dqqaafyeilh组成。在一个实施方案中,h1包含eaqeafyeilh或由eaqeafyeilh组成。
127、在一个具体的实施方案中,l1选自lpnlt;lpnln;mpnln;lpylt;lpslt;mpnll;lpngn和lpnls,例如选自lpnlt;lpnln;mpnln;lpylt;pslt和mpnll;例如选自lpnlt;lpnln;mpnln和lpylt;例如选自lpnlt;lpnln和mpnln;例如选自lpnlt和lpnln。在一个实施方案中,l1包含lpnlt或由lpnlt组成。在一个实施方案中,l1包含lpnln或由lpnln组成。
128、在一个实施方案中,提供了本文公开的fc结合多肽,其包含选自以下的结合模块序列c:eqqnafyeilhlpnlt-[序列a](seq id no:105);eqqnafyeilhlpnln-[序列a](seq idno:106);dqqaafyeilhlpnlt-[序列a](seq id no:107);eaqeafyeilhlpnlt-[序列a](seqid no:108);dqqsafyeilhlpnlt-[序列a](seq id no:109);aqqaafyeilhlpnlt-[序列a](seq id no:110);eqqaafyeilhlpnlt-[序列a](seq id no:111);aqqsafyeilhlpnlt-[序列a](seq id no:112);eqqnafyeilnmpnln-[序列a](seq id no:113);eaqnafyeilhlpnlt-[序列a](seq id no:114);eqqqafyeilhlpnlt-[序列a](seq id no:115);eqqnafyeilhlpylt-[序列a](seq id no:116);etqnafyeilhlpnlt-[序列a](seq id no:117);eaqnafykilhlpnlt-[序列a](seq id no:118);eqqnafyeilhlpngn-[序列a](seq idno:119);ehqnafyeilhlpnln-[序列a](seq id no:120);eqqnafyeilnmpnll-[序列a](seqid no:121);eqqsafyeilhlpnlt-[序列a](seq id no:122);eqqeafyeilhlpnlt-[序列a](seq id no:123);eaqkafyeilklpnlt-[序列a](seq id no:124);eqhnafyeilhlpnln-[序列a](seq id no:125);ehhhalyhilhlpnln-[序列a](seq id no:126);aqqsafyeilhlpslt-[序列a](seq id no:127);
129、eqqkafyailhlpylt-[序列a](seq id no:128);
130、dqqsafyeilnmpnln-[序列a](seq id no:129);
131、aqqnafyqvlnmpnln-[序列a](seq id no:130);
132、eqqkafyeilklpnlt-[序列a](seq id no:131);
133、eqqnafyeilslpnlt-[序列a](seq id no:132);
134、eqqnafyeilhlpnls-[序列a](seq id no:133);
135、eqqnafyhilhlpnln-[序列a](seq id no:134);
136、ehqnafyeilhlpnlt-[序列a](seq id no:135);
137、eqqaafyeilhlpnln-[序列a](seq id no:136);
138、aqqaafyeilhlpslt-[序列a](seq id no:137);其中[序列a]如本文定义。
139、在一个具体的实施方案中,所述结合模块序列c选自:eqqnafyeilhlpnlt-[序列a];eqqnafyeilhlpnln-[序列a];dqqaafyeilhlpnlt-[序列a];eaqeafyeilhlpnlt-[序列a];dqqsafyeilhlpnlt-[序列a];aqqaafyeilhlpnlt-[序列a];eqqaafyeilhlpnlt-[序列a];aqqsafyeilhlpnlt-[序列a];eqqnafyeilnmpnln-[序列a];eaqnafyeilhlpnlt-[序列a];eqqqafyeilhlpnlt-[序列a];eqqnafyeilhlpylt-[序列a];etqnafyeilhlpnlt-[序列a];eaqnafykilhlpnlt-[序列a];eqqnafyeilhlpngn-[序列a];ehqnafyeilhlpnln-[序列a];和eqqnafyeilnmpnll-[序列a];例如选自:eqqnafyeilhlpnlt-[序列a];eqqnafyeilhlpnln-[序列a];dqqaafyeilhlpnlt-[序列a];eaqeafyeilhlpnlt-[序列a];dqqsafyeilhlpnlt-[序列a];aqqaafyeilhlpnlt-[序列a];eqqaafyeilhlpnlt-[序列a];aqqsafyeilhlpnlt-[序列a];eqqnafyeilnmpnln-[序列a];eaqnafyeilhlpnlt-[序列a];和eqqqafyeilhlpnlt-[序列a];例如选自:eqqnafyeilhlpnlt-[序列a];eqqnafyeilhlpnln-[序列a];dqqaafyeilhlpnlt-[序列a];eaqeafyeilhlpnlt-[序列a];dqqsafyeilhlpnlt-[序列a];aqqaafyeilhlpnlt-[序列a];eqqaafyeilhlpnlt-[序列a];aqqsafyeilhlpnlt-[序列a];和eqqnafyeilnmpnln-[序列a];例如选自:eqqnafyeilhlpnlt-[序列a];eqqnafyeilhlpnln-[序列a];dqqaafyeilhlpnlt-[序列a];eaqeafyeilhlpnlt-[序列a];dqqsafyeilhlpnlt-[序列a];aqqaafyeilhlpnlt-[序列a];和eqqaafyeilhlpnlt-[序列a];例如选自:eqqnafyeilhlpnlt-[序列a];eqqnafyeilhlpnln-[序列a];dqqaafyeilhlpnlt-[序列a];eaqeafyeilhlpnlt-[序列a];dqqsafyeilhlpnlt-[序列a];和aqqaafyeilhlpnlt-[序列a];例如选自:eqqnafyeilhlpnlt-[序列a];eqqnafyeilhlpnln-[序列a];dqqaafyeilhlpnlt-[序列a];eaqeafyeilhlpnlt-[序列a];和dqqsafyeilhlpnlt-[序列a];例如选自:eqqnafyeilhlpnlt-[序列a];eqqnafyeilhlpnln-[序列a];和eaqeafyeilhlpnlt-[序列a];例如选自:eqqnafyeilhlpnlt-[序列a];和eaqeafyeilhlpnlt-[序列a]。
140、在一个具体的实施方案中,所述结合模块序列c包含eqqnafyeilhlpnlt-[序列a]或由其组成。在一个具体的实施方案中,所述结合模块序列c包含eqqnafyeilhlpnln-[序列a]或由其组成。在一个具体的实施方案中,所述结合模块序列c包含eaqeafyeilhlpnlt-[序列a]或由其组成。
141、在另一个实施方案中,提供了包含选自以下的结合模块序列c的fc结合多肽:
142、vi)eaqeafyeilhlpnlt-[序列a](seq id no:108)
143、其中[序列a]如本文定义;
144、vii)与vi)所定义的序列具有至少85%同一性的氨基酸序列;
145、viii)eqqnafyeilhlpnln-[序列a](seq id no:106)
146、其中[序列a]如本文定义;和
147、ix)与viii)所定义的序列具有至少85%同一性的氨基酸序列。
148、此外,在进一步的实施方案中,提供了包含选自以下的结合模块序列c的fc结合多肽:
149、vi)eaqeafyeilhlpnlt-[序列a](seq id no:108)
150、其中[序列a]如本文定义;和
151、vii)与vi)所定义的序列具有至少85%同一性的氨基酸序列。
152、如上文所述,与上述氨基酸序列相比包含微小变化而不明显影响三级结构和其功能的多肽也在本公开内容的范围内。因此,在一些实施方案中,包含上文定义的结合模块序列c的fc结合多肽可例如具有与vi)所定义的序列具有至少87%、例如至少89%、例如至少91%、例如至少93%、例如至少95%、例如至少97%同一性的序列。
153、此外,在进一步的实施方案中,提供了包含选自以下的结合模块序列c的fc结合多肽:
154、viii)eqqnafyeilhlpnln-[序列a](seq id no:106)
155、其中[序列a]如本文定义;和
156、ix)与viii)所定义的序列具有至少85%同一性的氨基酸序列。
157、在一些实施方案中,包含上文定义的结合模块序列c的fc结合多肽可例如具有与viii)所定义的序列具有至少87%、例如至少89%、例如至少91%、例如至少93%、例如至少95%、例如至少97%同一性的序列。
158、如随后的实验部分中详细描述的,fc结合多肽变体的选择导致鉴定了许多单个氨基酸序列,并且所述序列,在本文亦称为结合模块序列c,构成了对应于图10中呈现的seqid no:1-57和208-264以及seq id no:269-305的氨基酸位置8-54的序列vi)或viii)的单个实施方案。因此,根据序列c的单个氨基酸序列的序列对应于图10中呈现的seq id no:1-57和seq id no:208-264以及seq id no:269-305的氨基酸位置8-54。因此,在根据本文公开的第二个方面的一个实施方案中,提供了fc结合多肽,其中序列vi)或viii)对应于从选自seq id no:1-57、208-264和269-305,例如seq id no:1-56和208-263的序列的位置8至位置54的序列。在一个实施方案中,序列vi)或viii)对应于从选自seq id no:2-57、209-264和269-305的序列的位置24至位置54的序列。在一个实施方案中,序列vi)或viii)对应于从选自seq id no:1-16和208-223或选自seq id no:2-14,16、209-221和223的序列的位置8至位置54的序列。在一个实施方案中,序列vi)或viii)对应于从选自seq id no:seq idno:2-16和209-223的序列的位置24至位置54的序列。在一个实施方案中,序列vi)或viii)对应于从选自seq id no:2、3、4、5、6、7、8、11、12、14、209、210、211、212、213、214、215、218、219和221的序列的位置8至位置54的序列。在一个实施方案中,序列vi)或viii)对应于从选自seq id no:2、4、6、7、11、12、209、211、213、214、218和219的序列的位置8至位置54的序列。在一个实施方案中,序列vi)或viii)对应于从选自seq id no:6、7、11、12、213、214、218和219的序列的位置8至位置54的序列。在一个实施方案中,序列vi)或viii)对应于从选自seq id no:6、7、11、213、214和218的序列的位置8至位置54的序列。在一个实施方案中,序列vi)或viii)对应于从选自seq id no:7和214的序列的位置8至位置54的序列。
159、在一个实施方案中,提供了fc结合多肽,其中序列vi)对应于从选自seq id no:1-57、例如seq id no:1-56的序列的位置8至位置54的序列。在一个实施方案中,序列vi)对应于从选自2-57的序列的位置8至位置54的序列。在一个实施方案中,序列vi)对应于从选自seq id no:1-16或选自seq id no:2-14和16的序列的位置8至位置54的序列。在一个实施方案中,序列vi)对应于从选自seq id no:2-16的序列的位置8至位置54的序列。在一个实施方案中,序列vi)对应于从选自seq id no:2、3、4、5、6、7、8、11、12和14的序列的位置8至位置54的序列。在一个实施方案中,序列vi)对应于从选自seq id no:2、4、6、7、11和12的序列的位置8至位置54的序列。在一个实施方案中,序列vi)对应于从选自seq id no:6、7、11和12的序列的位置8至位置54的序列。在一个实施方案中,序列vi)对应于从选自seq idno:6、7和11的序列的位置8至位置54的序列。在一个实施方案中,序列vi)对应于从seq idno:7的位置8至位置54的序列。
160、在根据本文公开的第二个方面的一个实施方案中,提供了fc结合多肽,其中序列viii)对应于从选自seq id no:208-264和269-305、例如seq id no:208-263的序列的位置8至位置54的序列。在一个实施方案中,序列viii)对应于从选自seq id no:209-264和269-305的序列的位置8至位置54的序列。在一个实施方案中,序列viii)对应于从选自seq idno:208-223或选自seq id no:209-221和223的序列的位置8至位置54的序列。在一个实施方案中,序列viii)对应于从选自seq id no:209-223的序列的位置8至位置54的序列。在一个实施方案中,序列viii)对应于从选自seq id no:209、210、211、212、213、214、215、218、219和221的序列的位置8至位置54的序列。在一个实施方案中,序列viii)对应于从选自seqid no:209、211、213、214、218和219的序列的位置8至位置54的序列。在一个实施方案中,序列viii)对应于从选自seq id no:213、214、218和219的序列的位置8至位置54的序列。在一个实施方案中,序列viii)对应于从选自seq id no:213、214和218的序列的位置8至位置54的序列。在一个实施方案中,序列viii)对应于从seq id no:214的位置8至位置54的序列。
161、在一些实施方案中,结合模块序列c可形成包含氨基酸序列的多肽的一部分,所述氨基酸序列进一步包含序列1[s1]和/或序列2[s2]。在一个实施方案中,提供了本文定义的fc结合多肽,其包含从n末端到c末端按以下顺序的序列1[s1]、[结合模块序列c]和序列2[s2]:
162、[s1]-[结合模块序列c]-[s2],
163、其中[s1]或[s2]可存在或不存在,以及[结合模块序列c]如本文定义,并且
164、其中彼此独立地,
165、[s1]选自:
166、adnkfnk(seq id no:138);vdakfdk(seq id no:139);vdnkfnk(seq id no:140);iaakhdk(seq id no:141);iaaqhdk(seq id no:142);adnnfnk(seq id no:143);iaakfde(seq id no:144);paakhdk(seq id no:145);adnafnt(seq id no:146);fnk;adnrfne(seqid no:147);idskfde(seq id no:148);adnrfnr(seq id no:149);adnkhnk(seq id no:150);adskfde(seq id no:151);idakhde(seq id no:152);qqnkfnk(seq id no:153);adnkfhk(seq id no:154);kfnk(seq id no:155);adnnfnr(seq id no:156);aaakhdk(seqid no:157);idnkfnk(seq id no:158);idakfde(seq id no:159);dnnfnk(seq id no:160);adnkfne(seq id no:161);aaaqhdk(seq id no:162);和aaakfde(seq id no:163);
167、并且[s2]选自:
168、qapk(seq id no:164);qapp(seq id no:165);qap;qapr(seq id no:166);qape(seq id no:167);apk;qapg(seq id no:168);qaik(seq id no:169);和qa。
169、在一个实施方案中,s1选自adnkfnk;vdakfdk;vdnkfnk;iaakhdk;iaaqhdk;adnnfnk;iaakfde;paakhdk;adnafnt:fnk;adnrfne;和idskfde,例如选自adnkfnk;vdakfdk;vdnkfnk;iaakhdk;iaaqhdk;adnnfnk;iaakfde;和paakhdk,例如选自adnkfnk;vdakfdk;vdnkfnk;iaakhdk;iaaqhdk;和adnnfnk,例如选自adnkfnk;vdakfdk;vdnkfnk;iaakhdk;和iaaqhdk,例如选自adnkfnk;vdakfdk;vdnkfnk;和iaakhdk,例如选自adnkfnk;vdakfdk;和vdnkfnk。在一个实施方案中,s1包含vdnkfnk或由vdnkfnk组成。在一个实施方案中,s1包含vdakfdk或由vdakfdk组成。在一个实施方案中,s1包含adnkfnk或由adnkfnk组成。
170、在一个实施方案中,s2选自qapk;qapp;qap;qapr;和qape,例如选自qapk;qapp;qap;和qape,例如选自qapk;qapp;qap;和qapr,例如选自qapk;qapp和qap;例如选自qapk;和qapp。在一个实施方案中,s2包含qapk或由qapk组成。在一个实施方案中,s2包含qapp或由qapp组成。在一个实施方案中,s2包含qap或由qap组成。
171、在一些实施方案中,fc结合多肽可选自根据下文的序列a形成其一部分的多肽。因此,fc结合多肽可包含选自以下的氨基酸序列:
172、adnkfnkeqqnafyeilhlpnlt-[序列a]-qapk(seq id no:170);
173、adnkfnkeqqnafyeilhlpnln-[序列a]-qapk(seq id no:171);
174、vdakfdkeaqeafyeilhlpnlt-[序列a]-qapk(seq id no:172);
175、vdnkfnkeqqnafyeilhlpnln-[序列a]-qapk(seq id no:173);
176、vdnkfnkeqqnafyeilhlpnlt-[序列a]-qapk(seq id no:174);
177、paakhdkdqqsafyeilhlpnlt-[序列a]-qapp(seq id no:175);
178、adnrfnreqqnafyeilhlpnlt-[序列a]-qapr(seq id no:176);
179、vdakfdkeaqnafyeilhlpnlt-[序列a]-qapk(seq id no:177);
180、adnafnteqqnafyeilhlpnlt-[序列a]-qapk(seq id no:178);
181、vdakfdketqnafyeilhlpnlt-[序列a]-qapk(seq id no:179);
182、adnkfnkeqqnafyeilhlpngn-[序列a]-qapka(seq id no:180);
183、adnkfnkehqnafyeilhlpnln-[序列a]-qapk(seq id no:181);
184、fnkeqqnafyeilhlpnln-[序列a]-qapk(seq id no:182);
185、vdakfdkeqqnafyeilhlpnlt-[序列a]-qapk(seq id no:183);
186、vdakfdkeaqkafyeilklpnlt-[序列a]-qapk(seq id no:184);
187、adnkfnkeqhnafyeilhlpnln-[序列a]-qapk(seq id no:185);
188、vdnkfnkeaqnafykilhlpnlt-[序列a]-qapk(seq id no:186);
189、vdakfdkeqqeafyeilhlpnlt-[序列a]-qapk(seq id no:187);
190、vdakfdkeqqkafyeilklpnlt-[序列a]-qapk(seq id no:188);adnkfhkeqqnafyeilhlpnln-[序列a]-qapk(seq id no:189);adnkfnkeqqnafyhilhlpnln-[序列a]-qapk(seq id no:190);adnkfnkehqnafyeilhlpnlt-[序列a]-qapk(seq id no:191);adnkhnkehhhalyhilhlpnln-[序列a]-qapk(seq id no:192);kfnkeqqnafyeilhlpnln-[序列a]-qapk(seq id no:193);adskfdeaqqsafyeilhlpslt-[序列a]-qapp(seq id no:194);和idakfdeaqqaafyeilhlpnlt-[序列a]-qapp(seq id no:195),其中[序列a]如本文定义。
191、在具体的实施方案中,fc结合多肽包含选自以下的氨基酸序列:adnkfnkeqqnafyeilhlpnlt-[序列a]-qapk;
192、adnkfnkeqqnafyeilhlpnln-[序列a]-qapk;
193、vdakfdkeaqeafyeilhlpnlt-[序列a]-qapk;
194、vdnkfnkeqqnafyeilhlpnln-[序列a]-qapk;
195、vdnkfnkeqqnafyeilhlpnlt-[序列a]-qapk;
196、paakhdkdqqsafyeilhlpnlt-[序列a]-qapp;
197、adnrfnreqqnafyeilhlpnlt-[序列a]-qapr;
198、vdakfdkeaqnafyeilhlpnlt-[序列a]-qapk;
199、adnafnteqqnafyeilhlpnlt-[序列a]-qapk,和
200、vdakfdketqnafyeilhlpnlt-[序列a]-qapk;
201、例如选自:
202、adnkfnkeqqnafyeilhlpnlt-[序列a]-qapk;
203、adnkfnkeqqnafyeilhlpnln-[序列a]-qapk;
204、vdakfdkeaqeafyeilhlpnlt-[序列a]-qapk;
205、vdnkfnkeqqnafyeilhlpnln-[序列a]-qapk;
206、vdnkfnkeqqnafyeilhlpnlt-[序列a]-qapk;
207、paakhdkdqqsafyeilhlpnlt-[序列a]-qapp,和
208、adnrfnreqqnafyeilhlpnlt-[序列a]-qapr;
209、例如选自:
210、adnkfnkeqqnafyeilhlpnlt-[序列a]-qapk;
211、adnkfnkeqqnafyeilhlpnln-[序列a]-qapk;
212、vdakfdkeaqeafyeilhlpnlt-[序列a]-qapk;
213、vdnkfnkeqqnafyeilhlpnln-[序列a]-qapk,和
214、vdnkfnkeqqnafyeilhlpnlt-[序列a]-qapk;
215、例如选自:
216、adnkfnkeqqnafyeilhlpnlt-[序列a]-qapk;
217、adnkfnkeqqnafyeilhlpnln-[序列a]-qapk;和
218、vdakfdkeaqeafyeilhlpnlt-[序列a]-qapk。
219、在一个实施方案中,fc结合多肽包含adnkfnkeqqnafyeilhlpnlt-[序列a]-qapk或由其组成。在一个实施方案中,fc结合多肽包含adnkfnkeqqnafyeilhlpnln-[序列a]-qapk或由其组成。在一个实施方案中,fc结合多肽包含vdakfdkeaqeafyeilhlpnlt-[序列a]-qapk或由其组成。
220、在一个实施方案中,fc结合多肽包含选自以下的氨基酸序列:
221、x)vdakfdkeaqeafyeilhlpnlt-[序列a]-qapk(seq id no:172)
222、其中[序列a]如本文定义;以及
223、xi)与x)所定义的序列具有至少86%同一性的氨基酸序列。
224、再次,与上述氨基酸序列x)相比包含微小变化而不明显影响三级结构和其功能的多肽也在本公开内容的范围内。因此,在一些实施方案中,上文定义的fc结合多肽可例如具有与x)所定义的序列具有至少87%、例如至少89%、例如至少91%、例如至少93%、例如至少94%、例如至少96%、例如至少98%同一性的序列。
225、这样的多肽中的序列x)可选自seq id no:1-57,例如seq id no:1-56。在一个实施方案中,序列x)对应于选自seq id no:2-57的序列。在一个实施方案中,序列x)对应于选自seq id no:1-16或选自seq id no:2-14和16的序列。在一个实施方案中,序列x)对应于选自seq id no:2-16的序列。在一个实施方案中,序列x)对应于选自seq id no:2、3、4、5、6、7、8、11、12和14的序列。在一个实施方案中,序列x)对应于选自seq id no:2、4、6、7、11和12的序列。
226、在一个实施方案中,序列x)对应于选自seq id no:6、7、11和12的序列。在一个实施方案中,序列x)对应于选自seq id no:6、7和11的序列。在另一个实施方案中,序列x)对应于序列seq id no:7。
227、在一个实施方案中,fc结合多肽包含选自以下的氨基酸序列:
228、xii)adnkfnkeqqnafyeilhlpnlt-[序列a]-qapk(seq id no:170)
229、其中[序列a]如本文定义;和
230、xiii)与xii)所定义的序列具有至少86%同一性的氨基酸序列。
231、在又一个实施方案中,fc结合多肽包含选自以下的氨基酸序列:
232、xiv)adnkfnkeqqnafyeilhlpnln-[序列a]-qapk(seq id no:171)
233、其中[序列a]如本文定义;和
234、xv)与xiv)所定义的序列具有至少86%同一性的氨基酸序列。
235、在一些实施方案中,xiii)或xv)中定义的fc结合多肽可例如具有与xii)或xiv)所定义的序列具有至少87%、例如至少89%、例如至少91%、例如至少93%、例如至少94%、例如至少96%、例如至少98%同一性的序列。
236、在一个实施方案中,fc结合多肽包含选自以下的氨基酸序列:
237、xvi)vdnkfnkeqqnafyeilhlpnln-[序列a]-qapk
238、其中[序列a]如本文定义;和
239、xvii)与xvi)所定义的序列具有至少86%同一性的氨基酸序列。
240、在一些实施方案中,xvii)中定义的fc结合多肽可例如具有与xvi)所定义的序列具有至少87%、例如至少89%、例如至少91%、例如至少93%、例如至少94%、例如至少96%、例如至少98%同一性的序列。
241、这样的多肽中的序列xvi)可选自seq id no:208-264和269-305,例如seq id no:208-263。在一个实施方案中,序列xvi)对应于选自seq id no:209-264和269-305的序列。在一个实施方案中,序列xvi)对应于选自seq id no:208-223或选自seq id no:209-221和223的序列。在一个实施方案中,序列xvi)对应于选自seq id no:209-223的序列。在一个实施方案中,序列xvi)对应于选自seq id no:209、210、211、212、213、214、215、218、219和221的序列。在一个实施方案中,序列xvi)对应于选自seq id no:209、211、213、214、218和219的序列。
242、在一个实施方案中,序列xvi)对应于选自seq id no:213、214、218和219的序列。在一个实施方案中,序列xvi)对应于选自seq id no:213、214和218的序列。在另一个实施方案中,序列xvi)对应于序列seq id no:214。
243、在一个实施方案中,fc结合多肽包含选自以下的氨基酸序列:
244、x)vdakfdkeaqeafyeilhlpnlt-[序列a]-qapk
245、其中[序列a]如本文定义;
246、xi)与x)所定义的序列具有至少86%同一性的氨基酸序列;
247、xvi)vdnkfnkeqqnafyeilhlpnln-[序列a]-qapk
248、其中[序列a]如本文定义;和
249、xvii)与xvi)所定义的序列具有至少86%同一性的氨基酸序列。
250、在一些实施方案中,xi)或xvii)中定义的fc结合多肽可例如具有与x)或xvi)定义的序列具有至少87%、例如至少89%、例如至少91%、例如至少93%、例如至少94%、例如至少96%、例如至少98%同一性的序列。
251、在根据本文公开的第二个方面的一个实施方案中,提供了fc结合多肽,其中序列x)或xvi)对应于选自seq id no:1-57和208-264和269-305,例如seq id no:1-56和208-263的序列。在一个实施方案中,序列x)或xvi)对应于选自seq id no:2-57和209-264和269-305的序列。在一个实施方案中,序列x)或xvi)对应于选自seq id no:1-16和208-223或选自seq id no:2-14、16、209-221和223的序列。在一个实施方案中,序列x)或xvi)对应于选自seq id no:2-16和209-223的序列。在一个实施方案中,序列x)或xvi)对应于选自seq id no:2、3、4、5、6、7、8、11、12、14、209、210、211、212、213、214、215、218、219和221的序列。在一个实施方案中,序列x)或xvi)对应于选自seq id no:2、4、6、7、11、12、209、211、213、214、218和219的序列。在一个实施方案中,序列x)或xvi)对应于选自seq id no:6、7、11、12、213、214、218和219的序列。在一个实施方案中,序列x)或xvi)对应于选自seq idno:6、7、11、213、214和218的序列。在一个实施方案中,序列vi)或viii)对应于选自seq idno:7和214的序列。
252、具有相同功能性的进一步的多肽结构域可连接至本文定义的fc结合多肽,例如i)至xvii)所定义的任何fc结合多肽,从而实现fc结合多肽多聚体。这样的多聚体可特别用于增加结合fc区的效率,例如以确保与其单体变体(换句话说,fc结合多肽)相比,更多含fc区的多肽结合至fc结合多肽多聚体。因此,在本公开内容的第三个方面,提供了fc结合多肽多聚体。所述多聚体被理解为包含至少两个本文公开的fc结合多肽作为单体单元,其氨基酸序列可以相同或不同。因此,在一个实施方案中,提供了fc结合多肽多聚体,其中多聚体的每个单体包含序列a,其独立选自本文定义的任何序列a。在另一个实施方案中,提供了fc结合多肽多聚体,其中多聚体的每个单体包含fc结合多肽,其独立选自本文定义的任何fc结合多肽。
253、多肽的多聚体形式可包含合适数量的结构域,各自具有fc结合活性,并且各自形成多聚体内的单体。在一个实施方案中,所述多聚体选自二聚体、三聚体、四聚体、五聚体、六聚体、七聚体、八聚体、九聚体和十聚体,例如选自四聚体、五聚体、六聚体、七聚体和八聚体;例如选自五聚体、六聚体和七聚体。在一个具体的实施方案中,所述多聚体是六聚体。
254、多聚体内的这些单体可具有相同的氨基酸序列,但可选地,它们可具有不同的氨基酸序列。因此,单体可具有本文定义的fc结合多肽的任何氨基酸序列,例如多聚体内的所有单体可具有不同的序列,或多聚体中仅一个单体子集可具有不同的氨基酸序列,而其它具有相同的序列。换句话说,本发明的fc结合多肽可形成同或异多聚体,例如同或异二聚体。在一个实施方案中,提供了fc结合多肽多聚体,其中多聚体是同聚体。在另一个实施方案中,提供了fc结合多肽多聚体,其中多聚体是异聚体。所述异聚体可包含至少两个或至少三个不同的序列a,其中每个序列a如本文定义。在一个实施方案中,所述多聚体是包含至少两个或至少三个不同的fc结合多肽的异聚体,各自如本文定义的。
255、在一个具体的实施方案中,所述多聚体是同聚体,其包含至少三个、例如至少四个、例如至少五个、例如至少六个、例如至少七个、例如至少八个选自seq id no:1-57和208-264和269-305中任何一个,例如seq id no:1-56和208-263中任何一个,例如seq idno:1-16和seq id no:208-223中任何一个,例如seq id no:2-14、16、209-221和223中任何一个,例如seq id no:2、3、4、5、6、7、8、11、12、14、209、210、211、212、213、214、215、218、219和221中任何一个;例如seq id no:2、4、6、7、12、209、211、213、214和219中任何一个,例如seq id no:6、7、12、213、214和219中任何一个;例如seq id no:6、7、213和214中任何一个;例如seq id no:7和seq id no:214中任何一个的单体。
256、在一个具体的实施方案中,所述多聚体是同聚体,其包含至少三个、例如至少四个、例如至少五个、例如至少六个、例如至少七个、例如至少八个选自seq id no:208-264和269-305中任何一个,例如seq id no:208-263中任何一个,例如seq id no:208-223中任何一个,例如seq id no:209-221和223中任何一个,例如seq id no:209、210、211、212、213、214、215、218、219和221中任何一个;例如seq id no:209、211、213、214和219中任何一个,例如seq id no:213、214和219中任何一个;例如seq id no:213和214中任何一个;例如seqid no:214的单体。
257、在一个具体的实施方案中,所述多聚体是同聚体,其包含至少三个、例如至少四个、例如至少五个、例如至少六个、例如至少七个、例如至少八个选自seq id no:1-57中任何一个,例如seq id no:1-56中任何一个,例如seq id no:1-16中任何一个,例如seq idno:2-14和16中任何一个,例如seq id no:2、3、4、5、6、7、8、11、12和14中任何一个;例如seqid no:2、4、6、7和12中任何一个,例如seq id no:6、7和12中任何一个;例如seq id no:6和7中任何一个;例如seq id no:7的单体。
258、在一个具体的实施方案中,所述多聚体是同聚体,其包含六个seq id no:7的单体,换句话说,所述多聚体是seq id no:7的同六聚体。在另一个实施方案中,多聚体是seqid no:6的同六聚体。在一个实施方案中,多聚体是seq id no:12的同六聚体。在一个实施方案中,所述多聚体是同聚体,其包含六个seq id no:214的单体,换句话说,所述多聚体seq id no:214的同六聚体。在另一个实施方案中,多聚体是seq id no:213的同六聚体。在一个实施方案中,多聚体是seq id 219的同六聚体。
259、在具体的实施方案中,多聚体包含选自seq id no:203、204和205的序列。在一个实施方案中,所述多聚体包含序列seq id no:204。
260、将理解,本文所述的多聚体中的单体(所述多聚体包含序列a或包含本文公开的fc结合多肽)可直接彼此偶联或通过接头序列隔开。技术人员理解,接头序列的存在或不存在可在多聚体的不同单体部分之间不同,并且如果接头存在,每个单个接头的序列可以相同或不同。
261、如技术人员理解的,多聚体的构建,例如作为融合蛋白,通常包括在要融合的单体部分之间使用接头。技术人员知道具有不同性质的不同种类的接头,例如柔性氨基酸接头、刚性氨基酸接头和可裂解的氨基酸接头。接头可用于例如增加稳定性或改进融合蛋白的折叠,以增加表达或改进活性、亲和力和/或结合能力。因此,在一个实施方案中,本文定义的fc结合多肽多聚体进一步包含至少一个接头。在一个实施方案中,接头存在于多聚体内的每个单体之间。接头可例如选自柔性氨基酸接头、刚性氨基酸接头和可裂解的氨基酸接头。或者,接头可以是非肽接头。因此,本文公开的fc结合多肽可通过多肽的c末端和n末端之间的肽键直接彼此连接。或者,多聚体内的两个或更多个单体,换句话说,单体单元或部分,可通过包含寡聚或多聚物类的元件,例如包含至多15或30个氨基酸,例如1-5、1-10或5-10个氨基酸的元件连接。这样的连接的性质应该优选地不使蛋白单元(即多聚体内的fc结合多肽单体)的空间构象失去稳定。这可例如通过避免在接头中存在脯氨酸实现。此外,所述接头应优选地还在碱性环境中足够稳定,不损害突变的蛋白单元的性质。为此,如果接头不含有天冬酰胺,则是有利的。如果接头不含有谷氨酰胺,则可能另外是有利的。多聚体可进一步在n末端包含源自克隆过程或构成来自切掉的信号序列的残基的多个氨基酸残基。额外氨基酸残基的数量可以是例如15个或更少,例如10个或更少,或5个或更少。
262、技术人员将理解,在不脱离本公开内容的范围的情况下,可对根据本文公开的任何方面的fc结合多肽或fc结合多肽多聚体进行各种修饰和/或添加,以为特定应用定制多肽或多聚体。
263、例如,在一个实施方案中,提供了本文描述的fc结合多肽或fc结合多肽多聚体,所述多肽已在c末端和/或n末端延伸和/或包含额外的氨基酸。这样的多肽或多聚体应理解为在多肽链的最前一个位置和/或最后一个位置,即在多肽或多聚体的n和/或c末端具有一个或多个额外氨基酸残基的多肽或多聚体。例如,所述额外的氨基酸残基可以在n和/或c末端是根据i)、ii)或iii)的序列a的任何一个、根据vi)、vii)、viii)或ix)的结合模块序列c或序列x)、xi)、xii)、xiii)、xiv)、xv)、xvi)或xvii)。因此,本文定义的fc结合多肽可包含任何合适数量的额外氨基酸残基,例如一个、两个、三个、四个、五个、六个、七个、八个、九个、十个或更多额外氨基酸残基。所述氨基酸残基可各自或共同改进生产、纯化、体外稳定或多肽与感兴趣的基质(例如固体载体,例如结合分离基质方面描述的固体载体)的偶联。
264、所述的额外氨基残基可通过化学缀合(使用已知的有机化学方法)或通过任何其它方式,例如作为融合蛋白表达fc结合多肽或多聚体,或以任何其它方式直接或通过接头,例如上述氨基酸接头接合,偶联至fc结合多肽或多聚体。
265、在一些实施方案中,上述fc结合多肽和/或多聚体进一步在c末端或n末端包含一个或多个偶联元件,其选自半胱氨酸残基、多个赖氨酸残基和多个组氨酸残基。偶联元件可例如是在c末端的单个半胱氨酸。偶联元件可直接连接至c或n末端,或者其可通过包含至多15个氨基酸,例如1-5、1-10或5-10个氨基酸的接头连接。该链段应优选地在碱性环境中也是足够稳定的,不损害突变蛋白的性质。为此,如果链段不含有天冬酰胺,则是有利的。如果链段不含有谷氨酰胺,则可能另外是有利的。具有c末端半胱氨酸的优点是蛋白的端点偶联可通过半胱氨酸硫醇与载体上的亲电子基团反应实现。这提供了偶联蛋白的出色移动性,这对于结合能力是重要的。
266、在本公开内容的第四个方面,提供了编码本文描述的fc结合多肽或fc结合多肽多聚体的多核苷酸;包含所述多核苷酸的表达载体;和包含所述表达载体的宿主细胞。
267、本公开内容还包括产生本文描述的fc结合多肽或fc结合多肽多聚体的方法,包括在允许从其表达载体表达所述多肽或多聚体的条件下培养所述宿主细胞,以及分离所述多肽或多聚体。
268、可选地,本文公开的fc结合多肽或多聚体可使用具有受保护的反应性侧链的氨基酸和/或氨基酸衍生物通过非生物学肽合成产生,所述非生物学肽合成包括:
269、-逐步偶联氨基酸和/或氨基酸衍生物以形成具有受保护的反应性侧链的根据第二个方面的多肽或根据第三个方面的多聚体,
270、-从多肽或多聚体的反应性侧链去除保护基团,以及
271、-在水性溶液中折叠多肽或多聚体。
272、本公开内容中使用的术语“fc结合”和”fc结合亲和力”是指可例如通过elisa或使用表面等离子体共振(spr)技术测试的多肽性质。
273、fc结合亲和力可在实验中测试,其中fc或其片段固定在表面等离子体共振(spr)仪器的传感器芯片上,并且含有要测试的多肽的样品在芯片上通过。或者,要测试的多肽固定在仪器的传感器芯片上,并且含有fc或其片段的样品在芯片上通过。技术人员然后可解释通过这样的实验获得的结果以至少建立多肽对fc的结合亲和力的定性测量。如果需要定量测量,例如以测定相互作用的kd值,也可使用表面等离子体共振方法。结合值可例如在biacore(cytiva)或proteon xpr 36(bio-rad)仪器中定义。将fc合适地固定在仪器的传感器芯片上,并且要测定其亲和力的多肽的样品通过连续稀释制备并以随机顺序进样。kd值然后可使用例如biaevaluation4.1软件的1:1langmuir结合模型,或由仪器制造商提供的其它合适的软件,从该结果计算。
274、如上文解释的,本公开内容的fc结合多肽或fc结合多肽多聚体能够以所述亲和力结合igg1、igg2或igg4的fc区。
275、因此,在一个实施方案中,提供了本文公开的fc结合多肽或fc结合多肽多聚体,其能够结合fc,使得相互作用kd值是至多1x 10-7m、例如至多1x 10-8m、例如至多1x 10-9m、例如至多1x 10-10m、例如至多1x 10-11m。
276、将理解,fc结合多肽和/或fc结合多肽多聚体显示与seq id no:58和/或seq idno:59类似的fc相互作用kd值。特别是,本文公开的fc结合多肽或fc结合多肽多聚体的fc相互作用kd值可与seq id no:58和/或seq id no:59的fc相互作用kd值相差一个数量级。例如,如果在测定法中seq id no:58和/或seq id no:59的特定fc相互作用kd值是9x 10-10m,则在该测定法中fc结合多肽或fc结合多肽多聚体的fc相互作用kd值可在9x 10-9m至9x 10-11m的范围内(一个数量级)。技术人员将理解,比较使用相同测定法获得的kd值可能是有用的,并且尽管在不同测定法之间可存在一些变化,测定法内的比较通常不依赖于使用的测定法而显示相同的趋势。测定法可不同,例如取决于固定在芯片上的是含fc多肽还是fc结合多肽。在一个实施方案中,所述fc相互作用kd值在其中fc结合多肽固定在芯片上的测定法中测量。在不同的实施方案中,fc相互作用kd值在其中含fc多肽固定在芯片上的测定法中测量。
277、在另一个实施方案中,提供了本文公开的fc结合多肽或fc结合多肽多聚体,其能够结合fc,使得相互作用kd值是seq id no:58的fc相互作用kd值的至少50%、例如至少60%、例如至少70%、例如至少80%、例如至少90%。在一个实施方案中,所述fc结合多肽或fc结合多肽多聚体能够结合fc,使得相互作用kd值是seq id no:59的fc相互作用kd值的至少50%、例如至少60%、例如至少70%、例如至少80%、例如至少90%。在一个实施方案中,所述fc结合多肽或fc结合多肽多聚体能够结合fc,使得相互作用kd值是seq id no:58和seq id no:59的fc相互作用kd值的至少50%、例如至少60%、例如至少70%、例如至少80%、例如至少90%。
278、类似地,本公开内容使用的术语“vh3结合”和“vh3结合亲和力”是指可例如通过elisa或使用表面等离子体共振(spr)技术测试的多肽性质。vh3结合亲和力可在实验中测试,其中vh3或其片段固定在表面等离子体共振(spr)仪器的传感器芯片上,并且含有要测试的多肽的样品在芯片上通过。或者,要测试的多肽(在该情况下是fc结合多肽)可固定在仪器的传感器芯片上,并且含有vh3或其片段的样品在芯片上通过。技术人员理解,基本上如果与vh3的结合被废除或显著降低,将检出没有结合。技术人员然后可解释通过这样的实验获得的结果,以至少建立多肽的vh3结合亲和力的定性测量。如果需要定量测量,例如以测定相互作用kd值,也可以上文所述的fc结合的类似方式使用表面等离子体共振方法。
279、如结合本公开内容的第二个方面所解释的,本文定义的当前鉴定的fc结合多肽和fc结合多肽多聚体具有显著降低或废除的对曲妥珠单抗的vh3的结合亲和力。技术人员将理解,当前的fc结合多肽和fc结合多肽多聚体不显著与vh3相互作用,因此它们结合vh3的能力很低。
280、在一个实施方案中,提供了本文公开的fc结合多肽或fc结合多肽多聚体,其不能以小于1x 10-4m、例如小于1x 10-3m的相互作用kd值结合vh3。
281、此外,fc结合多肽显示改进的碱稳定性。在其中fc结合多肽用于分开或分离例如具有fc区的抗体/免疫球蛋白的实施方案中,高碱稳定性将允许在生物过程分离设定中在对于长期重复使用所必需的清洁期间使用高碱性条件。
282、在一个实施方案中,提供了本文公开的fc结合多肽或fc结合多肽多聚体,其具有在0.5m naoh中孵育后seq id no:58的碱稳定性的至少60%、例如至少70%、例如至少80%、例如至少85%、例如至少89%、例如至少90%、例如至少95%、例如至少98%、例如至少99%的碱稳定性。在一个实施方案中,所述fc结合多肽或fc结合多肽多聚体具有在0.5mnaoh中孵育后seq id no:59的碱稳定性的至少60%、例如至少70%、例如至少80%、例如至少85%、例如至少89%、例如至少90%、例如至少95%、例如至少98%、例如至少99%的碱稳定性。在一个实施方案中,所述fc结合多肽或fc结合多肽多聚体具有在0.5m naoh中孵育后seq id no:58和seq id no:59的碱稳定性的至少60%、例如至少70%、例如至少80%、例如至少85%、例如至少89%、例如至少90%、例如至少95%、例如至少98%、例如至少99%的碱稳定性。在一个实施方案中,所述孵育为持续至少12小时,例如至少24小时或更久。所述孵育可例如在22+/-2℃下进行。
283、在另一个方面,本发明公开了分离基质,其包含与固体载体偶联的上文公开的根据任何实施方案的fc结合多肽。这样的基质可用于从例如样品中分离免疫球蛋白或其它含fc蛋白。由于fc结合多肽具有对fc的结合亲和力,但具有低或没有对vh3的结合亲和力,所述分离基质可允许从任何含vh3蛋白或杂质中有效分离含fc蛋白。如上文所述,fc结合多肽显示改进的碱稳定性,其将允许在生物过程分离设定中在对于长期重复使用所必需的分离基质清洁期间使用高碱性条件。基质的碱稳定性可在碱性条件中在指定温度,例如22+/-2℃下,在孵育之前和之后,通常使用多克隆人igg,通过测量免疫球蛋白-结合能力或fc结合能力评价。孵育可例如在0.5m或1.0m naoh中进行多个15min循环,例如100、200或300个循环,对应于总孵育时间25、50或75h。在0.5m naoh中在22+/-2℃下在96-100个15min孵育循环或总孵育时间24或25h后的基质的igg能力可以是孵育之前igg能力的至少80、例如至少85、至少90或至少95%。基质的能力在1.0m naoh中在22+/-2℃下在总孵育时间24h后可以是孵育之前igg能力的至少70、例如至少80或至少90%。在一个实施方案中,分离基质包含fc结合多肽多聚体,其中每个单体包含本文定义的fc结合多肽。作为同多聚体或异多聚体的多聚体可以是二聚体、三聚体、四聚体、五聚体、六聚体、七聚体、八聚体、九聚体或十聚体。例如,分离基质可包含与固体载体偶联的fc结合多肽的六聚体。fc结合多肽多聚体的每个单体可包含序列a,其独立选自本文定义的任何序列a。特别是,其可包含选自seq id no:1-57、208-264和269-305,例如seq id no:1-56和208-263,例如seq id no:1-16和seq idno:208-223,例如seq id no:2-14、16、209-221和223,例如seq id no:2、3、4、5、6、7、8、11、12、14、209、210、211、212、213、214、215、218、219和221;例如seq id no:2、4、6、7、12、209、211、213、214和219,例如seq id no:6、7、12、213、214,和219;例如seq id no:6、7、213和214;例如seq id no:7和seq id no:214的序列。其可包含选自seq id no:1-57,例如seqid no:1-56的序列。特别是,其可包含选自seq id no:1-16;例如选自seq id no:2-14和16,例如选自seq id no:2、3、4、5、6、7、8、11、12和14;例如选自seq id no:2、4、6、7和12,例如选自seq id no:6、7和12;例如选自seq id no:6和7,例如seq id no:7的序列。在一个实施方案中,所述分离基质包含fc结合多肽多聚体,任选地六聚体,其中所述多聚体的每个单体包含对应于seq id no:7的序列。其可包含选自seq id no:208-264和269-305,例如选自seq id no:208-263,例如选自seq id no:208-223,例如选自seq id no:209-221和223,例如选自seq id no:209、210、211、212、213、214、215、218、219和221;例如选自seq id no:209、211、213、214和219,例如选自seq id no:213、214和219;例如选自seq id no:213和214的序列。在一个实施方案中,所述分离基质包含fc结合多肽多聚体,任选地六聚体,其中所述多聚体的每个单体包含对应于seq id no:214的序列。
284、如技术人员将理解的,呈单体或多聚体形式表达的fc结合多肽应该在固定到载体之前纯化至合适的程度。这样的纯化方法是本领域众所知周的,并且基于蛋白的配体固定到载体容易使用标准方法进行。合适的方法和载体将在下文更详细讨论,并且例如在wo16079033中公开,所述文献通过引用结合到本文中。
285、根据本发明的基质的固体载体可以具有任何合适的众所知周的种类。作为非限制性实例,常规的亲和分离基质通常具有有机性质,并且基于将亲水表面暴露于使用的水性介质的聚合物,即将羟基(-oh)、羧基(-cooh)、羧酰氨基(-conh2,可能呈n-取代形式)、氨基(-nh2,可能呈取代形式)、寡或聚乙烯氧基暴露在它们的外表面上,并且如果存在的话,也暴露在内表面上。固体载体可合适地是多孔的。孔隙率可表示为kav或kd值(特定大小的探针分子可用的孔体积分数),其通过逆尺寸排阻色谱法测量,例如根据gel filtrationprinciples and methods,pharmacialkb biotechnology 1991,pp 6-13中描述的方法。根据定义,kd和kav值二者总是在范围0-1内。kav值可有利地是0.6-0.95,例如0.7-0.90或0.6-0.8,如通过mw 110kda的葡聚糖作为探针分子测量的。这方面的优点在于载体具有大分数的孔,所述孔能够容纳本发明的多肽/多聚体和结合至多肽/多聚体的免疫球蛋白二者,并提供免疫球蛋白到结合位点和离开结合位点的大量运输。
286、多肽或多聚体可通过常规偶联技术,利用例如配体中存在的硫醇、氨基和/或羧基基团,连接至载体。双环氧化物、表氯醇、cnbr、n-羟基琥珀酰亚胺(nhs)等是众所知周的偶联试剂。在载体和多肽/多聚体之间可引入称为间隔物的分子,其改进多肽/多聚体的可用性和促进多肽/多聚体与载体的化学偶联。根据多肽/多聚体的性质和偶联条件,偶联可以是多点偶联(例如通过多个赖氨酸)或单点偶联(例如通过单个半胱氨酸)。
287、或者,多肽/多聚体可通过非共价键合,例如物理吸附或生物特异性吸附连接至载体。
288、在一些实施方案中,基质包含5-25、例如5-20mg/ml、5-15mg/ml、5-11mg/ml或6-11mg/ml的与载体偶联的多肽或多聚体。偶联的多肽/多聚体的量可通过在偶联过程中使用的多肽/多聚体的浓度,通过使用的活化和偶联条件和/或通过使用的载体的孔结构控制。作为一般规则,基质的绝对结合能力随着偶联的多肽/多聚体的量而增加,至少达到其中孔变得受偶联的多肽/多聚体显著挤压的点。每mg偶联的多肽/多聚体的相对结合能力将在高偶联水平下降低,在上述指定范围内导致成本-收益最佳。
289、在某些实施方案中,多肽或多聚体通过硫醚键与载体偶联。用于进行这样的偶联的方法是本领域众所知周的,并且由本领域的技术人员使用标准技术和设备容易执行。硫醚键是柔性和稳定的,并且一般适合在亲和色谱中使用。特别是,当硫醚键是通过多肽或多聚体上的末端或接近末端的半胱氨酸残基时,偶联的多肽/多聚体的移动性提高,这提供了改进的结合能力和结合动力学。在一些实施方案中,多肽/多聚体通过上述蛋白上提供的c末端半胱氨酸偶联。这允许半胱氨酸硫醚与载体上的亲电子基团,例如环氧化物基团、卤代醇基团等有效偶联,导致硫醚桥偶联。
290、在某些实施方案中,固体载体包含多羟基聚合物,例如多糖。多糖的实例包括例如,葡聚糖、淀粉、纤维素、支链淀粉、琼脂、琼脂糖等。多糖是固有亲水的,具有低程度的非特异性相互作用,它们提供高含量的反应性(可活化)羟基,并且它们对生物处理中使用的碱性清洁溶液通常是稳定的。在一些实施方案中,载体包含琼脂或琼脂糖。本发明中使用的载体可根据标准方法容易制备,例如反向悬浮凝胶化(s hjerten:biochim biophys acta79(2),393-398(1964))。或者,基础基质是市售可得的产品,例如以名称sepharosetm ff(cytiva)出售的交联琼脂糖珠。在对大规模分离特别有利的实施方案中,载体已使用us6602990或us7396467中描述的方法修改以增加其刚性,所述文献通过引用以其整体并入本文,因此使基质更适合高流速。
291、在某些实施方案中,载体,例如多糖或琼脂糖载体被交联,例如用羟基烷基醚交联进行。产生这样的交联的交联剂可以是例如,表卤代醇例如表氯醇、双环氧化物例如丁二醇二缩水甘油醚、烯丙基化试剂例如烯丙基卤化物或烯丙基缩水甘油醚。交联有利于载体的刚性和改进化学稳定性。羟基烷基醚交联是碱稳定的,并且不引起显著的非特异性吸附。
292、或者,固体载体基于合成的聚合物,例如聚乙烯醇、聚羟基烷基丙烯酸酯、聚羟基烷基甲基丙烯酸酯、聚丙烯酰胺、聚甲基丙烯酰胺等。在疏水性聚合物的情况下,例如基于二乙烯基和单乙烯基取代的苯的基质,基质的表面通常被亲水化以将上文定义的亲水基团暴露于周围的水性液体。这样的聚合物根据标准方法容易产生,参见例如"styrene basedpolymer supports developed by suspension polymerization"(rarshady:chimica el'industria 70(9),70-75(1988))。作为替代方案,可使用市售可得的产品,例如sourcetm(cytiva)。或者,根据本发明的固体载体包含无机性质的载体,例如二氧化硅、氧化锆等。
293、在一个实施方案中,固体载体具有多孔整料的形式。在备选的实施方案中,载体呈珠状或颗粒形式,其可以是多孔或无孔的。呈珠状或颗粒形式的固体载体可作为填充床或以悬浮形式使用。悬浮形式包括称为膨胀床和纯悬浮液的那些,在后者中颗粒或珠自由移动。在整料、填充床和膨胀床的情况下,分离程序通常遵循具有浓度梯度的常规色谱法。在纯悬浮液的情况下,使用分批模式。
294、在一个实施方案中,分离基质是基于对流的色谱基质。这样的基于对流的色谱基质可包含纤维状载体或纤维状基底。所述纤维状载体可基于静电纺丝聚合物纤维或纤维素纤维,任选地非织造纤维。纤维状载体因此可以是纤维状非织造聚合物基质。所述纤维状载体中包含的纤维具有10-1000nm、例如200-800nm、200-400nm或300-400nm的横截面直径。这样的纤维状载体可见于hitrap fibrotm装置(cytiva)。可供选择的纤维状载体公开于例如wo2019/137869和wo2018/011600。
295、在又一个实施方案中,固体载体呈另一种形式,例如表面、芯片、毛细管或过滤器(例如膜或深度过滤基质)。
296、在另一个方面,本发明提供了分离免疫球蛋白的方法,其中使用上文公开的分离基质。在一些实施方案中,所述方法包括a)使包含免疫球蛋白的液体样品与上文公开的分离基质接触。所述方法可进一步包括b)用洗涤液洗涤所述分离基质,c)用洗脱液从分离基质洗脱免疫球蛋白,和任选地d)用清洁液清洁分离基质。或者,清洁液可称为原位清洁(cip)液。接触(孵育)时间可以是至少10min。
297、所述方法还可包括在步骤a)之前提供根据任一个上述实施方案的亲和分离基质和提供包含免疫球蛋白和至少一种其它物质的溶液作为液体样品的步骤,以及在步骤c)之后回收洗出液和任选地使洗出液经受进一步的分离步骤,例如通过阴离子或阳离子交换色谱、多模式色谱和/或疏水相互作用色谱的步骤。液体样品、洗涤液和洗脱液的合适组成以及用于进行分离的一般条件是亲和色谱领域,特别是蛋白a色谱领域众所知周的。包含含fc蛋白和至少一种其它物质的液体样品可包含宿主细胞蛋白(hcp),例如cho细胞、大肠杆菌或酵母蛋白。cho细胞和大肠杆菌蛋白的含量可通过针对这些蛋白的免疫测定法常规确定,例如来自cygnus technologies的cho hcp或e coli hcp elisa试剂盒。宿主细胞蛋白或cho细胞/大肠杆菌蛋白可在步骤b)期间解吸附。洗脱可通过使用用于从蛋白a介质洗脱的任何合适的溶液进行。这可例如是具有ph 5或更低、例如ph 2.5-5或3–5的溶液或缓冲液。在一些情况下其也可以是具有ph 11或更高、例如ph 11-14或ph 11–13的溶液或缓冲液。在一些实施方案中,洗脱缓冲液或洗脱缓冲液梯度包含至少一种单、二或三官能羧酸或这样的羧酸的盐。在某些实施方案中,洗脱缓冲液或洗脱缓冲液梯度包含至少一种选自乙酸盐、柠檬酸盐、甘氨酸、琥珀酸盐、磷酸盐和甲酸盐的阴离子物类。
298、在一些实施方案中,清洁液是碱,例如具有13–14的ph。这样的溶液提供基质的有效清洁,特别是在区间的上限时。
299、在某些实施方案中,清洁液包含0.1-2.0mnaoh或koh、例如0.5-2.0或0.5-1.0mnaoh或koh。这些是有效的清洁溶液,特别是当naoh或koh浓度高于0.1m或至少0.5m时如此。本发明的多肽的高稳定性使得能够使用这样的强碱溶液
300、所述方法还可包括用消毒液消毒基质的步骤,所述消毒液可例如包含过氧化物,例如过氧化氢和/或过酸,例如过乙酸或过甲酸。
301、在一些实施方案中,步骤a)-d)重复至少10次,例如至少50次、50-200、50-300或50-500次。这对于过程经济性是重要的,因为基质可重复使用许多次。步骤a)-c)也可重复至少10次,例如至少50次、50-200、50-300或50-500次,其中步骤d)在多个步骤c)的情况之后进行,使得步骤d)进行至少10次,例如至少50次。步骤d)可例如每第2个至第20个步骤c)的情况进行。
302、术语“fc结合多肽”和“fc结合蛋白”分别意指能够结合抗体的可结晶部分(fc)的多肽或蛋白,并且包括例如蛋白a或其维持所述结合性质的任何片段或融合蛋白。
303、本文的术语“接头”意指将多聚体中的两个多肽单元、单体或结构域彼此连接的元件。
304、本文的术语“间隔物”意指将多肽或多肽多聚体连接至载体的元件。
305、术语“vh结合”是指结合至抗体的可变重(vh)链或所谓的fab片段。术语“fab片段”和“vh链”在本文中可互换使用,接着术语“fab结合”与术语“vh结合”可互换使用。
306、尽管本发明已参考各个示例性方面和实施方案进行描述,但本领域技术人员将理解,在不脱离本发明的范围的情况下可进行各种变化,并且等同方案可替换其要素。此外,在不脱离本发明发基本范围的情况下可对本发明的教导进行许多修饰,以改变具体的情况或分子。因此,预期本发明不限于设想的任何具体实施方案,而是本发明将包括落入随附权利要求的范围内的所有实施方案。
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