猪2号染色体与猪产活仔数性状相关的SNP标记引物对及其应用

本发明属于分子生物学，涉及一种与猪产活仔数性状相关的 snp 标记引物对及其应用。

背景技术：

1、随着全球人口增长和收入水平的提高，对畜产品的需求量不断扩大，对母猪产仔性状提出了更高的要求。猪的产仔性状，包括总产仔数、产活仔数、死胎数和木乃伊数等，对养猪业的生产效率和经济效益至关重要。尤其是产活仔数指标，最为关键，决定了养猪生产体系的关键绩效指每头母猪每年断奶仔猪数和每头母猪每年出售的生猪数。在过去的三十年中，养猪业发达国家以及部分生产效率比较高的养猪企业已经将每头母猪每年断奶仔猪数目标从20头提高到了34头。这一增长主要归功于多年来研究人员不断致力于通过遗传手段提高猪的产活仔数。但产活仔数遗传力低，常规选育准确性低，选育进展慢，需要结合分子选育，加快其改良效率。

2、基于这一背景，本专利提出了一种与猪产活仔数性状相关的snp标记引物对，通过基因分型技术快速、准确地评估猪的产活仔数性状。这一技术不仅可以提高产活仔数评估的准确性和效率，还可以为猪的选育和繁殖性能改良提供重要的分子遗传学依据。

技术实现思路

1、本发明的目的在于针对母猪的产仔性状具有较低的遗传力，与性别高度相关，并且在生命后期才表现出来等遗传选育上的困难，提供与猪产活仔数相关的 snp 标记开发而成的选育分子标记。

2、本发明的另一个目的在于提供用于检测上述snp 标记的引物对和检测方法。本发明的另一个目的在于提供上述 snp 标记、分子标记、引物的用途。

3、本发明的目的可通过以下技术方案实现：

4、猪2号染色体上与猪产活仔数性状相关的分子标记，所述的分子标记序列如 seqid no：1 所示，其中含有一个与猪产活仔数性状相关的 snp 标记位点，该位点为国际猪基因组 11.1 版本参考序列猪 2 号染色体 rs81367175 核苷酸位点（该位点是团队通过全基因组关联分析鉴定而来），在 seq id no：1 中所述的 snp 标记位点位于第 269 位，存在 c/a 多态性。

5、一种用于检测猪2号染色体上与猪产活仔数性状相关的 snp 标记的引物对，上游引物为：seq id no：2，下游引物为：seq id no：3。

6、本发明所述的分子标记、权利要求2所述的引物对在检测猪产活仔数性状和猪育种中的应用。

7、一种检测所述的猪2号染色体上与猪产活仔数性状相关的 snp 标记的方法，包含pcr 扩增猪国际猪基因组 11.1 版本参考序列猪 2 号染色体 rs81367175 核苷酸位点的一段序列，对扩增产物进行测序，判读该位点的 c/a 多态性。

8、作为本发明的一种优选，利用本发明所述的引物对对猪基因组dna进行pcr扩增。

9、作为本发明的进一步优选，所述的方法包括以下步骤：

10、(1) 取猪耳组织样品提取 dna；

11、(2) 用已提取的猪基因组 dna 为模板，使用本发明所述的引物对进行 pcr 扩增；

12、(3) 扩增产物进行测序，分析测序结果，判读在 seq id no：1 第 269 位的c/a多态性。

13、本发明所述的分子标记在筛选产活仔数更多的猪群体或新品系中的应用。

14、本发明所述的引物对在筛选产活仔数更多的猪群体或新品系中的应用。

15、一种筛选产活仔数更多的猪群体的方法，包括检测猪国际猪基因组 11.1 版本参考序列猪 2 号染色体 rs81367175 核苷酸位点的基因型，选育 rs81367175 核苷酸位点的 cc 型和 ca 型个体优先作为后备种猪留种。

16、作为本发明的一种优选，检测国际猪基因组 11.1 版本参考序列中猪 2 号染色体 rs81367175 核苷酸位点的基因型的方法选自pcr或基因测序。

17、有益效果

18、本发明开发了猪2号染色体与猪产活仔数相关的 snp 标记，并且提供了检测该标记的引物对和方法。通过鉴定该snp 标记的基因型来筛选具有产活仔数更多的猪品系。该品系的建立能够提高猪的综合繁殖性能，并且产生更多的社会和经济效益。

技术特征：

1.猪2号染色体一种与猪产活仔数性状相关的分子标记，其特征在于所述的分子标记序列如seq id no：1 所示，其中含有一个与猪产活仔数性状相关的 snp 标记位点，该位点为国际猪基因组 11.1 版本参考序列猪 2 号染色体 rs81367175 核苷酸位点，在seq idno：1 中所述的 snp 标记位点位于第 269 位，存在 c/a 多态性。

2. 一种用于检测权利要求1中所述的与猪产活仔数性状相关的 snp 标记的引物对，其特征在于上游引物为：seq id no：2，下游引物为：seq id no：3。

3.权利要求1所述的分子标记、权利要求2所述的引物对在检测猪产活仔数性状和/或猪育种中的应用。

4. 一种检测权利要求 1中所述的猪2号染色体与猪产活仔数性状相关的 snp 标记的方法，其特征在于pcr 扩增包含国际猪基因组 11.1 版本参考序列中猪 2 号染色体rs81367175 核苷酸位点的一段序列，对扩增产物进行测序，判读该位点的 c/a 多态性。

5.根据权利要求5所述的方法，其特征在于利用权利要求2所述的引物对猪基因组dna进行pcr扩增。

6. 根据权利要求 6 所述的方法，检测猪2号染色体与猪产活仔数性状相关的 snp 标记在筛选产活仔数更多猪群体中的应用，其特征在于包括以下步骤：

7. 一种筛选产活仔数更多猪群体的方法，其特征在于包括检测国际猪基因组 11.1版本参考序列中猪 2 号染色体 rs81367175 核苷酸位点的基因型，选育 rs81367175 核苷酸位点为 cc 型和 ca 型个体作为后备种猪留种。

8. 根据权利要求8所述的方法，其特征在于检测国际猪基因组 11.1 版本参考序列中猪 2 号染色体 rs81367175 核苷酸位点的基因型的方法选自pcr扩增和基因测序。

技术总结本发明涉及猪2号染色体一种与猪产活仔数性状相关的SNP标记引物对及其应用。所述SNP标记的位点为国际猪基因组11.1版本参考序列中猪2号染色体rs81367175核苷酸位点的分子标记，且具有C/A多态性。一种用于检测所述的SNP标记的引物对，上游引物为：SEQ ID NO：2，下游引物为：SEQ ID NO：3。本发明提供的SNP标记可应用于猪产活仔数性状的标记辅助选择中，通过鉴定该SNP标记的基因型来筛选产活仔数更多的猪群体或品系。该群体或品系的建立能够提高猪的产活仔数，并且产生更多的社会和经济效益。技术研发人员：黄瑞华,曾韬,李平华,赵清波,杜陶然,周五朵,邱子健,周进,许黎明,何金庆受保护的技术使用者：南京农业大学技术研发日：技术公布日：2024/8/1