一种与肉牛3月龄胸围性状相关的SNP分子标记的应用

本发明涉及肉牛分子标记辅助选择，特别涉及一种与肉牛3月龄胸围性状相关的snp分子标记的应用。

背景技术：

1、随着我国耕作技术的成熟以及现代化农具的普及，牛的役用功能逐渐减弱，而肉用、乳用功能却逐渐凸显出来。目前养牛业已经成为我国畜牧业的重要组成部分之一，在我国国民经济中占据重要地位。从2021年到2023年，我国牛肉产量持续增长。虽然牛肉产量一直在稳步提升，但较长的养殖周期和短缺的优质种源，导致国内牛肉产量供给不足。因此，需要对现有肉牛品种进行选育提高，提高牛的产肉性能。

2、牛的胸围是指牛只胸部最宽处的周长，反映牛只的宽度和肌肉的发达程度，胸围较大的牛往往具有更好的生长潜力和出肉率。牛的胸围与出肉率呈正相关，胸围较大的牛通常具有更多的肌肉质量和肌肉体积，屠宰后可以获得更多的肉类产量。因此，在肉牛生产中，牛只的胸围可以作为评估牛只体型和肌肉发达程度的重要指标之一，生长发育早期选择胸围较大的牛只有利于提高生产性能和出肉率。

3、分子标记辅助育种是利用分子标记与目标性状主效基因紧密连锁的特点，通过检测分子标记，达到选择目标性状的目的，具有快速、准确、不受环境条件干扰的优点。单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism，snp)属于分子标记的一种，指个体间基因组中同一位置单个核苷酸发生变异而导致的dna序列改变，后续可影响基因表达量、转录活性及剪接修饰等。借助snp对肉牛的胸围进行早期辅助选择，将有助于提高牛只的出肉率，提升我国牛肉产量。

技术实现思路

1、本发明的目的在于提供一种与肉牛3月龄胸围性状相关的snp分子标记，为肉牛生长和产肉性能检测或分子标记辅助育种提供指导。

2、本发明的技术方案如下：

3、本发明提供了一种肉牛snp分子标记，该分子标记为肉牛基因组gcf_002263795.1_ars-ucd1.2_genomic.fna中第13号染色体第54418624位点的碱基处，该分子标记的snp位点具有g/t多态性，其中t是肉牛3月龄胸围性状的不利等位变异。

4、所述肉牛snp分子标记和检测所述肉牛snp分子标记的物质在以下任一方面的应用：

5、用于检测或辅助检测肉牛3月龄胸围性状；

6、用于提高肉牛3月龄胸围性状遗传育种；

7、优选的，所述snp分子标记的核苷酸序列如seq id no.1所示。

8、本发明中，所述检测肉牛snp分子标记的物质包括扩增所述分子标记snp位点在内的基因组dna片段的pcr引物，或含有所述引物的试剂盒。

9、优选的，所述引物的核苷酸序列如seq id no.2和seq id no.3所示。

10、优选的，所述试剂盒还包括pcr扩增试剂，和/或酶切试剂，所述酶切试剂中包括限制性内切酶hinc ii。

11、本发明还提供了一种检测肉牛3月龄胸围性状的方法，包括：检测肉牛基因组第13号染色体第54418624位点的碱基类型，tt基因型群体3月龄胸围性状低于gg基因型和tg基因型。

12、优选的，检测肉牛基因组第13号染色体第54418624位点碱基类型的方法包括：设计扩增seq id no.1所示核苷酸序列的引物组，利用所述引物组对肉牛基因组dna进行pcr扩增，使用限制性内切酶hinc ii对获得的扩增产物进行酶切，酶切产物进行琼脂糖凝胶电泳，根据电泳条带判断肉牛基因组第13号染色体第54418624位点的碱基类型：酶切产物为1条带为gg型，2条带为tt型，3条带为tg型。

13、进一步优选的，所述仅有1条带的酶切产物大小为1481bp，有2条带的酶切产物大小分别为808bp和673bp，有3条带的酶切产物大小分别为1481bp、808bp和673bp。

14、本发明还提供了一种优化肉牛3月龄胸围性状的遗传育种方法，包括：确定肉牛核心群中种牛第13号染色体第54418624位点的碱基类型，并根据该碱基类型做出相应的选择：

15、种牛的继代选育挑选牛第13号染色体第54418624位点碱基为gg和gt型的个体，淘汰tt型个体，以逐代提高该位点基因g的频率，从而优化后代肉牛的3月龄胸围性状。

16、优选的，所述牛第13号染色体第54418624位点的碱基如seq id no.1所示序列中第673bp所示。

17、本发明的有益效果：

18、本发明研究并确定影响肉牛3月龄胸围性状的snp分子标记，使用所述分子标记进行早期分子标记辅助选择，能够加快肉牛品种选育进程。

19、本发明通过检测所述分子标记snp位点的碱基类型，预测肉牛3月龄胸围性状，tt基因型群体3月龄胸围性状低于gg基因型和tg基因型。应用扩增影响肉牛3月龄胸围性状分子标记的引物组，通过所述分子标记和引物组，建立高效准确的肉牛分子标记辅助育种技术，将其应用于肉牛选育，能够筛选具有优良3月龄胸围性状的犊牛，及时淘汰劣势犊牛，从而减少养殖周期，提高牛场养殖效益。

技术特征：

1.一种肉牛snp分子标记或检测所述肉牛snp分子标记的物质在以下任一方面的应用，其特征在于，

2.根据权利要求1所述的应用，其特征在于，所述snp分子标记的核苷酸序列如seq idno.1所示。

3.根据权利要求1所述的应用，其特征在于，所述检测肉牛snp分子标记的物质包括扩增所述分子标记snp位点在内的基因组dna片段的pcr引物，或含有所述引物的试剂盒。

4.根据权利要求3所述的应用，其特征在于，所述引物的核苷酸序列如seq id no.2和seq id no.3所示。

5.根据权利要求3所述的应用，其特征在于，所述试剂盒还包括pcr扩增试剂，和/或酶切试剂，所述酶切试剂中包括限制性内切酶hinc ii。

6.一种检测肉牛3月龄胸围性状的方法，其特征在于，检测肉牛基因组第13号染色体第54418624位点的碱基类型，tt基因型群体3月龄胸围性状低于gg基因型和tg基因型。

7.根据权利要求6所述的方法，其特征在于，检测肉牛基因组第13号染色体第54418624位点碱基类型的方法包括：设计扩增seq id no.1所示核苷酸序列的引物组，利用所述引物组对肉牛基因组dna进行pcr扩增，使用限制性内切酶hinc ii对获得的扩增产物进行酶切，酶切产物进行琼脂糖凝胶电泳，根据电泳条带判断肉牛基因组第13号染色体第54418624位点的碱基类型：酶切产物为1条带为gg型，2条带为tt型，3条带为tg型。

8.根据权利要求7所述的方法，其特征在于，所述仅有1条带的酶切产物大小为1481bp，有2条带的酶切产物大小分别为808bp和673bp，有3条带的酶切产物大小分别为1481bp、808bp和673bp。

9.一种优化肉牛3月龄胸围性状的遗传育种方法，其特征在于，确定肉牛核心群中种牛第13号染色体第54418624位点的碱基类型，并根据该碱基类型做出相应的选择：

10.根据权利要求9所述的方法，其特征在于，所述牛第13号染色体第54418624位点的碱基如seq id no.1所示序列中第673bp所示。

技术总结本发明属于肉牛分子标记辅助选择技术领域，特别是涉及一种与肉牛3月龄胸围性状相关的SNP分子标记的应用。所述SNP分子标记为肉牛基因组GCF_002263795.1_ARS‑UCD1.2_genomic.fna中第13号染色体第54418624位点的碱基处，该分子标记的SNP位点具有G/T多态性，其中T是肉牛3月龄胸围性状的不利等位变异。通过检测所述分子标记SNP位点的碱基类型，用于检测或辅助检测肉牛3月龄胸围性状，提高肉牛3月龄胸围性状遗传育种，加快肉牛品种选育进程。技术研发人员：柴进,王成梅,熊琪,郑嵘,蒋思文,张凤,上官爱哨受保护的技术使用者：华中农业大学技术研发日：技术公布日：2024/8/1