一种用于珞巴鸡提纯选育的分子标记及其应用

本发明属于生物分子的，具体涉及一种用于珞巴鸡提纯选育的分子标记及其应用。

背景技术：

1、珞巴鸡是青藏高原地区除藏鸡以外的另一代表性地方鸡品种，具有体型轻小，体较长而低矮，匀称紧凑，头高尾低，呈船形，胸肌发达，胸肌发达，向前突出，性情活泼，富于神经质，好斗性强；翼羽和尾羽发达，善于飞翔，公鸡大镰羽长达40-60cm。头部清秀，冠多呈红色单冠，少数呈豆冠。公鸡单冠大而直立，冠齿为4-6个；母鸡冠小，有冠羽；肉垂红色，喙多呈黑色，少数呈肉色或黄色；虹彩多呈橘色，黄栗色次之，耳叶多呈白色，少数红白相间；胫色以黑居多，其次肉色，少数有胫羽，羽色较复杂。

2、目前基于全基因组snp分子标记的种质遗传评估，包括群体遗传多样性分析、系统进行关系、群体遗传结构分析、近交系数评估和基因流分析等已十分成熟，但要获得全基因组区域内所有的snp分子标记会产生高昂的费用，同时时间周期长，严重限制了其在种质遗传评估中的大规模应用。同时，当前尚未有用于珞巴鸡群体内种质提纯的简化分子标记，因此挖掘纯系珞巴鸡群体的特征性分子标记，针对珞巴鸡进行分子标记辅助选育，对于高效提纯珞巴鸡具有重要意义。

3、2021年，珠海市现代农业发展中心、广东省农业科学院动物科学研究所和西藏粤联米林藏鸡发展有限公司从林芝米林县散户收集符合珞巴鸡群体特征的个体，由广东省农业科学院动物科学研究所进行珞巴鸡异地保种(保种场位于广州市天河区大丰一街1号)，同时进行珞巴鸡的种质遗传评估与性能测定工作。考虑到珞巴鸡保种群中部分个体存在由其它地方鸡种或商业鸡种到保种群的基因渗入，珞巴鸡的提纯选育工作势在必行。

技术实现思路

1、针对上述问题，本发明的目的在于提供一种用于珞巴鸡提纯选育的分子标记及其应用。

2、本发明的技术内容如下：

3、本发明提供了一种snp分子标记在珞巴鸡提纯选育中的应用，所述snp分子标记为ensembl grcg7b基因组(https://asia.ensembl.org/gallus_gallus/info/index？db＝core；r＝4:75408776-75408786)上的chr2:46800892和chr5:58219282两个多态性位点；

4、所述snp分子标记用于鉴定珞巴鸡的纯系个体和非纯系个体；

5、所述chr2:46800892的多态性位点为c/a；

6、所述chr5:58219282的多态性位点为a/g；

7、位点物理位置为grcg7b(gca_016699485.1)版本。

8、当chr2:46800892位点的基因型为cc，同时chr5:58219282的基因型为aa，则鉴定为纯系珞巴鸡个体；

9、当chr2:46800892位点的基因型为aa，同时chr5:58219282的基因型为gg，则鉴定为非纯系珞巴鸡个体；

10、当chr2:46800892位点的基因型为ac，和/或chr5:58219282的基因型为ag，出现其一或均为杂合子，则鉴定为非纯系珞巴鸡个体。

11、本发明还提供了一种珞巴鸡提纯选育的方法，包括如下步骤：

12、1)提取待鉴定珞巴鸡群体种质资源的基因组dna；

13、2)进行pcr扩增，确定所提取基因组dna上的chr2:46800892和chr5:58219282两个位点的基因型；

14、将所得基因型根据以上鉴定方法对鸡群体进行鉴定；

15、当chr2:46800892位点的基因型为cc，同时chr5:58219282位点的基因型为aa，则鉴定为纯系珞巴鸡个体；

16、当chr2:46800892位点的基因型为aa，同时chr5:58219282位点的基因型为gg，则鉴定为非纯系珞巴鸡个体；

17、当chr2:46800892位点的基因型为ac，和/或chr5:58219282位点的基因型为ag，出现其一或均为杂合子，则鉴定为非纯系珞巴鸡个体。

18、本发明的有益效果如下：

19、本发明的用于珞巴鸡提纯选育的分子标记，为通过收集不同地理来源和遗传背景的鸡品种进行群体基因组学研究，利用群体遗传结构分析，鉴定出珞巴鸡纯系的特征遗传背景，从中挖掘出特征性snp标记，筛选出chr2:46800892(grcg7b)和chr5:58219282(grcg7b)的2个位点，用于准确鉴定珞巴鸡群体内的纯系个体和非纯系个体，操作简单、重现性好、准确度高，有效克服了基于全基因组重测序或基因芯片进行珞巴鸡分子提纯选育时所存在费用高和时间周期长的问题。

技术特征：

1.一种snp分子标记在珞巴鸡提纯选育中的应用，其特征在于，所述snp分子标记为ensembl grcg7b基因组上的chr2:46800892和chr5:58219282两个多态性位点；

2.根据权利要求1所述的snp分子标记在珞巴鸡提纯选育中的应用其特征在于，所述snp分子标记用于鉴定珞巴鸡的纯系个体和非纯系个体。

3.根据权利要求1所述的snp分子标记在珞巴鸡提纯选育中的应用其特征在于，当chr2:46800892位点的基因型为cc，同时chr5:58219282的基因型为aa，则鉴定为纯系珞巴鸡个体。

4.根据权利要求1所述的snp分子标记在珞巴鸡提纯选育中的应用其特征在于，当chr2:46800892位点的基因型为aa，同时chr5:58219282的基因型为gg，则鉴定为非纯系珞巴鸡个体。

5.根据权利要求1所述的snp分子标记在珞巴鸡提纯选育中的应用其特征在于，当chr2:46800892位点的基因型为ac，和/或chr5:58219282的基因型为ag，出现其一或均为杂合子，则鉴定为非纯系珞巴鸡个体。

6.一种珞巴鸡提纯选育的方法，其特征在于，包括如下步骤：

7.根据权利要求6所述的珞巴鸡提纯选育的方法，其特征在于，步骤2)所述pcr扩增中，对chr2:46800892位点进行基因分型所采用的上下游引物序列分别如seq id no.1和seqid no.2所示；对chr5:58219282位点进行基因分型所采用的上下游引物序列分别如seq idno.3和seq id no.4所示。

技术总结本发明属于生物分子的技术领域，具体涉及一种用于珞巴鸡提纯选育的分子标记及其应用。通过收集不同地理来源和遗传背景的鸡品种进行群体基因组学研究，利用群体遗传结构分析，鉴定出珞巴鸡纯系的特征遗传背景，从中挖掘出特征性SNP标记，筛选出Chr2:46800892(GRCg7b)和Chr5:58219282(GRCg7b)的2个位点，用于准确鉴定珞巴鸡群体内的纯系个体和非纯系个体，操作简单、重现性好、准确度高，有效克服了基于全基因组重测序或基因芯片进行珞巴鸡分子提纯选育时所存在费用高和时间周期长的问题。技术研发人员：罗成龙,罗威,唐盈盈,严霞,陈鹏,计坚受保护的技术使用者：广东省农业科学院动物科学研究所技术研发日：技术公布日：2024/8/1