一种与鸡两周龄体重性状相关的SNP标记及其应用

本发明涉及分子生物学领域，具体涉及一种与鸡两周龄体重性状相关的snp标记及其应用。

背景技术：

1、鸡肉是中国主要肉类品种之一，其具有高蛋白、低脂肪、低胆固醇等特点。近年来，我国鸡肉产量持续增长，提高肌肉产量、改善鸡肉品质，成为育种科学家长期以来不断探索的工作。经典育种方法为农业动物生产性状改良做出了很大贡献，随着基因组工作的不断推进和遗传标记的广泛开发，育种科学家可以根据特定的遗传标记，选择具有良好产量和质量特征的鸡进行繁殖。这些遗传标记可以帮助育种科学家更准确地评估和选择鸡的遗传潜力，加速育种进程。

2、snp(single nucleotide polymorphism，单核苷酸多态性)是遗传学中常见的遗传变异形式之一。snp具有量大、高频率、低突变率等优点，在遗传研究和分子选择育种中发挥着重要的作用。但目前肉鸡分子育种实践中仍然缺少功能明确、效应显著的分子标记。因此，挖掘效应大的、准确的分子标记是当前的研究重点。如果能够找到与鸡目标性状相关的snp分子标记，并最终解析该位点的分子机制，将极大促进鸡的遗传改良，为家禽育种领域带来突破性进展。

技术实现思路

1、针对现有技术中存在的不足，本发明目的是提供一种与鸡两周龄体重性状相关的snp标记及其应用，利用重测序技术对1176只有两周龄体重记录的鸡杂交群体的个体进行测序并进行gwas分析，得到了一个与两周龄体重显著相关的snp位点，该snp是位于基因组grcg6a 104的rs315589915(chr1:170514458)，该位点包含gg、tt和gt三种基因型，统计该snp在重测序的其他低体重鸡种和高体重鸡种中的snp频率，发现其snp频率分布在低体重鸡种和高体重鸡种中存在显著差异，高体重鸡中g为优势等位基因，低体重鸡中t为优势等位基因。高体重鸡比低体重鸡体重高，说明这个snp位点可作为分子标记应用于优良鸡种的选育。在体重较低的群体中，通过选择等位基因g的个体，可以提高群体的体重。

2、本发明记载技术方案的研究开发由以下项目提供资助：高产新基因挖掘与育种价值评价，项目编号2023zd0406805。

3、为解决上述技术问题，本发明提供的技术方案是：

4、一种与鸡两周龄体重相关的snp分子标记，

5、所述snp分子标记位于基因组grcg6a 104的chr1：170514458，所述snp位点的等位基因为g和t；

6、经济性状为两周龄体重，高体重鸡中g为优势等位基因，低体重鸡中t为优势等位基因。

7、优选的，

8、所述snp分子标记位于seq id no.1所示的核苷酸序列中第101位碱基。

9、上述的snp分子标记在鸡的两周龄体重性状检测中的应用。

10、优选的，包括以下步骤：

11、(1)检测样品鸡在所述snp位点的基因型；

12、(2)选择g/g基因型的样品鸡进行优势品系的选育。

13、优选的，

14、所述步骤(1)可采用直接测序，或先扩增含所述snp分子标记的基因片段再检测。如设计引物，从seq id no.1所示的序列中扩增出含有所述snp分子标记的片段，再检测该位点上的等位基因。

15、上述的snp分子标记在标记辅助选择育种中的应用，选择基因型为g/g的鸡种进行选育。

16、用于扩增含上述snp分子标记的引物对，所述引物对序列如seq id no.2和seq idno.3所示。

17、本发明的有益效果是：

18、本发明通过检测snp分子标记能够早期、快速、低成本、有效的预测鸡体重高低，在鸡种改良方面具有广阔的应用前景，并能够取得优异的经济价值。

技术特征：

1.一种与鸡两周龄体重相关的snp分子标记，其特征在于，

2.根据权利要求1所述的与鸡两周龄体重相关的snp分子标记，其特征在于，

3.权利要求1所述的snp分子标记在鸡的两周龄体重性状检测中的应用。

4.根据权利要求3所述的应用，其特征在于，包括以下步骤：

5.根据权利要求4所述的应用，其特征在于，

6.权利要求1所述的snp分子标记在标记辅助选择育种中的应用，其特征在于，选择基因型为g/g的鸡种进行选育。

7.用于扩增含权利要求1所述snp分子标记的引物对，其特征在于，所述引物对序列如seq id no.2和seq id no.3所示。

技术总结本发明公开了一种与鸡两周龄体重性状相关的SNP标记(chr1：170514458，位于CAB39L基因上游)及其应用，通过测定并记录鸡杂交群体鸡杂交个体的两周龄体重，利用重测序技术对1176只鸡进行测序，进一步进行全基因组关联分析，得到了一个影响两周龄体重的SNP(chr1：170514458)位点，统计该SNP位点在重测序的低体重鸡种与高体重鸡种中的SNP频率，发现其在低体重鸡种和高体重鸡种中存在显著差异，高体重鸡中G为优势等位基因，低体重鸡中T为优势等位基因，在体重低的群体中，通过选择该位点等位基因G的个体，可以提高育种群体的体重。技术研发人员：胡晓湘,朱晓宁,王宇哲,张德祥,徐振强,姜自琴受保护的技术使用者：中国农业大学技术研发日：技术公布日：2024/9/12