影响猪剩余采食量的猪4号染色体上的SNP标记

本发明涉及分子标记领域，特别涉及影响猪剩余采食量的猪4号染色体上的snp标记。

背景技术：

1、生猪养殖作为畜牧业的重要产业之一，为人类的粮食需求提供了保障。然而，饲料相关的成本占猪生产总成本的60％至70％，因此，提高饲料利用率一直是生猪养殖业最感兴趣的问题。过度饲料消耗产生的大量粪污，不仅会严重污染环境，而且对养猪业的社会形象会产生负面影响。

2、饲料利用率性状是用来衡量动物对摄入饲料利用效率高低的重要评定指标，饲料利用率的高低与畜禽生产水平及经济效益息息相关，是一个重要的经济性状，并受到国内外养猪企业和种猪改良公司的重点关注。剩余采食量(residual feed intake，rfi)是koch等提出的一个估测畜禽的饲料利用效率的重要有效指标，它是实际采食量与用于生长和维持代谢需要的采食量之差。根据参与期望采食量拟合曲线的指标不同，可以将rfi性状细分为两个亚性状。(1)剩余采食量1(rfi-1)性状：先由体重和平均日增重2个指标拟合出预期采食量1，然后以实际采食量减去预期采食量1所得差值获得剩余采食量1；(2)剩余采食量2(rfi-2)性状：先由体重、平均日增重和背膘厚度3个指标拟合出预期采食量2，再以实际采食量减去预期采食量2所得差值获得剩余采食量2。基于剩余采食量性状指标选育饲料利用效率高的猪个体或猪群，其主要优势是在不影响生长性能的情况下降低猪肉生产系统中的饲料消耗，从而使养猪行业的整体盈利能力最大化。

3、传统剩余采食量性状选育的世代间隔长，需要多个世代的长期观察和选育繁殖。这导致育种进程缓慢，影响猪育种企业的市场竞争力。分子育种技术的应用有助于缩短世代间隔，提高选育效率，以适应市场的快速变化。因此，探索出影响rfi-1或rfi-2的分子标记并对育种群体加以改良，对生猪养殖业的生产和经济效益有着重要的意义。

技术实现思路

1、本发明之一提供了一种猪的snp标记，所述snp标记的核酸序列如seq id no.1所示，所述snp标记的位点位于如seq id no.1所示的核酸上的从5’端起的第301位，对应于11.1版本国际猪基因组的4号染色体上的从5’端起的第57648469位，为t或c。

2、本发明之二提供了一种snp标记在辅助鉴定猪剩余采食量中的应用，所述snp标记的位点位于如seq id no.1所示的核酸上的从5’端起的第301位，对应于11.1版本国际猪基因组的4号染色体上的从5’端起的第57648469位，为t或c。即可以先通过snp标记高通量筛选出剩余采食量较低的t/t基因型和/或t/c基因型，再基于常规方法对t/t基因型和/或t/c基因型猪的剩余采食量进行定量测定，或省略定量测定步骤，仅基于snp标记的基因型作出选择，例如仅选择t/t基因型的个体，或选择t/t基因型和t/c基因型的个体。

3、在一个具体实施方式中，基于所述猪剩余采食量，所述seq id no.1上的从5’端起的第301位点基因型的优选顺序依次为：t/t基因型、t/c基因型和c/c基因型。

4、在一个具体实施方式中，所述猪为杜洛克、大白、长白、皮特兰、二花脸、莱芜、巴马香和藏猪的杂交嵌合猪。

5、在一个具体实施方式中，所述猪为杜洛克、大白、长白、皮特兰、二花脸、莱芜、巴马香和藏猪的杂交嵌合猪的f6代或f6代的后代。

6、本发明之三提供了一种辅助猪遗传改良的方法，所述方法包括：确定种猪核心群中的种猪的一种snp标记；所述snp标记的位点位于如seq id no.1所示的核酸上的从5’端起的第301位，对应于11.1版本国际猪基因组的4号染色体上的从5’端起的第57648469位，为t或c；根据所述snp标记做出相应的选择：在所述种猪核心群中选择在所述seq id no.1上的从5’端起的第301位点为t/c或t/t基因型的种猪个体，淘汰在该位点为c/c基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因t的频率。

7、在一个具体实施方式中，在所述种猪核心群中选择在所述seq id no.1上的从5’端起的第301位点为t/t基因型的种猪个体，淘汰在该位点为t/c和c/c基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因t的频率。

8、在一个具体实施方式中，利用分析所述种猪的核酸的序列来确定所述种猪的snp标记，其中所述核酸的序列如seq id no.1所示。

9、在一个具体实施方式中，所述猪的来源为杜洛克、大白、长白、皮特兰、二花脸、莱芜、巴马香和藏猪的杂交嵌合猪。

10、在一个具体实施方式中，所述猪的来源为杜洛克、大白、长白、皮特兰、二花脸、莱芜、巴马香和藏猪的杂交嵌合猪的f6代或f6代的后代。

11、在一个具体实施方式中，所述猪遗传改良的性状为剩余采食量。

12、本发明的有益效果：

13、本发明的4_57648469snp标记与猪剩余采食量(饲料利用效率的重要衡量指标)显著相关，因此可以通过本发明的snp标记对猪群该位点进行判型，并通过该snp标记对猪的剩余采食量(也可以称之为饲料利用效率)进行辅助鉴定或对猪的剩余采食量(也可以称之为饲料利用效率)进行遗传改良。

14、通过改良4_57648469snp位点，提高该位点等位基因t的频率，降低等位基因c的频率，以降低猪的剩余采食量，进而提高猪的饲料利用效率，以选育出节粮型猪。

技术特征：

1.一种猪的snp标记，所述snp标记的核酸序列如seq id no.1所示，所述snp标记的位点位于如seq id no.1所示的核酸上的从5’端起的第301位，对应于11.1版本国际猪基因组的4号染色体上的从5’端起的第57648469位，为t或c。

2.一种snp标记在辅助鉴定猪剩余采食量中的应用，所述snp标记的位点位于如seq idno.1所示的核酸上的从5’端起的第301位，对应于11.1版本国际猪基因组的4号染色体上的从5’端起的第57648469位，为t或c。

3.根据权利要求2所述的应用，其特征在于，基于所述猪剩余采食量，所述seq idno.1上的从5’端起的第301位点基因型的优选顺序依次为：t/t基因型、t/c基因型和c/c基因型。

4.根据权利要求2所述的应用，其特征在于，所述猪为杜洛克、大白、长白、皮特兰、二花脸、莱芜、巴马香和藏猪的杂交嵌合猪。

5.根据权利要求2所述的应用，其特征在于，所述猪为杜洛克、大白、长白、皮特兰、二花脸、莱芜、巴马香和藏猪的杂交嵌合猪的f6代或f6代的后代。

6.一种辅助猪遗传改良的方法，所述方法包括：确定种猪核心群中的种猪的一种snp标记；所述snp标记的位点位于如seq id no.1所示的核酸上的从5’端起的第301位，对应于11.1版本国际猪基因组的4号染色体上的从5’端起的第57648469位，为t或c；根据所述snp标记做出相应的选择：

7.根据权利要求6所述的方法，其特征在于，在所述种猪核心群中选择在所述seq idno.1上的从5’端起的第301位点为t/t基因型的种猪个体，淘汰在该位点为t/c和c/c基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因t的频率。

8.根据权利要求6或7所述的方法，其特征在于，利用分析所述种猪的核酸的序列来确定所述种猪的snp标记，其中所述核酸的序列如seq id no.1所示。

9.根据权利要求6或7所述的方法，其特征在于，所述猪的来源为杜洛克、大白、长白、皮特兰、二花脸、莱芜、巴马香和藏猪的杂交嵌合猪。

10.根据权利要求6或7所述的方法，其特征在于，所述猪的来源为杜洛克、大白、长白、皮特兰、二花脸、莱芜、巴马香和藏猪的杂交嵌合猪的f6代或f6代的后代。

技术总结本发明提供了影响猪剩余采食量的猪4号染色体上的SNP标记。所述SNP标记的位点位于如SEQ ID No.1所示的核酸上的从5’端起的第301位，对应于11.1版本国际猪基因组的4号染色体上的从5’端起的第57648469位，T或C。技术研发人员：黄路生,肖石军,郭源梅,麻骏武,吴钟紫,陈哲受保护的技术使用者：江西农业大学技术研发日：技术公布日：2024/9/29