用于区分野生稻和籼型栽培稻的SNP位点组合及其应用的制作方法

本发明属于植物分子育种，具体涉及用于区分野生稻和籼型栽培稻的snp位点组合及其应用。

背景技术：

1、水稻是最重要的三大粮食作物之一，在我国更是占据了第一大粮食作物的地位。随着商业化育种的不断推进，大面积推广的水稻品种同质化越来越严重。现代生产上利用的栽培品种间狭窄的遗传多样性，已成为制约水稻育种进一步提高的瓶颈。野生稻相比于现代栽培稻，具有更丰富的遗传多样性和基因资源。野生稻多样性特异资源的快速挖掘利用具有重大意义。

2、经过多年的研究，可通过基因渐渗(gene introgression)的形式将优良的野生稻基因导入栽培稻中，实现了栽培稻的遗传改良和拓宽了栽培稻遗传基础的种质资源。利用新近研制的水稻高密度基因芯片和育种加速器，可快速构建一系列野生稻染色体单个小片段导入系，所有导入系片段加起来能够覆盖野生稻整个基因组，即任意染色体区段都有相应的导入系可供研究和育种应用。

3、snp(single nucleotide polymorphism，单核苷酸多态性标记)作为第三代dna分子标记，具有更高的遗传稳定性、更强的可靠性、更全面的覆盖性。现阶段snp标记在植物遗传研究和育种上应用的主要形式是基因芯片和重测序技术。基因芯片是一种高集成、高通量、微型化和自动化的snp检测方法，只需一次杂交就可以实现成千上万个位点的筛查，是作物遗传多样性、群体结构、qtl定位等研究的有效技术手段。

技术实现思路

1、本发明的目的在于提供可区分野生稻和籼型栽培稻的snp位点组合及其应用。具体地，提供可区分野生稻和籼型栽培稻的180个snp位点组合，并且其在水稻全基因组上均匀分布。

2、为了实现上述目的，本发明采用以下技术方案：

3、本发明基于文献分析获得22637个snp位点；在上述snp位点中，通过欧氏距离(euclidean_distance)筛选出野生稻和籼型栽培稻之间差异较大的180个snp位点，即得到可区分野生稻和籼型栽培稻的180个snp位点组合，snp位点名称、位置及对应基因型见表2。通过对野生稻和籼型栽培稻在180个snp位点的基因型分析，其区分结果如下：在966个品种中，92.86％的野生稻和籼型栽培稻有至少60％的snp位点符合对应基因型；86.75％的野生稻和籼型栽培稻有至少70％的snp位点符合对应基因型。因此，当至少有60％的snp位点符合对应基因型时，可区分大多数野生稻和籼型栽培稻。

4、snp位点组合在区分野生稻和籼型栽培稻中的应用，所述的snp位点如表2所示。

5、用于区分野生稻和籼型栽培稻的水稻芯片，所述芯片包含用于检测表2所示的snp位点组合的探针，所述探针是根据snp位点及其一侧50bp序列合成的。

6、一种区分野生稻和籼型栽培稻的方法，包括以下步骤：

7、(1)检测待测水稻的snp位点基因型，所述snp位点如表2所示；

8、(2)统计各位点的基因型，如果待测水稻至少有60％的snp位点的基因型与野生稻的基因型一致，则鉴定为野生稻；如果待测水稻至少有60％的snp位点的基因型与籼型栽培稻的基因型一致，则鉴定为籼型栽培稻。

9、本发明的有益效果：本发明为区分野生稻和籼型栽培稻提供了一套准确、均匀覆盖全基因组的snp位点组合，该snp位点组合可普遍用于区分野生稻和籼型栽培稻，对野生稻资源的利用具有重要意义。

技术特征：

1.snp位点组合在区分野生稻和籼型栽培稻中的应用，其特征在于，所述的snp位点如表2所示。

2.探针组合，其特征在于，所述探针用于检测权利要求1所述的snp位点。

3.水稻芯片，其特征在于，所述芯片包含用于检测表2所示snp位点组合的探针。

4.根据权利要求2所述的探针或权利要求3所述的水稻芯片，其特征在于，用于检测表2所示snp位点的探针是根据snp位点及其一侧50 bp序列合成的。

5.一种区分野生稻和籼型栽培稻的方法，其特征在于，包括以下步骤：

技术总结本发明公开了一种用于区分野生稻和籼型栽培稻的SNP位点组合及其应用，包括在水稻全基因组上均匀分布的180个SNP位点。通过检测待测水稻中所述180个SNP位点基因型，如果待测水稻至少有60%的SNP位点的基因型与野生稻的基因型一致，则鉴定为野生稻，如果待测水稻至少有60%的SNP位点的基因型与籼型栽培稻的基因型一致，则鉴定为籼型栽培稻。利用本发明提供的180个SNP位点组合，可以快速将野生稻和籼型栽培稻进行区分，便于更充分地利用野生稻资源。技术研发人员：张翠翠,姚静,王升博,邱树青,周发松,周莹受保护的技术使用者：武汉双绿源创芯科技研究院有限公司技术研发日：技术公布日：2025/1/13