一种与鸡产蛋时间性状相关的SNP分子标记与应用

本发明涉及分子标记辅助选择技术及动物遗传育种，特别涉及一种与鸡产蛋时间性状相关的snp分子标记与应用。

背景技术：

1、鸡蛋的生产成本低，富含多种营养物质，作为人类最常见的廉价蛋白质来源之一。然而在蛋鸡生产中，产蛋率的异常波动与产蛋高峰持续时间不长的现象是当前突出的问题。因此如果针对鸡的产蛋稳定性进行选育，提高蛋鸡的耐逆性，将大幅提高鸡的产蛋性能。

2、研究表明，鸡的产蛋时间与该枚蛋卵黄的排卵时间间隔比较稳定，一般为23-25小时。而鸡的排卵时间受到上一枚蛋的产出、光照、激素水平、生理状态等的影响。其中激素水平主要是指促黄体生成素作为排卵的信号，其高浓度水平一般出现在排卵前4-8小时且需处于黑暗环境下，因此正常生理状态下的鸡排卵时间与产蛋时间均是在上午。有研究表明，产蛋时间与产蛋稳定性数、产蛋数均显著相关，即一只鸡的平均产蛋时间越早，其越接近于每天稳定产一个蛋的状态，且其后期产蛋数就越多。同时，产蛋时间可以在产蛋高峰期进行测量，可作为后期产蛋性能的早选关联性状之一，加快育种进展的速度。此外，产蛋时间的早晚不仅与产蛋性能密切相关，而且较早较且统一的产蛋时间也更方便养殖人员管理，增加养殖场效益。因此，提前产蛋时间可作为目前的蛋鸡育种工作的重点之一。

技术实现思路

1、鉴于以上研究背景，通过对多个产蛋母的产蛋高峰期内一段时间每一枚鸡蛋产出时间的统计，可获得单一个体的产蛋时间表型数据。再利用高通量测序与gwas(全基因组关联分析genome-wide association study)，可以快速、高效、准确的选择与鸡产蛋时间性状相关的snp。从而填补国际上对产蛋时间性状gwas研究的空白，对我国鸡育种事业有着重要的意义。本发明的首要目的在于提供一个用于选择鸡产蛋时间性状的snp分子标记。本发明基于高产蛋鸡专门化母本品系，运用全基因组关联分析的方法寻找与鸡产蛋时间性状相关的snp分子标记，以作为对鸡产蛋时间性状进行标记辅助选择的snp分子标记。

2、本发明的第二个目的在于提供上述鸡产蛋时间性状的snp分子标记在鸡遗传育种中应用。

3、为寻找上述目的中的snp，本发明采用的技术方案是：与鸡产蛋时间相关的snp分子标记，所述snp分子标记选自chr9_5817488，snp分子标记chr9_5817488含有鸡参考基因组gallus_gallus.grcg6a版本9号染色体上第5817488bp处多态性为c/a的氨基酸序列。

4、所述snp分子标记chr9_5817488所含多态性位点的基因型为cc基因型，表明具有提前的产蛋平均时间。

5、本发明还提供一种引物组，用于扩增所述与鸡产蛋时间相关的snp分子标记，所述引物组包括如seq id no.2所示的上游引物和如seq id no.3所示的下游引物。

6、上游引物primer-f：tgatctgcaaggtcttttcca(seq id no.01)，

7、下游引物primer-r：tcttgatgtggttggggttc(seq id no.02)。

8、一种试剂盒，包括所述引物组。

9、本发明还提供了一种对鸡产蛋时间性状相关分子标记的检测在鸡遗传育种中的应用，用于鉴别不同的产蛋时间的鸡只。

10、本发明还提供了一种选择产蛋时间早的鸡品系的方法，包括以下步骤：

11、(1)获得待测鸡个体的全基因组dna，并将其作为模板，采用如权利要求3所述的引物组或权利要求4所述的试剂盒进行pcr扩增，获得包含chr9：5817488位点的dna片段；

12、(2)鉴定所述dna片段在chr9：5817488位点的基因型，当经过sanger测序后，保留所述待测鸡个体的snp分子标记chr9_5817488所含多态性位点的基因型为cc的个体，以提高该位点的等位基因c的频率，从而使后代鸡的平均产蛋时间提前，进而提高其产蛋性能及其稳定性。淘汰所述待测鸡个体的snp分子标记chr9_5817488所含多态性位点的基因型为ca、aa的个体。

13、本文发明相对于现有技术具有以下优点和效果：本发明国际首次研究并确定影响鸡产蛋时间性状相关的分子标记，验证其对产蛋时间的影响效应，最终建立分子辅助育种技术，将其应用于鸡产蛋性能及其稳定性的遗传改良中。

技术特征：

1.一种与鸡产蛋时间相关的snp分子标记，其特征在于：所述snp分子标记选自chr9_5817488，snp分子标记chr9_5817488含有鸡参考基因组gallus_gallus.grcg6a版本9号染色体上第5817488bp处多态性为c/a的氨基酸序列。

2.根据权利要求1所述的snp分子标记，其特征在于，所述snp分子标记chr9_5817488所含多态性位点的基因型为cc基因型，表明具有提前的产蛋平均时间。

3.一种引物组，用于扩增权利要求1或2所述与鸡产蛋时间相关的snp分子标记，其特征在于，所述引物组包括如seq id no.01所示的上游引物和如seq id no.02所示的下游引物。

4.一种试剂盒，其特征在于，包括权利要求3所述引物组。

5.一种如权利要求1-2所述的snp分子标记、如权利要求3所述的引物组或权利要求4所述的试剂盒在鸡育种中的应用：鉴别不同产蛋时间的鸡只。

6.一种选择产蛋时间早的鸡品系的方法，其特征在于，包括以下步骤：

7.根据权利要求6所述的方法，其特征在于，在步骤(1)中，所述pcr扩增的反应体系为：40ul反应体系，包括dna模板4.0ul，双蒸水12ul，master mix20ul，上游引物2ul，下游引物2ul；

技术总结本发明公开了一种与鸡产蛋时间性状相关的SNP分子标记与应用，该方法利用产蛋时间数据，并对产蛋时间性状进行全基因组关联分析(GWAS)，发现在鸡参考基因组Gallus_gallus.GRCg6a版本9号染色体上的第5817488bp处有一个C>A的核苷酸单碱基突变，定位到PIK3CB基因内部，该突变显著影响鸡的产蛋时间。同时，公开了该分子标记的获得及应用。本发明还提供了一种影响鸡产蛋时间的分子标记基因分型检测方法，利用该方法可建立高效准确的分子标记辅助育种技术，将其应用于鸡产蛋稳定性的遗传改良中，从而提高鸡的产蛋性能及其耐逆性。技术研发人员：李竞一,盛哲雅,郭屹凡,陈宇琦,陈艳,王兵辉,郭焕杰受保护的技术使用者：华中农业大学技术研发日：技术公布日：2025/1/13