一种卵形鲳鲹与海豚链球菌病抗性性状关联SNP位点及应用

本发明属于分子生物育种，具体公开了一种卵形鲳鲹与海豚链球菌病抗性性状关联snp位点及应用。

背景技术：

1、卵形鲳鲹(trachinotus ovatus)俗名金鲳鱼，属于鲈形目(perciformes)，鲹科(carangidae)，鲳鲹属，因其生长速度快、肌间刺少、肉质鲜美现已成为我国南方沿海地区经济养殖鱼种之一。但随着养殖规模的不断扩大、养殖密度的不断提高以及近海养殖环境衰退等诸多因素等原因，致使卵形鲳鲹养殖的病害频发，尤以细菌病为重，细菌性病害中又以链球菌为甚，如海豚链球菌等。海豚链球菌使卵形鲳鲹的死亡率高达30％至50％，造成经济损失有的年份超过1.5亿美元，给卵形鲳鲹产业带来严重危害。目前对于链球菌病的治疗主要是使用抗菌药物，而抗菌药物的长期使用和滥用，使得链球菌对很多药物产生耐药性。而链球菌疫苗的研究又多数仍处于试验阶段，并且疫苗导致养殖成本的增加及推广应用困难等原因使疫苗的应用前景还有待商榷。解决链球菌感染的问题最根本策略就是培育抗链球菌的抗病新品系或新品种，这是抗病的最行之有效的办法。但国内外有关卵形鲳鲹抗链球菌抗病育种还鲜有研究。

2、传统的育种方式存在周期长，效率较低等缺点，分子育种技术可以从分子层面对生物进行定向育种，大大缩短了育种周期。全基因组关联分析(genome-wide associationstudy，gwas)是近年来新兴的一种育种方法，主要是鉴别表型与基因型之间的关联。gwas是以群体水平上的连锁不平衡(linkage disequilibrium,ld)为基础，通过检测多个个体全基因组范围内的snps，选用合适的模型统计每个遗传标记与目标性状之间的关联情况(用p值表示)，根据p值大小筛选与目标性状密切相关的分子标记并鉴定影响性状的snps及相关关键基因。

技术实现思路

1、针对目前存在的技术上的问题，本发明提供了一种卵形鲳鲹与海豚链球菌病抗性性状关联snp位点及应用。本发明是通过全基因组关联分析在全基因组范围内对卵形鲳鲹与海豚链球菌抗性相关snp进行挖掘，运用这种大规模筛选并结合多群体验证的模式，开发链球菌抗性的snp并应用到抗链球菌新品系或新品种的选育。

2、本发明是通过如下技术方案来实现的：

3、本发明的技术方案之一在于提供一种卵形鲳鲹与海豚链球菌病抗性性状关联snp位点，所述的snp其位于7号染色体上14078454位，多态性位c/t，具有抗病性的位点基因型为cc。

4、本发明的技术方案之二在于提供所述snp位点在鉴别抗海豚链球菌病卵形鲳鲹中的应用。所述的应用方法为提取待鉴别卵形鲳鲹的dna，通过测序选择在所述snp位点为cc基因型的个体。

5、本发明的技术方案之三在于提供所述snp位点在选育抗海豚链球菌病的卵形鲳鲹新品种中的应用，所述的应用方法为筛选所述snp位点为cc的基因型作为选育亲本。

6、本发明的技术方案之四在于提供卵形鲳鲹与海豚链球菌抗性性状关联snp位点所在基因的应用，所述的应用为用于鉴别具有海豚链球菌抗性的卵形鲳鲹，所述的应用方法为提取待鉴别卵形鲳鲹的dna，通过测序选择在所述snp位点为cc基因型的个体。

7、本发明的技术方案之五在于提供卵形鲳鲹与海豚链球菌抗性性状关联snp位点所在的基因的应用，所述的应用为用于选育抗海豚链球菌病卵形鲳鲹新品种，所述的应用方法为筛选所述snp位点为cc的基因型个体作为选育亲本，用于繁殖下一代。

8、本发明与现有技术相比的有益效果：

9、本发明提供卵形鲳鲹与海豚链球菌抗性性状相关的全基因组关联分析方法，在建立的易感群体和抗性群体的卵形鲳鲹作为全基因组关联分析的实验对象，进行抗性性状的划分；采取鳍用于提取基因组dna进行重测序进行卵形鲳鲹与海豚链球菌抗性性状的全基因组关联分析，筛选到与海豚链球菌抗性性状相关的一个snp位点，为今后优质卵形鲳鲹抗病新品种(系)选育提供了科学的方法和理论支持。

技术特征：

1.一种卵形鲳鲹与海豚链球菌病抗性性状关联的snp位点，其特征在于，所述的snp位点位于7号染色体上14078454位，多态性位c/t，具有抗病性的位点基因型为cc。

2.权利要求1所述snp位点在鉴别抗海豚链球菌卵形鲳鲹中的应用，其特征在于，所述的应用方法为提取待鉴别卵形鲳鲹的dna，通过测序选择在所述snp位点为cc基因型的个体。

3.权利要求1所述snp位点在选育抗海豚链球菌的卵形鲳鲹新品种中的应用，其特征在于，所述的应用方法为筛选所述snp位点为cc的基因型作为选育亲本。

4.卵形鲳鲹与海豚链球菌抗性性状关联snp位点所在基因的应用，其特征在于，所述snp位点如权利要求1所示，所述的应用为用于鉴别具有海豚链球菌病抗性的卵形鲳鲹，所述的应用方法为提取待鉴别卵形鲳鲹的dna，通过测序选择在所述snp位点为cc基因型的个体。

5.卵形鲳鲹与海豚链球菌抗性性状关联snp位点所在的基因的应用，其特征在于，所述的应用为用于选育抗海豚链球菌病卵形鲳鲹新品种，所述的应用方法为筛选所述snp位点为cc基因型的个体作为选育亲本，用于繁殖下一代。

技术总结本发明涉及一种卵形鲳鲹与海豚链球菌病抗性性状关联SNP位点及应用，属于分子生物育种技术领域，所述的SNP位点位于7号染色体上14078454位，多态性位C/T，具有抗病性的位点基因型为CC。本发明还提供所述SNP位点在鉴别抗海豚链球菌卵形鲳鲹中的应用，所述的应用方法为提取待鉴别卵形鲳鲹的DNA，通过测序选择在所述SNP位点为CC基因型的个体。筛选所述SNP位点为CC的基因型作为选育亲本。用于培育抗海豚链球菌的卵形鲳鲹新品种。技术研发人员：齐洁,王翔远,王茁宇,孙敏敏,贺艳受保护的技术使用者：中国海洋大学三亚海洋研究院技术研发日：技术公布日：2024/6/18