一种与西瓜品种相关的SNP标记及其应用的制作方法

本发明涉及生物，具体而言，涉及一种与西瓜品种相关的snp标记及其应用。

背景技术：

1、西瓜(citrullus lanatus)是葫芦科的一员，种植广泛，深受全球消费者的欢迎，而中国是世界上西瓜产量最多的国家。影响消费者选择西瓜的重要农艺性状包括果实形状和大小、果皮颜色和图案、糖含量和果肉颜色等。品种鉴定是保护品种的有效手段，使用最少数量的稳定snp可以降低鉴定成本，节省时间。特异性、一致性和稳定性是品种鉴定的关键。核心snps在西瓜品种鉴定中具有优选性，为西瓜品种及种子纯度鉴定提供了简便、快捷、高效的方法，该方法在中国种子市场的应用将有助于减少假冒西瓜品种。

2、然而，基于snp分子标记的中国西瓜品种的遗传关系和谱系分析研究较少。许多snps由于区分能力低、稳定性差、基因分型成功率低，不适合进行品种鉴定。因此，选择适宜的snp对于品种鉴定至关重要。

技术实现思路

1、本发明的目的在于提供一种用于西瓜品种鉴定的snp标记。

2、为达成上述目的，本发明第一方面提供一种与西瓜品种相关的snp标记，所述snp标记是jw-1，位于西瓜参考基因组(97103，v2)第10号染色体的33177620处，所述snp标记的多态性为a或c，所述snp的基因型为aa、cc或ac，所述jw-1的kasp引物组如seq id no.1～seq id no.3所示：

3、seq id no.1：jw-1-fam:5’-gaaggtgaccaagttcatgctcattgatcagagaagatggaagt-3’；

4、seq id no.2：jw-1-hex:5’-gaaggtcggagtcaacggattcattgatcagagaagatggaagg-3’；

5、seq id no.3：jw-1-common:5’-gcggagagattggaatcag-3’。

6、snp(single nucleotide polymorphisms，单核苷酸多态性)分子标记是鉴定品种和研究其遗传关系的有效方法，随着snp分子标记在育种工作中的应用，kasp(kompetitiveallele-specific pcr，竞争性等位基因特异性pcr)技术因其低成本、高通量、高准确性等优势，在作物指纹图谱构建及种子纯度检测等方面具有很高的应用价值。本发明所提供的snp标记与“解味1号”、“10w-28”和“萌w-18021-s-5-4-6-4-s-s”三个西瓜品种相关，其中，“解味1号”为母本“10w-28”和父本“萌w-18021-s-5-4-6-4-s-s”经杂交产生的f1。

7、作为优选，所述snp标记jw-1在母本中的碱基为a，所述snp标记jw-1在父本中的碱基为c。

8、进一步地，本发明第二方面提供一种前述snp标记的应用，所述应用包括以下任意一个或多个方面：

9、a：鉴定或辅助鉴定西瓜品种；

10、b：制备鉴定或辅助鉴定西瓜品种的产品；

11、c：选育或辅助选育西瓜品种；

12、d：制备选育或辅助选育西瓜品种的产品；

13、e：西瓜育种；

14、f：制备西瓜育种的产品。

15、进一步地，本发明第三方面提供一种鉴定或辅助鉴定西瓜品种的方法，所述方法包括以下步骤：

16、s1：检测待测西瓜基因组(97103，v2)第10号染色体的33177620处的基因；

17、s2：若西瓜植株基因型为ac，则西瓜品种为“解味1号”；若西瓜植株基因型为aa，则西瓜品种为“10w-28”；若西瓜植株基因型为cc，则西瓜品种为“萌w-18021-s-5-4-6-4-s-s”。

18、作为优选，所述步骤s1包括以下步骤：用seq id no.1～seq id no.3所示的引物组对待检测西瓜植株进行kasp检测，并利用荧光信号检测仪读取pcr扩增产物的荧光信号。

19、作为优选，所述步骤s2包括以下步骤：若在pcr扩增产物中仅检测到fam信号，则西瓜品种为“10w-28”；若仅检测到hex信号，则西瓜品种为“萌w-18021-s-5-4-6-4-s-s”；若同时检测到fam信号和hex信号，则西瓜品种为“解味1号”。

20、进一步地，本发明第四方面提供一种西瓜品种的选育方法，所述西瓜品种的选育方法包括以下步骤：

21、sa：检测待测西瓜基因组(97103，v2)第10号染色体的33177620处的基因；

22、sb：若西瓜植株基因型为ac，则西瓜品种为“解味1号”；若西瓜植株基因型为aa，则西瓜品种为“10w-28”；若西瓜植株基因型为cc，则西瓜品种为“萌w-18021-s-5-4-6-4-s-s”。

23、作为优选，所述步骤sa包括以下步骤：用seq id no.1～seq id no.3所示的引物组对待检测西瓜植株进行kasp检测，并利用荧光信号检测仪读取pcr扩增产物的荧光信号。

24、作为优选，所述步骤sb包括以下步骤：若在pcr扩增产物中仅检测到fam信号，则西瓜品种为“10w-28”；若仅检测到hex信号，则西瓜品种为“萌w-18021-s-5-4-6-4-s-s”；若同时检测到fam信号和hex信号，则西瓜品种为“解味1号”。

25、本发明第五方面提供一种试剂盒，所述试剂盒包括seq id no.1～seq id no.3所示的引物组，所述试剂盒用于以下任意一个或多个方面：

26、a：鉴定或辅助鉴定西瓜品种；

27、b：制备鉴定或辅助鉴定西瓜品种的产品；

28、c：选育或辅助选育西瓜品种；

29、d：制备选育或辅助选育西瓜品种的产品；

30、e：西瓜育种；

31、f：制备西瓜育种的产品。

32、本发明具备的有益效果：本发明提供了一种与西瓜品种相关的snp标记，并将该snp标记用于西瓜的品种鉴定、选育、育种及相关产品的制备。目前，基于snp分子标记的中国西瓜品种的遗传关系和谱系分析研究较少，许多snps由于区分能力低、稳定性差、基因分型成功率低，不适合进行品种鉴定。本发明提供的snp标记稳定性好，可以降低鉴定成本，节省时间，为西瓜品种及种子纯度鉴定提供了简便、快捷、高效的方法。

技术特征：

1.一种与西瓜品种相关的snp标记，其特征在于，所述西瓜品种选自“解味1号”、“10w-28”和“萌w-18021-s-5-4-6-4-s-s”中的任意一种或多种，所述snp标记是jw-1，位于西瓜参考基因组(97103，v2)第10号染色体的33177620处，所述snp标记的多态性为a或c，所述snp的基因型为aa、cc或ac，所述jw-1的kasp引物组如seq id no.1～seq id no.3所示：

2.如权利要求1所述的snp标记，其特征在于，所述snp标记jw-1在母本中的碱基为a，所述snp标记jw-1在父本中的碱基为c。

3.一种权利要求1或2任一所述snp标记的应用，其特征在于，所述应用包括以下任意一个或多个方面：

4.一种鉴定或辅助鉴定西瓜品种的方法，其特征在于，所述方法包括以下步骤：

5.如权利要求4所述的方法，其特征在于，所述步骤s1包括以下步骤：用seq id no.1～seq id no.3所示的引物组对待检测西瓜植株进行kas p检测，并利用荧光信号检测仪读取pcr扩增产物。

6.如权利要求4所述的方法，其特征在于，所述步骤s2包括以下步骤：若在pcr扩增产物中仅检测到fam信号，则西瓜品种为“10w-28”；若仅检测到hex信号，则西瓜品种为“萌w-18021-s-5-4-6-4-s-s”；若同时检测到fam信号和hex信号，则西瓜品种为“解味1号”。

7.一种西瓜品种的选育方法，其特征在于，所述西瓜品种的选育方法包括以下步骤：

8.如权利要求7所述的选育方法，其特征在于，所述步骤sa包括以下步骤：用seq idno.1～seq id no.3所示的引物组对待检测西瓜植株进行kasp检测，并利用荧光信号检测仪读取pcr扩增产物的荧光信号。

9.如权利要求7所述的选育方法，其特征在于，所述步骤sb包括以下步骤：若在pcr扩增产物中仅检测到fam信号，则西瓜品种为“10w-28”；若仅检测到hex信号，则西瓜品种为“萌w-18021-s-5-4-6-4-s-s”；若同时检测到fam信号和hex信号，则西瓜品种为“解味1号”。

10.一种试剂盒，其特征在于，所述试剂盒包括seq id no.1～seq idno.3所示的引物组，所述试剂盒用于以下任意一个或多个方面：

技术总结本发明公开了一种与西瓜品种相关的SNP标记及其应用，属于生物技术领域，本发明提供的SNP标记是JW‑1，位于西瓜参考基因组(97103，V2)第10号染色体的33177620处，所述SNP标记的多态性为A或C，所述SNP的基因型为AA、CC或AC，所述JW‑1的KASP引物组如SEQ IDNo.1～SEQ ID No.3所示。本发明提供的SNP标记可精准分型“萌W‑18021‑S‑5‑4‑6‑4‑S‑S”、“10W‑28”和“解味1号”三个西瓜品种，具有准确度高、鉴定成本低、鉴定快捷、简便、高效的优点。技术研发人员：吴新胜,方小雪,张铖锋,余芳洁,韦银兰受保护的技术使用者：宁波微萌种业有限公司技术研发日：技术公布日：2024/6/18