一种用于检测猪肉质性状LDHA基因的SNP分子标记及应用

本发明属于生物，具体涉及一种用于检测猪肉质性状ldha基因的snp分子标记及应用。

背景技术：

1、随着人民生活水平提高，人们对肉类的需求增多的同时对肉类品质要求也越来越高。猪肉品质是包含多个指标，imf、肉色亮度值、肉色红度值、肉色黄度值、ph值、嫩度、剪切力、失水率的复杂性状。肉质的影响因素众多，主要有遗传因素和非遗传因素。肉质性状大都属于数量性状，由微效多基因控制。由于肉质性状只能在动物屠宰之后才能测定，常规的选育是通过同胞和半同胞屠宰测定进行，这加大了屠宰测定成本，并且遗传进展缓慢。随着分子生物学技术的发展和动物基因组图谱的绘制，使得育种工作者能够在dna水平上寻找影响肉质的功能基因或者寻找与功能基因紧密连锁的分子标记。利用分子标记辅助选择(marker-assisted selection，mas)控制肉质性状，能够节省选育成本，加快遗传进展，获得更大的经济效益，对猪育种具有重要意义。

2、乳酸脱氢酶(lactate dehydrogenase，ldh)是生物体内参与无氧氧化和糖异生过程的重要酶。在高等脊椎动物中，乳酸脱氢酶(ldh)具有3种亚基(ldha，ldhb，ldhc)构成的四聚体。ldha编码m亚基，主要在骨骼肌中大量表达，当骨骼肌处于缺氧状态时，糖酵解作用开始，ldha催化丙酮酸生成乳酸，伴随有还原态烟酰胺腺嘌呤二核苷酸(nicotinamideadenine dinucleotide reduced，nadh)转变成烟酰胺腺嘌呤二核苷酸(nicotinamideadenine dinucleotide，nad+)，并释放能量，ldha调控乳酸的形成，并调节肌肉细胞中乳酸的动态平衡。ldha表达的蛋白含332个氨基酸。ldha在肿瘤代谢中起重要作用。发现乳酸脱氢酶a(ldha)、细胞内乳酸和组蛋白乳酸化水平在成骨分化过程中都逐渐增加，ldha的敲低降低了junb启动子上的组蛋白乳酸化标记富集，ldha在成骨细胞分化过程中起重要作用。manoj等发现ldha与nadh结合，通过稳定软骨细胞中关键的促炎介质iκb-ζ来促进活性氧(reactive oxygen species，ros)诱导分解代谢变化，是治疗慢性关节病骨关节炎的潜在靶点。ldha基因在猪背最长肌中高表达，参与能量代谢。但是，目前关于猪ldha基因与肉质关系相关研究很少。

3、snp标记作为当前应用十分广泛的分子标记，相比ssr分子标记技术，issr分子标记技术等多态性标记，具备较高的遗传稳定性；同时因其适用的检测方法多样性，包括taqman法、质谱法、芯片法、测序法等，可适用于迅速、大规模的筛查，随着测序技术的进步测序成本的不断降低，越来越多的物种的snp标记被挖掘应用。因此开发一种检测猪肉质性状ldha基因分子标记，为进一步阐明猪肉质的分子机理，改善猪肉品质提供理论依据，指导猪的育种实践，具有重要意义。

技术实现思路

1、本发明旨在至少解决上述现有技术中存在的技术问题之一。为此，本发明提一种用于检测猪肉质性状ldha基因的snp分子标记。

2、本发明还提出用于检测上述snp分子标记的引物组。

3、本发明还提出一种试剂盒。

4、本发明还提出一种基因芯片。

5、本发明还提出上述分子标记、引物组、试剂盒和/或基因芯片的应用。

6、本发明还提出上述分子标记的检测方法。

7、本发明还提出一种选育肉色红度值高的猪品系的方法。

8、本发明还提出一种选育肉色黄度值高的猪品系的方法。

9、本发明还提出一种选育高imf含量的猪品系的方法。

10、根据本发明的第一方面，提出了一种用于检测猪肉质性状ldha基因的snp分子标记，所述snp分子标记位于如seq id no:1所示的核苷酸序列的1001bp处，多态性为c/t。

11、在本发明的一些实施方式中，所述猪的品种包括宁乡猪。

12、根据本发明的第二方面，提出了用于扩增上述snp分子标记的引物组，所述引物组包括特异性引物和通用引物，其中，所述特异性引物序列包括primer x和primer y。本发明提供的用于扩增上述snp分子标记的kasp引物对，该引物对特异性强、准确性高，能精准获得含有本发明snp分子标记位点的序列，可应用于宁乡猪肉品质的育种。

13、在本发明的一些实施方式中，所述特异性引物的序列如seq id no:4、seq id no:5所示。

14、根据本发明的一些实施方式，所述引物组还包括核苷酸序列如seq id no:6所示的通用引物序列。

15、在本发明的一些实施方式中，所述特异性引物分别连接fam和hex荧光接头序列。

16、根据本发明的第三方面，提出了一种试剂盒，所述试剂盒包括上述引物组。

17、根据本发明的第四方面，提出了一种基因芯片，所述基因芯片包括上述引物组。

18、根据本发明的第五方面，提出了上述snp分子标记、引物组、试剂盒和/或基因芯片的应用，所述应用为以下任一种：

19、(1)在检测ldha基因中的应用；

20、(2)在ldha基因的基因型鉴定中的应用；

21、(3)在制备鉴定及筛选不同肉色的猪品系的产品中的应用；

22、(4)在制备筛选肉色红度值高的猪品系的产品中的应用；

23、(5)在制备筛选肉色黄度值高的猪品系的产品中的应用；

24、(6)在制备筛选imf含量高的猪品系的产品中的应用；

25、(7)在猪分子标记辅助育种中的应用；

26、(8)在猪育种中的应用；

27、(9)在制备猪育种的产品中的应用。

28、在本发明的一些实施方式中，所述猪的品种包括宁乡猪。

29、根据本发明的第六方面，提出了利用上述snp分子标记检测猪肉质性状ldha基因的方法，所述方法包括以下步骤：

30、s1、提取待测猪基因组dna；

31、s2、对步骤s1中提取的基因组dna进行所述snp分子标记的多态性检测，根据检测结果判断待测猪的猪肉质性状。

32、在本发明的一些实施方式中，如果只检测到primer x对应的荧光信号，则检测位点碱基为c，该测试材料中猪肉肌肉肉色黄度高；如果只检测到primer y对应的荧光信号，则检测位点碱基为t，该测试材料中猪肉肌肉肉色红度高，肌内脂肪imf含量高；如果同时检测到primer x与primer y对应的荧光信号，则检测位点碱基为c:t，该测试材料为杂合基因型，猪肉肌肉肉色黄度高。

33、在本发明的一些实施方式中，步骤s1中，提取待测猪基因组dna采用磁珠法。

34、在本发明的一些实施方式中，步骤s2中，用kasp(竞争性等位基因特异性pcr)技术对snp分子标记进行检测。

35、根据本发明的第七方面，提出了一种选育肉色红度值高的猪品系的方法，所述方法包括以下步骤：利用上述snp分子标记检测猪肉质性状ldha基因的方法，选择snp分子标记的基因型为tt的猪进行后续育种。

36、在本发明的一些实施方式中，所述猪的品种包括宁乡猪。

37、根据本发明的第八方面，提出了一种选育肉色黄度值高的猪品系的方法，所述方法包括以下步骤：利用上述snp分子标记检测猪肉质性状ldha基因的方法，选择snp分子标记的基因型为cc或ct的猪进行后续育种。

38、在本发明的一些实施方式中，所述猪的品种包括宁乡猪。

39、根据本发明的第九方面，提出了一种选育高imf含量的猪品系的方法，所述方法包括以下步骤：利用上述snp分子标记检测猪肉质性状ldha基因的方法，选择snp分子标记的基因型为tt的猪进行后续育种。

40、在本发明的一些实施方式中，所述猪的品种包括宁乡猪。

41、根据本发明的一些实施方式，至少具有如下有益效果：本发明提供的用于检测猪肉质性状ldha基因的snp分子标记，具有共显性遗传，结合kasp检测技术，设计的引物对可适用于高通量snp分型平台、高通量kasp检测平台等多个平台，可应用于大规模的群体选育及分析。利用该分子标记对宁乡猪育种提供指导，可精准高效的预测ldha基因，鉴定筛选肌内脂肪含量(imf)高、肉质优良的猪种，提高育种效率。

42、本发明的附加方面和优点将在下面的描述中部分给出，部分将从下面的描述中变得明显，或通过本发明的实践了解到。