一种番茄果实长度紧密连锁的KASP分子标记及其应用

本发明涉及分子标记，尤其涉及一种番茄果实长度紧密连锁的kasp分子标记及其应用。

背景技术：

1、番茄果实长度是番茄的重要外观品质性状，与植株产量、果型指数等有着一定的相关性，是影响消费的重要因素。番茄果实长度变异类型丰富，受到复杂的数量性状遗传控制。传统育种对果实长度的选育耗时费力，且因其结果受环境影响较大，准确性往往不高。随着测序技术的发展，番茄基因组测序的完成，高质量的番茄基因组为番茄重要性状的遗传定位和基因挖掘奠定了良好的基础。

2、全基因组关联分析(genome wideassociation study，gwas)是基于群体基因组内存在的连锁不平衡，从对复杂性状进行功能定位的正向遗传学分析策略，该方法通过检测基因组中数百或上千万的遗传变异，以找出那些与特定表型显著关联的变异位点。gwas已经为各类表型鉴定出了无数强有力的关联，随着样本量的增加和研究的深入，相关的遗传变异数量仍在不断增长。利用gwas挖掘目标性状相关位点后结合分子标记辅助育种工作进行选育，已成为提高育种者选育品种效率，降低育种成本，促进相关产业发展的有效手段。

3、分子标记已从rflp、rapd、ssr等发展到了snp标记，作为第三代分子标记技术的snp，具有覆盖整个基因组、密度高、稳定性好等优点，适用于高通量检测。竞争性等位变异特异性pcr(kompetitiveallele specific pcr，kasp)是一种基于snp的新型基因分型技术，可从基因组水平对snp和插入缺失多态性(indel)进行精准分型，因其具有灵活、便宜、准确等特点，成为目前开展高通量基因分析的主流标记。

4、现有技术中尚未见针对番茄果实长度的kasp分子标记的报道。

技术实现思路

1、本发明的目的在于提供一组与番茄果实长度紧密连锁的kasp引物组，可用于对番茄材料进行果长相关的基因分型检测，提高育种效率。

2、为了实现上述发明目的，本发明提供以下技术方案：

3、本发明提供了一种番茄果实长度紧密连锁的kasp分子标记，所述kasp分子标记位于番茄基因组第4号染色体的第3076333位，该位点的核苷酸碱基为a或c。

4、优选的，所述kasp分子标记的核苷酸序列如seq id no：1所示。

5、本发明还提供了一种用于检测所述分子标记的引物对，所述引物对包括slfl-3076333-f1、slfl-3076333-f2和slfl-3076333-r；所述引物对的核苷酸序列如seq id no：2～4所示。

6、优选的，所述slfl-3076333-f1的5’端连接有fam基团的荧光标签序列；所述slfl-3076333-f2的5’端连接有hex基团的荧光标签序列。

7、本发明还提供了所述分子标记或所述引物对在番茄果长检测中的应用。

8、优选的，所述检测的方法，包括如下步骤：

9、(1)提取番茄样本基因组dna；

10、(2)利用所述引物对对步骤(1)所述基因组dna进行扩增，并进行pcr荧光检测，若产生fam基团荧光信号，则即可判断该样本携带基因型aa；若产生hex基团荧光信号，则即可判断该样本携带基因型cc。

11、优选的，步骤(2)所述扩增的体系为：dna0.8μl，2×kasp mastermix0.75μl、kaspassay mix 0.05μl。

12、优选的，所述kasp master mix包括：所述slfl-3076333-f1、slfl-3076333-f2、slfl-3076333-r和ddh2o，质量比为10～14:10～14:25～35:44～48。

13、优选的，步骤(2)所述扩增的程序为：第一步：94℃，15min；第二步：94℃，20s，61～55℃，60s，每个循环降低0.6℃，共10个循环；第三步：94℃，20s，55℃，60s，共26个循环。

14、本发明还提供了所述分子标记或所述引物对在番茄辅助育种中的应用。

15、与现有技术相比，本发明提供了一个与番茄果实长度基因紧密连锁的snp位点slfl4_3154269，进一步开发了相关的kasp分子标记和kasp引物，在220份番茄群体中获得了高度一致且界限清晰的群体分型效果，分型效率为100％，为番茄果实长度性状的遗传改良提供快速、可靠的检测手段。

16、此外，本发明所述kasp分子标记用于番茄果实长度的分型，将不同基因型的番茄材料明显分开，aa基因型材料的果实长度极显著大于cc基因型材料，根据其基因型判断样本果实长度的等位变异，在番茄苗期即可实现对番茄果实长度的辅助选育，显著提高番茄品种选育改良效率。

技术特征：

1.一种番茄果实长度紧密连锁的kasp分子标记，其特征在于，所述kasp分子标记位于番茄基因组第4号染色体的第3076333位，该位点的核苷酸碱基为a或c。

2.根据权利要求1所述的分子标记，其特征在于，所述kasp分子标记的核苷酸序列如seq id no：1所示。

3.一种用于检测权利要求1或2所述分子标记的引物对，其特征在于，所述引物对包括slfl-3076333-f1、slfl-3076333-f2和slfl-3076333-r；所述引物对的核苷酸序列如seqid no：2～4所示。

4.根据权利要求3所述的引物对，其特征在于，所述slfl-3076333-f1的5’端连接有fam基团的荧光标签序列；所述slfl-3076333-f2的5’端连接有hex基团的荧光标签序列。

5.权利要求1或2所述分子标记或权利要求3或4所述引物对在番茄果实长度检测中的应用。

6.根据权利要求5所述的应用，其特征在于，所述检测的方法，包括如下步骤：

7.根据权利要求6所述的应用，其特征在于，步骤(2)所述扩增的体系为：dna 0.8μl，2×kasp mastermix 0.75μl、kaspassay mix 0.05μl。

8.根据权利要求7所述的应用，其特征在于，所述kasp master mix包括：所述slfl-3076333-f1、slfl-3076333-f2、slfl-3076333-r和ddh2o，质量比为10～14:10～14:25～35:44～48。

9.根据权利要求6所述的应用，其特征在于，步骤(2)所述扩增的程序为：第一步：94℃，15min；第二步：94℃，20s，61～55℃，60s，每个循环降低0.6℃，共10个循环；第三步：94℃，20s，55℃，60s，共26个循环。

10.权利要求1或2所述分子标记或权利要求3或4所述引物对在番茄辅助育种中的应用。

技术总结本发明涉及分子标记技术领域，尤其涉及一种番茄果实长度紧密连锁的KASP分子标记及其应用。一种番茄果实长度紧密连锁的KASP分子标记，所述KASP分子标记位于番茄基因组第4号染色体的第3076333位，该位点的核苷酸碱基为A或C。本发明基于KASP技术开发番茄果长SNP分子标记，获得具有高多态性、分型效果好、重复性好的SNP分子标记，在番茄苗期即可通过检测从而实现对番茄果实长度的筛选，显著提高番茄品种选育改良效率。技术研发人员：王荣青,刘晨旭,程远,万红建,姚祝平,阮美颖,叶青静,周国治,洪幼芝受保护的技术使用者：浙江省农业科学院技术研发日：技术公布日：2024/8/1