用于结直肠癌诊断及分型的生物标志物及筛选方法与流程

本发明属于生物医药领域，具体涉及用于结直肠癌诊断及分型的生物标志物及筛选方法。

背景技术：

1、结直肠癌(colorectalcancer，crc)患者占全球死亡人数的9.4％，年死亡人数近90万，为癌症患者死亡的第二大病因。

2、结直肠癌作为一种常见的消化道恶性肿瘤，在肿瘤早期症状体征不显著，导致其诊断效率低下。实现结直肠癌的早期诊断，做到早诊断、早干预对患者至关重要。因此，寻求一种能够诊断结直肠癌的新型生物标志物是本领域亟需解决的问题。

技术实现思路

1、为弥补现有技术的不足，本发明提供了用于结直肠癌诊断及分型的生物标志物及筛选方法。

2、为实现上述目的，本发明采用如下技术方案：

3、本发明的第一方面提供了一种结直肠癌诊断及分型的生物标志物的筛选方法，所述方法包括：

4、获取结直肠癌外泌体数据及结直肠癌组织数据；

5、获取外泌体来源靶向基因候选panel和组织来源靶向基因候选panel；

6、外泌体来源靶向基因候选panel和组织来源靶向基因候选panel取交集，得到候选基因enc1。

7、进一步，所述结直肠癌外泌体数据获取自bbcancer数据库和exorbase数据库。

8、进一步，所述结直肠癌组织数据获取自ncbi和sra。

9、进一步，所述bbcancer数据库包括lncrna、mirna、mrna差异表达数据。

10、进一步，所述lncrna、mirna、mrna差异表达数据的筛选标准为：

11、lncrna：adj-pvalue<0.01&fold change>2

12、mirna：adj-pvalue<0.05&fold change>1

13、mrna：adj-pvalue<0.01&fold change>2。

14、进一步，所述exorbase数据库包括lncrna、mrna基因tpm差异表达数据。

15、进一步，所述lncrna、mrna基因tpm差异表达数据的筛选标准为adj-pvalue<0.01&fold change>2。

16、进一步，所述方法还包括分别对bbcancer数据库和exorbase数据库得到的数据进行合并。

17、进一步，使用rbind函数进行合并。

18、进一步，使用intersect函数取外泌体来源靶向基因候选panel和组织来源靶向基因候选panel的交集。

19、进一步，所述分型包括正常组织、息肉组织、癌症tnmi1、癌症tnm2、癌症tnm3、癌症tnm4。

20、本发明的第二方面提供了一种结直肠癌诊断及分型的试剂盒，所述试剂盒包括检测enc1表达水平的试剂。

21、进一步，所述试剂包括特异性识别enc1的探针、特异性扩增enc1的引物或特异性结合enc1基因编码的蛋白的结合剂。

22、进一步，所述试剂盒还包括缓冲液、防腐剂。

23、进一步，所述试剂盒还包括说明书。

24、本发明的第三方面提供了检测enc1表达水平的试剂在制备用于结直肠癌诊断及分型的试剂盒中的应用。

25、本发明的第四方面提供了一种结直肠癌诊断及分型模型的构建方法，所述方法包括获取结直肠癌外泌体数据及结直肠癌组织数据；

26、获取外泌体来源靶向基因候选panel和组织来源靶向基因候选panel；

27、外泌体来源靶向基因候选panel和组织来源靶向基因候选panel取交集，得到候选基因enc1；

28、基于筛选得到的候选基因enc1，构建结直肠癌诊断及分型模型。

29、进一步，所述结直肠癌外泌体数据获取自bbcancer数据库和exorbase数据库。

30、进一步，所述结直肠癌组织数据获取自ncbi和sra。

31、进一步，所述bbcancer数据库选自lncrna、mirna、mrna差异表达数据。

32、进一步，所述exorbase数据库选自lncrna、mrna基因tpm差异表达数据。

33、进一步，所述方法还包括分别对bbcancer数据库和exorbase数据库得到的数据进行合并。

34、进一步，使用rbind函数进行合并。

35、进一步，使用intersect函数取外泌体来源靶向基因候选panel和组织来源靶向基因候选panel的交集。

36、进一步，所述分型包括正常组织、息肉组织、癌症tnmi1、癌症tnm2、癌症tnm3、癌症tnm4。

37、本发明的第五方面提供了一种结直肠癌诊断及分型的设备，所述设备包括：

38、存储器：用于存储程序指令；

39、处理器：用于调用程序指令，当程序指令被执行时，执行以下结直肠癌诊断及分型的方法步骤：

40、获取待测样本中enc1基因表达数据；

41、将所述基因表达数据输入结直肠癌诊断及分型模型中，获得待测样本的结直肠癌诊断及分型结果；

42、所述结直肠癌诊断及分型模型由本发明第四方面所述的构建方法构建而成。

43、进一步，所述分型包括正常组织、息肉组织、癌症tnmi1、癌症tnm2、癌症tnm3、癌症tnm4。

44、本发明的第六方面提供了一种结直肠癌诊断及分型的系统，所述系统包括：

45、获取单元：用于获取待测样本中的enc1基因表达数据；

46、处理单元：用于将所述基因表达数据输入结直肠癌诊断及分型模型中，获得待测样本的结直肠癌诊断及分型结果；

47、所述结直肠癌诊断及分型模型由本发明第四方面所述的构建方法构建而成。

48、进一步，所述分型包括正常组织、息肉组织、癌症tnmi1、癌症tnm2、癌症tnm3、癌症tnm4。

49、本发明的第七方面提供了一种计算机可读存储介质，其上存储有计算机程序，所述计算机程序被处理器执行时，实现本发明第四方面所述的构建方法。

50、本发明的优点和有益效果：

51、本发明提供的用于结直肠癌诊断及分型的生物标志物及筛选方法能够有效地筛选出诊断结直肠癌并且能够对结直肠癌分型的生物标志物，对于结直肠癌的早期诊断及分型具有重要意义，在临床上具有广阔的应用前景。

技术特征：

1.一种结直肠癌诊断及分型的生物标志物的筛选方法，其特征在于，所述方法包括：

2.根据权利要求1所述的筛选方法，其特征在于，所述结直肠癌外泌体数据获取自bbcancer数据库和exorbase数据库；

3.根据权利要求2所述的方法，其特征在于，所述方法还包括分别对bbcancer数据库和exorbase数据库得到的数据进行合并；

4.一种结直肠癌诊断及分型的试剂盒，其特征在于，所述试剂盒包括检测enc1表达水平的试剂；

5.检测enc1表达水平的试剂在制备用于结直肠癌诊断及分型的试剂盒中的应用。

6.一种结直肠癌诊断及分型模型的构建方法，其特征在于，所述方法包括获取结直肠癌外泌体数据及结直肠癌组织数据；

7.根据权利要求6所述的构建方法，其特征在于，所述结直肠癌外泌体数据获取自bbcancer数据库和exorbase数据库；

8.一种结直肠癌诊断及分型的设备，其特征在于，所述设备包括：

9.一种结直肠癌诊断及分型的系统，其特征在于，所述系统包括：

10.一种计算机可读存储介质，其上存储有计算机程序，其特征在于，所述计算机程序被处理器执行时，实现权利要求6或7所述的构建方法。

技术总结本发明公开了用于结直肠癌诊断及分型的生物标志物及筛选方法。本发明提供的用于结直肠癌诊断及分型的生物标志物及筛选方法能够有效地筛选出诊断结直肠癌并且能够对结直肠癌分型的生物标志物，对于结直肠癌的早期诊断及分型具有重要意义，在临床上具有广阔的应用前景。技术研发人员：宋宏涛,李雨晨受保护的技术使用者：青岛可立生物医药有限公司技术研发日：技术公布日：2024/8/20