一种与猪腹泻病毒抗性相关的SNP标记及应用

本发明涉及一种与猪腹泻病毒抗性相关的snp标记及应用，属于动物遗传育种及基因工程。

背景技术：

1、猪病毒性腹泻是以猪只呕吐、腹泻和哺乳仔猪高死亡率为主要特征的高度接触性传染病，是养猪业常见的重大疾病问题之一，给养猪业造成了巨大的经济损失。猪传染性肠胃炎病毒(transmissible gastroenteritisvirus,tgev)和猪δ冠状病毒(pporcinedeltacoronavirus,pdcov)是引起猪病毒性腹泻的常见病原，筛选鉴定其抗性相关基因和分子标记对于深入认识其致病机理以及制定新型防控策略具有重要作用。

2、氨肽酶n(aminopeptidase，apn)可从蛋白质和多肽中释放n端的酸性和中性氨基酸。研究表明，apn蛋白是tgev和pdcov入侵宿主细胞的重要细胞受体，并且两种病毒的感染量呈apn表达水平依赖性。因此，影响apn表达水平的snp(single nucleotidepolymorphism)变异在病毒防控中具有良好的应用前景。单碱基编辑技术是一种以crispr/cas9技术为基础衍生出来的能够对基因组进行精确定点编辑的一项新技术，在dna复制或修复过程中实现c→t或g→a转换，因此是鉴定功能性snp的重要技术工具。目前，猪病毒性腹泻抗性相关分子标记十分缺乏，因此亟需通过单碱基编辑等新型生物技术筛选鉴定抗性相关snp位点，从而促进猪病毒性腹泻抗病育种进程。

技术实现思路

1、发明目的：本发明所要解决的技术问题是提供了一种与猪腹泻病毒抗性相关的snp标记及应用，为研究apn基因的表达调控机制提供理想的研究模型。

2、技术方案：为解决上述技术问题，本发明提供一种与猪腹泻病毒抗性相关的snp标记，所述snp标记在猪基因组上的位置为chr7:55365989，其碱基为c或t。

3、其中，所述snp标记包含的多态性位点的基因型为tt的个体猪腹泻病毒抗性显著低于cc基因型。

4、本发明还提供一种用于检测所述snp标记的sgrna引物对，其核苷酸序列如seq idno.1-2所示。

5、本发明还提供一种含有所述引物对的检测试剂或试剂盒。

6、其中，所述试剂盒还包括模板dna、所述引物对或taq plus master mix。

7、本发明还提供一种鉴定或选育具有高猪腹泻病毒抗性的猪的方法，包括以下步骤：

8、(1)提取待测猪的基因组dna；

9、(2)以待测猪的基因组dna为模板，利用seq id no.1-2所示的引物对进行pcr扩增反应；

10、(3)分析pcr扩增产物；当pcr扩增产物中含有所述snp标记时，待测猪为猪腹泻病毒抗性低的猪；当pcr扩增产物中不含有所述snp标记时，待测猪为猪腹泻病毒抗性高的猪。

11、其中，步骤(2)中所述pcr扩增反应的体系包括模板dna、所述引物对或taq plusmaster mix。

12、其中，步骤(2)中所述pcr扩增反应的程序为：95℃预变性5min；94℃变性30s，55℃退火40s，72℃延伸45s，共36个循环；72℃延伸8min。

13、其中，步骤(3)包括检测pcr扩增产物第490bp处的基因型，基因型为tt的个体对猪腹泻病毒抗性显著低于cc基因型。

14、本发明还提供所述snp标记、所述引物对或所述检测试剂或试剂盒的以下任一应用：

15、(1)用于具有高猪腹泻病毒抗性的猪的鉴定和改良；

16、(2)用于猪腹泻病毒抗性的早期预测；

17、(3)用于与猪腹泻病毒抗性相关的分子标记辅助育种。

18、有益效果：与现有技术相比，本发明具有如下显著优点：(1)所提供的sgrna序列可通过单碱基编辑器对猪基因组位置为chr7:55365989的序列实现精准c/t突变；(2)创制的cc和tt基因型细胞可为研究apn基因的表达调控机制提供理想的研究模型；(3)c/t突变可作为分子标记应用于猪病毒性腹泻抗病育种。

技术特征：

1.一种与猪腹泻病毒抗性相关的snp标记，其特征在于，所述snp标记在猪基因组上的位置为chr7:55365989，其碱基为c或t。

2.根据权利要求1所述的snp标记，其特征在于，所述snp标记包含的多态性位点的基因型为tt的个体猪腹泻病毒抗性显著低于cc基因型。

3.一种用于检测权利要求1或2所述snp标记的sgrna引物对，其特征在于，其核苷酸序列如seq id no.1-2所示。

4.一种含有权利要求3所述引物对的检测试剂或试剂盒。

5.根据权利要求4所述的试剂盒，其特征在于，所述试剂盒还包括模板dna、权利要求3所述引物对或taq plus master mix。

6.一种鉴定或选育具有猪腹泻病毒抗性的猪的方法，其特征在于，包括以下步骤：

7.根据权利要求6所述的方法，其特征在于，步骤(2)中所述pcr扩增反应的体系包括模板dna、所述引物对或taq plus master mix。

8.根据权利要求6所述的方法，其特征在于，步骤(2)中所述pcr扩增反应的程序为：95℃预变性5min；94℃变性30s，55℃退火40s，72℃延伸45s，共36个循环；72℃延伸8min。

9.根据权利要求6所述的方法，其特征在于，步骤(3)包括检测pcr扩增产物第490bp处的基因型，基因型为tt的个体对猪腹泻病毒的抗性显著低于cc基因型。

10.权利要求1或2所述snp标记、权利要求3所述引物对或权利要求4或5所述检测试剂或试剂盒的以下任一应用：

技术总结本发明公开了一种与猪腹泻病毒抗性相关的SNP标记及应用，所述SNP标记在猪基因组上的位置为Chr7:55365989，其碱基为C或T。本发明所提供的sgRNA序列可通过单碱基编辑器对猪基因组位置为Chr7:55365989的序列实现精准C/T突变；创制的CC和TT基因型细胞可为研究APN基因的表达调控机制提供理想的研究模型；C/T突变可作为分子标记应用于猪病毒性腹泻抗病育种。技术研发人员：王海飞,肖叶懿,包文斌,吴正常,方晓敏,殷宗俊,黄小国受保护的技术使用者：扬州大学技术研发日：技术公布日：2024/9/9