用于非侵入性产前测试的方法与流程

背景技术：

1、需要不仅能够鉴定非整倍性风险，而且还能够鉴定具有其他不良围产期结果(诸如早产、先兆子痫、小于胎龄、自发终止和非活产)高风险的妊娠的非侵入性产前测试方法。

技术实现思路

1、本公开的一方面涉及一种制备源自孕妇的第一血液样品或其级分的扩增dna制剂的方法，该制剂可用于鉴定具有早产、先兆子痫、小于胎龄、自发终止和/或非活产高风险的妊娠，该方法包括：(a)从第一血液样品或其级分中提取细胞游离dna，以获得包含母体细胞游离dna和胎儿细胞游离dna的第一提取物dna；(b)通过对第一提取dna进行靶向多重扩增以在单个反应体积中扩增200-20,000个snp基因座从而获得扩增dna来制备第一扩增dna制剂，其中200-20,000个snp基因座位于一个或多个所关注染色体上；以及(c)通过对扩增dna进行高通量测序以获得序列读段并使用序列读段确定一个或多个所关注染色体的倍性状态来分析第一扩增dna制剂；其中小于2.8％的胎儿分数和/或一个或多个所关注染色体的倍性状态的无判定指示具有早产、先兆子痫、小于胎龄、自发终止和/或非活产高风险的妊娠。

2、本公开的另一方面涉及一种用于制备扩增dna制剂的方法，该制剂可用于鉴定具有早产、先兆子痫、小于胎龄、自发终止和/或非活产高风险的妊娠，该方法包括：(a)从孕妇的第一血液样品或其级分中提取细胞游离dna，以获得包含母体细胞游离dna和胎儿细胞游离dna的第一提取物dna；(b)通过对第一提取dna进行靶向多重扩增以在单个反应体积中扩增200-20,000个snp基因座从而获得扩增dna来制备第一扩增dna制剂，其中200-20,000个snp基因座位于一个或多个所关注染色体上；(c)通过对扩增dna进行高通量测序以获得序列读段并使用序列读段确定一个或多个所关注染色体的倍性状态来分析第一扩增dna制剂；(d)从孕妇的纵向收集的第二血液样品或其级分中提取细胞游离dna，以获得包含母体细胞游离dna和胎儿细胞游离dna的第二提取dna；(e)通过对第二提取dna进行靶向多重扩增以在单个反应体积中扩增200-20,000个snp基因座从而获得扩增dna来制备第二扩增dna制剂，其中200-20,000个snp基因座位于一个或多个所关注染色体上；以及(f)通过对扩增dna进行高通量测序以获得序列读段并使用序列读段确定一个或多个所关注染色体的倍性状态来分析第二扩增dna制剂；其中针对第一血液样品和第二血液样品中的每一个，小于2.8％的胎儿分数和/或一个或多个所关注染色体的倍性状态的无判定指示具有早产、先兆子痫、小于胎龄、自发终止和/或非活产高风险的妊娠。

3、本公开的另一方面涉及一种用于制备扩增dna制剂的方法，该制剂可用于鉴定具有早产、先兆子痫、小于胎龄、自发终止和/或非活产高风险的妊娠，该方法包括：(a)从孕妇的第一血液样品或其级分中提取细胞游离dna，以获得包含母体细胞游离dna和胎儿细胞游离dna的第一提取物dna；(b)通过对第一提取dna进行靶向多重扩增以在单个反应体积中扩增200-20,000个snp基因座从而获得扩增dna来制备第一扩增dna制剂，其中200-20,000个snp基因座位于一个或多个所关注染色体上；(c)通过对扩增dna进行高通量测序以获得序列读段并使用序列读段确定一个或多个所关注染色体的倍性状态来分析第一扩增dna制剂；(d)从孕妇的纵向收集的第二血液样品或其级分中提取细胞游离dna，以获得包含母体细胞游离dna和胎儿细胞游离dna的第二提取dna；(e)通过对第二提取dna进行靶向多重扩增以在单个反应体积中扩增200-20,000个snp基因座从而获得扩增dna来制备第二扩增dna制剂，其中200-20,000个snp基因座位于一个或多个所关注染色体上；以及(f)通过对扩增dna进行高通量测序以获得序列读段并使用序列读段确定一个或多个所关注染色体的倍性状态来分析第二扩增dna制剂；其中针对第一血液样品和第二血液样品中的每一个，小于2.8％、或小于2.7％、或小于2.6％、或小于2.5％、或小于2.4％、或小于2.3％、或小于2.2％、或小于2.1％、或小于2.0％的胎儿分数指示具有早产、先兆子痫、小于胎龄、自发终止和/或非活产高风险的妊娠。在一些实施例中，使用序列读段来量化胎儿分数。在一些实施例中，使用基于甲基化的多重ddpcr来量化胎儿分数。在一些实施例中，使用片段长度和片段计数来量化胎儿分数。

4、本公开的进一步方面涉及一种用于制备扩增dna制剂的方法，该制剂可用于鉴定具有早产、先兆子痫、小于胎龄、自发终止和/或非活产高风险的妊娠，该方法包括：(a)从孕妇的第一血液样品或其级分中提取细胞游离dna，以获得包含母体细胞游离dna和胎儿细胞游离dna的第一提取物dna；(b)通过对第一提取dna进行靶向多重扩增以在单个反应体积中扩增200-20,000个snp基因座从而获得扩增dna来制备第一扩增dna制剂，其中200-20,000个snp基因座位于一个或多个所关注染色体上；(c)通过对扩增dna进行高通量测序以获得序列读段并使用序列读段确定一个或多个所关注染色体的倍性状态来分析第一扩增dna制剂；(d)从孕妇的纵向收集的第二血液样品或其级分中提取细胞游离dna，以获得包含母体细胞游离dna和胎儿细胞游离dna的第二提取dna；(e)通过对第二提取dna进行靶向多重扩增以在单个反应体积中扩增200-20,000个snp基因座从而获得扩增dna来制备第二扩增dna制剂，其中200-20,000个snp基因座位于一个或多个所关注染色体上；以及(f)通过对扩增dna进行高通量测序以获得序列读段并使用序列读段确定一个或多个所关注染色体的倍性状态来分析第二扩增dna制剂；其中针对第一血液样品和第二血液样品中的每一个，一个或多个所关注染色体的倍性状态的无判定指示具有早产、先兆子痫、小于胎龄、自发终止和/或非活产高风险的妊娠。

技术特征：

1.一种制备源自孕妇的第一血液样品或其级分的扩增dna制剂的方法，所述制剂可用于鉴定具有早产、先兆子痫、小于胎龄、自发终止和/或非活产高风险的妊娠，所述方法包括：

2.根据权利要求1所述的方法，其进一步包括。

3.根据权利要求2所述的方法，其进一步包括将针对所述第一血液样品和所述第二血液样品中的每一个具有所述一个或多个所关注染色体的倍性状态的无判定的孕妇鉴定为具有至少40％的37周前早产、先兆子痫和/或小于胎龄风险。

4.根据权利要求2所述的方法，其进一步包括将针对所述第一血液样品和所述第二血液样品中的每一个具有所述一个或多个所关注染色体的倍性状态的无判定的孕妇鉴定为具有至少50％的37周前早产、先兆子痫和/或小于胎龄风险。

5.根据权利要求2所述的方法，其进一步包括将针对所述第一血液样品和所述第二血液样品中的每一个具有所述一个或多个所关注染色体的倍性状态的无判定的孕妇鉴定为具有至少15％的先兆子痫风险。

6.根据权利要求2所述的方法，其进一步包括将针对所述第一血液样品和所述第二血液样品中的每一个具有所述一个或多个所关注染色体的倍性状态的无判定的孕妇鉴定为具有至少20％的28周前早产风险。

7.根据权利要求2所述的方法，其进一步包括将针对所述第一血液样品和所述第二血液样品中的每一个具有所述一个或多个所关注染色体的倍性状态的无判定的孕妇鉴定为具有至少25％的34周前早产风险。

8.根据权利要求2所述的方法，其进一步包括将针对所述第一血液样品和所述第二血液样品中的每一个具有所述一个或多个所关注染色体的倍性状态的无判定的孕妇鉴定为具有至少40％的37周前早产风险。

9.根据权利要求2所述的方法，其进一步包括将针对所述第一血液样品和所述第二血液样品中的每一个具有所述一个或多个所关注染色体的倍性状态的无判定的孕妇鉴定为具有至少10％的小于胎龄风险。

10.根据权利要求2所述的方法，其进一步包括鉴定针对所述第一血液样品和所述第二血液样品中的每一个具有小于2.5％的胎儿分数的孕妇。

11.根据权利要求2所述的方法，其进一步包括对纵向收集的第三血液样品或其级分重复步骤(d)-(f)。

12.根据权利要求1至11中任一项所述的方法，其中步骤(a)包括从所述血液样品的血浆级分中提取细胞游离dna。

13.根据权利要求1至12中任一项所述的方法，其中步骤(b)包括使用200-20,000对靶标特异性pcr引物或者使用通用引物和200-20,000个靶标特异性引物对200-20,000个snp基因座进行pcr扩增。

14.根据权利要求1至12中任一项所述的方法，其中步骤(b)包括使用1,000-20,000对靶标特异性pcr引物或者使用通用引物和1,000-20,000个靶标特异性引物对1,000-20,000个snp基因座进行pcr扩增。

15.根据权利要求1至12中任一项所述的方法，其中步骤(b)包括使用5,000-20,000对靶标特异性pcr引物或者使用通用引物和5,000-20,000个靶标特异性引物对5,000-20,000个snp基因座进行pcr扩增。

16.根据权利要求1至15中任一项所述的方法，其中步骤(b)中的所述扩增dna各自包含从所述提取dna扩增的100bp或更少。

17.根据权利要求1至15中任一项所述的方法，其中步骤(b)中的所述扩增dna各自包含从所述提取dna扩增的80bp或更少。

18.根据权利要求1至15中任一项所述的方法，其中步骤(b)中的所述扩增dna各自包含从所述提取dna扩增的60-80bp。

19.根据权利要求1至18中任一项所述的方法，其中步骤(b)进一步包括在所述靶向多重扩增之后的加条形码pcr。

20.根据权利要求1至19中任一项所述的方法，其中所述一个或多个所关注染色体的倍性状态通过以下方式来确定：基于所述序列读段来计算所述snp基因座处的等位基因计数；创建各自与所述所关注染色体的不同可能倍性状态有关的多个倍性假设；针对每个倍性假设为所述所关注染色体上的所述snp基因座处的预期等位基因计数建立联合分布模型；使用所述联合分布模型和所述等位基因计数确定所述倍性假设中的每一个倍性假设的相对概率；以及通过选择对应于具有最大概率的假设的倍性状态来判定胎儿的倍性状态。

技术总结本公开提供了用于制备源自孕妇的血液样品的扩增DNA制剂的方法，所述制剂可用于鉴定具有早产、先兆子痫、小于胎龄、自发终止和/或非活产高风险的妊娠，所述方法包括：(a)从所述血液样品中提取细胞游离DNA；(b)对提取的DNA进行靶向多重扩增，以在单个反应体积中扩增200‑20,000个SNP基因座；以及(c)对扩增DNA进行高通量测序以获得序列读段并使用所述序列读段确定一个或多个所关注染色体的倍性状态；其中小于2.8％的胎儿分数和/或所述一个或多个所关注染色体的倍性状态的无判定指示具有早产、先兆子痫、小于胎龄、自发终止和/或非活产高风险的妊娠。技术研发人员：扎卡里·德姆克,马修·拉比诺维茨,乔治·吉梅洛斯受保护的技术使用者：纳特拉公司技术研发日：技术公布日：2024/9/9