一种与绵羊体长性状相关的SNP分子标记、引物组、试剂盒及其应用

本发明属于snp分子标记，具体涉及一种与绵羊体长性状相关的snp分子标记、引物组、试剂盒及其应用。

背景技术：

1、绵羊体长性状是影响绵羊体型大小的重要指标之一。绵羊的体长受遗传因素的影响，因其品种而异，一般从1.2米到1.8米不等，还不包括7.5~25厘米长的尾巴。因而，筛选与绵羊体长相关的主效基因或分子遗传标记可以用于后续绵羊的分子育种，提高绵羊的体长，增大绵羊的体型，加快绵羊体长的遗传育种的进展，以解决当前肉羊生产效率低下与人民群众日益增长的羊肉需求之间日益凸显的矛盾。

2、然而，目前本领域中，未有绵羊体长性状与本发明所述的分子标记相关性的报道。

技术实现思路

1、本发明的目的在于提供一种与绵羊体长性状相关的snp分子标记、引物组、试剂盒及其应用，所述snp分子标记与绵羊体长性状具有显著的相关性，丰富绵羊体长分子标记数据库。

2、本发明提供了一种与绵羊体长性状相关的snp分子标记，所述snp分子标记位于绵羊基因组第4号染色体上第51717733bp位点，所述snp分子标记存在c/a碱基突变。

3、本发明还提供了一种检测上述技术方案所述snp分子标记的引物组，所述引物组包括上游引物、下游引物和延伸引物；所述上游引物、下游引物和延伸引物的核苷酸序列分别如seq id no.3、seq id no.4和seq id no.5所示。

4、本发明还提供了一种试剂盒，所述试剂盒包括上述技术方案所述的引物组和pcr扩增试剂。

5、优选的，所述pcr扩增试剂包括dntps、taq dna聚合酶、mgcl2、pcr反应缓冲液、虾碱性磷酸酶和iplex反应试剂；

6、所述试剂盒还包括标准阳性模板dna。

7、本发明还提供了上述技术方案所述snp分子标记或上述技术方案所述引物组或上述技术方案所述试剂盒在绵羊体长分子标记辅助育种中的应用。

8、优选的，所述绵羊体长分子标记辅助育种包括成年绵羊体长性状优势的预测。

9、本发明还提供了一种预测绵羊成年体长是否具有优势的方法，包括如下步骤：

10、以待测绵羊的基因组dna为模板，利用上述技术方案所述引物组中的上游引物和下游引物进行pcr扩增反应，得到pcr扩增产物；

11、对所述pcr扩增产物进行消化反应，得到消化后的pcr扩增产物；

12、以所述消化后的pcr扩增产物为模板，利用上述技术方案所述引物组中的延伸引物进行延伸反应，得到延伸产物；

13、对所述延伸产物进行基因分型，得到基因型结果；

14、依据所述基因型结果对所述待测绵羊的成年体长进行预测：当绵羊基因组第4号染色体上第51717733bp位点的基因型为cc基因型时，所述待测绵羊成年后体长为长型，具有体长优势；

15、当绵羊基因组第4号染色体上第51717733bp位点的基因型为ca或aa基因型时，所述待测绵羊成年后体长为短型，不具有体长优势。

16、优选的，所述pcr扩增反应的反应体系以5µl计，包括如下组分：20~50ng/μl基因组dna 1µl、pcr反应缓冲液0.5µl、25mmol/l mgcl20.4µl、25μmol/l dntps 0.1µl、0.5μmol/lpcr引物混合物1µl、5u/μl taq dna聚合酶 0.2µl和去离子水1.8µl；

17、所述pcr扩增反应的程序为95℃预变性2min；95℃变性30s，56℃退火30s，

18、72℃延伸60s，共45个循环；72℃保持5min。

19、优选的，所述消化反应的消化体系以2µl计包括：虾碱性磷酸酶buffer 0.17µl、1.7u/µl虾碱性磷酸酶0.3µl和去离子水1.53µl；

20、所述消化反应的程序为：37℃ 40min，85℃ 5min。

21、优选的，所述延伸反应的延伸体系以2µl计包括：iplex buffer plus 0.2µl、iplex terminator 0.2µl、延伸引物0.94µl、iplex酶0.041µl和去离子水 0.619µl；

22、所述延伸反应的程序为：94℃ 30s；

23、[94℃ 5s，（52℃5s，80℃ 5s）]，其中所述（52℃ 5s，80℃ 5s）进行5个循环，所述[94℃ 5s，（52℃ 5s，80℃ 5s）]进行40个循环；72℃ 3min。

24、有益效果：

25、本发明提供了一种与绵羊体长性状相关的snp分子标记，所述snp分子标记位于绵羊基因组第4号染色体上第51717733bp位点，所述snp分子标记存在c/a碱基突变。本发明所述snp分子标记与绵羊体长性状具有显著的相关性，丰富了绵羊体长分子标记数据库，且经过研究发现，具有cc基因型的绵羊个体的体长显著高于基因型为ca和aa基因型的绵羊个体，在绵羊育种过程中，可将成年体长具有优势的cc纯合个体选留下来，尤其在羔羊阶段选留体长有优势的个体，对绵羊大规模分子育种具有潜在的应用价值。

26、在此基础上，本发明还提供了检测所述snp分子标记的引物组、试剂盒以及检测和/或绵羊体长性状的方法，基于所述引物组或试剂盒对所述snp位点分型即可在羔羊阶段预测待测绵羊成年后体长是否具有优势，方法准确性、性价比以及灵敏度均较高，可对所述snp位点实现自动化检测，能同时对数百至数千份样本中数十到数百个snp位点进行检测，为绵羊体长分子辅助育种提供技术支持。

技术特征：

1.一种与绵羊体长性状相关的snp分子标记，其特征在于，所述snp分子标记位于绵羊基因组第4号染色体上第51717733bp位点，所述snp分子标记存在c/a碱基突变。

2.一种检测权利要求1所述snp分子标记的引物组，其特征在于，所述引物组包括上游引物、下游引物和延伸引物；所述上游引物、下游引物和延伸引物的核苷酸序列分别如seqid no.3、seq id no.4和seq id no.5所示。

3.一种试剂盒，其特征在于，所述试剂盒包括权利要求2所述的引物组和pcr扩增试剂。

4.如权利要求3所述的试剂盒，其特征在于，所述pcr扩增试剂包括dntps、taq dna聚合酶、mgcl2、pcr反应缓冲液、虾碱性磷酸酶和iplex反应试剂；所述试剂盒还包括标准阳性模板dna。

5.权利要求1所述snp分子标记或权利要求2所述引物组或权利要求3或4所述试剂盒在绵羊体长分子标记辅助育种中的应用。

6.如权利要求5所述的应用，其特征在于，所述绵羊体长分子标记辅助育种包括绵羊成年体长性状优势的预测。

7.一种预测绵羊成年体长是否具有优势的方法，其特征在于，包括如下步骤：

8.如权利要求7所述的方法，其特征在于，所述pcr扩增反应的反应体系以5µl计，包括如下组分：20~50ng/μl基因组dna 1µl、pcr反应缓冲液0.5µl、25mmol/l mgcl2 0.4µl、25μmol/l dntps 0.1µl、0.5μmol/l pcr引物混合物1µl、5u/μl taq dna聚合酶 0.2µl和去离子水1.8µl；

9.如权利要求7所述的方法，其特征在于，所述消化反应的消化体系以2µl计包括：虾碱性磷酸酶buffer 0.17µl、1.7u/µl虾碱性磷酸酶0.3µl和去离子水1.53µl；

10.如权利要求7所述的方法，其特征在于，所述延伸反应的延伸体系以2µl计包括：iplex buffer plus 0.2µl、iplex terminator 0.2µl、延伸引物0.94µl、iplex酶0.041µl和去离子水 0.619µl；

技术总结本发明属于SNP分子标记技术领域，具体涉及一种与绵羊体长性状相关的SNP分子标记、引物组、试剂盒及其应用。本发明所述SNP分子标记位于绵羊基因组第4号染色体上第51717733bp位点，所述SNP分子标记存在C/A碱基突变。本发明所述SNP分子标记与绵羊体长性状具有显著的相关性，丰富了绵羊体长分子标记数据库，且经过研究发现，具有CC基因型的成年绵羊个体的体长显著高于基因型为CA和AA基因型的绵羊个体，在绵羊育种过程中，可将具有成年体长优势的CC纯合个体选留下来，尤其在羔羊阶段选留体长有优势的个体，对绵羊大规模分子育种具有潜在的应用价值。技术研发人员：狄冉,储明星,王翔宇,贺小云,刘玉芳,龚一鸣受保护的技术使用者：中国农业科学院北京畜牧兽医研究所技术研发日：技术公布日：2024/9/12