一种与陆地棉纤维长度主效QTL紧密连锁的InDel分子标记及其应用

本发明涉及棉花分子育种，更具体的说是涉及一种与陆地棉纤维长度主效qtl紧密连锁的indel分子标记及其应用。

背景技术：

1、棉花是一种重要的经济作物，约占世界纤维年需求量的35％，为纺织、造纸、医药等50多个行业提供原材料，在全球市场上具有较高的经济地位。目前，棉花亩产量有了显著增长，优质棉产量仍有较大缺口，不能满足纺织工业对原棉“质”的需求。因此，改良棉花纤维品质仍然是棉花育种的重要目标。棉花纤维品质性状主要包括纤维长度、纤维强度、马克隆值、整齐度指数和伸长率，纤维品质主要性状间存在显著相关性，因此，挖掘与棉花纤维长度主效qtl紧密连锁的分子标记，是本领域技术人员亟需解决的问题，将为分子标记辅助选择优质棉品种提供基础和依据，大大加快分子育种的进程。

技术实现思路

1、有鉴于此，本发明提供了一种与陆地棉纤维长度主效qtl紧密连锁的indel分子标记及其应用。

2、为了实现上述目的，本发明采用如下技术方案：

3、一种与陆地棉纤维长度主效qtl紧密连锁的indel分子标记，所述indel分子标记的核苷酸序列如seq id no.3所示。

4、作为优选的方案，所述indel分子标记位于棉花a9染色体，a09:6297275-a09:6297276之间，为40bp的插入/缺失。

5、本发明的另一目的是，提供一种检测上述indel分子标记的引物对，所述引物对包括核苷酸序列如seq id no.1所述的正向引物和核苷酸序列如seq id no.2所示的反向引物。

6、本发明的另一目的是，提供一种检测上述indel分子标记的产品，所述产品包括上述的引物对。

7、作为优选的方案，所述产品为试剂盒。

8、本发明的另一目的是，提供上述indel分子标记、或者上述引物对、或者上述的产品在棉花育种中的应用，所述应用为以下任意一种：

9、a：提高棉花纤维长度；

10、b：鉴定优质棉花资源；

11、c：棉花品种改良。

12、本发明的另一目的是，提供一种检测棉花纤维长度的方法，利用上述引物对或者上述产品检测棉花样品，当扩增产物只有277bp条带时，棉纤维长度较短；当扩增产物只有237bp条带时，棉纤维长度较长；当扩增产物包含277bp和237bp两条时，棉纤维长度居中。

13、有益效果：本发明提供的indel分子标记a9-35，能够与陆地棉a9染色体纤维长度主效qtl紧密连锁，为棉花纤维长度基因的图位克隆奠定基础，能够应用于棉花纤维品质分子标记辅助选择育种和分子聚合育种，提高选择和聚合效率。

技术特征：

1.一种与陆地棉纤维长度主效qtl紧密连锁的indel分子标记，其特征在于，所述indel分子标记的核苷酸序列如seq id no.3所示。

2.根据权利要求1所述的indel分子标记，其特征在于，所述indel分子标记位于棉花a9染色体，a09:6297275-a09:6297276之间，为40bp的插入/缺失。

3.一种检测权利要求1或2所述indel分子标记的引物对，其特征在于，所述引物对包括核苷酸序列如seq id no.1所述的正向引物和核苷酸序列如seq id no.2所示的反向引物。

4.一种检测权利要求1或2所述indel分子标记的产品，其特征在于，所述产品包括权利要求3所述的引物对。

5.根据权利要求4所述的检测所述indel分子标记的产品，其特征在于，所述产品为试剂盒。

6.权利要求1或2所述indel分子标记、或者权利要求3所述引物对、或者权利要求4或5所述的产品在棉花育种中的应用，其特征在于，所述应用为以下任意一种：

7.一种检测棉花纤维长度的方法，其特征在于，利用权利要求3所述引物对或者权利要求4或5所述产品检测棉花样品，当扩增产物只有277bp条带时，棉纤维长度较短；当扩增产物只有237bp条带时，棉纤维长度较长；当扩增产物包含277bp和237bp两条时，棉纤维长度居中。

技术总结本发明公开了一种与陆地棉纤维长度主效QTL紧密连锁的InDel分子标记及其应用，涉及棉花分子育种技术领域，所述InDel分子标记核苷酸序列如SEQ ID NO.4所示，可由核苷酸序列如SEQ ID NO.1所述的正向引物和核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示的反向引物扩增鉴别。本发明提供的InDel分子标记A9‑35，能够与陆地棉A9染色体纤维长度主效QTL紧密连锁，为棉花纤维长度基因的图位克隆奠定基础，能够应用于棉花纤维品质分子标记辅助选择育种和分子聚合育种，提高选择和聚合效率。技术研发人员：李兴河,张建宏,唐丽媛,王海涛,张素君,蔡肖受保护的技术使用者：河北省农林科学院棉花研究所（河北省农林科学院特种经济作物研究所）技术研发日：技术公布日：2024/9/17