一种鉴定分蘖数QTLLNT2的分子标记及应用

本发明涉及分子标记，特别是涉及一种鉴定分蘖数qtl lnt2的分子标记及应用。

背景技术：

1、大麦(hordeum vulgare l.)是属于禾本科(gramineae)、小麦族(triticum)的一年生或越年生草本植物。大麦是世界重要的谷类作物之一，其种植遍布世界各地，在全球作物产量中排名第五位，广泛应用于饲料及食品工业，也是酿造啤酒的主要原料。同时研究证明，大麦籽粒中所含的β-葡聚糖是青稞最具开发利用价值的保健功能成分，已经明确β-葡聚糖具有降血脂、降胆固醇和预防心血管疾病等的作用。

2、分蘖是影响农作物产量的决定性因素之一，分蘖的发生是一个非常复杂的过程，受内部遗传因素和外部环境条件的共同调控。分蘖芽的生长发育情况将直接影响作物有效穗数进而影响其单位产量。对分蘖数相关基因进行定位可为选育高产大麦品种提供理论依据。

3、分蘖数是数量性状(quantitativetraitlocus，qtl)，受到多基因的控制，并且受环境作用影响很大。近年来，合理的分蘖数逐渐成为研究的热点。在水稻、玉米、小麦中都有对分蘖数qtl研究的相关报道，而大麦旗叶的却是很少。babb对uniculm2(cul2.b)突变体研究发现，cul2.b基因在从腋芽分生组织的生长到形成分蘖中起作用，并将cul2.b定位在大麦6h染色体上rflp分子标记abg458和kfp128之间，与基因rob1紧密连锁。lnt1.a是一个隐形单基因，可能像水稻基因monoculm1一样调控腋芽分生组织的起始。lnt1.a被定位在距ssr分子标记gbm1043的5.8cm处，序列分析证明jubel2是lnt1.a的候选基因。

4、分子标记辅助选择，不依赖于表现型选择，即不受环境条件、基因间互作、基因型与环境互作等多种因素的影响，而是直接对基因型进行选择，因而能大大提高育种效率。高分辨熔解曲线(highresolutionmelting,hrm)技术近年来国际上兴起的一种snp及突变研究工具。这种检测方法具有操作简便、特异性好、高通量、快速、检测成本低、结果准确等优势，并且实现了真正的闭管操作而受到普遍的关注。因此，筛选出与分蘖数qtl紧密连锁的，且适用于荧光定量pcr平台kasp技术的分子标记，不仅能对大麦分蘖数基因进行选择，有效调控大麦株型，塑造合理的分蘖数群体，同时还能提高选择通量、速度和准确性，从而有利于解决大规模推广应用的技术瓶颈，对规模化改良大麦育种群体质量和产量具有重要意义。

技术实现思路

1、本发明的目的是提供一种鉴定分蘖数qtl lnt2的分子标记及应用，以解决上述现有技术存在的问题。该分子标记与大麦分蘖数qtl lnt2显著相关，用于分子标记辅助选择的准确性高，提高适应不同环境的大麦分蘖数品种的选择鉴定效率，且成功率高。

2、为实现上述目的，本发明提供了如下方案：

3、本发明提供本发明提供一种鉴定分蘖数qtl lnt2的分子标记kasp1765，所述分子标记kasp1765的核苷酸序列如seq id no.1所示，在所述核苷酸序列的第26bp处碱基存在一个snp位点，为a/g突变。

4、本发明还提供一种鉴定分蘖数性状的kasp引物组合，包括两条正向引物和一条通用反向引物；所述两条正向引物的核苷酸序列分别如seq id no.2和seq id no.3所示，所述通用反向引物的核苷酸序列如seq id no.4所示。

5、本发明还提供上述的kasp引物组合在制备鉴别大麦分蘖数性状的产品中的应用。

6、进一步地，所述产品为试剂盒。

7、本发明还提供一种鉴别大麦分蘖数性状的产品，包括上述的kasp引物组合。

8、进一步地，所述产品为试剂盒。

9、本发明还提供上述的分子标记kasp1765、kasp引物组合或产品在鉴别大麦分蘖数性状中的应用。

10、本发明还提供一种鉴别大麦分蘖数性状的方法，包括以下步骤：

11、提取得到待检大麦的dna；

12、以所述dna为模板，利用上述的kasp引物组合进行荧光定量pcr扩增，得到待检大麦的基因型，根据所述基因型判断所述待检大麦的分蘖数性状：gg基因型大麦的分蘖数低于aa基因型大麦。

13、进一步地，所述荧光定量pcr扩增的反应体系为：2×kasp master mix 5μl，kaspassay mix 0.14μl，模板dna 50ng，dnase/rnase-free去离子水补足至10μl。

14、进一步地，所述荧光定量pcr扩增的反应程序为：95℃活化15min；95℃变性20s，65℃退火延伸60s，循环10次，每次退火延伸温度降低1℃；94℃变性20s，57℃退火延伸60s，循环30次；37℃60s，采集荧光信号。

15、本发明公开了以下技术效果：

16、本发明首次公开了来自大麦ciho 11530的分蘖数qtl lnt2，位于大麦6h染色体，与大麦分蘖数性状显著相关。该qtl在大麦产量(调控分蘖数性状)育种中具有较高的利用价值。本发明首次公开了基于荧光定量pcr平台精确检测大麦ciho 11530的分蘖数qtllnt2的分子标记kasp1765，检测准确高效、扩增方便稳定。本发明公开的分子标记kasp1765与分蘖数qtl lnt2显著相关，用于分子标记辅助选择的准确性高，提高适应不同环境的大麦分蘖数品种的选择鉴定效率，且成功率高。

技术特征：

1.一种鉴定分蘖数qtl lnt2的分子标记kasp1765，其特征在于，所述分子标记kasp1765的核苷酸序列如seq id no.1所示，在所述核苷酸序列的第26bp处碱基存在一个snp位点，为a/g突变。

2.一种鉴定分蘖数性状的kasp引物组合，其特征在于，包括两条正向引物和一条通用反向引物；所述两条正向引物的核苷酸序列分别如seq id no.2和seq id no.3所示，所述通用反向引物的核苷酸序列如seq id no.4所示。

3.一种如权利要求2所述的kasp引物组合在制备鉴别大麦分蘖数性状的产品中的应用。

4.根据权利要求3所述的应用，其特征在于，所述产品为试剂盒。

5.一种鉴别大麦分蘖数性状的产品，其特征在于，包括权利要求2所述的kasp引物组合。

6.根据权利要求5所述的产品，其特征在于，所述产品为试剂盒。

7.一种如权利要求1所述的分子标记kasp1765、权利要求2所述的kasp引物组合或权利要求5或6所述的产品在鉴别大麦分蘖数性状中的应用。

8.一种鉴别大麦分蘖数性状的方法，其特征在于，包括以下步骤：

9.根据权利要求8所述的方法，其特征在于，所述荧光定量pcr扩增的反应体系为：2×kasp master mix 5μl，kaspassay mix 0.14μl，模板dna 50ng，dnase/rnase-free去离子水补足至10μl。

10.根据权利要求8所述的方法，其特征在于，所述荧光定量pcr扩增的反应程序为：95℃活化15min；95℃变性20s，65℃退火延伸60s，循环10次，每次退火延伸温度降低1℃；94℃变性20s，57℃退火延伸60s，循环30次；37℃60s，采集荧光信号。

技术总结本发明公开了一种鉴定分蘖数QTL LNT2的分子标记及应用，涉及分子标记技术领域。该分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示，在所述核苷酸序列的第26bp处碱基存在一个SNP位点，为A/G突变。本发明首次公开了基于荧光定量PCR平台精确检测大麦CIHO 11530的分蘖数QTL LNT2的分子标记KASP1765，检测准确高效、扩增方便稳定。本发明公开的分子标记KASP1765与分蘖数QTL LNT2显著相关，用于分子标记辅助选择的准确性高，提高适应不同环境的分蘖数品种的选择鉴定效率，且成功率高。技术研发人员：刘亚西,侯帅,林宇,王智强,周红,石浩然,武方琨,吴锋锴,汪青军受保护的技术使用者：四川农业大学技术研发日：技术公布日：2024/10/10