一种与绵羊胸宽性状相关的SNP分子标记、引物组、试剂盒及其应用

本发明属于snp分子标记，具体涉及一种与绵羊胸宽性状相关的snp分子标记、引物组、试剂盒及其应用。

背景技术：

1、胸宽为评价绵羊体型和生产性能的重要指标之一，在育种工作中，识别和利用影响绵羊胸宽性状的基因非常重要，这对于提高育种效率和改良绵羊品种具有重要意义。目前，大多数绵羊品种体型较小、生长速度缓慢。近年来，随着肉羊市场需求量加大，人民群众对羊肉需求量日益增加和肉羊生产效率不高的矛盾日益凸显，肉羊企业采用各种方法来提升肉羊生产效益，其中分子标记辅助选择技术可以有效加快绵羊遗传进展。

2、ppp2r5e基因位于绵羊7号染色体上，包含14个外显子，编码区总长1562bp，编码蛋白含467个氨基酸。该基因主要在动物的白细胞、大脑、结肠、骨骼肌等组织中表达，ppp2r5e基因的b调节亚基可能调节底物的选择性和催化活性，在消化系统及脑发育中发挥着重要作用，但是目前关于ppp2r5e基因序列多态性在国内外绵羊胸宽中的具体作用未见报道，尚未发现ppp2r5e基因中存在与绵羊胸宽相关的snp位点。

技术实现思路

1、本发明的目的在于提供一种与绵羊胸宽性状相关的snp分子标记、引物组、试剂盒及其应用，所述snp分子标记与绵羊胸宽性状具有显著的相关性，丰富绵羊胸宽分子标记数据库。

2、本发明提供了一种与绵羊胸宽性状相关的snp分子标记，所述snp分子标记位于绵羊基因组第7号染色体上第73842000bp位点，所述snp分子标记存在g/a碱基突变。

3、本发明还提供了一种检测上述技术方案所述snp分子标记的引物组，所述引物组包括上游引物、下游引物和延伸引物；所述上游引物、下游引物和延伸引物的核苷酸序列分别如seq id no.3、seq id no.4和seq id no.5所示。

4、本发明还提供了一种试剂盒，所述试剂盒包括上述技术方案所述的引物组和pcr扩增试剂。

5、优选的，所述pcr扩增试剂包括dntps、taqdna聚合酶、mgcl2阳性模板dna、虾碱性磷酸酶和iplex反应试剂；所述试剂盒还包括标准阳性模板dna。

6、本发明还提供了上述技术方案所述snp分子标记或上述技术方案所述引物组或上述技术方案所述试剂盒在绵羊胸宽分子标记辅助育种中的应用。

7、优选的，所述绵羊胸宽分子标记辅助育种包括成年绵羊胸宽性状优势的预测。

8、本发明还提供了一种预测绵羊成年胸宽是否具有优势的方法，包括如下步骤：

9、以待测绵羊的基因组dna为模板，利用上述技术方案所述引物组中的上游引物和下游引物进行pcr扩增反应，得到pcr扩增产物；

10、对所述pcr扩增产物进行消化反应，得到消化后的pcr扩增产物；

11、以所述消化后的pcr扩增产物为模板，利用上述技术方案所述引物组中的延伸引物进行延伸反应，得到延伸产物；

12、对所述延伸产物进行基因分型，得到基因型结果；

13、依据所述基因型结果对所述待测绵羊的成年胸宽进行预测：当绵羊基因组第7号染色体上第73842000bp位点的基因型为aa基因型时，所述待测绵羊成年后为高胸宽型，具有胸宽优势；

14、当绵羊基因组第7号染色体上第73842000bp位点的基因型为ag基因型时，所述待测绵羊成年后为中胸宽型，具有胸宽优势；

15、当绵羊基因组第7号染色体上第73842000bp位点的基因型为gg基因型时，所述待测绵羊成年后为低胸宽型，不具有胸宽优势。

16、优选的，所述pcr扩增反应的反应体系以5μl计，包括如下组分：20～50ng/μl基因组dna 1μl、pcr反应缓冲液0.5μl、25mmol/lmgcl20.4μl、25μmol/l dntps 0.1μl、0.5μmol/lpcr引物混合物1μl、5u/μltaq dna聚合酶0.2μl和去离子水1.8μl；

17、所述pcr扩增反应的程序为95℃预变性2min；95℃变性30s，56℃退火30s，72℃延伸60s，共45个循环；72℃保持5min。

18、优选的，所述消化反应的消化体系以2μl计包括：虾碱性磷酸酶buffer0.17μl、1.7u/μl虾碱性磷酸酶0.3μl和去离子水1.53μl；

19、所述消化反应的程序为：37℃40min，85℃5min。

20、优选的，所述延伸反应的延伸体系以2μl计包括：iplex bufferplus 0.2μl、iplexterminator 0.2μl、延伸引物0.94μl、iplex酶0.041μl和去离子水0.619μl；

21、所述延伸反应的程序为：94℃30s；

22、[94℃5s，(52℃5s，80℃5s)]，其中所述(52℃5s，80℃5s)进行5个循环，所述[94℃5s，(52℃5s，80℃5s)]进行40个循环；72℃3min。

23、有益效果：

24、本发明提供了一种与绵羊胸宽性状相关的snp分子标记，所述snp分子标记位于绵羊基因组第7号染色体上第73842000bp位点，所述snp分子标记存在g/a碱基突变。本发明所述snp分子标记与绵羊胸宽性状具有显著的相关性，丰富了绵羊胸宽分子标记数据库，且经过研究发现，具有aa基因型和ag基因型绵羊个体的胸宽显著高于基因型为gg基因型的绵羊个体，在绵羊育种过程中，可将成年胸宽具有优势的aa基因型和ag基因型个体选留下来，尤其在羔羊阶段选留胸宽有优势的个体，对绵羊大规模分子育种具有潜在的应用价值。

25、在此基础上，本发明还提供了检测所述snp分子标记的引物组、试剂盒以及检测绵羊胸宽性状的方法，基于所述引物组或试剂盒对所述snp位点分型即可预测待测绵羊的成年胸宽性状，方法准确性、性价比以及灵敏度均较高，可对所述snp位点实现自动化检测，能同时对数百至数千份样本中数十到数百个snp位点进行检测，为绵羊胸宽分子辅助育种提供技术支持。

技术特征：

1.一种与绵羊胸宽性状相关的snp分子标记，其特征在于，所述snp分子标记位于绵羊基因组第7号染色体上第73842000bp位点，所述snp分子标记存在g/a碱基突变。

2.一种检测权利要求1所述snp分子标记的引物组，其特征在于，所述引物组包括上游引物、下游引物和延伸引物；所述上游引物、下游引物和延伸引物的核苷酸序列分别如seqid no.3、seq id no.4和seq id no.5所示。

3.一种试剂盒，其特征在于，所述试剂盒包括权利要求2所述的引物组和pcr扩增试剂。

4.根据权利要求3所述的试剂盒，其特征在于，所述pcr扩增试剂包括dntps、taq dna聚合酶、mgcl2、pcr反应缓冲液、虾碱性磷酸酶和iplex反应试剂；所述试剂盒还包括标准阳性模板dna。

5.权利要求1所述snp分子标记或权利要求2所述引物组或权利要求3或4所述试剂盒在绵羊胸宽分子标记辅助育种中的应用。

6.根据权利要求5所述的应用，其特征在于，所述绵羊胸宽分子标记辅助育种包括绵羊成年胸宽性状优势的预测。

7.一种预测绵羊成年胸宽是否具有优势的方法，其特征在于，包括如下步骤：

8.根据权利要求7所述的方法，其特征在于，所述pcr扩增反应的反应体系以5μl计，包括如下组分：20～50ng/μl基因组dna 1μl、pcr反应缓冲液0.5μl、25mmol/lmgcl20.4μl、25μmol/ldntps 0.1μl、0.5μmol/lpcr引物混合物1μl、5u/μltaq dna聚合酶0.2μl和去离子水1.8μl；

9.根据权利要求7所述的方法，其特征在于，所述消化反应的消化体系以2μl计包括：虾碱性磷酸酶buffer 0.17μl、1.7u/μl虾碱性磷酸酶0.3μl和去离子水1.53μl；

10.根据权利要求7所述的方法，其特征在于，所述延伸反应的延伸体系以2μl计包括：iplex bufferplus 0.2μl、iplex terminator 0.2μl、延伸引物0.94μl、iplex酶0.041μl和去离子水0.619μl；

技术总结本发明属于SNP分子标记技术领域，具体涉及一种与绵羊胸宽性状相关的SNP分子标记、引物组、试剂盒及其应用。本发明所述SNP分子标记位于绵羊基因组第7号染色体上第73842000bp位点，所述SNP分子标记存在G/A碱基突变。本发明所述SNP分子标记与绵羊胸宽性状具有显著的相关性，丰富了绵羊胸宽分子标记数据库，且经过研究发现，具有AA基因型和AG基因型的成年绵羊个体的胸宽显著高于基因型为GG基因型的绵羊个体，在绵羊育种过程中，可将具有成年胸宽优势的AA基因型和AG基因型个体选留下来，尤其在羔羊阶段选留胸宽有优势的个体，对绵羊大规模分子育种具有潜在的应用价值。技术研发人员：储明星,狄冉,王翔宇,贺小云,刘玉芳,龚一鸣受保护的技术使用者：中国农业科学院北京畜牧兽医研究所技术研发日：技术公布日：2024/10/10