一种用于阿勒泰白头牛与哈萨克牛鉴定的SNP位点组合

本发明属于牛遗传育种，涉及一种用于阿勒泰白头牛与哈萨克牛鉴定的snp位点组合。

背景技术：

1、阿勒泰白头牛是新疆地区特有的牛种，主要分布于布尔津县禾木哈纳斯蒙古族乡，具有早熟、繁殖能力强、生长发育快、耐高寒、耐高温、耐粗饲、适应性好和抗病能力强的特点，是一种乳、肉、役兼用品种牛。阿勒泰白头牛平均日产奶量4～5公斤，乳脂率为4.0～4.5％，产奶性能较好；阿勒泰白头牛具有较好的产肉性能，该品种公牛平均胴体重为286公斤，母牛145公斤，公牛净肉率37％，母牛净肉率32％，阉牛屠宰率达49.3％，母牛屠宰率达46.3％；阿勒泰白头牛处理具有良好的肉乳性能外，还是牧民在山区转运过程中的主要役用交通工具，体重653公斤的阉牛能够以每小时5～6公里的速度驮运150公斤重的物品，可连续行走8～10小时，其最大拉力能够达到400～500公斤。

2、哈萨克牛产于新疆北部地区，主要分布在伊犁哈萨克自治州、博尔塔拉蒙古自治州、昌吉回族自治州境内的广大山区和草原，哈萨克牛能耐严寒酷暑和粗放饲养，具有放牧性能好、抗病能力强、体质强壮结实、遗传性稳定等优良特性，适于粗放的饲养管理，育肥条件下可生产优质雪花牛肉，是培育新品种和开展杂交优势利用的原始品种。哈萨克牛具有良好的肉用性能，阉牛胴体重为309公斤，12月龄的健康阉牛宰前活重为560kg，屠宰量为55.18％。品种鉴定能够确保畜牧业的可持续发展，通过品种鉴定能够记录和管理牛的遗传资源，为育种计划的制定提供数据支持，有助于选择优良性状并提高育种效率。

3、分子标记技术(molecular marker technology)是一种基于dna序列变异的遗传标记方法，广泛应用于遗传育种、基因定位、物种亲缘关系鉴定等多个领域。常用的分子标记技术，如随机扩增多态性dna(rapd)、限制性片段长度多态性(rflp)和简单序列重复(simple sequence repeat，ssr)在遗传育种领域中发挥着重要作用，但是也存在一定局限性，如重复性差、多态性位点有限、操作过程繁琐、成本高等问题，导致无法满足大规模商业化育种应用的需求。

4、单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,snp)是一种在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的dna序列多态性，包括单个碱基对的转换、颠换、插入或缺失。snp在基因组中分布广泛，平均每500～1000个碱基对中就有1个，具有密度高、遗传稳定性高和易于自动化分析等特点，已发展成为动物遗传变异研究中较为常见的分子标记。因此，探索一种能够鉴定阿勒泰白头牛与哈萨克牛，重复性好、多态性较高、操作简单、成本较低的snp位点具有重要意义。

技术实现思路

1、为解决上述技术问题，本发明提供了一种用于阿勒泰白头牛与哈萨克牛鉴定的snp位点组合。本发明筛选snp位点时使用高深度重测序数据，具有更加可靠的snp信息，所筛选出的snp最小等位基因频率大于0.1，具有较高的多态性，能够提高阿勒泰白头牛与哈萨克牛鉴定的准确性。本发明的snp位点组合对阿勒泰白头牛与哈萨克牛的品种鉴定具有重要意义。

2、为实现本发明的技术目的，一方面，本发明提供一种用于阿勒泰白头牛与哈萨克牛鉴定的snp位点组合，由no.1～no.10组成，no.1位于牛参考基因组ars-ucd2.0第1染色体的第149262408位，no.2位于牛参考基因组ars-ucd2.0第6染色体的第67798212位，no.3位于牛参考基因组ars-ucd2.0第6染色体的第70048566位，no.4位于牛参考基因组ars-ucd2.0第6染色体的第96605952位，no.5位于牛参考基因组ars-ucd2.0第7染色体的第72303454位，no.6位于牛参考基因组ars-ucd2.0第23染色体的第26041452位；no.7位于牛参考基因组ars-ucd2.0第23染色体的第26208550位；no.8位于牛参考基因组ars-ucd2.0第27染色体的第1559026；no.9位于牛参考基因组ars-ucd2.0第27染色体的第17114396；no.10位于牛参考基因组ars-ucd2.0第x染色体的第137818408。

3、进一步地，本发明提供的用于阿勒泰白头牛与哈萨克牛鉴定的snp位点组合中，no.1的参考碱基为a，突变碱基为c；no.2的参考碱基为a，突变碱基为t；no.3的参考碱基为a，突变碱基为g；no.4的参考碱基为a，突变碱基为g；no.5的参考碱基为g，突变碱基为a；no.6的参考碱基为t，突变碱基为c；no.7的参考碱基为a，突变碱基为c；no.8的参考碱基为t，突变碱基为c；no.9的参考碱基为a，突变碱基为t；no.10的参考碱基为c，突变碱基为a。

4、另一方面，本发明请求保护上述用于阿勒泰白头牛与哈萨克牛快速鉴定的snp位点组合在阿勒泰白头牛和/或哈萨克牛基因分型中的应用，将snp位点组合制作为液相芯片对样品进行基因分型，具体包括以下步骤：

5、(1)牛基因组dna的提取：对阿勒泰白头牛或哈萨克牛颈静脉采血，使用酚氯仿法或血液基因组提取试剂盒进行dna的提取；

6、(2)dna样品质量检测：用质量分数为1～1.5％的琼脂糖凝胶电泳检测，用凝胶成像系统判断电泳结果，保证基因组完整性；测量基因组dna的浓度，将dna浓度调整到工作浓度10～50ng/μl；

7、(3)液相芯片检测：按照液相芯片检测标准流程操作；

8、(4)数据分析：获得的原始数据采用fastqc软件进行质控，之后用bwa软件将测序数据比对到牛参考基因组ars-ucd2.0上，采用gatk软件的标准流程检测snp，进行基因分型。

9、具体地，本发明对测量基因组dna的浓度使用的方法不做具体限定，本领域技术人员可用微量紫外分光光度计或类似的核酸蛋白测定仪测量。

10、具体地，液相芯片中包含探针，根据snp位点的位置，在牛参考基因组ars-ucd2.0版本上前后各延伸60bp，得到长度为121bp的碱基序列，将长度为121bp的碱基序列的反向互补序列作为所述snp位点的探针序列。

11、还有，本发明请求保护上述用于阿勒泰白头牛与哈萨克牛快速鉴定的snp位点组合在阿勒泰白头牛和/或哈萨克牛品种鉴定中的应用，将snp位点组合制作为液相芯片后对样品进行基因分型，随后对基因分型结果进行品种预测的准确性测试或系统发育树的构建得知所述样品是否鉴定为阿勒泰白头牛和/或哈萨克牛。

12、与现有技术相比，本发明提供的技术方案至少具备下述的有益效果或优点：

13、本发明提供的用于鉴定阿勒泰白头牛与哈萨克牛的snp位点适合新疆地方牛品种的研究，有利于新疆地方牛品种育种工作的开展以及对新疆地方牛种质资源的研究与保护。本发明筛选snp位点时使用高深度重测序数据，具有更加可靠的snp信息，所筛选出的snp最小等位基因频率大于0.1，表明具有较高的多态性，能够提高阿勒泰白头牛与哈萨克牛鉴定的准确性。本发明的snp位点组合可用于阿勒泰白头牛与哈萨克牛的基因分型，还可用于阿勒泰白头牛与哈萨克牛的品种鉴定，其品种预测的准确率为80％。

14、相对于传统的固相芯片，本发明将阿勒泰白头牛与哈萨克牛的snp位点制作为液相芯片，灵活性较高，可以根据应用需要随时添加标记位点。本发明的阿勒泰白头牛和哈萨克牛液相芯片基于靶向捕获测序技术，不仅可以对目标位点进行分型，同时目标位点周围一定范围内的snp也可以被准确分型，可以得到比标记位点更多的snp分型信息。相比于全基因组重测序，本发明提供的阿勒泰白头牛和哈萨克牛液相芯片依托二代测序平台，分型成本较低，具有明显的价格优势，可以进行阿勒泰白头牛和哈萨克牛的大规模分型，进而促进阿勒泰白头牛和哈萨克牛的育种工作。